Curso de Inverno 

Artur Trancoso Lopo de Queiróz

   

Filogenia e Evolução

   

Onde é o começo?

   

Evolução: “Mudanças Herdadas em uma população 

durante várias gerações” Mudanças?Onde:

­DNA(RNA, proteínas). 

­ Morfologia

­ Freqüências Alélicas.

   

Fonte Básica de Mudanças

Mutações: Mudanças no DNA que passada para a prole.

Mutações Pontuais ­>Transições, Transversões

­>Indels

­>nonsense

­>Não sinônimas e sinônimas

   

 Transições vs Transversões

   

   

Diversidade

   

Pra fazer filogenia: O que usar

Características Morfológicas: Forma células, presença de brânquias..etc.

Ensaios de Expressão. RFLP Seqüências fica difícil morfologia com :

   

Homologia X Similaridade

   

 Filogenia X Alinhamento

   

Edição de Alinhamento

Parte crítica Programas de Visualização:

­ GeneDoc

­ BioEdit

­ Seaview

   

Analise de Informação  Simplex bidimensional Saturação

   

Criterios: Quais Escolher?

Basicamente são 4: Cladisticos Parsimônia Maxima Verossimilhança Fenéticos Distancia(geométrico)

   

Cladisticos

   

Parcimônia

Um dos primeiros Numero de “passos” Mais parsimôniosa = 

Menor Nº passos ????

   

Máxima Verossimilhança

Probabilidades Mudanças de Caracteres Muitas buscas (heuristica) Arvore inicial (distancia). 

   

Busca de Árvores

Algorítimos Exatos: Busca Exaustiva Algorítimos Heurísticos: Branch and Bound Branch Swapping

   

Branch and Bound

   

Branch Swapping

   

Custo computacional

Taxons Com raiz Sem raiz2 1 13 3 14 15 35 105 156 945 1057 10395 9458 135.135 103959 2.027.025 135.13510 34.345.425 2.027.025

   

Fenéticos

   

Distância

Alinhamento ­> Matriz Distancias: P, JC, 

K2P, NeiLi, TajNei, GTR..etc.

56 modelos de distâncias

Modeltest Geram Matrizes

   

Distâncias

JC => Substituições Multiplas K2P => Ti/Tv TajNei => GC Tam3P => Subst, Ti/Tv e GC TamNei => Taxa de transição diferente (A­G) e 

(C­T) Gamma => Sítios evoluem diferentemente.

   

ModelTest

   

Reconstrução de topologias

MinEvolu Quadrados mínimos UPGMA * Neighbor Joining**

   

Sustentabilidade de Topologia

Jackknife Bootstrap

   

Tipos de Topologias

   

Mão na massa