data monkey

7/23/2019 Data Monkey

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Instituto Tecnológico de La Paz

Ingeniería Bioquímica

Bioinformática

Practica data monkey

Arriola Machado José Bernardo

Laboratorio

Vamos a utilizar la herramienta en línea Datamonkey (www.datamonkey.org) para observarel efecto de la seleccin en las secuencias de nuestro inter!s. Datamonkey es unaherramienta muy sencilla y de gran alcance "ue proporciona acceso a analices comple#os ysofisticados respecto a la evolucin. $stos an%lisis se llevan a cabo en un mando a distanciaservidor de forma "ue no es necesario el acceso a una estacin de traba#o de alta potencia.Datamonkey utiliza el pa"uete &y'hy ('ond et al. **+) "ue es un pa"uete multi,plataforma muy potente para llevar a cabo los an%lisis basados en la verosimilitud de lastasas y patrones de evolucin de secuencias.

-. r al sitio www.datamonkey.org/dataupload.php.

http://www.datamonkey.org/dataupload.php





.,0arga el archivo del alineamiento m1ltiple de secuencias.

2 3tilice el botn $4aminar para buscar el archivo de datos en su computadora

2 5eleccione 0odn como 6ipo de datos2 5eleccione el cdigo gen!tico en este caso universal.2 &aga clic en cargar72 $4amine sus datos. Datamonkey reporta algunas estadísticas sobre el

alineamiento.8esultado5e us el archivo Data9onkey:D;<:alligned.fas



, $l n1mero de secuencias7, 0olumnas (sitios de codones)7, 'articiones. $sto es slo para alineaciones con secuencias recombinantes

donde habr% uno para cada fragmento no recombinante7, 3na traduccin de amino%cidos de la alineacin en m1ltiples formatos. La



versin pdf ofrece un buen informe en de la secuencia consenso. Los pe"ue=os n1meros allado de cada letra de amino%cidos indican el n1mero de casos en la alineacin.

, >recuencias de base7, 6ambi!n puede verificar "ue la alineacin se ha subido correctamente al

seleccionar una secuencia utilizando el men1 desplegable y realizar un alineamientoempleando ?L<56 contra la base de datos de secuencia de nucletidos ;0? noredundante7@. 5eleccionar ir al menu de analices.

A. 5L<0 <nalysis 5etup.2 Datamonkey asigna un identificador (Bob D) a cada archivo cargado

e4itosamente. $ste Ds puede ser usado para seguir todos los analices realizados en elalineamiento. Darle click en el link resultara en estatus de este alineamiento.



'ara este caso para analicis de 5L<0 no tiene disponible alineamiento de nucleotidos2 Datamonkey provee un rango de diferentes analices estos pueden ser seleccionado en laventana donde dice m!todo. $n esta pr%ctica utl

Investigar que es selección natural positiva y que es selección natural negativa.

Los rasgos o caracteres de un organismo est%n sometidos a una seleccin natural positivanegativa o neutra. <sí unos rasgos pueden "uedar seleccionados para beneficiar lareproduccin de un organismo (positiva) o per#udicarla (negativa) caso este 1ltimo "uetender% y culminar% con su marginacin o desaparicin. 'or su parte un rasgo puedeacompa=ar a otros rasgos seleccionados pero no influir para nada en el resultado final de laaccin selectiva (neutra).



Investigar en que consiste el paquete HyPhy.

&C'&C es un software multiplataforma libre (9ac indows y 3;E) filogen!tica

computacional destinado a realizar an%lisis de m%4ima verosimilitud de datos de secuenciasgen!ticas y e"uipado con las herramientas para poner a prueba diversas hiptesisestadísticas. $l nombre &C'&C es una abreviatura de Fpruebas de hiptesis utilizandofilogeniasF.

La prueba d;/d5 (tambi!n conocido en la Ga / Gs o H) calcula la relacin de la tasa desustituciones no sinnimo (d; el n1mero de sustituciones no sinnimas por no sinnimositio) a la tasa de sustituciones sinnimas (d5 el n1mero de sustituciones sinnimas porsinnimo sitio).

Las sustituciones sinnimas en general no est%n e4puestas a fuertes presiones selectivas ya

"ue no resultar en un cambio en la secuencia de la proteína7 por lo tanto tienden aacumularse en m%s o menosuna velocidad constante. 'iense de esta tasa como la línea de base por el "ue vamos acomparar la tasa de sustituciones "ue cambian la secuencia de la proteína (sustituciones nosinnimas). $n el caso de una secuencia completamente neutral (una "ue es libre decambiar sin restricciones) "ue se puede esperar d; sea igual "ue d5 o la relacin d; / d5I -.

0uando hay restricciones selectivas en una secuencia (seleccin negativa) "ue se puedeesperar un n1mero menor de sustituciones "ue cambien la secuencia de la proteína o un d;inferior7 por lo tanto d; / d5 J-. 9ientras "ue en el caso de la seleccin positiva se puede

esperar ver una mayor proporcin de amino%cidos sustituidos en su poblacin (por"ue seest% incrementando por la seleccin positiva) por lo "ue resulta en un d; superior7 por lotanto d; / d5K -.

'odemos determinar si un gen est% ba#o la seleccin positiva o negativa mediante lamedicin del radio de d; / d5. d; / d5K - es un fuerte indicador de la seleccin positiva.d; / d5 J- es un fuerte indicador de seleccin negativa.

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