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Francesca Merlin Née le 26 août 1979, italienne.

Curriculum vitae 01 août 2012

Affiliation : Université Catholique de Louvain Institut supérieur de philosophie Place du Cardinal Mercier 14 Bte L3.06.01 1348 Louvain-la-Neuve (Belgique) & Institut d’Histoire et de Philosophie des Sciences et des Techniques 13 rue du Four, 75006 Paris (France)

Contact :

Téléphone : +33 (0)6 38 86 50 27

E-mail: francesca.merlin@gmail.com

DOMAINES DE RECHERCHE

Domaines de spécialisation : Philosophie de la biologie. Philosophie générale des sciences.

Domaines de compétence : Philosophie des probabilités. Histoire de la biologie. Philosophie de la connaissance. Histoire des sciences.

SITUATION ACTUELLE 2011-2012 Chargée de recherche (postdoctorante) (jusqu’à septembre 2012)

Institut Supérieur de Philosophie, Université Catholique de Louvain (Belgique) Titre du projet de recherche : Les enjeux philosophiques de la pluralité des explications en biologie

Postdoctorante associée Institut d’Histoire et de Philosophie des Sciences et des Techniques (Paris)

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Responsable des UE en Sciences Humaines et chargée de cours Université Paris-Descartes (Paris V), Faculté de Médecine, Centre des Recherches Interdisciplinaires, Licence « Frontières du vivant »

CURSUS UNIVERSITAIRE 2005-2009 Doctorat de Philosophie

Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne, Institut d’Histoire et de Philosophie des Sciences et des Techniques (Paris) Statut: allocataire de recherche. Intitulé de la thèse : Le hasard et les sources de la variation biologique : analyse critique d’une notion multiple, sous la direction des Professeurs Jean Gayon et Michel Morange [pour un résumé détaillé, voir l’annexe].

Composition du jury : -Jean GAYON (directeur), Professeur de Philosophie à l’Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne ; -Michel MORANGE (co-directeur), Professeur de Biologie à l’École Normale Supérieure de Paris ; -Frédéric BOUCHARD, Professeur de Philosophie à l’Université de Montréal ; -Thierry MARTIN, Professeur de Philosophie à l’Université de Franche-Comté ; -Miroslav RADMAN, Professeur de Biologie à l’Université Paris 5. Mention Très Honorable avec les félicitations du jury à l’unanimité.

2004-2005 Diplôme d’Etudes Approfondies d’Histoire et Philosophie des

Sciences Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne, Institut d’Histoire et de Philosophie des Sciences et des Techniques (Paris) Intitulé du mémoire : Le concept de ‘hasard’ en biologie contemporaine, sous la direction du Professeur Jean Gayon. Mention Très Bien.

1998-2004 « Laurea » (bac+5) de Philosophie

Université de Padoue (Italie) Intitulé du mémoire : Biology and the Canon of Beauty : A Possible Connection?, sous la direction du Professeur Giovanni Boniolo. Mention 110/110 cum laude.

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EMPLOIS ACADEMIQUES 2010-2011 Attachée Temporaire d’Enseignement et de Recherche

U.F.R. de Philosophie, Université Paris-Sorbonne

Membre de l’EA « Rationalités contemporaines » (Université Paris-Sorbonne)

2009-2010 Stagiaire postdoctorale

Département de Philosophie, Université de Montréal (QC, Canada) sous la direction du Professeur Frédéric Bouchard (stage financé par une bourse d’excellence du Fonds Québécois de la Recherche sur la Science et les Technologies).

Membre du Centre Interuniversitaire de Recherche sur la Science et la Technologie (Montréal, QC, Canada).

2008-2009 Chargée de recherche à l’Institut d’Histoire et de Philosophie des

Sciences et des Techniques (CRNS, UMR 8590) dans le cadre du projet ANR Causalité et Probabilité (mai 2009-août 2009)

Vacataire (bibliothécaire) à l’Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (nov 2008-avril 2009).

2005-2008 Allocataire de recherche du Ministère de l’Éduction Supérieure et de la

Recherche au Département de Philosophie de l’Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne.

QUALIFICATIONS, POSTES

Qualification en sections 17 (Philosophie, 2010) et 72 (Épistémologie, histoire des sciences et des techniques) Obtention d’un poste de « professeur associé » au Département de Philosophie de l’Université de Québec à Montréal (QC, Canada), déclinée pour raisons personnelles.

PRIX

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2010 Prix « Jeune Chercheur » de la Société de Philosophie des Sciences – édition 2010 – pour l’article ‘Evolutionary Chance Mutation: A Defense of the Modern Synthesis’ Consensus View’, Philosophy & Theory in Biology, Volume 2, 2010.

BOURSES 2011 Bourse du Comité National Français d’Histoire et de Philosophie des

Sciences pour participer au 14e Congrès de Logique, Méthodologie et Philosophie des Sciences (Nancy, France).

2010 Bourse de la Fondation Brocher pour participer à la First European

Advanced Seminar in the Philosophy of the Life Sciences (Genève, Suisse).

2009 Bourse d’excellence du Fonds Québécois de la Recherche sur la Science

et les Technologies (FQRNT, QC, Canada) pour un stage postdoctoral de la durée de douze mois (septembre 2009-août 2010) au Département de Philosophie de l’Université de Montréal.

Bourse de l’International Society for the History, Philosophy and Social

Studies in Biology pour participer à la conférence bi-annuelle de la société (Brisbane, Australia).

2007 Bourse de Mobilité de la Région Ile-de-France pour un stage de trois

mois en tant que « Visiting Scholar » au Département de Philosophie de l’Université de Californie Davis (Etats-Unis). Travail de recherche en collaboration avec le Professeur Roberta Millstein (Laboratoire de Philosophie de la Biologie, James Griesemer).

2005 Allocation de recherche du Ministère de l’Enseignement Supérieur et de

la Recherche (France) pour une thèse au Département de Philosophie de l’Université Paris1 Panthéon-Sorbonne (trois ans : 2005-2008).

2001 Bourse Erasmus pour un stage de six mois au Département de

Philosophie de l’Université Libre de Bruxelles (Belgique). THEMES DE RECHERCHE • Le statut de la notion de hasard en biologie • L’origine du caractère statistique de la théorie moderne de l’évolution • La notion d’hérédité étendue et la Théorie des Systèmes en Développement

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• La notion d’évolvabilité et ses implications en biologie théorique • Les relations entre hasard, déterminisme et probabilité en science • L’interprétation des probabilités • L’analyse de robustesse et la modélisation stochastique • Le pluralisme en science et, plus particulièrement, les enjeux philosophiques de la

pluralité des explications en biologie PUBLICATIONS Articles parus : *dans des revues avec comité de lecture 2011

• MERLIN Francesca (2011a), ‘Le « hasard évolutionnaire » de toute mutation génétique, ou la vision consensuelle de la Synthèse Moderne’, Bulletin d’histoire et d’épistémologie des sciences du vivant, 18 (1) : 79-108.* [article qui fournit une analyse épistémologique de la notion de hasard au sein de la Synthèse Moderne et une défense de l’idée selon laquelle toute mutation génétique est le fruit du « hasard » du point de vue de l’évolution]

• MERLIN Francesca (2011b), ‘Randomness and Chance’, In M Gargaud et al. (eds.), Encyclopedia of Astrobiology, Springer. [entrée sur le hasard dans l’encyclopédie de l’astrobiologie publiée par Springer]

2010

• MERLIN Francesca (2010a), ‘Evolutionary Chance Mutation: A Defense of the Modern Synthesis’ Consensus View’, Philosophy & Theory in Biology, Volume 2(e103) : http://hdl.handle.net/2027/spo.6959004.0002.003* [article qui fournit une analyse approfondie de certains mécanismes moléculaires de mutation (dits mutateurs), qui semblent augmenter le taux de mutation quand et où les organismes en ont le plus besoin, afin de montrer que les idées Lamarck ne sont pas de retour] Prix Jeune Chercheur de la SPS, édition 2010

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• MERLIN Francesca (2010b) ‘On Griffiths and Gray’s concept of expanded and diffused inheritance’, Biological Theory (Barberousse A, Merlin F & Pradeu T (dir.) “Developmental Systems Theory, Thematic Section”), 5(3): 206-215.* [article qui propose une analyse critique de la notion d’hérédité étendue que P. Griffiths and R. Gray ont proposée dans le cadre de ce qu’on appelle la Théorie des Systèmes en Développement]

• Barberousse Anouk, MERLIN Francesca & Pradeu Thomas [ordre alphabétique]

(2010), ‘Introduction : Reassessing Developmental Systems Theory’, Biological Theory (Barberousse A, Merlin F & Pradeu T (dir.) “Developmental Systems Theory, Thematic Section”), 5(3): 199-201.* [introduction à une section thématique consacrée à la Théories des Systèmes en Développement]

2009

• MERLIN Francesca (2009), ‘Pour une interprétation objective des probabilités dans les modèles stochastiques de l'expression génétique’, In J-J Kupiec et al (dir.), Le hasard au cœur de la cellule. Probabilités, déterminisme, génétique, Syllepse, Paris, p.153-183. Reédité in J-J Kupiec et al (dir.) (2011), Le hasard au cœur de la cellule. Probabilités, déterminisme, génétique, Paris, Éditions Matériologiques, 294, chapitre X.

[article qui propose d’utiliser l’analyse de robustesse pour argumenter en faveur d’une interprétation objective des probabilités dans les modèles stochastique de l’expression des gènes]

• Malaterre Christophe & MERLIN Francesca [en ordre alphabétique] (2009a),

‘L’(in)déterminisme de l’évolution naturelle : quelles origines pour le caractère stochastique de la théorie de l’évolution ?’, In T Heams et al (dir.), Les Mondes darwiniens. L’évolution de l’évolution, Paris, Syllepse, p.337-357. [article qui passe en revue les principaux arguments échangés dans un débat philosophique récent sur l’origine du caractère stochastique de la théorie de l’évolution ; en conclusion, une vision plus nuancée des enjeux soulevés par ce débat est suggérée]

• Malaterre Christophe & MERLIN Francesca [ordre alphabétique] (2009b), ‘La

part d’aléatoire dans l’évolution’, Pour la Science, n. 385, novembre 2009, p.68-74.

[version grand public de l’article 2009a ci-dessus] 2008

• MERLIN Francesca (2008), ‘Lamarck n’est pas de retour’, L’héritage Darwin, Les Dossiers de La Recherche, Novembre-Janvier 2008, p.43.

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[interview]

• MERLIN Francesca, Nicholson Dan, Reiss Christian, Sojic Aleksandra & Witteven Joeri [ordre alphabétique] (2008), ‘Emergent philosophy of biology in Europe’, Biological Theory 3 : 391-392.* [compte rendu du « First European Advanced Seminar in the Philosophy of the Life Sciences » et état de lieu de la philosophie des sciences de la vie en Europe]

Articles à paraître :

• Drouet Isabelle & MERLIN Francesca [en ordre alphabétique], ‘The Propensity Interpretation of Fitness and the Propensity Interpretation of Probability’, Erkenntnis (à paraître en 2012).* [article qui propose une nouvelle perspective critique sur l’interprétation propensionniste de la fitness ; plus précisément, il s’agit d’une critique de la fitness en tant que propension et de l’idée selon laquelle seule son interprétation propensionniste permettrait de rendre explicatif le principe de l’évolution par sélection naturelle]

• MERLIN Francesca, Recension de Gissis SB & Jablonka E (2011), Transformations of Lamarckism. From Subtle Fluids to Molecular Biology, The MIT Press (Reports of the National Center for Science Eduction : http://reports.ncse.com/index.php/rncse) (à paraître en 2012). [recension d’un ouvrage collectif issu d’un congrès organisé à Tel-Aviv, en 2009, pour le 200ème anniversaire de la publication de « Philosophie zoologique » de Lamarck]

• Malaterre Christophe & MERLIN Francesca [en ordre alphabétique], ‘The

(in)determinism of biological evolution: where does the stochastic character of evolutionary theory come from?’, In T Heams et al (eds.), Darwinian Worlds, Springer (à paraître en 2012). [version améliorée, en anglais, de l’article 2009a ci-dessus]

• MERLIN Francesca, ‘Developmental noise : explaining the specific

heterogeneity of individual organisms’, In C Malaterre & P-A Braillard, How does Biology Explain? An Enquiry into the Diversity of Explanatory Patterns in the Life Sciences, History, Philosophy and Theory of the Life Sciences Series, Springer (à paraître en 2013). [article qui défend le rôle explicatif du bruit dans le développement des organismes, qui évalue de manière critique la tendance des biologistes à expliquer un tel phénomène stochastique en termes d’adaptation et, de manière plus générale, qui montre les limites de toute approche explicative univoque et l’urgence des enjeux soulevés par la pluralité des explications en biologie]

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Livre à paraître :

• MERLIN Francesca, Mutations et aléas : le hasard dans la théorie de l’évolution, Éditions Vuibert, collection « Philosophie des Sciences » (à paraître en 2013). [ouvrage d’histoire et de philosophie de la biologie sur le bien-fondé du lien entre hasard et variation en biologie. Dans ce cadre, je propose une analyse critique de la controverse qui, depuis la fin des années 1980, s’est construite sur une recrudescence de théories à penchant néo-lamarckien et a mis en question l’un des piliers de la théorie moderne, darwinienne, de l’évolution : le principe selon lequel toute modification du matériel génétique héréditaire est le fruit du hasard par rapport à l’adaptation des organismes à leur environnement. Par l’analyse rigoureuse de la signification et du rôle du hasard dans le phénomène de mutation génétique, je prends part à ce débat : je montre que la Synthèse moderne possède les ressources théoriques nécessaires pour intégrer les nouveautés de la recherche au sujet des mutations génétiques. Résoudre la controverse sur le caractère de cette source de variation requiert une meilleure compréhension du hasard dans ce cadre. C’est là la contribution majeure de cet ouvrage : par la clarification et la définition précise de la notion de hasard, je montre comment il est possible de réconcilier certaines appréhensions des lamarckiens tout en restant dans le cadre établi de la Synthèse moderne, c’est-à-dire au sein même de la vision traditionnelle, darwinienne, de l’évolution]

Articles en préparation :

• ‘Weak randomness in micro-evolution. The case of genetic mutation and drift’, pour le volume Chance in Evolution.

• ‘Objective probability as robust’

• ‘The notion of chance in Jacques Monod’s writings’

Traductions en préparation :

• Godfrey Smith, P (2000), ‘The replicator in retrospect’, Biology and Philosophy 15, p. 403-423 ; traduction et présentation du texte, à paraître In Gayon J & Pradeu T (dir.), Philosophie de la biologie, collection « Textes clés », Paris, Vrin (à paraître en 2012).

• Traduction de plusieurs textes sur le féminisme et la science, à paraître In Ruphy S (dir.), Philosophie féministe des sciences, collection « Textes clés », Paris, Vrin (à paraître en 2013).

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ENSEIGNEMENT 2011-2012

• Responsables des Unités d’Enseignement en Sciences Humaines et chargée de cours dans le cadre de la nouvelle licence interdisciplinaire « Frontières du vivant », Université Paris-Descartes, Faculté de Médecine, Centre des Recherches Interdisciplinaires.

o UE 6 – « Méthodologie scientifique » (Licence 1, 30 heures) & UE 13 – « Vie de laboratoire » (Licence 1, 30 heures) : ces deux UE ont pour objectif de faire découvrir aux étudiants la recherche dans son contexte, académique ou industriel, et de les initier aux réflexions sur l’activité de recherche des points de vue historique, philosophique, sociologique, éthique, politique, économique. Le but final de ces UE est d’apprendre aux étudiants à avoir du recul par rapport à la science, à prendre conscience des limites propres à leur conception de l’activité scientifique, et surtout à comprendre ce que la science est effectivement, dans toutes ses dimensions, comment elle se fait, quels sont ces points de force et ses limites. À cette fin, ces UE incluront des cours d’histoire des sciences, de philosophie des sciences et de sociologie des sciences, des interventions de personnalités externes (chercheurs, journalistes scientifiques, etc.), ainsi que des séances animées par les étudiants eux-mêmes et consacrées à des débats sur des questions à l’interface entre sciences et société.

2010-2011

• Attachée Temporaire d’Enseignement et de Recherche, U.F.R. de Philosophie, Université Paris-Sorbonne. Enseignements :

o Philosophie et Histoire des sciences (Licence 1, TD, 19,5 heures) : nature et statut de la science ; la démarcation entre science et pseudo-science ; la dynamique et l’historicité de la science ; vérité et validité scientifique ; démonstration et expérimentation ; fait, objet, loi et théorie ; le problème de l’induction ; l’explication scientifique ; modélisation et prédiction ; la question du réalisme et de l’instrumentalisme ; hasard, déterminisme et probabilité ; unité et diversité des sciences.

o Introduction à la logique (Licence 2, TD, 19,5 heures) : fonctions

propositionnelles, logique propositionnelle (syntaxe et sémantique formelle), méthode des tables et arbres sémantiques, déduction naturelle, logique des prédicats monadiques (sémantique informelle, syntaxe et sémantique formelle).

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o Philosophie de la connaissance, « Les sciences nous permettent-elles de

connaître le monde ? » (Licence 3, TD, 19,5 heures) : fondements et critiques de la thèse du réalisme scientifique, à travers la lecture de Russell, Popper, Duhem, Kuhn, Van Fraassen, Hacking.

o Philosophie des sciences (Licence 1 & 2, CM & TD, 13 + 13 heures) :

les conceptions du déterminisme et de l’indéterminisme ; les notions de hasard subjectif et objectif ; le problème de l’interprétation des probabilités ; la confirmation d’hypothèses probabilistes ; le statut de la notion de hasard en biologie.

2009-2010

• Auxiliaire d’enseignement du Professeur Frédéric Bouchard, Département de Philosophie, Université de Montréal (QC, Canada). Enseignements :

o Environnement et Développement Durable. Enjeux Sociaux et Gouvernance (DESS et Master 2, 30 heures) ;

o Problèmes de philosophie des sciences (Master 2 & Doctorat, 30

heures). 2005-2009 Pendant ma thèse de doctorat, je n’ai pas eu la possibilité de me voir attribuer un monitorat car je n’ai obtenu d’allocation de recherche qu’à partir du mois de novembre 2005, après la date limite pour demander un monitorat (mi-septembre). Néanmoins, j’ai pu donner des présentations ponctuelles dans le cadre de cours à l’université, dans le secondaire, et dans des conférences organisées à des fins pédagogiques. En voici la liste :

• Novembre 2009 – La théorie de l’évolution : une théorie en évolution – Conférence sur la Théorie de l’Evolution au Lycée français La Pérouse (San Francisco, Californie, Etats-Unis), financée par le CNRS.

• Février 2008 – La notion de hasard en biologie. Le cas des mutations génétiques

– Présentation dans le cadre de la journée d’étude « Comprendre et enseigner la théorie de l’évolution », Espace Mendès France (Poitiers, France) organisée en partenariat avec L’Institut Universitaire de Formation des Maîtres de Poitou-Charentes et placée sous la responsabilité scientifique de Pascal Duris (Université Bordeaux I).

• Mai 2007 – Quel concept de hasard en science ? Le cas de la biologie –

Présentation dans le cadre du Séminaire d’Introduction à la Philosophie des Sciences du Professeur Michel Morange, École Normale Supérieure de Paris.

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COMMUNICATIONS Participation à des conférences internationales avec comité de sélection : 2011

• Developmental stochasticity and heterogenity, dans le cadre du Symposium « From evolution to development, and back : towards a developmental theory », organisé en collaboration avec Lucie Laplane (Université Paris 10), Antonine Nicoglou (Université Paris 1) et Thomas Pradeu (Université Paris-Sorbonne), Conference de la European Philosophy of Science Association, 5-8 octobre, Athènes, Grèce.

• Heterogeneity, Evolution, and Complexity, dans le cadre du Symposium

« Evolution of Biological Complexity », organisé en collaboration avec Matteo Mossio (Université des Pays Basque) – 14ème Congrès de Logique, Méthodologie et Philosophie des Sciences, 19-26 juillet, Nancy, France.

• Developmental noise: the specific heterogeneity of individual organisms, dans le

cadre du Symposium « Heterogeneity and Evolution : Looking for the Organism Level », organisé en collaboration avec Eva Boon (Université de Montréal – Meeting of the International Society for the History, Philosophy and Social Studies of Biology, 10-15 juillet, Salt Lake City, Utah.

2010

• The Propensity Interpretation of Fitness and the Propensity Interpretation of Probability – en collaboration avec et présenté par Isabelle Drouet (Université Catholique de Louvain-la-Neuve, Belgique), Philosophy of Science Association Biennal Meeting, 4-6 novembre, Montréal, QC, Canada.

• Commentaire sur l’intervention de John Dupré « Emerging Sciences and New

Conceptions of Disease. Or, Beyond the Monogenomic Differentiated Cell Lineage », First European Advanced Seminar in the Philosophy of the Life Sciences, Fondation Brocher, 6-11 septembre, Genève, Suisse.

• La Théorie des Systèmes en Développement : vertus et limites – Journée à la

mémoire de Marie-Claude Lorne « Fonctions, information et systèmes en développement », École Normale Supérieure, 17 juin, Paris, France.

• La notion d’évolvabilité en biologie : limites et perspectives – Congrès de la

Société Canadienne d’Histoire et de Philosophie des Sciences, dans le cadre du Congrès des Sciences Humaines, Université de Concordia, 28-30 mai, Montréal, QC, Canada.

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2009

• Le bruit dans l’expression génétique : une adaptation pour l’évolvabilité ou simplement un fait physique ?, dans le cadre du Symposium « Enjeux philosophiques de la pluralité des explications en biologie » (organisé par F. Merlin) – III Congrès de la Société de Philosophie des Sciences, 12-14 novembre, Paris, France.

• The Propensity Interpretation of Fitness and the Propensity Interpretation of

Probability, en collaboration avec et présenté par Isabelle Drouet (Université Catholique de Louvain-la-Neuve, Belgique), dans le cadre du Symposium « Causality and Probability in Biological Sciences » – Deuxième Conférence, The European Philosophy of Science Association, 21-24 octobre, Amsterdam, Pays-Bas.

• Does the propensity interpretation of fitness need propensities? –International

Society for the History, Philosophy and Social Studies of Biology, 12-16 juillet, Brisbane, Queensland, Australia.

2007 • DST’s Concept of Expanded Inheritance: Is It Too Expanded? – International

Society for the History, Philosophy and Social Studies of Biology, 25- 29 juillet, Exeter, Devon, UK.

• The ‘biased chance’ of genetic mutations - 6th Annual Conference in

Philosophy & Biology, « Chance in Evolution », Center for Philosophy of Biology, Duke University, 6-8 avril, Durham, Carline du Nord, Etats-Unis.

• Aspects problématiques du concept d’hérédité de la théorie des systèmes en

développement – II Congrès de la Société de Philosophie des Sciences, 29-31 mars, Genève, Suisse.

2006

• Analyse du concept de ‘hasard’ dans l’explication des mutations en biologie moléculaire – Colloque de la Société de Philosophie Analytique, 1-3 septembre, Aix-en-Provence, France.

Participation à des conférences sur invitation : 2011

• Le hasard des mutations génétiques. Enjeux philosophiques – Séminaire de l’Institut Supérieur de Philosophie, Université Catholique de Louvain, 05 décembre, Louvain-la-Neuve, Belgique.

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2010

• The notion of chance in Monod’s writings – Colloque en hommage à Jacques Monod : « Jacques Monod : a theorist in the era of molecular biology », Institut d’Histoire et de Philosophie des Sciences et des Techniques, 22-23 octobre, Paris, France.

• Commentaire sur l’intervention de Frédérique Théry « What Place for Encoded

Information in Heredity? », Cinquième rencontre du Consortium Paris-Toronto-Montréal-Duke en philosophie de la biologie sur « The Role(s) of Heredity in Biological Explanation », 31 mai-01 juin, Université de Montréal, QC, Canada.

• Le hasard des mutations génétiques. Enjeux philosophiques – Conférences du

Département de Philosophie de l’Université de Montréal, 24 mars, Montréal, QC, Canada.

• Les mécanismes mutateurs et le retour des idées de Lamarck – Centre

Interuniversitaire de Recherche sur la Science et la Technologie, 15 janvier, Montréal, Canada.

2009

• Les idées de Lamarck sont-elles de retour ? Le cas des mécanismes mutateurs – Colloque en l’honneur du bicentenaire de la publication de « Philosophie Zoologique » de Lamarck, Centre Cavaillès d’Histoire et Philosophie des Sciences, École Normale Supérieure, 29 juin, Paris, France.

2008

• Modern Synthesis Rules! Ok? Mutator Mechanisms and Jablonka and Lamb’s Lamarckian Temptation – European Graduate Meeting in the Philosophy of Life Sciences, 2-6 septembre, Gorino Sullam, Rovigo, Italie.

• A possible way to argue for the objectivity of probabilities in stochastic models

of gene expression – Troisième rencontre du Consortium Paris-Toronto-Montréal-Duke en philosophie de la biologie sur « Biological Development », University of Toronto, 16-17 mai, Toronto, Canada.

• Sur la ‘nature’ du caractère probabiliste du bruit moléculaire – Conférence

intitulée « Le hasard au cœur de la cellule » – Centre Cavaillès d’Histoire et Philosophie des Sciences, École Normale Supérieure, 22 janvier, Paris, France.

2007

• Commentaire sur l’intervention de Robert Brandon « Drift Driven Diversification », Deuxième rencontre du Consortium Paris-Toronto-Montréal-Duke en philosophie de la biologie sur « Causation in Biology », Institut d’Histoire et de Philosophie des Sciences et des Techniques, 10-12 mai, Paris, France.

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Présentations dans des séminaires de recherche : 2012

• L’objectivité des probabilités robustes. Le cas du bruit en biologie – Séminaire « Probabilismes » du Centre Cournot, 26 janvier, Paris, France.

2011

• L’(in)déterminisme génétique en médecine – Séminaire d’épistémologie de la médecine, Université Lyon III, 25 novembre, Lyon, France.

• Explanation in Biology. A case study – Groupe de discussion « Biolosophy » organisé par Maria Kronfeldner, Université de Bielefeld, 26 janvier, Bielefeld, Germany.

2010

• Commentaire sur l’intervention de Thomas Pradeu « Le rôle des symbioses dans le développement », Journée d’étude « Les frontières du développement », organisée par le groupe de travail homonyme qui réunit des philosophes et des biologistes de plusieurs universités parisiennes – Institut d’Histoire et de Philosophie des Sciences et des Techniques, 4 décembre, Paris, France.

• Causalité multi-niveaux et bruit intra-cellulaire, en collaboration avec et

présenté par Anouk Barberousse (IHPST, Paris) – Séminaire « Probabilités, Décision, Incertitude » de l’Institut d’Histoire et de Philosophie des Sciences et des Techniques, 8 février, Paris, France.

2009

• Types, populations, espèces selon Ernst Mayr – Journée d’étude Autour du concept de population en biologie – Centre Interuniversitaire de Recherche sur la Science et la Technologie, 10 décembre, Montréal, Canada.

• Interprétation propensionniste de la fitness et interprétation propensionniste des

probabilités – avec Isabelle Drouet (IHPST, Université de Louvain-la-Neuve) – Séminaire « Probabilités, Décision, Incertitude » de l’Institut d’Histoire et de Philosophie des Sciences et des Techniques, 5 juin, Paris, France.

• Objective Probability as Robust – Philosophy of probability in Physics and in

Biology, Workshop organisé par Joseph Berkovitz (University of Toronto) et Philippe Huneman (IHPST, Paris) dans le contexte du projet CausaProba, ANR France-Allemagne, dir. J. Dubucs et W. Spohn (Constance), Institut d’Histoire et de Philosophie des Sciences et des Techniques, 12-14 février, Paris, France.

2008

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• Comment doit-on interpréter les probabilités en biologie ? – Séminaire « Probabilités, Décision, Incertitude » de l’Institut d’Histoire et de Philosophie des Sciences et des Techniques, 4 avril, Paris, France.

2007

• The ‘biased’ chance of genetic mutations – Séminaire de recherche organisé par Elihu M. Gerson and Michael Ghiselin, Academy of Science, 9 novembre, San Francisco, Californie, Etats-Unis.

• Pour une définition du concept de hasard en biologie moléculaire : le cas des

mutations génétiques – École thématique interdisciplinaire d’échanges et de formation en biologie, CNRS-INRA – 25-31 mars, Ile de Berder (Golfe de Morbihan), France.

• Sur l’origine du caractère stochastique de la théorie de l’évolution – avec

Christophe Malaterre – Séminaire de Philosophie de la Biologie (PhilBio) de l’Institut d’Histoire et de Philosophie des Sciences et des Techniques, 8 février, Paris, France.

2006

• Est-il encore possible de parler de ‘hasard’ en biologie moléculaire ? – Séminaire de Philosophie de la Biologie de l’Institut d’Histoire et de Philosophie des Sciences et des Techniques, 11 mai, Paris, France.

RESPONSABILITES ET SERVICES A LA PROFESSION

• Membre élue du Conseil d’Administration et du bureau de la Société de Philosophie des Sciences (SPS : http://www.sps-philoscience.org/) (depuis 2011). Vice-présidente en charge des jeunes chercheurs. Responsable du calendrier électronique (http://www.sps-philoscience.org/sps/calendrier.php).

• Modératrice de la liste Neophil (neophil@sps.ens.fr) pour la circulation d’informations entre jeunes chercheurs dans le domaine de la philosophie des sciences (depuis 2012).

• Membre du comité directeur du Système d’Information en Philosophie des

Sciences (SIPS : http://www.philosciences.org/) (depuis 2011).

• Membre du comité d’organisation de l’École thématique interdisciplinaire d’échanges et de formation en biologie, CNRS – INRA (http://www.lptl.jussieu.fr/user/lesne/berder2012) (depuis 2009).

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• Membre du comité d’organisation du congrès de l’International Society for the History, Philosophy and Social Studies in Biology, qui se tiendra en juillet 2013 à Montpellier (France).

Autres responsabilités :

2012 Membre du comité d’organisation du congrès de la Société de

Philosophie Analytique (SOPHA : http://sopha2012.sciencesconf.org/), mai 2012, Paris.

Referee pour Biological Theory. 2011 Membre du comité d’organisation des deux journées « Épistémologie(s)

des neurosciences », Université Catholique de Louvain, novembre 2011 (Bruxelles, Belgique).

Referee pour le Prix Jeune Chercheur de la Société de Philosophie des Sciences.

2010-2011 Membre du comité d’organisation des rencontres annuelles du

Consortium d’Histoire et Philosophie de la Biologie Paris1-Montréal-Toronto-Duke (http://chpb.info/).

2010 Membre du comité d’organisation du workshop « Organisms as

ecosystems, ecosystems as organisms », dans le cadre du programme CNRS STABECO (« Stability of ecosystems – from ecology to environmental ethics ») dirigé par Minus Van Baalen (Paris 6) et Philippe Huneman (IHPST), décembre 2010 (Paris).

Membre du comité d’organisation de la journée « Fonctions, information

et systèmes en développement : Journée à la mémoire de Marie-Claude Lorne », École Normale Supérieure, 17 juin 2010 (Paris).

Referee pour le volume Russo F et Williamson J. (eds.), Causality in the Sciences, 2011, Oxford University Press.

2006-2011 Organisatrice du séminaire de Philosophie de la Biologie (PhilBio) de

l’Institut d’Histoire et de Philosophie des Sciences et des Techniques (Paris), en collaboration avec Marie-Claude Lorne puis, depuis 2010, avec Antonine Nicoglou (Université Paris 1) et Lucie Laplane (Université Paris 10).

2008-2010 Membre du comité de laboratoire de l’Institut d’Histoire et de

Philosophie des Sciences et des Techniques (Paris) en tant que représentante des doctorants.

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Groupes de lecture et de travail (organisation, participation) : 2011-2012 Organisation du groupe de travail consacré à la lecture de Explaining the

Brain de Carl Craver et participation au groupe de travail sur Reason, Truth, and History d’Hilary Putnam. Ces deux groupes réunissent des philosophes des sciences de l’Université Catholique de Louvain ainsi que d’autres universités belges. Deux rencontres par mois.

Participation au groupe de travail « Théorie du développement » organisé par Thomas Pradeu et auquel participent aussi les philosophes, historiens et biologistes suivants : Michel Morange, Lucie Laplane, Karine Prévot, Thierry Hoquet, Michel Vervoort. Une rencontre par mois.

2010-2011 Organisation d’un groupe de lecture en Histoire et Philosophie de la

Biologie sur l’actualité dans le domaine. Ce groupe réunit des philosophes et des historiens de la biologie. Une rencontre par mois.

2009-2010 Organisation d’un groupe de lecture en Philosophie de la Biologie. Ce

groupe réunit des philosophes et des historiens de l’Université de Montréal et du Centre Interuniversitaire de Recherche sur la Science et la Technologie, Montréal, Canada. Une rencontre par mois.

2008-2009 Organisation d’un groupe de travail sur les probabilités en biologie, en

collaboration avec Françoise Longy, à l’Institut d’Histoire et de Philosophie des Sciences et des Techniques (Paris). Ce groupe réunit trois philosophes de la biologie (Anouk Barberousse, Françoise Longy, Francesca Merlin), deux philosophes des probabilités (Isabelle Drouet, Eric Raidl) et un philosophe de la physique (Daniel Parker). Il a lieu une fois par mois.

2007 Participation au groupe de lecture en Philosophie de la Biologie

(PhilBioCoLab) du Département de Philosophie de l’Université de Californie Davis (Etats-Unis). Une rencontre par semaine. Ce groupe de travail réunit sept philosophes de la biologie (James Griesemer, Roberta Millstein, Ayelet Shavit, Mike Trestman, Vadim Keyser, Nathan Smith, Francesca Merlin).

2006-2007 Participation à un groupe de travail de Philosophie de la Biologie sur le

« Developmental Systems Theory » (DST) de Susan Oyama, Paul Griffiths, Russel Gray, etc. Une rencontre par semaine. Ce groupe de travail réunit cinq philosophes de la biologie de l’Institut d’Histoire et de Philosophie des Sciences et des Techniques (Paris) : Anouk Barberousse, Marie-Claude Lorne, Philippe Huneman, Thomas Pradeu). Il a abouti à l’organisation d’une session commune sur la DST au congrès de la Société de Philosophie des Sciences à Genève (mars 2007) et au congrès de la International Society for the History Philosophy and Social Studies in Biology à Exeter (juillet 2007).

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FORMATION EN BIOLOGIE 2003-2004 Validation des examens suivants au Département de Biologie de

l’Université de Padoue (Italie) : Biologie Moléculaire ; Génétique ; Biologie du Développement ; Biologie Évolutionnaire ; Unité et Diversité du Vivant.

SOCIETES SAVANTES Depuis 2007 International Society for the History, Philosophy, and Social Studies of

Biology (ISHPSSB) Depuis 2007 Société de Philosophie des Sciences (SPS) Depuis 2010 Société Canadienne d’Histoire et de Philosophie des Sciences (SCHPS,

CSHPS) LANGUES Langues vivantes Italien (langue maternelle) Français (parlé, lu et écrit couramment) Anglais (parlé, lu et écrit couramment) Langues anciennes Latin (lu) REFERENCES Jean Gayon (directeur de thèse) Professeur, Départemnt de Philosophie, Université Paris1 Panthéon-Sorbonne Institut d'Histoire et de Philosophie des Sciences et des Techniques, Paris, France gayon@noos.fr +33 1 40 46 31 68 Michel Morange (co-directeur de thèse) Professeur, Département de Biologie, École Normale Supérieure, Paris, France

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morange@biologie.ens.fr +33 1 44 32 39 46 Frédéric Bouchard Professeur Assistant, Département de Philosophie, Université de Montréal, QC, Canada f.bouchard@umontreal.ca +1-514-343-6848 Bernard Feltz Professeur, Institut Supérieur de Philosophie, Université Catholique de Louvain, Louvain-la-Neuve, Belgique Bernard.Feltz@uclouvain.be +32-10-47-45-30 Roberta Millstein Professeur Associée, Département de Philosophie, Université de Californie Davis, Etats-Unis RLMillstein@ucdavis.edu +1-530-554-1398 James Griesemer Professeur et Directeur, Département de Philosophie, Université de Californie Davis, Etats-Unis jrgriesemer@ucdavis.edu +1-530-554-4396 Evelyn Fox Keller Professeur Emérite d’Histoire et Philosophie des Sciences, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, Etats-Unis efkeller@mit.edu +1-617-324-2095 Eric Bapteste Chargé de recherche en biologie, UMR 7138 CNRS, Université Paris6, France eric.bapteste@snv.jussieu.fr +33 1 44 27 21 64

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Annexe THESE DE DOCTORAT : Le hasard et les sources de la variation biologique : analyse critique d’une notion multiple Fiche complète de la thèse téléchargeable sur : http://www-ihpst.univ-paris1.fr/fichiers/theses/francesca_merlin_80.pdf RESUME COURT La notion de hasard en biologie fait l’objet de débats philosophiques et scientifiques depuis la deuxième moitié du XIXe siècle, notamment depuis la publication de L’Origine des Espèces de Darwin (1859). Dans l’état actuel de la recherche, elle est encore un objet de controverse : le fait que cette notion puisse prendre des significations et des rôles multiples la rend difficile à cerner, même dans un contexte très spécifique. Notre thèse consiste en une analyse épistémologique de la notion de hasard lorsqu’elle est utilisée par les biologistes dans la caractérisation des phénomènes à l’origine de la variation au sein des populations naturelles. Plus exactement, nous abordons la question de savoir quelle notion de hasard est conceptuellement et empiriquement appropriée en ce qui concerne deux sources de variation biologique : les mutations génétiques et le bruit dans l’expression des gènes. Nous apportons une clarification conceptuelle de cette notion, selon une perspective évolutionnaire et d’un point de vue moléculaire, sur la base des avancées récentes au sujet de ces deux causes de la variation. En vertu de la relation apparemment privilégiée entre la notion de hasard et les probabilités, nous traitons aussi la question de l’interprétation des probabilités dans les descriptions formelles de ces phénomènes biologiques. L’objectif principal de ce travail est de fournir un cadre conceptuel précis à l’utilisation de la notion de hasard en biologie. RESUME LONG

Ma thèse consiste en une analyse épistémologique de la notion de hasard lorsqu’elle est utilisée par les biologistes dans la caractérisation des phénomènes à l’origine causale de la variation au sein des populations naturelles. J’ai décidé de prendre en considération deux sources de variation : les mutations génétiques – sources de variation génétique et, même si ce n’est pas nécessairement, phénotypique – et le bruit dans l’expression des gènes – source de variation phénotypique.

La variation est une caractéristique de tout groupe d’organismes vivants. Elle est génétique lorsqu’elle concerne l’ADN des individus d’une même population, et phénotypique lorsqu’elle concerne leurs caractéristiques biochimiques, physiologiques, morphologiques et comportementales. Pourquoi la variation soulève-t-elle le problème du hasard dans la biologie contemporaine ?

D’abord, dans le discours biologique au sujet de la variation, on retrouve une pluralité de termes renvoyant à la notion de hasard (par exemple, les termes « aveugle », « accidentel », « fortuit », « imprédictible », « incertain », « indéterministe », « statistique », « probabiliste », « aléatoire », « stochastique »). Cependant, la signification de ces termes, et donc de la notion de hasard qu’ils désignent, est le plus souvent ambiguë. Ce premier constat évoque le vieux problème philosophique du hasard et de ses implications métaphysiques, épistémologiques et méthodologiques.

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Dans la première partie de ma thèse, je trace une histoire critique de cette question classique afin de mettre en place les réquisits philosophiques de mon analyse.

Deuxièmement, à la lumière des avancées récentes en biologie, le débat déjà ancien sur le caractère « aléatoire » des sources de la variation, qui date de l’époque de Darwin, a eu beaucoup d’échos au cours des trente dernières années. Sa résolution représente un enjeu décisif pour les développements futurs de la théorie darwinienne de l’évolution, puisque la variation y joue un rôle central.

Ces deux constats soulèvent un premier groupe de questions, que j’examine dans ma thèse : Quelle notion de hasard les biologistes utilisent-ils pour caractériser les sources de la variation ? S’agit-il d’une notion de hasard subjectif, désignant leur ignorance quant à ces phénomènes, ou d’une notion de hasard objectif, concernant certaines caractéristiques propres à ces derniers ? Cette manière de concevoir le hasard est-elle conceptuellement et empiriquement appropriée et, si ce n’est pas le cas, quelle autre notion de hasard le serait ?

Il est aussi intéressant de remarquer que les biologistes utilisent des modèles probabilistes pour décrire et prédire les phénomènes à l’origine de la variation, d’où un deuxième groupe de questions que je soulève dans ma thèse : Comment doit-on interpréter les probabilités figurant dans les descriptions formelles des sources de la variation ? Sont-elles épistémiques, au sens où elles seraient relatives aux connaissances des biologistes, ou sont-elles objectives, au sens où elles rendraient compte de certaines caractéristiques propres à ces sources de variation ?

Le problème que j’examine dans ma thèse ne concerne donc pas le hasard en tant que facteur biologique, mais la cohérence et la pertinence de la représentation du hasard dans les descriptions (verbales et formelles) des sources de la variation. Mon but est de fournir un cadre conceptuel précis à l’utilisation de la notion de hasard dans la caractérisation des sources de la variation biologique, notamment les mutations génétiques et le bruit dans l’expression des gènes. Une des principales thèses défendues dans mon travail concerne la notion de hasard et les mutations génétiques, sujet auquel la deuxième partie de ma thèse est consacrée. Dans ce cadre, je montre que, contrairement aux attaques qui ont été adressées à l’idée propre à la Synthèse Moderne selon laquelle les mutations sont le fruit du hasard par rapport à l’adaptation, la découverte de mécanismes moléculaires qui régulent le taux de mutation en réponse aux changements de l’environnement – les mécanismes mutateurs – ne pose aucun défi à cette idée.

D’abord, j’identifie et définis ce que j’appelle la notion de « hasard évolutionnaire » : je montre qu’elle correspond à la notion utilisée par les biologistes de la Synthèse Moderne et qu’elle remonte à la pensée de Darwin. Elle porte sur la relation entre le phénomène de mutation, la sélection et l’adaptation : elle définit le fait qu’une mutation se produit « au hasard » par rapport à sa valeur adaptative pour l’organisme porteur. Ensuite, je montre que, contrairement à ce que, entre autres, les biologistes Jablonka et Lamb ont affirmé, la notion de « hasard évolutionnaire » est appropriée, à la fois du point de vue conceptuel et empirique, pour caractériser toute mutation génétique, les mutations dues aux mécanismes mutateurs comprises. Je soutiens que la Synthèse Moderne peut faire face au défi qu’un certain nombre de biologistes, d’historiens et de philosophes de la biologie lui ont lancé grâce à l’intégration des avancées importantes, mais non pas révolutionnaires, quant aux processus qui causent les mutations génétiques. En outre, je souligne à plusieurs reprises que, sur la base

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d’une reconstruction fidèle de la pensée de Lamarck, les idées de ce dernier ne sont pas véritablement de retour.

En gardant à l’esprit les notions de hasard qui ont vu le jour au cours de l’histoire de la pensée philosophique et scientifique, j’en arrive à conclure que le « hasard évolutionnaire » peut être considéré comme une version en termes spécifiques, biologiques et selon une perspective évolutionnaire, des notions aristotelicienne et cournotienne d’absence d’un dessein et de rencontre de séries causales indépendantes. De même que ces dernières, la notion de « hasard évolutionnaire » désigne un hasard objectif car elle porte sur les caractéristiques inhérentes au processus de mutation. En outre, étant définie en termes de processus, elle peut jouer un rôle explicatif relativement aux probabilités et aux fréquences observées des mutations génétiques. Enfin, cette notion de hasard est indifférente quant au caractère fondamentalement déterministe ou indéterministe des mutations qu’elle caractérise, et ne met donc pas nécessairement en cause la possibilité, en principe, de les prédire. Je reconnais que la pertinence de la notion de « hasard évolutionnaire » dans la caractérisation des mutations génétiques n’empêche pas que les biologistes puissent invoquer d’autres notions de hasard dans ce cadre, notamment celle de hasard subjectif comme ignorance des causes. En revanche, je soutiens que les notions de hasard émergeant de la théorie algorithmique de l’information, notamment celle d’incompressibilité, ne sont pas appropriées dans l’état actuel de la recherche. En effet, les connaissances au sujet des mutations sont encore lacunaires. De plus, au fur et à mesure que la recherche avance, elle révèle des caractéristiques des mutations qui tendent à s’opposer à l’idée de leur imprédictibilité par une méthode universelle de calcul.

En ce qui concerne les mutations génétiques, j’identifie aussi une autre notion de hasard que j’appelle « aléatoire (au sens) faible » : je soutiens qu’il s’agit de la notion conceptuellement et empiriquement pertinente pour caractériser les mutations au niveau moléculaire, relativement aux processus physico-chimiques qui les causent. Je montre qu’elle ne correspond pas à la notion de hasard utilisée habituellement par les biologistes, en particulier par les généticiens moléculaires et par les généticiens des populations lors de l’évaluation du taux de mutation sur la base de modèles approximatifs et idéalisés. Il s’agit plutôt d’une notion qui tient compte de tout biais pouvant avoir un impact sur le processus mutationnel, à la fois en ce qui concerne le moment et le site d’occurrence des mutations.

Je définis la notion d’« aléatoire (au sens) faible » en termes de probabilités, plus spécifiquement par rapport aux caractéristiques du processus stochastique de mutation. C’est pourquoi je soulève la question de savoir si l’on doit interpréter de manière épistémique ou objective les probabilités dans le cadre des descriptions et des prédictions des mutations génétiques. En effet, selon l’une des hypothèses directrices de ma recherche, seule la réponse à cette question peut nous permettre de comprendre si cette notion de l’aléatoire désigne un hasard objectif ou subjectif et, sur cette base, si elle est compatible ou incompatible avec les doctrines du déterminisme et de l’indéterminisme. Indépendamment, je soutiens que la notion d’« aléatoire (au sens) faible » peut jouer un rôle explicatif en biologie : soit elle rend compte du caractère probabiliste des mutations en identifiant les lacunes de notre connaissance à leur sujet, soit elle fournit une explication des probabilités et des fréquences observées des mutations en caractérisant les processus physico-chimiques qui les engendrent.

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La troisième partie de ma thèse est consacrée à la notion de hasard lorsqu’elle est utilisée par les biologistes dans la caractérisation du bruit dans l’expression des gènes. Dans ce cadre, je montre que les notions de « hasard évolutionnaire » et d’« aléatoire (au sens) faible » sont aussi les plus appropriées dans la caractérisation de cette source de la variation phénotypique. À la lumière des études récentes, théoriques et expérimentales, à ce sujet, je souligne en effet le caractère simplifié et idéalisé des descriptions formelles du bruit intracellulaire et je mets en évidence tout facteur pouvant biaiser, au niveau moléculaire et évolutionnaire, les fluctuations qui affectent l’expression génétique, à la fois du point de vue temporel et en fonction des gènes affectés. J’en arrive aux mêmes conclusions que dans le cas des mutations génétiques, en ce qui concerne la signification et le rôle de ces deux notions de hasard. Je souligne qu’elles sont parfaitement compatibles lorsqu’elles sont employées relativement à un même phénomène (biologique) et, de plus, qu’ensemble elles en fournissent une description et une explication plus complètes car elles expriment deux points de vue différents.

En ce qui concerne la notion d’« aléatoire (au sens) faible » dans la caractérisation du bruit intracellulaire, je soulève à nouveau la question de savoir si elle désigne un hasard subjectif ou objectif. En suivant toujours l’une des hypothèses directrices de ma recherche – qui est la correspondance de la signification et du rôle des notions de hasard et de probabilité lorsqu’elles sont utilisées relativement à un même phénomène –, je soutiens la thèse suivante : si l’on arrive à montrer que les probabilités dans les modèles stochastiques de l’expression des gènes sont objectives, alors on peut conclure que le caractère « aléatoire (au sens) faible » du bruit intervenant dans ce processus renvoie à un hasard objectif. À cette fin, j’introduis l’analyse de robustesse et je montre que sa réalisation au niveau des modèles stochastiques de l’expression des gènes permet d’argumenter en faveur d’une interprétation objective des probabilités au niveau du résultat de ce processus. Plus précisément, je soutiens que cette méthode d’analyse permet d’identifier des probabilités robustes et donc objectives : il s’agit des probabilités communes à un ensemble divers de modèles stochastiques de l’expression des gènes. De plus, elle permet de savoir comment on doit décrire ce processus intracellulaire : sa représentation appropriée correspond à la structure commune à l’ensemble divers de modèles utilisés.

Je précise la notion d’objectivité à laquelle je fais référence. En accord avec ma position agnostique du point de vue métaphysique, notamment quant à la nature fondamentalement déterministe ou indéterministe des sources de la variation biologique, elle ne correspond pas à la notion métaphysique d’objectivité absolue. Il s’agit plutôt de l’objectivité au sens de l’invariance sous un ensemble de points de vue différents, c’est-à-dire l’objectivité par rapport à une perspective qui s’est révélée fiable et pertinente pour décrire le phénomène d’intérêt. Je soutiens qu’une telle notion d’objectivité est la plus appropriée en science car elle prend en compte le caractère partiel et approximé de tout modèle de la réalité (physique, biologique, etc).

Dans le dernier chapitre de ma thèse, je ne démontre pas que la notion d’« aléatoire (au sens) faible » désigne un hasard objectif, à la fois dans le cas des mutations et du bruit intracellulaire. Je montre plutôt comment il est possible d’arriver à cette conclusion, notamment comment on peut appliquer l’analyse de robustesse aux modèles stochastiques de l’expression génétique afin de montrer la robustesse, et donc l’objectivité, des probabilités qui y figurent et, par conséquent, l’objectivité du caractère aléatoire des fluctuations qui affectent ce processus intracellulaire.

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Par ma thèse, je vise à dissiper l’ambiguïté qui entoure la notion de hasard en biologie, en particulier lorsqu’elle est associée aux mutations génétiques et au bruit dans l’expression des gènes. Mon but est aussi de contribuer à un projet beaucoup plus ambitieux : celui de fournir un cadre conceptuel, général et complet, qui rende compte du hasard dans toute discipline biologique.