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dbGaPのTopページからdbGap Data Browserへ移動する。
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dbGaPにLog inする
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Log in 後の最初に表示される画面まずは自分のProjectとdata accessが許可されているかどうか確認するため“My Projects” タブへ移動する。
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Projectのタイトル所属施設のS.O.の先生の名前 My Projectタブから右下の ”get dbGaP repository key”をclickするとprj_25768.ngc というrepository keyが記載されたbinary fileが得られる
Project number (左端のカラムに表示されている)
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ProjectのタイトルData accessの申請が許可されている場合は、Statusのカラムに ”Approved” と表示される。
右端のカラムの “Request Files” をclickする。
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今回は RNA sequencing のbam fileをdownload するため“SRA data” のタブを click する。
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“SRA RUN selector” をclick します。
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Download したい sampleをkeyword で絞り込む
Dataをdownloadする際に各sampleのSRR番号を指定する必要がある。
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複数samplesをまとめてdownloadする場合は左端のチェックボックスに☑すると、上の段の“Cart file” ボタンが有効になるのでclickする。
これにより “cart_DAR*****_*****.krt”という名前のbinary fileが得られる。