クラウドプラットフォーム サイトメトリー解析ソフトウエア

サイトバンク

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もっと早く

データから発見へCytobank（サイトバンク）は洗練されたクラウドベースのプラットフォームで動作し、複雑で多様なシングルセルデータの効率的で優れた解析や可視化によって研究の生産性を加速します。

近年サイトメーターは、1細胞当たり30を超えるパラメータ、1サンプル当たり数百万個の細胞を解析できるようになりました。このため、すべての細胞の情報をもれなく解析するというシングルセル解析のコンセプトに基づいて構築されたソフトウエアにより、詳細で情報ロスのない解析を行う重要度が増しています。Cytobankを用いることで実現することができます。

アップロード ＋ 視覚化

解析 ＋ 可視化

Working Illustrationツールでは、実験条件や投与刺激、サンプルの種類、タイムポイントなどの多様な項目を設定して ‶fi gure”を自動作成させることができます。

先端的なツールで複雑なデータを可視化Cytobankプラットフォームは、スケール変更や蛍光の漏れ込み補正（コンペンセーション）などのデータ前処理、２次元プロットゲーティングによるポピュレーションの同定、マシンラーニングによる俯瞰的なポピュレーション解析など、一連のワークフローを実行するためのすべてのツールを使用可能です。

臨床研究データセットのためのユニークなツールにより、サンプル間やタイムポイント、治療グループにまたがるポピュレーションの比較を可視化することができます。

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パラメータ数の多いデータを最大限に活用パラメータ数の多いデータ（ハイパラメータデータ）を直感的に把握できる図として可視化することで、新たな気づきを得やすくなり、 研究の質は高まります。Cytobankプラットフォームが提供する魅力的なグラフィック表現によって、臨床研究者、科学者、そのほかの共同研究者間で、これまでにないディスカッションが可能になります。

Sunburst（サンバースト）この新しいデータ表現は、ゲーティング階層と統計的データを同時に表示します。着目するポピュレーションにフォーカスした表現や、ほかの階層のポピュレーションとの関係を明らかにできます。

Dose Response（用量反応）用量反応解析は処理の影響を明らかにしたり、化合物の最適投与量を決定したりするのに役立ちます。シングルセルデータでは特定の細胞サブタイプの反応に関して、バルクポピュレーション解析では得ることのできない重要な知見を得ることができます。

メモリーT細胞サブセットのサンバーストデータは、DuraClone IM T細胞サブセットドライ試薬 キ ット と CytoFLEX LXを用いて取得しました。

Heatmap（ヒートマップ）異なる条件下で、各サンプルのポピュレーションプロファイルを把握するのに非常に有用です。表示されるヒートマップは、紐づいた下層の詳細なシングルセル情報を同時表示することもできます。

サイトカイン刺激後の Stat3リン酸化の細胞サブセットによる違いのヒートマップ表示

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Cytobankのクラスタリング、次元圧縮、可視化ツールは、拡張可能なクラウド上のプラットフォームとして提供されます。お持ちのコンピュータ端末に負担をかけずに、高速に膨大なデータの解析をすることができます。作業はすべて自動的に保存されるため、作業過程や結果が失われたり中断されたりする心配はありません。実装アルゴリズムとAPI機能を搭載しているため、パイプライン構築とインフォマティクスワークフローの統合が容易になります。

viSNE（ビズニー）次元圧縮による２次元ビジュアライズハイパラメータデータを、次元圧縮アルゴリズムを用いて２次元マップ表示することによって、目的の細胞集団や希少な細胞集団の同定が可能となります。

viSNEは Cytobank

ではデータ探 索 のファーストステップに用いられることが多く、その後FlowSOMなどのクラスタリングアルゴリズムとも組み合わせて用いられます 1。

18マーカーのパネルデータのviSNE結果

データはCytoFLEX LXで取得

18マ カ のパネルデ タの

FlowSOM（フローサム）クラスタリングとそのグループ化メタクラスタリングハイパラメータのデータセットをSelf Organizing Mapアルゴリズムによってフェノタイプの類似する細胞をクラスターにまとめ、それをツリー状に表示します。処理時間が短いだけでなく、直感的な分布構成の理解に役立ちます 2。

ターにまとめ、それを状に表示します。間が短いだけでなく、な分布構成の理解にます 2。

データQC＆クリーンアップ

探索的データ解析 ポピュレーション同定

結果の可視化

マシンラーニングを用いた解析の世界へハイパラメータデータのマニュアルゲーティング解析は、知見に基づいたストラテジーの展開には有用である一方、知見のない未知のものの同定は困難です。viSNE、SPADE、FlowSOMは「教師なし」学習のマシンラーニングであるため、これまで同定されていなかったフェノタイプを発見する可能性を引き出します。

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マシンラーニングで、再現性よく細胞集団の同定と変化を特定

CITRUS（シトラス）クラスタリングにもとづく統計的群間比較シングルセルデータを自動的にサブセットにした後に、各サンプルのグループ（群）情報をもとに統計的に有意な違いを同定します。CITRUSは、バイオマーカー探索における統計的予測をパワフルに実現します4。

SPADE（スペード）クラスタリング解析と発現比較SPADE（Spanning-tree Progression

Analysis of Density-normalized Events）は、類似する細胞集団を自動的にクラスタリングし、共通する細胞集団のクラスターをバブルとしてグループ化します。さらにサンプル間の fold-

changeを表示することもできます 3。

参考文献：

1. Amir ED, Davis KL, Tadmor MD, et al. viSNE enables visualization of high dimensional single-cell data and reveals phenotypic

heterogeneity of leukemia. Nature Biotechnology. 2013;31（6）:545-552. doi:10.1038/nbt.2594

2. Van Gassen S, Callebaut B, Van Helden MJ, et al. FlowSOM: Using self-organizing maps for visualization and interpretation of cytometry

data: FlowSOM. Cytometry. 2015;87（7）:636-645. doi:10.1002/cyto.a.22625

3. Qiu P, Simonds EF, Bendall SC, et al. Extracting a cellular hierarchy from high-dimensional cytometry data with SPADE. Nature

Biotechnology. 2011;29（10）:886-891. doi:10.1038/nbt.1991

4. Bruggner RV, Bodenmiller B, Dill DL, Tibshirani RJ, Nolan GP. Automated identifi cation of stratifying signatures in cellular subpopulations.

Proc Natl Acad Sci USA. 2014;111（26）:E2770-E2777. doi:10.1073/pnas.1408792111

ERB Condition –CD19マーカー強度を色表示した SPADEツリー

CyTOF（FLUIDIGM）データでのCITRUS

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世界中の共同研究者と、いつでもどこでもCytobankが提供するクラウドプラットフォームなら、インターネットにつながっていれば、いつでもどこでもどの端末でも（もちろんスマートフォンでも）、膨大で複雑なデータセットを共有し、国内外の共同研究者とともに解析に取り組むことが可能です。

保存、解析、共有のいずれの目的であっても、データをCytobankへアップロードすることは、信頼性の高い場所でバックアップをとることができる優れた管理方法のひとつです。さらに、Cytobankプラットフォームにはサイトメトリー実験のデータや解析を保存するだけでなく、実験プロトコルやプレゼンテーション、顕微鏡画像などの実験に関連するファイルもまとめてバックアップ・管理することができます。

Experiment Managerでは、ご自身が作成したExperimentと同様に共有者となっているものも探し出すことができます。複数のExperimentをプロジェクトにまとめることで、各々に異なるアクセスレベルを付与することも可能です。上図ようなツリー状のフロー表示は、あるExperimentのデータセットを用いた様々な解析が、どのような流れで行われ、どこにあるのかを視覚的に分かりやすくします。また、デフォルトで入っているCytobank-curated

には、典型的なデータや解析ストラテジー、Cytobankでできることが分かるモデル的なExperimentがあり、Cytobank自体の理解にお使いいただけます。

保存 ＋ 共同作業

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Cytobankプラットフォームは2種類のプランからお選びいただけます

Premium Cytobank

大学の個人ユーザーに最適です。

• FlowSOM、SPADE、viSNE、CITRUSなど最先端の解析ツール

• サンバーストなど複雑なポピュレーションヒエラルキーの最新データ表現

• プレートベースのアノテーション機能や用量反応解析

• カスタムワークフローを支援するAPI

• FCSファイル以外の高次元データのアップロードを可能とするDROP機能

Enterprise Cytobank

製薬／バイオテクノロジーや学術機関に最適です。

• Premiumの機能すべて

• すべてのユーザーとそのデータを管理するための管理者権限とシングルサインオン（SSO）オプション

• 独立した専用サーバーの構築

• DROP機能はPremiumよりも多くのパラメータに対応

• トレーニングおよびインストレーションサポート

サポートをご活用くださいCytobankを始めるときや新しいデータ解析に挑むときにお役に立つサポート資料やオンラインチュートリアルをまとめてご用意しています。

ご質問やデータの活用について、お気軽にお問合せください。複雑なプロジェクトには米国の Scientifi c Services Teamも参加し、ソリューションを提供することも可能です。 お客様のチーム ＋

私たちのチーム

30日間のフリートライアルPremium Cytobankのフル機能をいますぐオンラインで 30日間お試しいただけます。

https://premium.cytobank.org/

cytobank/signup

トライアル期間後も Cytobankの継続をご希望の場合はお気軽にご連絡ください。

CE9942 2020.2-1000（L）F20b0216a

高水準なイノベーションにはベックマン・コールターを

80年以上にわたって、ベックマン・コールターは革新を推進してきました。

私たちは、研究室のワークフローにシームレスに適合し、最適なユーザーエクスペリエンスを提供するために、フローサイトメトリー技術の構築に専念しています。ベックマン・コールターのソリューションは、高度な専門知識、技術革新、品質保証をご提供いたします。

ベックマン・コールター株式会社 営業担当へお気軽にご連絡ください。

beckman.jp

Beckman Coulter、Beckman Coulterロゴ、Cytobankは、Beckman Coulter, Inc.の商標です。他の会社名、製品名及びサービスは、それぞれの所有する商標です。

本内容は予告なく変更する場合がありますのでご了承ください。研究用にのみ使用できます。診断目的での使用はできません。