criniti brunino 137972 misale claudia 137973. obbiettivo applicazione: integrazione di risorse...
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Criniti Brunino 137972
Misale Claudia 137973
ENSEMBLAST
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OBBIETTIVO APPLICAZIONE: Integrazione di risorse ampiamente utilizzate nel
campo della ricerca biomedica: allineamento di sequenze, proteiche o nucleotidiche, e la consultazione di database genomici, in genere accessibili tramite internet.
Risorse:
Softwares allineamento Blast.
database genomico Ensembl.
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ATTIVITA’ SVOLTE
Web service che estende sevizi offerti dal web service di Embl-Ebi.
Client che permette di integrare in un’unica applicazione i dati delle ricerche da effettuare.
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ATTIVITA’ SVOLTE
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TECNOLOGIE E STRUMENTI UTILIZZATI PER LO SVILUPPO DI ENSEMBLAST
Tecnologie e Metodologie
Linguaggio di programmazione: Java. Web Server: Apache Tomcat.
Librerie per lo sviluppo del Web Service: Apache Axis. implementazione SOAP 1.1/1.2; supporto JWS (Java Web Services) per il deploy dei WS; supporto serializzazione/de-serializzazione; implementazione WSDL; utility WSDL2Java e Java2WSDL;
JFreeChart.
Lobo.
Jdom.
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TECNOLOGIE E STRUMENTI UTILIZZATI PER LO SVILUPPO DI ENSEMBLAST
Ambienti e Strumenti
Ambiente di sviluppo NetBeans IDE, realizzato dalla Sun Microsystems.
Per la realizzazione dei tasti è stato utilizzato il
software Button Shop 4.
Per la fase di progettazione è stato utilizzato enterprice architect
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SCHEMA GENERALE APPLICAZIONE
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WEB SERVICE: BLAST
•Wrapper che permette al client di comunicare con i database forniti da Embl-Ebi.
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WEB SERVICE: BLAST
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CLIENT
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CLIENT: MODEL
Package rappresenta lo stato dell’applicazione.
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CLIENT: VIEW Package della gestione dell’interfaccia grafica.
In particolare:
Drag and drop moduli.
Esecuzione alberi di lavoro.
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CLIENT: MODULI
Moduli: rappresentano le azioni permesse all’utente.
I seguenti moduli possono essere inseriti tramine drag and drop nel pannello di visualizzazione. E poi collegati tra di loro per creare un piano di lavoro.
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CLIENT: ALBERO DI ESECUZIONE
Il programma una volta avviata l’esecuzione degli alberi, effettua le seguenti operazioni:
• Controlla che l’utente abbia effettuato le impostazioni dei moduli.
•Avvia la richiesta al web service.
•Permette anche la visualizzazione dei risultati tramite i moduli di Output.
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TIPI DI VISUALIZZAZIONE DELL’OUTPUT
Output: BlastN/BlastP
Tabellare:
Grafico:
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TIPI DI VISUALIZZAZIONE DELL’OUTPUT
Output: Ensembl
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GRAZIE PER L’ATTENZIONE