eprints.ulm.ac.ideprints.ulm.ac.id/4445/1/tehnik deteksi proteonomik pada... · 2018. 10. 18. ·...

RAJAWALI PERSDivisi Buku Perguruan Tinggi

PT RajaGrafindo PersadaD E P O K

Perpustakaan Nasional: Katalog dalam terbitan (KDT)

Nia Kania Teknik Deteksi Proteomik Pada Kanker/Nia Kania —Ed. 1, Cet. 1.—Depok: Rajawali Pers, 2018. x, 52 hlm., 23 cm. Bibliografi: hlm. 45 ISBN 978-602-425-649-4

1. Kanker-- Diagnosis. I. Judul. 616.994 075

Hak cipta 2018, pada penulis

Dilarang mengutip sebagian atau seluruh isi buku ini dengan cara apa pun, termasuk dengan cara penggunaan mesin fotokopi, tanpa izin sah dari penerbit

2018.2087 RAJNia KaniaTeknik DeTeksi ProTeomik PaDa kanker

Cetakan ke-1, Agustus 2018

Hak penerbitan pada PT RajaGrafindo Persada, Depok

Desain cover oleh [email protected]

Dicetak di Rajawali Printing

PT RAJAGRAfiNdo PeRsAdAAnggota IKAPIKantor Pusat: Jl. Raya Leuwinanggung, No.112, Kel. Leuwinanggung, Kec. Tapos, Kota Depok 16956Tel/Fax : (021) 84311162 – (021) 84311163 E-mail : [email protected] http: // www.rajagrafindo.co.id

Perwakilan:Jakarta-16956 Jl. Raya Leuwinanggung No. 112, Kel. Leuwinanggung, Kec. Tapos, Depok, Telp. (021) 84311162. Bandung-40243, Jl. H. Kurdi Timur No. 8 Komplek Kurdi, Telp. 022-5206202. Yogyakarta-Perum. Pondok Soragan Indah Blok A1, Jl. Soragan, Ngestiharjo, Kasihan, Bantul, Telp. 0274-625093. surabaya-60118, Jl. Rungkut Harapan Blok A No. 09, Telp. 031-8700819. Palembang-30137, Jl. Macan Kumbang III No. 10/4459 RT 78 Kel. Demang Lebar Daun, Telp. 0711-445062. Pekanbaru-28294, Perum De' Diandra Land Blok C 1 No. 1, Jl. Kartama Marpoyan Damai, Telp. 0761-65807. Medan-20144, Jl. Eka Rasmi Gg. Eka Rossa No. 3A Blok A Komplek Johor Residence Kec. Medan Johor, Telp. 061-7871546. Makassar-90221, Jl. Sultan Alauddin Komp. Bumi Permata Hijau Bumi 14 Blok A14 No. 3, Telp. 0411-861618. Banjarmasin-70114, Jl. Bali No. 31 Rt 05, Telp. 0511-3352060. Bali, Jl. Imam Bonjol Gg 100/V No. 2, Denpasar Telp. (0361) 8607995. Bandar Lampung-35115, Jl. P. Kemerdekaan No. 94 LK I RT 005 Kel. Tanjung Raya Kec. Tanjung Karang Timur, Hp. 082181950029.

Puji syukur kehadirat Tuhan Yang Maha Esa, hanya karena berkat dan rahmatNya maka akhirnya buku ini dapat terselesaikan dalam waktu yang tidak terlalu lama.

Ternyata kanker tidak hanya bicara golongan usia tertentu, dari balita hingga tua, kemungkinan terpapar kanker. Sehingga kalau deteksi dini dan diagnosis dini dilakukan, maka kita dapat menekan angka kesakitan, kecacatan dan kematian. Pada tahun 2017 hampir 9 juta orang meninggal di seluruh dunia akibat kanker dan akan terus meningkat hingga 13 juta orang per tahun di 2030.

Dengan keadaan di atas, maka tergerak hati saya untuk mencoba menulis buku Teknik Deteksi Proteonomik Pada Kanker. yang dapat dijadikan pegangan bagi masyarakat intelektual, kalangan medis dan mahasiswa kedokteran.

Ucapan terima kasih saya sampaikan kepada para guru saya di FK. Padjajaran Bandung, guru-guru saya di FK Brawijaya Malang dan suami tercinta Prof. Dr. dr. Zairin Noor Helmi, Sp.OT(K), anakku Reniere Gustian Noor dan Egi Agfira Noor, yang selalu mendukung aktivitas pekerjaan dan selalu memberi semangat sehingga buku ini bisa terselesaikan.

Pada kesempatan ini saya mengucapkan terima kasih kepada Bapak Dr. J Dalle yang telah berkenan melakukan pengeditan buku ini sehingga dapat disampaikan kepada penerbit untuk diterbitkan, dan kepada

KATA PENGANTAR

v

Teknik Deteksi Proteomik Pada Kankervi

semua pihak yang berkenan memberikan kritik dan saran dalam rangka penyempurnaan buku ini di kemudian hari.

Agustus , 2018

Dr. dr. NIA KANIA, Sp.PA(K)

DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR vi

DFTAR ISI vii

DAFTAR SINGKATAN v

BAB 1 TEKNIK DETEKSI PRoTEomIK PADA

KANKER mASA KINI 1

1.1 Latar Belakang 1

1.2 Tujuan Penulisan Buku Ini 2

2. 3Perkembangan Teknologi Proteomik 2

BAB 2 APlIKASI PRoTEomIK DAlAm STuDI KANKER 15

2.1 Kanker Payudara 15

2.2 Kanker Kolorektal 18

2.3 Kanker Paru-paru 20

2.4 Kanker Buli-buli 21

2.5 Kanker Hati 22

2.6 Kanker Servik 23

2.7 Kanker Ovarium 24

2.8 Kanker Otak 26

vii

2.9 Kanker Prostat 28

2.10 Leukimia 30

2.11 Kanker Ginjal 31

BAB 3 PRoTEIN 33

DAFTAR PuSTAKA 45

BIoDATA PENulIS 53

Daftar Isi ix

DAFTAR SINGKATAN

BC Breast Cancer

IEF Isoelectric focusing

MAST4 Microtubule Associated Serine/Threonine Kinase Family Member 4

Erα Estrogen receptor alpha

PGRMC1 Progesterone receptor membrane component 1

PTEN Phosphatase and tensin homolog

HER2 Human epidermal growth factor receptor 2

CDC The Centers for Disease Control and Prevention

DIGE Difference gel electrophoresis

CSCs Cancer stem cells

CRC Colorectal cancer

eGFR Estimated Glomerular Filtration Rate

NSCLC Non-small cell lung cancer

MRC-5 Medical Research Council cell strain 5

A549 Cells are adenocarcinomic human alveolar basal epithelial cells

VUC Voided urine cytology

NMP22 Tumor marker for bladder cancer

HCC Hepatocellular carcinoma

HPV Human papillomavirus

PPLB Peptide ligand library beads

PCa Prostate cancer

ix

Teknik Deteksi Proteomik Pada Kankerx

AML Acute myeloid leukemia

RCC Renal cell carcinoma

ALL Acute lymphoid leukemia

IHC Immunohistochemistry

SRM-MS Selected reaction monitoring-MS

MRM-MS: Multiple reaction monitoring-MS

TCGA: The Cancer Genome Atlas

CPTC: Clinical Proteomic Technologies for Cancer

ESI-LC-MS: Electrospray ionization-liquid chromatography tandem mass spectroscopy

MALDI-TOF Matrix assisted laser desorption ionization time of flight

SELDI-TOF Surface enhanced laser desorption ionization time of flight

2-DE: Two-dimensional gel electrophoresis

LC-MS: Liquid Cromatography-MS

TEKNIK DETEKSI PROTEOMIK PADA KANKER

MASA KINI

BAB 1

1.1 Latar Belakang

Penemuan biomarker adalah salah satu inovasi baru dalam diagnosis dan pengobatan kanker dan banyak penyakit lainnya. Banyak kelompok penelitian dari perusahaan farmasi besar secara aktif terlibat dalam mencari biomarker/petanda tumor baru untuk penyakit ganas, yang akan membuat analisis molekuler dan pemantauan terhadap penyakit. Banyak teknologi, termasuk genomik, proteomik dan metabolomik, digunakan untuk mengidentifikasi biomarker (Cho dan Sung, 2009).

Meskipun pengetahuan genomik telah membuat kemajuan besar dalam prognostik, pengobatan dan diagnostik kanker, namun hanya menyediakan gambar statis situasi. Untuk mempelajari entitas molekul yang lebih dinamis, proteomik telah diperkenalkan ke bidang penelitian kanker lebih dari satu dekade yang lalu. Namun, saat ini dampak proteomik secara klinis pada manajemen pasien dan pengambilan keputusan klinis rendah dan implementasinya secara ilmiah masih terbatas (Maes et al., 2015).

Proteomik adalah bidang biologi molekuler yang berkembang pesat dan berkaitan dengan pendekatan sistematis terhadap analisis ekspresi protein sel atau organisme. Studi protein pertama yang dapat disebut proteomik dimulai pada tahun 1975 dengan diperkenalkannya gel dua dimensi dan pemetaan protein dari bakteri Escherichia coli, kelinci dan tikus. Istilah “proteome” dan “proteomik” diciptakan pada awal 1990-an

1

Teknik Deteksi Proteomik Pada Kanker2

oleh Marc Wilkins, seorang pelajar di Universitas Macquarie Australia, untuk mencerminkan istilah “genomik” dan “genom”, yang mewakili keseluruhan koleksi gen dalam organisme (Mestrovic, 2016).

Dalam banyak hal, proteomik berjalan sejajar dengan genomik. Titik awal genomik adalah gen ( berfungsi sebagai mesin ) untuk membuat kesimpulan tentang produk akhirnya (yaitu protein), sedangkan proteomik dimulai dengan protein yang dimodifikasi secara fungsional dan bekerja kembali ke gen yang bertanggung jawab untuk produksinya. Saat ini, banyak area studi yang mengeksplorasi proteomik. Diantaranya adalah penelitian interaksi protein-protein, fungsi protein, modifikasi protein, dan studi lokalisasi protein. Tujuan mendasar dari proteomik tidak hanya untuk menentukan semua protein dalam sel, tetapi juga untuk menghasilkan peta dimensi lengkap dari sel yang menunjukkan lokasi sebenarnya (Graves dan Haytead, 2002).

Oleh karena itu, dalam beberapa tahun terakhir banyak penelitian proteomik telah dilakukan untuk menemukan biomarker protein kandidat baru untuk diagnosis, prognosis dan sebagai target terapeutik, serta untuk menjelaskan mekanisme molekuler karsinogenesis. Pencarian untuk biomarker terkait kanker dengan proteomik memiliki potensi besar untuk memperbaiki penilaian risiko, deteksi dini, diagnosis, prognosis, seleksi dan pemantauan pengobatan. Aplikasi proteomik dapat digunakan untuk menjembatani kesenjangan antara informasi genomik dan fungsional protein (Chaver et al., 2014).

1.2 Tujuan Penulisan Buku Ini

Tujuan dari penulisan buku ini yaitu sebagai referensi untuk mahasiswa melakukan penelitian, mengetahui dan mamahami studi penggunaan teknologi proteomik dalam berbagai penelitian kanker.

1.3. Perkembangan Teknologi Proteomik

Teknologi proteomik mencakup keseluruhan rangkaian metode seperti ESI-LC-MS, MALDI-TOF-MS, SELDI-TOF-MS, gel eletroforesis dua dimensi (2-DE), LC-MS, microarray protein, SRM-MS, MMR-MS, Western Blotting, ELISA, Immunohistokimia, Immunofluorescence yang dapat digunakan untuk memperoleh informasi pada studi tentang kanker.

Bab 1 | Teknik Deteksi Proteomik Pada Kanker Masa Kini 3

II ESI-LC-MS (Electrospray ionization - liquid chromatography–mass spectrometry

a. ESI (Electrospray ionization)

Adalah teknik ionisasi untuk sejumlah kecil molekul besar seperti peptida, protein, organometalik, dan polimer. Sumber ESI beroperasi pada tekanan atmosfir. Larutan sampel disemprotkan dari tabung kecil ke dalam medan listrik yang kuat dengan adanya aliran nitrogen hangat untuk membantu desolvasi. Contoh penggunaannya yaitu 50/50 H2O / ACN sebagai fase aliran mobile di ESI dan sampel disuntikkan menggunakan katup Rheodyne dengan loop 10 mikroliter. Selain itu, campuran kompleks dapat dianalisis dengan menggabungkan ESI MS dengan kromatografi cair (LC-MS) (Mass Spectrometry Laboratory, 2017).

Gambar 1.1 Prinsip ESI-LC-MS (Electrospray ionization - Liquid chromatography–mass spectrometry (Sumber , wikipedia 2018 )


b. mAlDI-ToF-mS

MALDI adalah kependekan dari “Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization.”Sampel untuk MALDI dicampur secara merata dalam matriks dalam jumlah besar. Matriks menyerap sinar ultraviolet (sinar laser nitrogen, panjang gelombang 337 nm) dan mengubahnya menjadi energi panas. Bagian kecil dari matriks memanas dengan cepat dan diuapkan, bersama dengan sampelnya. Sedangkan TOF MS adalah kependekan dari Time of Flight Mass Spectrometry. Sampel yang menggunakan analisis MALDI MS dibuat dengan mencampur atau melapisi dengan larutan senyawa organik penyerap energi yang disebut matriks. Bila matriks mengkristal pada pengeringan, sampel yang terperangkap dalam matriks juga mengkristal. Sampel dalam matriks terionisasi dalam mode otomatis dengan sinar laser. Desorpsi dan ionisasi dengan sinar laser menghasilkan ion terprotonasi tunggal dari analit dalam sampel. Analit yang dikontrol kemudian dideteksi dan diukur dengan menggunakan berbagai jenis penganalisis massa seperti penganalisis massa kuadrupol, perisai perangkap ion, penganalisis arus terbang (TOF), dan lain-lain. Selama analisis MALDI-TOF, rasio m/z ion diukur dengan menentukan waktu yang dibutuhkan untuk analisis (Singhal et al., 2015).

MALDI-TOF-MS adalah teknologi yang cepat dan murah yang berpotensi menggantikan atau melengkapi identifikasi fenotipik konvensional untuk kebanyakan strain bakteri yang diisolasi di laboratorium mikrobiologi klinis. Dalam waktu singkat teknik ini telah banyak diadopsi dan diintegrasikan ke dalam banyak laboratorium mikrobiologi klinis. Karena MALDI-TOF-MS mendeteksi spektrum protein yang besar, teknik ini dapat membedakan antara spesies yang terkait erat dan untuk mengklasifikasikan organisme pada tingkat spesies (Biswas dan Rolain, 2013).


Gambar 1.2 Prinsip mekanisme MALDI TOF untuk deteksi proteomik

c. SElDI-ToF-mS

SELDI berbeda dengan teknologi TOF-MS lainnya karena menggabungkan fitur kromatografi dan spektrometri massa, memfasilitasi pengayaan analit dan pembersihan sampel pada permukaan larik. Dalam bidang proteomik yang berkembang, teknologi SELDI telah banyak digunakan untuk penemuan biomarker dan karakterisasi dalam berbagai aplikasi termasuk diagnostik, pengembangan obat, dan penelitian dasar. Studi biomarker berbasis SELDI biasanya dapat dibagi menjadi empat fase yaitu: penemuan, validasi, pemurnian dan identifikasi, dan pengembangan uji. SELDI-TOF-MS akan memberikan informasi tentang optimalisasi rancangan penelitian, protokol eksperimental, dan analisis interpretasi data untuk menghasilkan biomarker uji biomarker yang kuat (Clarke et al., 2012).

SELDI-TOF-MS adalah alat analisis protein yang sangat sensitif yang mampu mendeteksi perbedaan profil protein menit antara sampel biologis. SELDI-TOF-MS sebagai metode potensial untuk mengidentifikasi biomarker urine urolitiasis. Meskipun SELDI-TOF-MS belum digunakan secara luas di laboratorium rumah sakit dan diagnostik, sistem ini merupakan metode baru yang menjanjikan untuk mengidentifikasi pasien dengan urolitiasis dengan cepat (Cadieux et al., 2014).


Desorpsi/ionisasi laser yang ditingkatkan ke permukaan (SELDI) adalah metode ionisasi lunak dalam spektrometri massa (MS) yang digunakan untuk analisis campuran protein. Ini adalah variasi dari desorpsi/ionisasi laser yang dibantu matriks (MALDI). Dalam MALDI, sampel dicampur dengan bahan matriks dan diterapkan pada pelat logam sebelum radiasi oleh laser, sedangkan di SELDI, protein yang menarik dalam sampel menjadi terikat ke permukaan sebelum analisis MS. Permukaan sampel adalah komponen kunci dalam pemurnian, desorpsi, dan ionisasi sampel. SELDI biasanya digunakan dengan time-of-flight (TOF) spektrometer massa dan digunakan untuk mendeteksi protein dalam sampel jaringan, darah, urin, atau sampel klinis lainnya, namun, teknologi SELDI berpotensi dapat digunakan dalam aplikasi apa pun hanya dengan memodifikasi sampel permukaan.

d. Gel Elektroforesis 2 Dimensi

Elektroforesis 2-D adalah metode yang banyak digunakan untuk analisis campuran protein kompleks yang diambil dari sel, jaringan, atau sampel biologis lainnya. Teknik ini memisahkan protein dalam dua tahap, menurut dua sifat independen: dimensi pertama adalah fokus isoelektrik (IEF), yang memisahkan protein sesuai dengan titik isoelektriknya (pI); Dimensi kedua adalah elektroforesis gel SDS-poliakrilamid (SDS-PAGE), yang memisahkan protein sesuai dengan berat molekulnya (MW). Dengan cara ini, campuran kompleks yang terdiri dari ribuan protein berbeda dapat diatasi dan jumlah relatif masing-masing protein dapat ditentukan (Proteome Research, 2017).

Elektroforesis gel dua dimensi (2DE) sangat berguna dalam mempelajari interaksi protein-protein karena memungkinkan pemisahan protein yang membaik serta pendeteksian isoform protein interaksi spesifik dari protein yang dihasilkan dari modifikasi pasca translasi. Investigasi protein yang berinteraksi dengan menggunakan 2DE dapat dilengkapi dengan identifikasi protein dengan spektrometri massa (Barnouin, 2004).

e. lC-mS

Liquid Chromatography Mass Spectrometry (LC-MS) adalah teknik analisis yang sangat sensitif dan spesifik yang dapat secara tepat menentukan identitas dan konsentrasi senyawa dalam sampel. Spektrometri massa yang digabungkan dengan kromatografi cair (LC-


MS) memberikan kecepatan, kepekaan, dan selektivitas analitis untuk berbagai aplikasi di bidang farmasi, makanan dan minuman, lingkungan, forensik, ilmu kehidupan dan laboratorium klinis (Sciex, 2017).

Liquid Chromatography Mass Spectrometry (LC-MS) adalah teknik laboratorium kimia analitik untuk identifikasi, kuantisasi dan analisis massa material. Teknik ini memungkinkan penjelasan struktural molekul tak dikenal melalui fragmentasi. Serupa dengan HPLC, Liquid Chromatography Mass Spectrometry menggunakan afinitas intrinsik senyawa untuk “fase gerak” (biasanya pelarut buffer) dan “fase diam” (dukungan padat berpori dengan lapisan khusus). Pada dasarnya, pompa digunakan untuk menyediakan aliran pelarut yang terus-menerus ke tempat sampel yang dilarutkan dan diperkenalkan. Setelah sampel berada dalam aliran pelarut, ia melakukan perjalanan melalui kolom analisis. Senyawa yang ada dalam campuran sampel kemudian dipisahkan tergantung afinitasnya terhadap partikel dilapisi pada kolom. Setelah komponen dalam sampel dipisahkan, mereka melewati detektor massa. Respons detektor massa dan “waktu retensi” (waktu yang dibutuhkan senyawa yang lolos dari injektor ke detektor) dari senyawa (s) yang diminati kemudian dapat dibandingkan dengan bahan referensi (Shimadzu, 2017).

f. microarray protein

Microarray protein merupakan teknologi proteomik, cepat menjadi alat penting dalam biokimia dan biologi molekular. Protein microarray adalah teknologi baru yang menyediakan platform serbaguna untuk karakterisasi ratusan ribu protein dengan cara yang sangat paralel. Dua kelas utama mikroarray protein didefinisikan untuk menggambarkan penerapannya: mikroarray protein analitik dan fungsional. Selain itu, lysate jaringan atau sel juga dapat difraksinasi dan terlihat pada slide untuk membentuk fase terbalik protein microarray. Sebagai platform teknologi yang hebat, tidak mengherankan jika mikroarray protein akan menjadi salah satu teknologi terdepan di bidang proteomik dan diagnostik pada dekade berikutnya (Sutandy et al., 2013).

Mikroarray protein dapat dikelompokkan menjadi dua kategori besar, microarray protein fase maju dan mikroarray protein fase balik, sesuai dengan molekul amobil (antigen atau antibodi). Dengan apa yang disebut fase maju protein microarray, satu sampel protein diputar terhadap beberapa reagen (Chen et al., 2014).


g. SRm-mS dan mmR-mS

SRM adalah metode yang digunakan dalam spektrometri massa tandem dimana ion dari massa tertentu dipilih pada tahap pertama spektrometer massa tandem dan produk ion dari reaksi fragmentasi ion prekursor dipilih pada tahap kedua. Tahap spektrometer massa untuk deteksi (Lange et al., 2008). Sedangkan MRM menggunakan spektrometri massa adalah metode yang sangat sensitif dan selektif untuk menghitung kelimpahan protein/peptida yang ditargetkan pada sampel biologis kompleks. MRM-MS telah umum digunakan untuk analisis molekul kecil. Tidak seperti spektrometri massa tradisional, yang mencoba untuk mendeteksi semua protein dalam sampel biologis dengan cara yang tidak fokus, MRM sangat selektif (ditargetkan), memungkinkan peneliti untuk menyempurnakan instrumen untuk secara khusus mencari peptida, atau fragmen protein. Pendekatan ini memungkinkan spesivisitas, sensitivitas, kecepatan dan kuantitasi analititas yang lebih besar (misalnya calon biomarker). Teknologi platform MRM memungkinkan analisis protein yang ditargetkan daripada memilah-milah sejumlah besar data yang biasanya dihasilkan dari penelitian yang tidak ditargetkan (MRM proteomics, 2017).

h. Western Blotting

Western blotting adalah teknik penting yang digunakan dalam biologi sel dan molekuler. Dengan menggunakan blot barat, peneliti dapat mengidentifikasi protein spesifik dari campuran protein kompleks yang diambil dari sel. Teknik ini menggunakan tiga elemen untuk menyelesaikan tugas ini: (1) pemisahan berdasarkan ukuran, (2) transfer ke dukungan padat, dan (3) menandai protein target dengan menggunakan antibodi primer dan sekunder yang tepat untuk divisualisasikan. Western blot sering digunakan dalam penelitian untuk memisahkan dan mengidentifikasi protein. Dalam teknik ini campuran protein dipisahkan berdasarkan berat molekul, dan dengan demikian menurut jenisnya, melalui elektroforesis gel. Hasil ini kemudian dipindahkan ke membran yang memproduksi sebuah band untuk setiap protein. Membran kemudian diinkubasi dengan label antibodi yang spesifik untuk protein yang diminati. Antibodi yang tidak terikat dicuci hanya dengan melepaskan antibodi terikat pada protein yang diminati. Antibodi terikat kemudian dideteksi dengan mengembangkan


film. Karena antibodi hanya mengikat protein yang diminati, hanya satu band yang harus terlihat. Ketebalan pita sesuai dengan jumlah protein yang ada; dengan demikian, standar bisa menunjukkan jumlah protein yang ada (Mahmood dan Yang, 2012). Western blotting (juga disebut immunoblotting, karena antibodi digunakan untuk mendeteksi antigennya secara spesifik) diperkenalkan oleh Towbin, dkk. Pada tahun 1979 dan sekarang merupakan teknik rutin untuk analisis protein. Spesifisitas interaksi antibodi-antigen memungkinkan protein target untuk diidentifikasi di tengah campuran protein kompleks. Western blotting dapat menghasilkan data kualitatif dan semi kuantitatif tentang protein yang diminati (Thermo Fisher Scientific, 2017a).

i. ElISA

ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay) adalah teknik uji berbasis piring yang dirancang untuk mendeteksi dan mengukur zat seperti peptida, protein, antibodi, dan hormon. Nama lain, seperti enzim immunoassay (EIA), juga digunakan untuk menggambarkan teknologi yang sama. Dalam ELISA, antigen harus diimobilisasi ke permukaan padat dan kemudian dikomplekskan dengan antibodi yang terkait dengan enzim. Deteksi dilakukan dengan menilai aktivitas enzim terkonjugasi melalui inkubasi dengan substrat untuk menghasilkan produk yang dapat diukur. Elemen terpenting dari strategi pendeteksian adalah interaksi antibodi-antigen yang sangat spesifik. Sampel dengan jumlah antigen yang tidak diketahui diimobilisasi dengan bantuan padat (biasanya pelat mikrotiter polistiren, lihat secara rinci di bagian perangkat ELISA) baik secara non spesifik (melalui adsorpsi ke permukaan) atau secara khusus (melalui penangkapan oleh antibodi lain spesifik untuk antigen yang sama, dalam ELISA “sandwich”). Setelah antigen diimobilisasi, antibodi deteksi ditambahkan, membentuk kompleks dengan antigen. Antibodi deteksi dapat dikaitkan secara kovalen dengan enzim, atau dapat dideteksi dengan antibodi sekunder yang terkait dengan enzim melalui biokonjugasi. Setelah tahap akhir, lempeng dikembangkan dengan menambahkan substrat enzimatik untuk menghasilkan sinyal yang terlihat, yang mengindikasikan jumlah antigen dalam sampel (Thermo Fisher Scientificb, 2017b).


j. Immunohistokimia

Immunohistochemistry (IHC) adalah aplikasi penting antibodi monoklonal dan juga poliklonal untuk menentukan distribusi jaringan antigen yang menarik perhatian pada kesehatan dan penyakit. Dengan menggunakan penanda tumor yang spesifik, dokter menggunakan IHC untuk mendiagnosa kanker sebagai jinak atau ganas, menentukan stadium dan tingkat tumor, dan mengidentifikasi jenis sel dan asal metastasis untuk menemukan lokasi tumor primer. IHC juga digunakan dalam pengembangan obat untuk menguji khasiat obat dengan mendeteksi aktivitas atau regulasi penyakit naik atau turun (Duraiyan, 2012).

Sampel disiapkan pada slide individu, atau beberapa sampel dapat disusun pada seluncuran tunggal untuk analisis komparatif, seperti microarray jaringan. Slide IHC dapat diproses dan diwarnai secara manual, sementara kemajuan teknologi sekarang memberikan otomasi untuk persiapan dan pewarnaan sampel. Sampel dapat dilihat dengan mikroskop cahaya atau fluoresensi, dan kemajuan dalam 15 tahun terakhir telah meningkatkan kemampuan untuk menangkap gambar, mengkuantifikasi data IHC multiparametrik dan meningkatkan pengumpulan data tersebut melalui penyaringan konten yang tinggi (Thermo Fisher Scientificc, 2017c).

Gambar 1.3

Keterangan gambarnya mana bu?.


Pemeriksaan dengan metoda immunohistokimia sekarang dilakukan dengan alat yang semakin canggih dan tidak manual lagi, beberapa industri mesin telah menciptakan alat tersebut sehingga mempermudah prosesing laboratorium (sumber koleksi pribadi Dr. dr. Nia Kania).

Gambar 1.4 Di atas adalah metoda immunohistokimia untuk deteksi protein pada jaringan histopatologi, dengan pewarnaan DAB dan hasil positif pada

komplek antigen antibodi ( sumber koleksi pribadi Dr.dr. Nia Kania )

k. Immunofluoresen

Imunofluoresen merupakan teknik yang digunakan untuk mikroskop cahaya dengan mikroskop fluoresen dan digunakan terutama pada sampel mikrobiologis. Teknik ini menggunakan spesifisitas antibodi terhadap antigen mereka untuk mengarahkan pewarna fluorescent ke target biomolekul spesifik dalam sel, dan karena itu memungkinkan visualisasi distribusi molekul target melalui sampel. Daerah spesifik yang dikenali antibodi pada antigen disebut epitop. Ada upaya pemetaan epitop karena banyak antibodi dapat mengikat epitop dan tingkat pengikatan yang sama antara antibodi yang mengenali epitop yang sama dapat bervariasi. Selain itu, pengikatan fluorophore ke antibodi itu sendiri tidak dapat mengganggu spesifitas imunologis antibodi atau kapasitas pengikatan antigennya (Euro Diagnostica, 2017).


Immunofluoresensi (IF) adalah metode yang ampuh untuk memvisualisasikan proses, kondisi dan struktur intraselular. Data juga dapat dianalisis dengan berbagai teknik mikroskopi (misalnya CLSM, Epifluorescence, TIRF, GSDIM), tergantung pada aplikasi atau minat peneliti. Inti dari percobaan IF adalah kombinasi dari dua komponen yang berbeda: pertama, antibodi spesifik, yang digunakan untuk membentuk kompleks imun untuk menandai molekul yang diinginkan-pada kebanyakan kasus protein - di dalam sel; kedua, fluorochromes, yang digabungkan ke kompleks imun dan oleh karena itu memvisualisasikan struktur target mikroskopis (Hoff, 2015).

sel, Jaringan, organ dan Cairan(darah, serum, Urine, saliva)

Validasi dalam skala Besar:eLisA

Teknologi Proteomik:Gel elektoforesis 2-dimensi

seLdi-Tof/MsMALdi-Tof/Ms

esi-LC/MsLC-Ms

Verifikasi data :immunohistochemistry (iHC)

Western BlottingsRMMRM

Gambar 1.5 Skema Deteksi Proteomik


Keterangan:

Aplikasi Proteomik dalam Studi Kanker. Penelitian tentang proteomik kanker menggunakan sampel yang diisolasi dari sel, jaringan organ dan cairan tubuh. Biopsi diperoleh dengan metode Laser Capture Microdissection (LCM). Penelitian yang menggunakan cairan tubuh menggunakan sampel berupa cairan ekstraseluler, serum darah dan plasma darah, sel mononuklear, air kencing, saliva. Penggunaan metode berbasis MS memungkinkan mendeteksi protein individual secara bersamaan. Teknologi proteomik kanker yang berkembang meliputi Gel elektoforesis 2-dimensi, SELDI-TOF/MS, MALDI-TOF/MS, ESI-LC/MS, LC-MS. Metode umum yang digunakan memverifikasi proteomik kanker meliputi Western blot, dan MRM, SRM, IHC. Sedangkan metode yang digunakan untuk validasi proteomik kanker dalam skala besar adalah ELISA. (Seperti gambar di atas)

15

2.1 Kanker Payudara

Kanker payudara adalah penyakit heterogen yang kompleks dan merupakan penyebab utama kematian pada wanita. Diagnosis dini dan perkembangan pemantauan kanker payudara penting untuk memperbaiki prognosis. Selain itu kanker payudara adalah salah satu bentuk kanker yang paling umum ditemukan pada wanita, dengan sekitar 185.000 kasus baru dan 40.000 kematian diperkirakan terjadi di AS pada tahun 2008. Sel kanker payudara bisa menyebar serta melakukan perjalanan melalui pembuluh darah atau pembuluh getah bening untuk mencapai bagian tubuh lainnya. Selain bisa menyebar, sel kanker bisa menempel pada jaringan lain dan tumbuh untuk membentuk tumor baru yang dapat merusak jaringan.

Beretov et al (2015) melakukan penelitian dengan menggunakan metode analisis proteomik komparatif dengan menggunakan analisis LC-MS/MS urin dari pasien kanker payudara dan kontrol yang sehat. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa analisa menggunakan LC-MS/MS memberikan profil protein pada sistem biologis pasien kanker payudara. Salah satu marker potensial MAST4 selanjutnya divalidasi menggunakan jaringan kanker payudara manusia serta sampel urin kanker payudara individu dengan metode imunohistokimia dan Western blotting. Urin adalah sumber biomarker non-invasif yang berguna dan pola profil (biomarker) yang diidentifikasi, berpotensi

Aplikasi Proteomik dalam Studi Kanker

BAB 2


untuk digunakan secara klinis dalam pendeteksian BC. Validasi dengan kohort independen yang lebih besar diperlukan dalam penelitian berikut. Sedangkan Neubauer et al., (2009) juga telah melakukan penelitian tentang hubungan proteomik kanker payudara dan reseptor estrogen-α (ER-Regular). Seluruh bagian jaringan dari 16 tumor kanker payudara kriopreservasi yang positif atau negatif bagi ER (delapan ER positif dan delapan ER negatif) dianalisis secara berbeda dengan gel PAGE dua dimensi. Bintik yang terdeteksi secara acak dari Komponen Membran Reseptor Progesteron 1 (PGRMC1) terbukti berbeda dalam status fosforilasi dengan elektroforesis gel poliakrilamida dua dimensi diferensial protein tumor yang diobati dengan fosfatase. Fluoresensi kekebalan menggunakan antibodi monoklonal anti-PGRMC1 5G7 dilakukan pada mikroarray jaringan kanker payudara. Hasil penelitian menunjukkan bahwa protein secara signifikan berbeda secara melimpah antara reseptor estrogen negatif dan tumor reseptor estrogen positif, peningkatan respons inflamasi dan luka pada tumor negatif reseptor estrogen.

Keanekaragaman fenotipik hasil kanker dari faktor genetik dan nongenetik. Sebagian besar penelitian tentang heterogenitas kanker berfokus pada perubahan DNA, karena teknologi untuk pengukuran proteomik pada spesimen klinis saat ini kurang maju. Pewarnaan imunofluoresensi untuk mengukur ekspresi 27 protein pada tingkat sel tunggal dalam sampel formalin-fixed dan parafin-tertanam dari kanker payudara manusia stadium II / III yang naif. Pengelompokan data ekspresi protein yang tidak diawasi dari 638.577 sel tumor di 26 kanker payudara mengidentifikasi 8 kelompok protein coexpression. Pada sekitar sepertiga dari kanker payudara, lebih dari 95% dari semua sel neoplastik mengekspresikan cluster coexpression protein tunggal. Serapan tumor radiotracer 18F-fluorodeoxyglucose dikaitkan dengan kelompok ekspresi protein yang ditandai dengan kehilangan hormon reseptor, perubahan PTEN, dan penguatan gen HER2 (Sood et al., 2016).

Bab 2 | Aplikasi Proteomik dalam Studi Kanker 17

Gambar 2.1 Ekspresi reseptor estrogen pada kanker payudara di mana warna kuat terletak pada inti sel menandakan protein yang bermutasi letaknya di

daerah inti sel ( pribadi koleksi pribadi Dr.dr. Nia Kania )

Gambar 2.2 Ekspresi HER2/ CRB2 terlihat dengan warna coklat pada membrana sitoplasma sel melingkari penuh seluruh sel, positif 2 bila tidak

semua membran terwarnai, positif 3 bila seluruh membran terwarnai ( sumber koleksi sendiri Dr.dr. Nia Kania )


2.2 Kanker Kolorektal

Kanker kolorektal adalah kanker yang dimulai di usus besar atau rektum. Kolon dan rektum adalah bagian usus besar, yang merupakan bagian bawah sistem pencernaan tubuh. Selama pencernaan, makanan bergerak melalui perut dan usus kecil ke usus besar. Usus besar menyerap air dan nutrisi dari makanan. Kotoran berpindah dari usus besar ke dalam rektum sebelum meninggalkan tubuh. Kanker kolorektal, juga dikenal sebagai kanker usus, kanker usus besar atau kanker dubur, adalah kanker (pertumbuhan, benjolan, tumor) kolon dan rektum. Organisasi Kesehatan Dunia dan CDC mengatakan bahwa ini adalah kanker kedua yang paling umum di seluruh dunia, setelah kanker paru-paru.

Penelitian tentang analisis proteomik pada kanker kolorektal. Tujuan penelitian ini untuk mendeteksi perubahan profil protein yang terkait dengan proses tumorigenesis kolorektal untuk mengidentifikasi penanda protein spesifik untuk deteksi dan diagnosis kanker kolorektal awal atau sebagai target terapeutik potensial. Metode yang digunakan adalah gel elektroforesis dua dimesi serta menggunakan spektrometri massa tandem MALDI-TOF. Perubahan tingkat ekspresi protein menunjukkan jalur glikolitik yang meningkat secara signifikan (efek Warburg), penurunan glukoneogenesis, jalur asam glukuronat yang ditekan, dan siklus asam tricarboxylic yang terganggu. Perubahan yang diamati pada kelimpahan protein diverifikasi oleh DIGE dua dimensi. Perubahan ini menunjukkan mekanisme yang mendasari tumorigenesis kolorektal di mana peran siklus asam tricarboxylic terganggu dan efek Warburg (Bi et al., 2006). Laporan terbaru yang menggambarkan berbagai alat proteomik yang digunakan untuk penemuan penanda protein baru untuk kanker kolorektal seperti metode elektroforesis dua dimensi, teknik berbasis spektrometri massa kuantitatif atau rangkaian mikroarray protein (Chaver et al., 2014). Sedangkan penelitian O’Dywer et al (2011) menggunakan analisis gel elektrophoresis, LC-MS/MS, immunohistokimia dan mikroarray.

Studi proteomik kanker usus besar yang ditujukan untuk identifikasi protein biomarker. Ini termasuk penelitian yang menggunakan model praklinis (yaitu garis sel atau jaringan murine) serta materi klinis (misalnya sampel tinja dan tinja). Secara terpisah menyoroti beberapa


penelitian yang berfokus pada identifikasi protein sel stem kanker (CSC) terkait protein pada tumor spheroids, sebuah sistem model in vitro untuk menyelidiki respons pengobatan CRC. Penelitian proteomik terbaru telah menghasilkan banyak biomarker protein kandidat baru. Namun, kurangnya studi lanjutan yang mengarah pada verifikasi biomarker dan/atau validasi tetap merupakan faktor pembatas dalam terjemahan biomarker kandidat ini ke dalam aplikasi klinis. Hal ini sebagian disebabkan oleh keterbatasan teknologi yang pasti akan berkurang dengan teknologi baru, termasuk SRM-MS. Antibodi masih diperlukan, keduanya, untuk melakukan validasi serta untuk mengembangkan tes yang menghemat biaya dalam penggunaan rutin. (Wit et al., 2013).

Proteomik modern telah terbukti berperan dalam pemahaman kita tentang deregulasi molekul yang terkait dengan perkembangan kanker. Di sini, profil membran protein diperkaya tumor dan jaringan normal yang berdekatan dari delapan pasien CRC menggunakan proteomik kuantitatif nanoLC-MS / MS berbasis label dan analisis jalur lanjutan. Dari 948 protein yang teridentifikasi, 184 protein dinyatakan berbeda (P <0,05, perubahan lipat> 1,5) antara tumor dan jaringan non-tumor (69 diregulasi dan 115 diregulasi dalam jaringan tumor). Tumor CRC dan jaringan non-tumor berkerumun rapat dalam kelompok terpisah dengan menggunakan analisis cluster hierarkis dari protein yang berbeda secara berurutan, yang menunjukkan asosiasi CRC yang kuat dari subset proteome ini. Secara khusus, protein terkait kanker seperti FN1, TNC, DEFA1, ITGB2, MLEC, CDH17, EZR dan jalur termasuk aktin sitoskeleton dan pensinyalan RhoGDI dideregulasi. Tanda tangan proteome spesifik tahap diidentifikasi termasuk protein ribosom yang diatur ke atas dan protein annexin yang diatur turun pada tahap awal CRC. Akhirnya, jaringan EGFR dan CRC menunjukkan regulasi turunan molekul adhesi yang bergantung pada EGFR, relatif terhadap jaringan EGFR. Secara keseluruhan, penelitian ini memberikan peta rinci tentang proteome yang berubah dan jalur protein terkait di CRC, yang meningkatkan pemahaman mekanistik biologi CRC dan membuka jalan bagi pencarian berbasis pengetahuan untuk calon penanda protein CRC (Sethi et al., 2015).


2.3 Kanker Paru-paru

Kanker paru-paru adalah penyebab utama kematian terkait kanker di seluruh dunia antara laki-laki dan perempuan, dengan lebih dari 1 juta kematian setiap tahunnya. NSCLC menyumbang sekitar 80% dari semua kanker paru-paru. Meskipun kemajuan telah dicapai dalam strategi diagnosis dan pengobatan dalam dekade terakhir, prognosis pasien NSCLC buruk, dengan ketahanan hidup 5 tahun keseluruhan 15 sampai 20% . Hal ini terutama disebabkan oleh kurangnya alat diagnosis dini, dengan lebih dari 60% pasien didiagnosis dengan penyakit lanjut atau metastasis dan oleh karena itu tidak memenuhi syarat untuk mendapatkan reseksi bedah kuratif (Ocak et al., 2009).

Kanker paru-paru pada tahap awal sulit untuk didiagnosa dan pendeteksian dini, serta pemantauan penyakit. Beberapa biomarker DNA dan protein telah diidentifikasi, namun biomarker yang paling banyak ditemukan sebelumnya berkorelasi dengan proses umum karsinogenesis dan respons kekebalan tubuh. Oleh karena itu, banyak dari biomarker ditemukan pada jenis kanker lainnya, dan karenanya tidak spesifik untuk kanker paru-paru. Oleh karena itu, penemuan biomarker kanker paru baru masih diperlukan, dan di antara sekian banyak jenis sampel yang mungkin, darah dianggap ideal untuk penemuan ini karena dapat dikumpulkan dengan mudah dengan cara yang minimal invasif. Karena itu, banyak penelitian kini sedang dilakukan untuk menemukan biomarker kanker paru dalam darah (Cho dan Shung, 2009).

Biomarker protein untuk kanker paru-paru diselidiki dengan menggunakan ekspresi protein dari sel kanker paru-paru (A549) dan dibandingkan dengan sel normal fibroblast (MRC-5). Elektroforesis gel dua dimensi sel A549 dan MRC-5 dilakukan dan diikuti dengan identifikasi protein dengan menggunakan spektrometri massa tandem nanoelectrospray. Sebagian besar protein yang diekspresikan dalam sel A549. Ekspresi berlebihan protein ini dalam sel dapat menyebabkan kelainan konformasi protein dan menyebabkan kanker stadium awal. Protein ini dapat digunakan sebagai biomarker kanker paru-paru untuk deteksi dini dan prognosis klinis (Rubporn et al., 2009).

Penelitian yang berbeda telah dilakukan untuk mengidentifikasi nilai prognostik dan prediktif protein atau peptida pada kanker paru-paru. Ekspresi protein tergantung pada tingkat transkripsional, translasi


dan pasca translasi dan dapat bervariasi dalam rentang yang besar. MALDI-MS dan elektroforesis gel dua dimensi umumnya menggunakan teknik yang mendeteksi ratusan protein dengan berat molekul rendah dan jumlah kelimpahan. Pendekatan yang lebih baru dengan hasil yang lebih baik adalah identifikasi urutan peptida menggunakan LC-MS/MS yang dapat digunakan pada jaringan tumor, cairan pleura dan plasma (Wekken et al., 2015).

Tidak kalah menariknya bahwa protein kanker paru dapat dideteksi dengan pemeriksaan immunohistokimia baik dari cairan maupun dari biopsi jaringan prinsipnya sama adalah proses reaksi protein antigen dan anti bodi komplek yang diwarnai dengan pewarna sehingga dapat terlihat dengan mikroskop konvensional berikut ini adalah hasil prosesing.

2.4 Kanker Buli-buli

Kanker buli-buli adalah kanker urologis yang umum yang memiliki tingkat kekambuhan tertinggi pada setiap keganasan. Di Amerika Utara, Amerika Selatan, Eropa, dan Asia, jenis yang paling umum adalah karsinoma sel peralihan. Jenis lainnya termasuk karsinoma sel skuamosa dan adenokarsinoma.

Sejumlah biomarker protein telah diidentifikasi dan dikembangkan secara komersial, tidak ada yang sangat meningkatkan akurasi evaluasi sampel melalui sistoskopi invasif. VUC tetap menjadi metode pilihan untuk deteksi noninvasif kanker kandung kemih. Metode ini secara mikroskopis memeriksa morfologi sel dari lapisan kandung kemih, yang dikumpulkan dari urin. Marker protein diagnostik yang dikembangkan secara komersial untuk mendeteksi kanker kandung kemih meliputi NMP-22 dan BTA. Untuk mengidentifikasi marker molekuler yang informatif dari kanker kandung kemih dalam urin memerlukan profil proteomasi yang tinggi dan alat bioinformatika yang canggih untuk analisis data kompleks dan pengenalan pola. Teknik proteomik yang berkembang, seperti TOF-MS, SDS PAGE dengan MALDI-MS, dan teknik pemisahan 2D fase-cair, sangat memudahkan pengisolasian, identifikasi dan karakterisasi protein secara terperinci dan sistematis dalam sampel biologis yang kompleks (Goodison et al., 2009). Untuk mendapatkan marker spesifik tumor secara efektif, protein yang


difraksionasi diperoleh hasil yang lebih cocok dengan menggunakan LC-MS dibandingkan dengan elektroforesis gel dua dimensi. Sedangkan kegunaan protein yang teridentifikasi dikonfirmasi secara imunohistokimia (Minami et al., 2010).

Enam apolipoprotein (APOA1, APOA2, APOB, APOC2, APOC3, dan APOE) mampu membedakan kanker kandung kemih dari hernia. SAA4 meningkat secara signifikan pada subkelompok kanker kandung kemih, sedangkan ProEGF mengalami penurunan yang signifikan pada subkelompok kanker kandung kemih. Penggunaan perangkat lunak MetaCore untuk menafsirkan perubahan protein urin yang disebabkan oleh kanker kandung kemih. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa perubahan yang paling menonjol terjadi pada jalur respons imun / alternatif dan jalur koagulasi darah. Penelitian ini mengkonfirmasi signifikansi klinis proteom urin dalam pengembangan biomarker non-invasif untuk mendeteksi kanker kandung kemih (Chen et al., 2013).

2.5 Kanker Hati

HCC adalah sejenis tumor ganas dengan salah satu tingkat kematian tertinggi di dunia. Dengan munculnya genomik, penelitian biologis tumor yang mengembangkan teknologi proteomik telah menjadi fokus utama peneliti. Penemuan biomarker baru adalah salah satu hal penting untuk diagnosis dini HCC. Secara umum, ada tiga tipe biomarker kandidat yang berbeda untuk HCC berdasarkan area yang berbeda: biomarker biokimia, biomarker antigenik dan biomarker epigenetik.(Fye et al., 2013).

Pada HCC khususnya, proteomik telah ditujukan untuk mengidentifikasi perubahan ekspresi protein, struktur, modifikasi dan lokalisasi sub-seluler. Beberapa perubahan ini mungkin menunjukkan pembentukan kanker dan dengan demikian menyebabkan minat besar untuk penemuan marker untuk mendeteksi kanker. Saat ini elektroforesis gel 2D, LC-MS/MS, SELDI-MS dan protein microarray adalah empat teknologi utama yang digunakan dalam studi proteomik (Lam, 2005).

Sebagian besar penelitian proteomik pada sampel jaringan melibatkan penggunaan pendekatan berbasis gel untuk pembuatan profil dan pencernaan. Pendekatan berbasis gel yang sulit secara


perlahan digantikan oleh pendekatan pencernaan dalam larutan. Studi proteomik pada jaringan hati ikan zebrafish telah dilakukan dengan menggunakan pendekatan berbasis gel. Namun, hasilnya masih kurang. Pencernaan dalam larutan ditambah dengan spektrometri massa (MS) tampaknya menghadirkan alternatif yang lebih baik (Wang et al., 2015).

Para peneliti dalam bidang kesehatan menggunakan alat spektrometri massa (MS) dan spektrometri resonansi magnetik nuklir (1H NMR) untuk menggali lebih dalam protein manusia dan metabolit, sehingga mampu mendeteksi dan atau memprediksi perkembangan HCC. Marker yang digunakan dalam kanker hati seperti protrombin deskarboksi, karsinoma sel skuamosa kompleks antigen-imunoglobulin M, dan kromogranin A (Kinhofer et al., 2015).

2.6 Kanker Servik

Kanker serviks adalah tumor ganas kedua yang paling umum di kalangan wanita di seluruh dunia. Kejadian awal kanker serviks adalah infeksi dengan jenis human papillomavirus (HPV) tertentu. Ekspresi onkogen virus diperlukan, namun hal tersebut tidaklah cukup untuk mempromosikan kanker serviks dan faktor lainnya terlibat dalam perkembangan neoplastik. Virus secara selektif berinteraksi dengan protein intraselular yang terutama terlibat dalam resistensi apoptosis, pertumbuhan sel dan diferensiasi dan transformasi sel (Domenico et al., 2013).

Infeksi human papillomavirus (HPV) berperan penting dalam timbulnya kanker serviks. Beberapa studi terbaru menunjukkan bahwa HPV 16 dan 18 berisiko tinggi didominasi dan dideteksi pada kanker yang lebih agresif. Penentuan profil proteomik dan karakterisasi protein terkait tumor dengan menggunakan elektroforesis gel dua dimensi (2-DE) dan dibantu MALDI-TOF-MS. HPV 16 atau HPV 18, dan sel HaCaT ditandai dengan 2-DE. Protein yang dianalisis dengan MALDI-TOF-MS dan yang lainnya terlibat dalam regulasi siklus sel, untuk stabilitas genomik umum, aktivasi telomerase, dan immunitasisasi sel. Namun, tidak ada perbedaan karakterisasi protein untuk kanker serviks antara infeksi HPV 16 dan HPV 18 (Choi et al., 2005).

Analisis beberapa protein dianggap penting untuk pembentukan pola proteomik tanda tangan yang bisa membedakan kanker dari non-


kanker. SELDI adalah metode spektrometri massa berbasis afinitas di mana protein yang diminati secara selektif diserap ke permukaan yang dimodifikasi secara kimiawi pada biochip. Teknologi ini dapat menyediakan profil protein dari berbagai spesimen biologis. Dalam penelitian ini, kami mengeksplorasi apakah pendekatan protein biochip SELDI dapat membedakan kanker serviks dari kohort non-kanker. Pendekatan proteomik SELDI-MS dikombinasikan dengan sistem penilaian sederhana, dapat mengidetifikasi adanya kanker serviks (Wong et al., 2004).

Sel kanker memperoleh komposisi sekresi yang berkontribusi terhadap perkembangan tumor dan metastasis. Penelitian untuk menjelaskan proses biologis yang terlibat dalam kanker serviks, dengan melakukan analisis proteomik terhadap rahasia dari garis sel cervical informatif berikut: SiHa (HPV16 +), HeLa (HPV18 +), C33A (HPV), dan HCK1T (normal). Protein dianalisis dengan elektroforesis gel 2D yang digabungkan ke MALDI-TOF-MS. Pengayaan protein yang disekresikan dengan profil karakteristik untuk setiap sel diikuti dengan identifikasi protein yang berbeda. Terutama, mengubah faktor pertumbuhan Beta ig-h3 dan peroxiredoxin-2 (PRDX2) dideteksi menggunakan metode Western blot. Tingkat NRF2 diukur dengan Western dan MRM. Hal ini menunjukkan bahwa respons oksidasi stres yang disterilkan oleh NRF2 adalah ciri utama dari karsinogenesis serviks (Kontostathi et al., 2017).

2.7 Kanker Ovarium

Kanker ovarium tetap menjadi penyebab utama kematian akibat keganasan ginekologis. Diagnosis dini adalah penentu paling penting untuk bertahan hidup. Alat diagnostik saat ini memiliki keberhasilan yang sangat terbatas dalam deteksi dini. Dalam beberapa tahun terakhir, teknik maju untuk proteomik telah mempercepat penemuan biomarker kanker ovarium. Banyak biomarker molekuler berbasis proteomik/panel telah diidentifikasi dan memiliki potensi besar untuk aplikasi diagnostik, namun memerlukan pengembangan dan validasi lebih lanjut. Artikel ini mengulas data baru-baru ini mengenai diagnosis kanker ovarium dengan proteomik, termasuk teknologi proteomik utama dan strategi yang menjanjikan untuk penemuan dan pengembangan biomarker (Zhang


et al., 2010). Peningkatan minat dalam menerapkan proteomik untuk membantu memahami patogenesis kanker ovarium, yang menjelaskan mekanisme resistansi obat, dan dalam pengembangan biomarker untuk deteksi dini kanker ovarium (Elzek dan Rodland, 2016).

Studi tentang profil proteomik ovarium merupakan batas baru di ovarium penelitian kanker, karena pendekatan ini mampu mencerahkan berbagai macam post-translational kejadian (seperti glikosilasi dan fosforilasi). Penentuan jalur pensinyalan pada sel kanker ovarium merupakan sebuah kesempatan untuk merancang obat baru dan mengoptimalkan penggunaan agen yang ditargetkan secara molekuler melawan jalur penting dan aktif secara biologis. Proteomik memberikan informasi lebih banyak tentang jenis histologis kanker ovarium, pertumbuhan sel dan perkembangan, gen yang berhubungan dengan lingkungan mikro tumor dan spesifik target molekuler yang memprediksi respons terhadap kemoterapi daripada sekuensing atau microarray. Beberapa protein telah divalidasi untuk penggunaan klinis oleh FDA antara lain HE4 telah disetujui memantau perkembangan kanker ovarium epitel, dan tes OVA-1 yang digunakan untuk menganalisa risiko kanker ovarium di kalangan wanita (Toss dan Laura, 2013).

Sel line kanker ovarium (HGSOC) tidak hanya menyerupai tumor asal pada tingkat molekuler, tetapi juga menunjukkan kegunaan fungsional dalam penyelidikan pra-klinis. Analisis proteomik terpadu dari 26 sel kanker ovarium, tumor HGSOC, sel epitel permukaan ovarium dan sel epitel tuba fallopi menggunakan spektrometri massa tunggal. Kuantifikasi mendalam terhadap > 10.000 protein menghasilkan tiga kategori sel yang berbeda: epitel (kelompok I), sel yang jelas (kelompok II) dan mesenkhim (kelompok III). Identifikasi 67-sel protein menemukan kumpulan protein tumor CPTAC / TCGA serta tumor HGSOC yang dominan epitel dan mesenchymal. Stratifikasi epitel/mesenchymal berbasis proteomik pada garis sel dan tumor manusia mengindikasikan kemungkinan asal HGSOC baik dari tuba falopi atau dari epitel permukaan ovarium (Coscia et al., 2016)

Kombinasi PLLB 1DGel-LC-MS/MS digunakan untuk menganalisis sampel serum dari pasien kanker ovarium dan dari kontrol yang sehat. Analisis protein mengidentifikasi 1.200 protein serum, di antaranya 57 protein diregulasi dan 10 diregulasi dalam sera dari pasien kanker. Retinol binding protein 4 (RBP4) sangat terukur dalam sampel serum


kanker ovarium. ELISA digunakan untuk mengukur konsentrasi plasma RBP4 pada 80 sampel dari pasien kanker ovarium, individu sehat, pasien mioma, dan pasien dengan tumor ovarium jinak. Konsentrasi plasma RBP4 berkisar antara 76,91 sampai 120,08 ng/mL dengan nilai rata-rata ng/mL pada pasien kanker ovarium secara signifikan lebih tinggi daripada pada individu sehat (ng/mL). Hasil dikonfirmasi lebih lanjut dengan imunohistokimia, menunjukkan bahwa tingkat ekspresi RBP4 pada jaringan ovarium normal lebih rendah daripada pada jaringan kanker ovarium. Hasil kami menunjukkan bahwa RBP4 adalah biomarker potensial untuk diagnostik skrining kanker ovarium (Cheng et al., 2014).

2.8 Kanker Otak

Glioma dalam bentuk astrocytomas, astrocytomas anaplastik dan glioblastoma adalah tumor otak yang paling umum terjadi pada manusia. Deteksi dini kanker ini sangat penting untuk pengobatan yang berhasil. Proteomik menjanjikan penemuan biomarker dan penanda tumor untuk deteksi dini dan diagnosis.

Teknologi elektroforesis gel diferensial digabungkan dengan desorpsi laser/dibantu matriks dibantu sinar dan kromatografi udara-spektroskopi tandem digunakan untuk menyelidiki perubahan spesifik tumor pada protein kanker otak manusia. Protein Alb, peroxiredoxin 4 dan SH3 yang mengikat asam seperti asam glutamat kaya 3 diregulasi dalam glioblastoma beraneka ragam versus jaringan non-tumor. Namun, aldolase C fruktosa-bifosfat, kreatin kinase, rantai B dihydrolipoyil dehidrogenase, enolase 2, fumarat hidratase, HSP60, laktoylglutathione lyase, aminopeptidase lucin, homolog kristal-Mu, NADH-UO 24, protein triplet L neuropatik, septin 2, stathmin dilarutkan dalam glioblastoma beraneka ragam dibandingkan dengan jaringan non-tumor. Protein yang berbeda ini memberikan informasi baru tentang perbedaan yang ada antara otak normal dan glioma, dan dengan demikian mungkin terbukti sebagai indikator molekuler yang berguna untuk nilai diagnostik atau prognostik (Khallil, 2007).

Glioma adalah sekelompok tumor otak agresif yang menyusup dengan jaringan otak yang berdekatan, membuatnya sangat tidak dapat disembuhkan, bahkan dengan modalitas dan agen pengobatan


multipel. Sebagian besar asimtomatik pada tahap awal, mereka hadir dalam beberapa subtipe dengan ciri astrositik atau oligodendrositik dan selalu berkembang menjadi bentuk ganas.

Beberapa tahun terakhir, teknik pembuatan profil proteomik diferensial telah menggunakan tumor, cairan serebrospinal, dan plasma dari pasien glioma untuk mengidentifikasi penanda respons diagnostik, prognostik, prediktif, dan terapeutik yang pertama, yang menyoroti potensi penemuan biomarker glioma. Jumlah biomarker yang diidentifikasi memiliki keterbatasan reproduktivitas penelitian tidak jelas dan tidak ada yang telah divalidasi untuk penggunaan klinis.

Kemajuan teknologi terkini dalam metodologi untuk profil throughput tinggi, yang memberikan akses mudah, skrining cepat, konsumsi sampel rendah, dan identifikasi protein yang akurat, diantisipasi untuk mempercepat penemuan biomarker tumor otak. Alat yang dapat diandalkan untuk verifikasi biomarker memperkirakan terjemahan biomarker ke diagnostik klinis di masa yang akan datang.

Profil protein adalah analisis skala besar ekspresi protein, modifikasi post-translational, dan interactome. Ini melengkapi analisis genomik dan metabolomik dan memiliki tujuan akhir untuk menyatukan informasi ke dalam jaringan protein. Biasanya, profil proteomik diferensial tumor otak vs keadaan bebas penyakit memungkinkan pendeteksian dan pemantauan perubahan terkait patologi melalui identifikasi potensi diagnostik neoplasia CNR, prognostik, prediktif, atau penilaian pengobatan. Sejumlah laporan telah muncul selama dekade terakhir yang melaporkan analisis protein glioma menggunakan jaringan manusia dan biofluida, serta garis sel dan model hewan (Kalinina et al., 2011).

Teknologi throughput tinggi menghadirkan peluang besar untuk mengkarakterisasi biologi kanker otak pada tingkat sistem. Namun, studi proteomis kanker otak masih relatif langka. Proteomik berbasis spektrometri massa dengan spesifisitas, cakupan yang meningkat akan berguna dalam penyelidikan proteomik otak. Penerapan strategi analisis data kreatif diperlukan untuk memberikan wawasan yang berarti mengenai fungsi otak dan patologi terkait. Secara keseluruhan, aplikasi proteomik pada kanker otak pada tahap awal dan penggunaan teknologi


ini secara luas berpotensi besar untuk memperbaiki pemahaman kita tentang fungsi otak dan patologi (Tian et al., 2016).

2.9 Kanker Prostat

Kanker Prostat (PCa) merupakan jenis tumor paling banyak kedua pada pria di seluruh dunia. Insiden meningkat dengan usia pasien dan merupakan faktor risiko yang paling penting. PCa sebagian besar ditandai dengan kelambanan, namun dalam persentase kecil kasus (3%), penyakit ini berlanjut ke keadaan metastasis. Sampai saat ini, isu yang paling penting mengenai penelitian PCa adalah sulitnya membedakan malas dari penyakit agresif.

Proteomik merupakan pendekatan yang menjanjikan untuk penemuan biomarker baru yang dapat memperbaiki pengelolaan pasien PCa. Biomarker yang spesifik dan sensitif daripada PSA diperlukan untuk diagnosis PCa, prognosis dan respons terhadap pengobatan. Teknologi proteomik yang berbeda seperti 2-D PAGE, DIGAL 2-D, profil MS MALDI, proteomik senapan dengan kuantisasi berbasis label (ICAT, iTRAQ) dan SWATH, MudPIT, CE-MS telah diterapkan pada penelitian ini. Berbagai sampel biologis, termasuk jaringan tumor, serum, plasma, urin, plasma mani, sekresi prostat dan exosom yang berasal dari prostat dianalisis dengan tujuan untuk mengidentifikasi biomarker diagnostik dan prognostik dan mengembangkan pemahaman lebih dalam mengenai penyakit ini pada tingkat molekuler (Davalieva et al., 2015).

Manajemen klinis kanker prostat membutuhkan tes prognostik dan strategi pengobatan yang lebih baik. Spektrometri massa digunakan untuk pengkajian proteomik kuantitatif skala genom dari 28 tumor prostat (Gleason score 6-9) dan jaringan nonmalignant tetangga dalam delapan kasus, yang diperoleh dari sampel prostatektomi yang dipasok parafin fixedin. Dua kelompok pasien PCa independen (752 kasus) yang dikelola oleh harapan digunakan untuk evaluasi imunohistokimia terhadap proneuropeptide-Y (pro-NPY) sebagai biomarker prognostik. Jaringan tumor menunjukkan peningkatan ekspresi protein yang terlibat dalam beberapa proses anabolik termasuk sintesis asam lemak dan protein, biogenesis ribosom dan sekresi protein namun tidak ada bukti nyata peningkatan proliferasi yang diamati.


Analisis molekuler menunjukkan bahwa beberapa protein yang diekspresikan secara berlebihan pada tumor, seperti carnitine palmitoyltransferase 2 (CPT2, transporter asam lemak), kompleks protein coatomer, subunit alpha (COPA, sekresi vesikel), dan protein kinase 1 dan 2 yang bersifat mitogen dan stres. (MSK1/2, protein kinase) mengatur proliferasi sel PCa. Ekspresi Pro-NPY, sendiri atau dikombinasikan dengan status ERG tumor, dikaitkan dengan peningkatan risiko kematian spesifik PCa, terutama pada pasien dengan skor Gleason ≤ 7 tumor. protein Pro-NPYyang menunjukkan ekspresi diferensial antara tumor berisiko tinggi dan rendah dalam analisis proteomik, juga merupakan biomarker prognostik spesifik PCa yang terkait dengan peningkatan risiko kematian spesifik penyakit pada pasien yang memiliki tumor berisiko rendah (Iglesias et al., 2016).

Perubahan ekspresi gen telah banyak dihitung selama perkembangan neoplastik, analisis komplementer perubahan proteomik telah terbatas. Di sini kita menginterogasi perubahan proteomik pada kohort 15 jaringan prostat yang diturunkan yang mencakup lima masing-masing dari prostat jinak yang berdekatan, kanker prostat yang terlokalisasi secara lokal, dan penyakit metastasis. Strategi eksperimental pasangan isobarik pasangan untuk kuantisasi relatif dan absolut dengan fraksinasi peptida fasa cair multidimensi diikuti oleh spektrometri massa (MS).

Lebih dari 1.000 protein dihitung di seluruh spesimen dan digambarkan menjadi tanda tangan khusus kanker prostat lokal dan metastatik. Analisis pengayaan biomarker proteomik spesifik kanker prostat, untuk mendapatkan pemahaman tentang konsekuensi fungsional dari perubahan ini, mengungkapkan keterlibatan peraturan miR-128-a/b selama pengembangan kanker prostat. Penemuan ini divalidasi dengan menggunakan analisis Q-PCR untuk tingkat transkripsi microRNA dalam kumpulan spesimen klinis independen. Tingkat miR-128 meningkat pada sel epitel prostat jinak dibandingkan dengan sel kanker prostat invasif. Knockdown miR-128 menginduksi invasi pada sel epitel jinak prostat, sedangkan overexpressionnya melemahkan invasi pada sel kanker prostat. Secara keseluruhan, profil kami tentang perubahan proteomik perkembangan kanker prostat menunjukkan miR-128 sebagai regulator negatif sel induk kanker prostat yang berpotensi penting (Khan et al., 2010).


Karakterisasi protein menghasilkan identifikasi protein 248, 233, 169, dan 216 oleh setidaknya 2 peptida dalam eksosom dari masing-masing PNT2C2, RWPE-1, PC346C, dan VCaP. Analisis statistik menunjukkan 52 protein berbeda secara melimpah antara sel PCa dan kontrol, 9 di antaranya lebih banyak terjadi pada PCa. Validasi oleh Western blotting mengkonfirmasi kelimpahan FASN, XPO1 dan PDCD6IP (ALIX) lebih tinggi pada ekskresi PCa. Identifikasi protein exosomal dengan menggunakan LC-FT-MS berkinerja tinggi menghasilkan penemuan PDCD6IP, FASN, XPO1 dan ENO1 sebagai biomarker kandidat baru untuk kanker prostat (Duijvesz et al., 2013).

2.10 Leukimia

Analisis protein dari subtipe sel AML yang berbeda dilakukan dengan menggunakan analisis PMF 2-DE dan MALDI-TOF. Protein yang diidentifikasi sebagai perubahan yang lebih signifikan antara AML yang berbeda termasuk kelompok gen penekan, enzim metabolik, antioksidan, protein struktural dan mediator transduksi sinyal. Tujuh protein yang teridentifikasi ditemukan secara signifikan diubah di hampir semua sel blast AML yang dianalisis dalam kaitannya dengan sel darah mononuklir normal: alpha-enolase, RhoGDI2, annexin A10, katalase, peroksiredoksin 2, tromomiosin 3, dan lipokortin 1 (annexin 1) . Protein yang berbeda ini diketahui memainkan peran penting dalam fungsi seluler seperti glikolisis, penekanan tumor, apoptosis, angiogenesis dan metastasis, dan ini mungkin berkontribusi terhadap evolusi penyakit yang merugikan. Analisis protein telah mengidentifikasi untuk pertama kalinya protein baru yang dapat membantu membentuk prognosis diferensial atau digunakan sebagai biomarker untuk penyakit, sehingga memberikan target baru yang potensial untuk terapi berbasis patogenesis yang rasional AML (López-Pedrera et al., 2006).

Protein sel leukemia dari 61 kasus leukemia akut yang ditandai dengan klasifikasi FAB dipisahkan oleh elektroforesis dua dimensi, dan bintik-bintik protein yang ditunjukkan secara berbeda diidentifikasi oleh MALDI-TOF-MS dan ESI-MS/MS). Profil protein yang berbeda dari tipe atau subtipe leukemia akut berhasil dieksplorasi, termasuk acute myeloid leukemia (AML), subtipenya (M2, M3, dan M5) dan leukemia limfoid akut (ALL), yang homogen dalam sampel substansial


masing-masing. Protein terkait myeloid 8 dan 14 pertama kali dilaporkan menandai diferensiasi AML dan untuk membedakan AML dari ALL. Heat shock 27 kDa protein 1 dan protein lain yang sangat diekspresikan dalam ALL dapat memainkan peran penting dalam membedakan secara klinis AML dari ALL (Cui et al., 2004).

2.11 Kanker Ginjal

RCC adalah penyebab keenam kematian akibat kanker dan bertanggung jawab atas 11.000 kematian per tahun di AS. Sekitar sepertiga pasien hadir dengan penyakit yang sudah metastatik dan saat ini belum ada pengobatan yang memadai, dan tidak ada tes skrining biofluid untuk RCC. Analisis proteomik yang komprehensif dan kemudian merupakan pendekatan jalur dan jaringan untuk mengidentifikasi proses biologis yang terlibat dalam RCC sel yang jelas (ccRCC). Dengan menggunakan analisis elektroforesis dan spektrometri massa 2 dimensi, telah diidentifikasi 31 protein yang dinyatakan berbeda dengan tingkat signifikansi yang signifikan pada ccRCC dibandingkan dengan jaringan non-ganas yang berdekatan, dan telah dikonfirmasi beberapa di antaranya dengan immunoblotting, imunohistokimia, dan perbandingan dengan yang dipublikasikan. Ketika dievaluasi oleh beberapa program analisis proses jalur dan biologis, protein ini ditunjukkan untuk terlibat dengan tingkat kepercayaan yang tinggi (nilai p <2,0 E-05) pada glikolisis, metabolisme propanoate, metabolisme piruvat, siklus urea dan metabolisme arginin / prolin, Serta jalur non-metabolik p53 dan FAS. Sampel urin acak dari kedua pasien ccRCC dan pasien kontrol dianalisa profil metabolik dan ditemukan bahwa hanya sorbitol, komponen jalur glikolisis alternatif, meningkat secara signifikan pada 5,4 kali lipat pada pasien RCC dibandingkan dengan kontrol (Perroud et al., 2006).

Kanker ginjal sering dikaitkan sebagai 95% penyebab kematian. Analisis proteomik berbasis LC-MS / MS pada 50 kanker ginjal sel yang merata di antara jaringan normal dan nilai Fuhrman 1-4. Eksperimen awal mengonfirmasikan kegunaan menggunakan arsip tertanam parafin yang diarsipkan formal untuk analisis proteomik berbasis LC-MS/MS, dan temuan LC-MS/MS divalidasi dengan imunoblotting. Perubahan di antara banyak proses dan jalur biokimia sangat bergantung pada


kelas dengan jalur sintetis glikolitik dan asam amino yang sangat terwakili. Selain itu, protein yang berkaitan dengan fase akut dan sinyal metabolisme xenobiotik sangat terwakili (Perroud et al., 2009).

KESIMPULAN

Kesimpulan yang diperoleh dari aplikasi teknologi proteomik dalam studi kanker adalah sebagai berikut:

a. Aplikasi proteomik dapat digunakan untuk menjembatani kesenjangan antara informasi genomik dan protein fungsional.

b. Pencarian untuk biomarker terkait kanker dengan proteomik memiliki potensi besar untuk memperbaiki penilaian risiko, deteksi dini, diagnosis, prognosis, seleksi dan pemantauan pengobatan.

c. Beberapa metode yang digunakan dalam studi proteomik kanker yaitu ELISA, SDS-PAGE, 2D-Elektroforesis, MALDI-TOF-MS, SELDI-TOF-MS, immunohistikimia, Western Blot, MRM dan LC-MS dan LC-MS/MS.

d. Teknologi yang paling banyak digunakan dalam penelitian proteomik kanker adalah teknologi yang berkaitan dengan Spektrometri Massa (MS).

e. Studi proteomik yang digunakan untuk mendeteksi adanya penyakit kanker menggunakan darah, urin, jaringan dan organ.

33

PROTEIN

BAB 3

Protein adalah zat yang paling penting dalam setiap organisme dan merupakan bagian dari semua sel hidup penyusun terbesar tubuh setelah air. Protein di dalam tubuh berfungsi sebagai sumber utama energi selain karbohidrat dan lemak, sebagai zat pembangun, sebagai zat-zat pengatur. protein mengatur proses-proses metabolisme dalam bentuk enzim dan hormon dan sebagai mekanisme pertahanan tubuh melawan berbagai mikroba dan zat toksik lain yang datang dari luar, serta memelihara sel dan jaringan tubuh. Dalam bentuk kromosom, protein juga berperan menyimpan dan meneruskan sifat-sifat keturunan daiam bentuk gen. Di damm gen ini tersimpan codin untuk sintesa protein enzim tertentu.1

Protein sangat penting untuk proses biologis, mengkatalisasi dan mengatur reaksi biokimia, mengangkut molekul, kimia dan konversi fotosintesis dari cahaya untuk pertumbuhan, sehingga membentuk struktur dasar seperti kulit, rambut, dan tendon. Secara umum, protein terdiri dari rantai linier dari 20 asam amino alami. Beragam ukuran panjangnya mengandung puluhan hingga ribuan asam amino. asam amino dari sebuah protein dikenal sebagai struktur utamanya, sementara konformasi lokal dalam urutan ini, yaitu alpha helices, beta sheets, dan random coils dikenal sebagai struktur sekunder. Sudut di antara asam amino yang berdekatan, disebut sudut torsi, tentukan tikungan dan belokan dalam urutan yang menghasilkan struktur sekunder ini. Konfigurasi tiga dimensi struktur primer diartikan sebagai struktur


tersier yang menggambarkan lipatan protein. Struktur tersier protein Crambin diilustrasikan pada Gambar 3.1 Alfa heliks mudah diidentifikasi. Beta sheet adalah daerah yang relatif lurus dan datar. Random coils adalah segmen dari struktur nonrepetitif. Setiap asam amino terdiri dari suatu bidang kaku yang dibentuk oleh satuan nitrogen, karbon, alpha-carbon (Ca), oksigen, dan atom hidrogen, dan rantai samping yang berbeda.2

Gambar 3.1 Struktur tersier protein Crambin2

Rangkaian dari sebuah protein adalah urutan dari bidang kaku ini. Gambar 3.2 menunjukkan beberapa asam amino yang saling terkait. Asam amino secara individu dibedakan satu sama lain dengan sifat kimia fisik yang menimbulkan struktur tiga dimensi. Oleh karena itu struktur utama suatu protein menentukan sebagian struktur tersiernya.2

Gambar 3.2 Menunjukkan beberapa asam amino yang saling terkait

Bab 3 | Protein 35

Protein adalah molekul penting untuk semua sistem biologis dalam sel, sebagian besar protein membutuhkan interaksi antar protein (PPIs) berfungsi secara efektif. Misalnya, protein transportasi berinteraksi dengan protein struktural dan peptida hormon berinteraksi dengan reseptornya. Beberapa protein membentuk kompleks struktural, dan interaksi antara kompleks protein yang berbeda diperlukan untuk fungsi sel. Interaksi protein secara mendasar bersifat stabil atau sementara, dan kedua jenis interaksi bisa kuat atau lemah. Jika dua protein berinteraksi melalui kontak fisik dan afinitas yang kuat, interaksi kuat dapat dideteksi menggunakan percobaan biokimia in-vitro seperti tes pull-down dan co immunoprecipitation. Namun, percobaan biokimia untuk PPI memakan waktu dan mahal, sehingga sulit untuk mempelajari jaringan interaksi protein lengkap dalam genom.

Protein adalah makromolekul yang tersusun dari bahan dasar asam amino. Asam amino yang menyusun protein ada 20 macam. Protein terdapat dalam sistem hidup semua organisme baik yang berada pada tingkat rendah maupun organisme tingkat tinggi. Protein mempunyai fungsi utama yang kompleks di dalam semua proses biologi. Protein berfungsi sebagai katalisator, sebagai pengangkut dan penyimpan molekul lain seperti oksigen, mendukung secara mekanis sistem kekebalan (imunitas) tubuh, menghasilkan pergerakan tubuh, sebagai transmitor syaraf dan mengendalikan pertumbuhan dan perkembangan. Protein menghasilkan unsur-unsur C, H, N dan O dan sering juga S. Di samping itu, beberapa protein juga mengandung unsur-unsur lain, terutama P, Fe, Zi dan Cu. Peran dan aktivitas protein dalam proses biologis antara lain sebagai katalis enzimatik, hampir semua reaksi kimia dalam sistem biologi dikatalis oleh makromolekul yang disebut enzim dan merupakan satu jenis protein. Sebagian reaksi seperti hidrasi karbondioksida bersifat sederhana, sedangkan reaksi lainnya seperti replikasi kromosom bersifat kompleks. Peran lainnya dari protein dalam sistem biologi adalah sebagai transport dan penyimpanan. Contohnya transport oksigen dalam eritrosit oleh hemoglobin dan mioglobin, filamen yang berfungsi dalam koordinasi gerak, protein fibrosa yang berfungsi untuk menjaga lapisan kulit dan tulang, protein kolagen yang merupakan komponen serat utama dalam kulit, tulang, tendon, tulang rawan dan gigi. Antibodi merupakan protein yang sangat spesifik dan dapat mengenal serta berkombinasi dengan benda asing seperti virus,


bakteri dan sel yang berasal dari organisme lain. Respons sel saraf terhadap rangsang spesifik diperantarai oleh protein reseptor, misalnya rodopsin suatu protein yang sensitif terhadap cahaya yang ditemukan pada sel batang retina. Aktivitas sel yang berbeda pada organisme multisel dikoordinasi oleh hormon. Banyak hormon seperti insulin dan TSH (Thyroid-stimulating hormone) merupakan salah satu jenis protein. Pembagian protein ada empat kelas yakni struktur primer, struktur sekunder, struktur tertier dan struktur kuarterner. Sedangkan klasifikasi protein dibagi berdasarkan fungsi biologisnya, berdasarkan sifat kelarutannya dan berdasarkan gugus prostetiknya.

Protein adalah zat yang mengandung nitrogen dibentuk oleh asam amino, bagian dari komponen struktural otot dan jaringan lain di tubuh, memproduksi hormon, enzim dan hemoglobin. Protein bisa juga digunakan sebagai energi. Namun, mereka bukan pilihan utama sebagai sumber energi. Protein digunakan oleh tubuh dimetabolisme ke dalam bentuk paling sederhana yaitu asam amino. Sudah ada 20 asam amino yang diidentifikasi yang diperlukan untuk pertumbuhan dan metabolisme manusia. 12 dari asam amino ini (sebelas pada anak-anak) disintesis oleh tubuh kita dan tidak perlu dikonsumsi dari luar. Asam amino yang tersisa tidak bisa disintesis di dalam tubuh dan perlu didapat dari konsumsi makanan. Tidak adanya asam amino ini akan membahayakan kemampuan jaringan untuk tumbuh, proses perbaikan, dan pertahanan.5

Protein adalah makromolekul dan memiliki empat struktur primer, sekunder, tersier dan kuaterner. Yaitu:6,7,8

a. Struktur primer

Ada 20 jenis L-α- asam amino berbeda yang digunakan sel untuk menyusun protein. Asam amino, seperti nama mereka berarti mengandung gugus amino dasar dan kelompok karboksil yang bersifat asam, setiap asam amino bergabung bersama dalam rantai panjang membentuk ikatan peptida: ikatan amida antara -NH2 dari satu asam amino dan -COOH yang lain. Rangkaian dengan kurang dari 50 asam amino umumnya disebut sebagai peptida, sedangkan istilah protein atau polipeptida digunakan untuk rangkaian lebih panjang. Protein bisa terdiri dari satu atau lebih molekul polipeptida. Ujung rangkaian peptida atau protein dengan

Bab 3 | Protein 37

kelompok karboksil bebas disebut carboxy-terminus atau C-terminus. Istilah amino terminus atau N-terminus menggambarkan akhir dari urutan dengan kelompok α-amino bebas. Asam amino berbeda dalam hal struktur oleh substituen disisi rantainya. Sisi rantai ini memiliki komposisi kimia, fisik dan struktural yang berbeda untuk hasil akhir peptida atau protein. Struktur dari 20 asam amino yang biasa ditemukan dalam protein ditunjukkan pada Gambar 3.3 Setiap asam amino memiliki singkatan baik satu atau tiga huruf. Singkatan ini biasanya digunakan untuk menyederhanakan urutan tertulis dari suatu peptida atau protein. Tergantung pada substituen rantai samping, asam amino dapat diklasifikasikan sebagai asam, dasar atau netral. Meskipun dibutuhkan 20 asam amino untuk sintesis berbagai protein yang ditemukan pada manusia, kita bisa mensintesis sendiri oleh tubuh 10 saja. Sisanya 10 lagi disebut asam amino essensial dan harus diperoleh dalam makanan/luar tubuh. Urutan asam amino dari suatu protein dikodekan dalam DNA. Protein disintesis oleh serangkaian langkah yang disebut transkripsi (penggunaan untai DNA untuk membuat complementary messenger untai RNA - mRNA) dan translasi (urutan mRNA digunakan sebagai template untuk mengatur sintesis rantai asam amino yang membentuk protein). Modifikasi pasca-translasi, seperti glikosilasi atau fosforilasi diperlukan untuk fungsi biologis dari protein. Sedangkan rangkaian asam amino membentuk struktur primer protein dan bahan kimia / sifat biologis dari protein tersebut sangat bergantung pada tiga dimensi atau struktur tersier.

Gambar 3.3 Versi skematik dari rumus umum asam amino pada pH 7,0 dengan kedua gugus amino dan karboksil terionisasi.7


Gambar 3.4 Struktur dari 20 asam amino yang biasa ditemukan dalam protein.6

b. Struktur Sekunder

Untaian protein atau peptida memiliki karakteristik struktural lokal berbeda atau struktur sekunder, tergantung pada ikatan hidrogen. Dua tipe utama struktur sekunder adalah α-helix dan ß-sheet. α-helix adalah untai right-handed coiled, substituen rantai samping dari gugus asam amino dalam α-helix meluas ke luar. Ikatan hidrogen dibentuk antara oksigen dari C = O dari setiap ikatan peptida dalam untai dan hidrogen dari N-H kelompok ikatan peptida empat amino asam di bawahnya pada heliks. Ikatan hidrogen membuat struktur ini stabil. Substituen rantai samping dari asam amino mengisi di samping gugus N-H. Ikatan hidrogen pada ß-sheet adalah antara ikatan (antar untai) dari dalam untaian (intra-untai). Sheet terdiri dari pasangan untaian yang berdampingan. Oksigen karbonil dalam

Bab 3 | Protein 39

satu untai ikatan hidrogen dengan hidrogen amino dari untai yang berdekatan. Dua untai dapat berupa paralel atau anti-paralel tergantung pada arah untai (N-terminus ke C-terminus) sama atau sebaliknya. Anti-paralel ß-sheet lebih stabil karena ikatan hidrogen lebih sejajar.

c. Struktur Tersier

Keseluruhan bentuk tiga dimensi dari seluruh molekul protein struktur tersier. Molekul protein akan membengkok dan memelintir sedemikian rupa untuk mencapai stabilitas maksimum atau keadaan energi terendah. Walaupun bentuk tiga dimensi dari suatu protein mungkin tampak tidak teratur dan acak, hal itu dibentuk oleh banyak kekuatan stabilisasi karena interaksi ikatan antara kelompok rantai samping asam amino. Di bawah kondisi fisiologis, rantai samping hidrofobik bersifat netral, asam amino non-polar seperti fenilalanin atau isoleusin cenderung terkubur di bagian dalam molekul protein dengan demikian melindungi mereka dari media berair. Kelompok alkil seperti alanin, valin, leusin dan isoleusin sering membentuk interaksi hidrofobik antara satu sama lain, sementara kelompok aromatik seperti fenilalanin dan tryosin sering disusun bersama. Asam atau basa rantai samping asam amino umumnya akan terpapar pada permukaan protein sebagai hidrofilik. Pembentukan jembatan disulfida oleh oksidasi kelompok sulfhidril pada sistein merupakan aspek penting dari stabilisasi struktur tersier protein, memungkinkan berbagai bagian rantai protein untuk disatukan secara kovalen. Selain itu, ikatan hidrogen dapat terbentuk di antara kelompok rantai samping yang berbeda. Seperti halnya jembatan disulfida, ikatan hidrogen ini bisa menyatukan dua bagian rantai yang agak jauh menjadi berurutan. Jembatan garam, interaksi ionik antara positif dan negatif diubah pada rantai samping asam amino membantu menstabilkan struktur tersier protein.

d. Struktur Kuarter

Banyak protein terdiri dari beberapa rantai polipeptida, sering disebut sebagai subunit protein. Subunit ini mungkin sama (seperti dalam homodimer) atau berbeda (seperti dalam heterodimer). Struktur kuaterner mengacu pada bagaimana subunit protein


berinteraksi satu sama lain dan mengatur diri mereka untuk membentuk agregat kompleks protein yang lebih besar. Bentuk akhir dari kompleks protein sekali lagi distabilkan oleh berbagai interaksi, termasuk ikatan hidrogen, jembatan disulfida dan jembatan garam. Empat tingkat struktur protein ditunjukkan pada Gambar 3.5

Gambar 3.5 Empat tingkat struktur protein6

Karena sifat interaksi lemah yang mengendalikan struktur tiga dimensi, protein adalah molekul yang sangat sensitif. Istilah daerah asli digunakan untuk menggambarkan protein dalam bentuk alami paling stabil di situ. Keadaan asli ini dapat terganggu oleh sejumlah faktor eksternal stres termasuk suhu, pH, penghilangan air, kehadiran permukaan hidrofobik, kehadiran ion logam. Hilangnya struktur sekunder, tersier atau kuaterner karena paparan faktor stres disebut

Bab 3 | Protein 41

denaturasi. Denaturasi menghasilkan pengungkapan protein menjadi bentuk acak atau salah lipat. Protein terdenaturasi dapat memiliki profil aktivitas yang sangat berbeda dari protein dalam bentuk aslinya, biasanya kehilangan fungsi biologis. Selain menjadi terdenaturasi, protein juga dapat membentuk agregat dalam kondisi stres tertentu. Agregat sering diproduksi selama proses metabolisme dan biasanya tidak diinginkan, sebagian besar karena menyebabkan respons imun yang merugikan. Selain bentuk-bentuk fisik degradasi protein ini, penting juga untuk menyadari kemungkinan jalur degradasi kimia protein. Ini termasuk oksidasi, deamidation, hidrolisis ikatan peptida, rombakan ikatan disulfida dan hubungan silang.6 Beberapa gangguan pada protein sebagai berikut:

a. Misfolding Protein

Fungsi sebagian besar protein seluler tergantung pada struktur tiga dimensi mereka, yang diperoleh melalui pelipatan rantai polipeptida yang dikodekan dari nuklir genom dan 13 protein mitokondria - DNA mitokondria. Perubahan dalam rantai polipeptida, dihasilkan dari variasi gen yang diturunkan atau diperoleh atau dari modifikasi asam amino yang abnormal, mungkin mengubah proses pelipatan dan memunculkan misfolding protein. Tergantung pada sifat protein itu sendiri, kompartemen seluler di mana misfolding terjadi, yang aktivitas folding dan proses degradasi berinteraksi dengan faktor genetik, sel dan kondisi lingkungan. Sejumlah besar penyakit yang berbeda, dari gangguan metabolisme onset cepat sampai penyakit neurodegenerative onset lambat, bisa dianggap sebagai penyakit misfolding protein.

Proses folding protein dilakukan oleh sejumlah intramolekul dan melewati intermediet dengan mengurangi energi dan entropi yang berusaha menghasilkan minimum energi. Secara in vitro, folding intermediates dapat keluar jalur dan menggunakan gaya antarmolekul, menghasilkan agregasi. In vivo, proses folding dibantu oleh pengantar molekul, yang melindungi protein dan mengantar ke struktur asli.9

Gangguan pada rantai asam amino, baik oleh variasi gen yang diwariskan atau dari kerusakan asam amino, seperti modifikasi oksidatif, dapat mengenai poses folding bahkan pengantarnya.


Protease intraseluler, yang bersama dengan penghantar terdiri dari sistem pengendalian kualitas protein seluler, mencoba untuk menghilangkan protein yang gagal folding. Untuk protein tertentu dan dalam keadaan tertentu eliminasi tidak berjalan efisien dan protein yang gagal folding terakumulasi sebagai agregat.9

Protein yang rusak, yang dihapus secara dini oleh protease, dapat menyebabkan peningkatan loss-of-function pathogenesis dan menghasilkan penyakit defisiensi protein. Protein yang rusak, yang tidak dihilangkan tetapi terakumulasi, menghasilkan pathogenesis gain-of-function dan patologi penyakit. Beberapa penyakit menunjukkan mekanisme pathogen baik loss-of-function ataupun gain-of-function. Penyakit khas karena sebagian besar patogenesis loss-of-function adalah fenilketonuria, fibrosis cystic, penyakit paru jenis defisiensi α-1-antitrypsin, dan defisiensi dehydrogenase acyl-CoA medium-chain. Penyakit-penyakit khas dengan dominasi Gain-of-function pathogenesis adalah kardiomiopati, penyakit keratin dan kolagen, penyakit parkinson karena variasi gen α-synuclein, familial neurohypophyseal diabetes insipidus, dan penyakit liver jenis defisiensi α-1-antitrypsin. Campur aduk patogenesis terlihat pada penyakit Parkinson karena kekurangan sistem eliminasi, dan terdeteksi pada defisiensi dehydrogenase acyl-CoA short-chain.9

Penyakit dengan patogenesis loss-of-function misfolding protein biasanya autosomal yang diwariskan secara resesif, seperti banyak gangguan metabolisme lainnya. Sebaliknya, gain-of function pathogenesis paling sering menghasilkan penyakit dominan, baik karena toksik peptida, seperti pada penyakit keratin dan kolagen, atau karena efek seluler dari protein yang misfolding, seperti yang terlihat pada penyakit Parkinson dengan akumulasi α-synuclein.

Efek patogenesis loss-of-function misfolding protein biasanya insufisiensi dari reaksi metabolisme atau transportasi serta efek toksik dari akumulasi substrat, yang unik untuk reaksi seluler tertentu. Efek akumulasi / agregat protein lebih umum ditimbulkan oleh sifat fisiko-kimia dan bukan oleh fungsi spesifik dari protein.

Bab 3 | Protein 43

Gambar 3.6 Misfolding protein dan beberapa efek seluler yang penting pada akumulasi protein.

b. Defisiensi Protein

Kwashiorkor merupakan salah satu malnutrisi yang ditandai asupan protein yang inadekuat dengan asupan energi yang cukup. Gejala umum dari kwashiorkor adalah hipoalbuminemia, edema, penurunan imunitas, dermatitis, anemia, apatis, dan terjadi penipisan rambut. Kadar serum albumin dipilih sebagai indikator dalam menentukan kondisi kwashiorkor didasarkan bahwa albumin adalah plasma protein yang paling banyak ada di darah manusia (60%). Dengan adanya defisiensi protein yang parah, anak yang mengalami kwashiorkor tidak dapat membentuk globin yang cukup, yang merupakan moietas protein dari hemoglobin yang menyebabkan manifestasi anemia. Defisit protein dan energi maupun keduanya telah diketahui dapat berpengaruh terhadap depresi sistem imun. Kekurangan protein yang berat berhubungan dengan atrofi pada organ limfoid primer yang berperan dalam sistem imun, yaitu sumsum tulang belakang dan timus. Efek tercepat dari atrofi pada timus salah satunya adalah leukopenia (penurunan jumlah leukosit). Leptin adalah suatu hormon yang diproduksi oleh jaringan adipose yang bekerja pada hipotalamus serta berperan dalam pengaturan nafsu makan, berat badan, dan fungsi neuroendokrin. Defisiensi leptin pada tikus dan manusia menyebabkan obesitas, diabetes, dan berbagai anomali neuroendokrin.

DAFTAR PUSTAKA

Anggraeny O, Chardina D, Ekanti NP, Minarty S, Ratih SD. Korelasi pemberian diet rendah protein terhadap status protein, imunitas, hemoglobin, dan nafsu makan tikus wistar jantan. Indonesian Journal of Human Nutrition 2016;3(2): 105 – 122.

Barnouin, K. 2004. Two-dimensional gel electrophoresis for analysis of protein complexes. Journal of Methods Mol Biol. 261 : 479-98.

Basel B. Protein Structure. Springer 2005:9-23.

Beretov., V.C. Wasinger, E.K. A. Millar, Schwartz, Peter H. Graham, Yong Li. 2015. Proteomic Analysis of Urine to Identify Breast Cancer Biomarker Candidates Using a Label-Free LC-MS/MS Approach. Journal PlosOne.

Bi X., Qingsong L., Tet Wei F., Shashikant J., Tao Y., Han-Ming S., Choon Nam O., Peh Yean C., Kong Weng E. dan Choy-Leong H. 2006. Proteomic Analysis of Colorectal Cancer Reveals Alterations in Metabolic Pathways Mechanism of Tumorigenesis. Molecular & Cellular Proteomics.Volume 5, 1119-1130.Chen C. L, , Tsung-Shih Lin, Cheng-Han Tsai, Chih-Ching Wue, Ting Chung, Kun-Yi Chien, Maureen Wuc, Yu-Sun Chang, Jau-Song Yu bdan Yi-Ting Chen. 2013 Identification of potential bladder cancer markers in urine by abundant-protein depletion coupled with quantitative proteomics. Journal Proteomics. 85.

45


Biswas, S. dan Rolain J.M. 2012. Review Use of MALDI-TOF mass spectrometry for identification of bacteria that are difficult to culture. Journal of Microbiological Methods. 92(1) : 14–24.

Cadieux, P. A., Beiko D. T., Watterson J. D., Burton J. P., Howard J. C., Knudsen B. E., Gan B. S., McCormick J. K., Chambers A. F., Denstedt J. D. Dan Reid G. 2004. Surface-enhanced laser desorption/ionization-time of flight-mass spectrometry (SELDI-TOF-MS): a new proteomic urinary test for patients with urolithiasis. Journal Clin Lab Anal. 18(3) : 170-5.

Chaver P. A.,Olla O. E., Maria P. Fancisco J. R. B. dan Vicenta S. M. Z. 2014. Proteomics for discovery of candidate colorectal cancer biomarkers. World J. Gastroenterol. 20(14): 3804–3824.

Chen, B., Yuling Liu, Yangmei Shen, Zijing Xia, Gu He dan Shufang Liang. 2014. Protein Microarrays in Proteome-wide Applications. Journal of Proteomics & Bioinformatics. S12.

Cheng, Y., Chongdong Liu, Nawei Zhang, Shengdian Wang dan Zhenyu Zhang. 2014. Proteomics Analysis for Finding Serum Markers of Ovarian Cancer. BioMed Research International. 1-9

Cho J. Y. dan Sung H. J. 2009. Proteomic approaches in lung cancer biomarker development.Expert Rev Proteomics. volume 1 : 42-72.

Choi Y. P.,King S, Hong, Xiex X dan Cho N H.2005. Proteomic analysis of progressive factors in uterine cervical cancer. Proteomics.5(6):1481-93.

Clarke, Charlotte H., McCarthy dan Diane L. Bankert. 2012. SELDI-TOF Mass Spectrometry. Methods and Protocols

Coscia, F., K. M. Watters, M. Curtis, M. A. Eckert, C. Y. Chiang, S. Tyanova, A. Montag, R. R. Lastra, E. Lengyel dan M. Mann. 2016. Integrative proteomic profiling of ovarian cancer cell lines reveals precursor cell associated proteins and functional status. Nature Communications. 7(126450).

Cui J.W., Wang J., He K, Jin B. F., Wang H. X., Li W., Kang L. H., Hu M. R., Li H. Y., Yu M., Shen B. F., Wang G. J. dan Zhang X. M. 2004. Proteomic analysis of human acute leukemia cells: insight into their classification. Clin Cancer Res. 10(20) : 6887-96.

Daftar Pustaka 47

Davalieva, K., Ivana Maleva Kostovska, Sanja Kiprijanovska, Katerina Markoska, Katerina Kubelka-Sabit,Vanja Filipovski, Sotir Stavridis, Oliver Stankov, Selim Komina, Gordana Petrusevska dan Momir Polenakovic. 2015. Proteomics analysis of malignant and benign prostate tissue by 2D DIGE/MS reveals new insights into proteins involved in prostate cance. The Prostate. 75: 1586–1600.

Diana FM. Fungsi dan metabolisme protein dalam tubuh manusia. Jurnal Kesehatan Masyarakat 2010; 4(1).47-52.

Domenico F, De Marco F, Perluigi M. 2013. Proteomics strategies to analyze HPV-transformed cells: relevance to cervical cancer. Expert Rev Proteomics. (5) : 461-72.

Duijvesz, D., Kristin E. Burnum-Johnson, Marina A. Gritsenko, A. Marije Hoogland, Mirella S. Vredenbregt-van den Berg, Rob Willemsen, Theo Luider, Ljiljana Paša-Tolić dan Guido Jenster. 2013. Proteomic Profiling of Exosomes Leads to the Identification of Novel Biomarkers for Prostate Cancer. PlosOne. 8(12): e82589.

Duraiyan J., Rajeshwar Govindarajan, Karunakaran Kaliyappan dan Murugesan Palanisamy. 2012. Applications of immunohistochemistry. J. Pharm Bioallied Sci. 4(2): S307–S309.

Elzek, M.A. and Rodland, K.D. 2015. Reviews of Proteomics of Ovarian Cancer: Functional Insights and Clinical Applications. Cancer and Metastasis. 34 : 83-96.

Euro Diagnostica. 2017. Immunofluorescence. http://eurodiagnostica.com/index.php?headId=3&pageId=3&langId=1&catId=10

Fairchild S, Pachter R, Perrin R. Protein structure analysis and prediction. The Mathematica Journal 1995;4(5):56-9.

Fye H. K. S., Cynthia Wright-Drakesmith, Holger B. Kramer, Suzi Camey, Andre Nogueira da Costa, Adam Jeng, Alasana Bah, Gregory D. Kirk, Mohamed I. F. Sharif, Nimzing G. Ladep, Edith Okeke, Pierre Hainaut, Simon D. Taylor-Robinson, Benedikt M. Kessler, Maimuna E. Mendy. 2013. Protein Profiling in Hepatocellular Carcinoma by Label-Free Quantitative Proteomics in Two West African Populations.Journal PlosOne.


Goodison S., Charles J. R. dan Virginia U. 2009. Urinary proteomic profiling for diagnostic bladder cancer biomarkers. Expert Rev Proteomics. 6(5) : 507–514.

Graves, P. R. dan Haystead, T.A.J. 2002. Molecular Biologist’s Guide to Proteomics. Microbiol Mol Biol Rev. 66(1) : 39–63.

Gregersen N, Peter B, Soren V, Jane HC. Protein misfolding and human disease. Human Genet 2006;7:103-24.

Hoff, F., 2015. How to Prepare Your Specimen for Immunofluorescence Microscopy. Philipps University Marburg, Institute of Cytobiology and Cytopathology, Germany. http://www.leica-microsystems.com/science- lab/how-to -prepare-your-spec imen-for-immunofluorescence-microscopy/

Hoffman JR, Michael JF. International Society of Sports Nutrition Symposium. Macronutrient Utilization During Exercise: Implications For Performance And Supplementation. Protein-Which is best?

Iglesias, G. D., Wikström P., Tyanova S., Lavallee C., Thysell E., Carlsson J., Hägglöf C., Cox J., Andrén O., Stattin P., Egevad L., Widmark A., Bjartell A., Collins C. C., Bergh A., Geiger T., Mann M., Flores-Morales A. 2016. The Proteome of Primary Prostate Cancer. Eur Urol. 69(5) : 942-52.

Katili AS. Struktur dan fungsi protein kolagen. Jurnal Pelangi Ilmu 2009;2(5): 19-29.

Khalil A. A. 2007. Biomarker discovery: a proteomic approach for brain cancer profiling. Cancer Sci. 98(2) : 201-13.

Khan A. P., Poisson L. M., Bhat V. B., Fermin D., Zhao R., Kalyana-Sundaram S., Michailidis G., Nesvizhskii AI, Omenn G. S., Chinnaiyan A. M. dan Sreekumar A. 2010. Quantitative proteomic profiling of prostate cancer reveals a role for miR-128 in prostate cancer. Mol Cell Proteomics. 9(2) : 298-312.

Kimhofer,T., H Fye, S Taylor-Robinson3, M Thursz3 dan E Holmes. 2015. Proteomic and metabonomic biomarkers for hepatocellular carcinoma: a comprehensive British Journal of Cancer. 112: 1141–1156. www.bjcancer.com

Daftar Pustaka 49

Kontostathi, G., Jerome Zoidakis, Manousos Makridakis, Vasiliki Lygirou, George Mermelekas, Theofilos Papadopoulos, KonstantinosVougas, Alexios Vlamis-Gardikas, Peter Drakakis, DimitriosLoutradis, Antonia Vlahou, Nicholas P. Anagnou, dan Kalliopi I.Pappa. 2017. Cervical Cancer Cell Line Secretome Highlights the Roles of Transforming Growth Factor-Beta-Induced Protein ig-h3, Peroxiredoxin-2, and NRF2 on Cervical Carcinogenesis. BioMed Research International.

Lam Y.H. Brian. 2005. Proteomic Classification of Liver Cancer using Artificial Neural Network.

Lange, V., Paola Picotti, Bruno Domon dan Ruedi Aebersold. 2008. Selected reaction monitoring for quantitative proteomics: a tutorial. Mol Syst Biol. 4: 222.

López-Pedrera C., Villalba J. M., Siendones E., Barbarroja N., Gómez-Díaz C., Rodríguez-Ariza A., Buendía P., Torres A. dan Velasco F. 2006. Proteomic analysis of acute myeloid leukemia: Identification of potential early biomarkers and therapeutic targets. Proteomics. 6(1) : 293-9.

Maes, E., Inge Mertens, Dirk Valkenborg, Patrick Pauwels dan Christian Rolfo. 2015. Proteomics in cancer research: Are we ready for clinical practice?. Critical Reviews in Oncology/Hematology 96 (2015) 437–448.

Mahmood, T. dan Yang, P. C. 2012. Western Blot: Technique, Theory, and Trouble Shooting. N Am J Med Sci. 4(9): 429–434.

Mandle AK, Pranita J, Shailendra KS. Protein structure prediction using support vector machine. International Journal on Soft Computing ( IJSC ) 2012;3(1):67-78.

Mass spectrometry laboratory. 2017. Electrospray Ionization. The University of Illinois at Urbana. http://scs.illinois.edu/massSpec/ion/esi.php

Mestrovic, T. 2016. Whats is Proteomics? http://www.news-medical.net/life-sciences/What-is-Proteomics.aspx

Minami, S.,Yuichi S., Toshihide M., Taihei K.,Yusuke K.,Kodera Y., Jun-Ichiro I., Kazumasa M., Ryo N. dan Isao O. 2010. Proteomic Study of Sera from Patients with Bladder Cancer: Usefulness of


S100A8 and S100A9 Proteins. Cancer Genomics and Proteomics. 7(4) : 181-189.

MRM Proteomic. 2017. Multiple Reaction Monitoring (MRM). http://www.mrmproteomics.com/multiple-reaction-monitoring-mrm-mass-spec/

Neubauer, H., Susan E. Clare, Wojciech Wozny, Gerhard P. Schwall, Slobodan Poznanović, Werner Stegmann, Ulrich Vogel, Karl Sotlar, Diethelm Wallwiener, Raffael Kurek, Tanja Fehm dan Michael A. Cahill. 2008. Breast cancer proteomics reveals correlation between estrogen receptor status and differential phosphorylation of PGRMC1. Breast Cancer Research.

O’Dwyer D., Ralton LD, O’Shea A, Murray GI. 2011. The proteomics of colorectal cancer: identification of a protein signature associated with prognosis. PLoS One. 6(11) : e27718.

Ocak, S., Chaurand P. Dan Massion P. 2009. Mass Spectrometry-Based Proteomic Profiling of Lung Cancer. Proceeding of the American Thoracic Socienty. 6(2) : 159-70.

Perroud, B., Jinoo Lee, Nelly Valkova, Amy Dhirapong, Pei-Yin Lin, Oliver Fiehn, Dietmar Kültz dan Robert H. Weiss. 2006. Pathway analysis of kidney cancer using proteomics and metabolic profiling. Molecular Cancer. 5: 64.

Perroud, B., Tatz Ishimaru, Alexander D. Borowsky dan Robert H. Weiss. 2009. Grade-dependent Proteomics Characterization of Kidney Cancer. Mol Cell Proteomics. 8(5) : 971–985.

Proteome Research. 2017. Two dimensional gel electrophoresis. The Mainman Institute for Proteome Research. The George S. Wise faculty of Life Science. Tel Aviv University. Israel. https://www.tau.ac.il/lifesci/units/proteomics/2dimgel.html

Prticle Science. Protein Structure. Technical Brief 2009;8:1-2.

Rubporn,A., Chantragan S., Pantipa S., Daranee C., Khajeelak C. Jisnosson S. dan Polkit S. 2009. Comparative Proteomic Analysis of Lung Cancer Cell Line and Lung Fibroblast Cell Line. Cancer Genomics and Proteomic. 6 (4): 229-237.

Daftar Pustaka 51

Sciex. 2017. Delivering new and innovative LC-MS/MS technologies that support your application. https://sciex.com/lc-ms-systems?gclid=COLlue708NMCFVEfaAodsoQMgw

Shimadzu. 2017. Liquid Chromatograph-Mass Spectrometry. http://www.shimadzu.com/an/lcms/support/intro/lib/lctalk/46/46intro.html

Singhal, N., Manish Kumar, Pawan K. Kanaujia dan Jugsharan S. Virdi. 2015. MALDI-TOF mass spectrometry: an emerging technology for microbial identification and diagnosis. Front Microbiol. 6 : 791.

Sood, A., Alexandra M. Miller, Edi Brogi, Yunxia Sui, Joshua Armenia, Elizabeth McDonough, Alberto Santamaria-Pang, Sean Carlin, Aleksandra Stamper, Carl Campos, Zhengyu Pang, Qing Li, Elisa Port, Thomas G. Graeber, Nikolaus Schultz, Fiona Ginty,1Steven M. Larson, dan Ingo K. Mellinghoff. 2016. Multiplexed immunofluorescence delineates proteomic cancer cell states associated with metabolism. JCI Insight. 1(6) : e87030.

Sutandy, F. X. R., Jiang Qian, Chien-Sheng Chen dan Heng Zhu. 2013. Overview of Protein Microarrays. Curr Protoc Protein Sci. 27(1).

Thermo Fisher Scientific. 2017a. Overview of Western Blotting. https://www.thermofisher.com/id/en/home/life-science

. 2017b. Overview of ELISA. https://www.thermofisher.com/id/en/home/life-science

. 2017b. Overview of Immunohistochemistry. https://www.thermofisher.com/id/en/home/life-science

Tian, Q., Vineet Sangar dan Nathan D. Price. 2016. Emerging Proteomic Technologies Provide Enormous and Underutilized Potential for Brain Cancer Research. Molecular & Cellular Proteomics. 15(2).

Toss A. dan Laura C. 2013. Molecular mechanisms of PARP inhibitors In BRCA-related ovarian cancer. Journal of Cancer Science and Therapy. 5(11) : 409–416.

Wang J., Yew Mun Lee, Caixia Li, Ping Li, Zhen Li, Teck Kwang Lim, Zhiyuan Gong, dan Qingsong Lin. 2015. Dramatic Improvement of Proteomic Analysis of Zebrafish Liver Tumor by Effective Protein Extraction with Sodium Deoxycholate and Heat Denaturation. International Journal of Analytical Chemistry.

Wekken A. J., Thijo J. N. H. dan Harry J. M. G. 2015. The value of proteomics in lung cancer. Ann Transl Med. 3(3):29.

Wit, M. Rremond J. A. Fijneman, Henk M. W. Verheul, Gerrit A. Meijer dan Connie R. Jimenez. 2013. Protemics in Colectal Cancer translational research: Biomarker discovery for Clinical applications Clinical Biochemistry. 46(6) : 466-79.

Wong Y. F., T.H. Cheung, K.W.K Lo, V.W Wang, C.S Chan, T.B Ng, T.K.H Chung, S.C Mok. 2004. Protein profiling of cervical cancer by protein-biochips: proteomic scoring to discriminate cervical cancer from normal cervix. Cancer Letters. 211 : 227–234.

Yin C, Stephen S, T Yau. A coevolution analysis for identifying proteinprotein interactions by Fourier transform. Plos one 2017;1-19.

53

BIODATA PENULIS

Nama : Dr. Dr. Nia Kania, Sp.Pa(K)Nip : 19600731 198903 2 005

Nidk : 8846560018

Tempat Dan Tanggal Lahir : Bandung / 31 Juli 1960

Agama : IslamJenis Kelamin : PerempuanStatus Perkawinan : KawinAlamat Rumah : Jl. Sultan Adam 97 Rt. 36 Banjar-masinGolongan/Pangkat : Pembina Utama Madya / IvdJabatan Akademik : Ketua Smf Patologi AnatomiPerguruan Tinggi/Institusi : Fk Unlam / Rsud Ulin Banjarma-sinAlamat : Jl. A. Yani 43 BanjarmasinTel./Faks : 0511 – 3255880No Hp : 0811 504 532Alamat E-Mail : [email protected]


Riwayat Pendidikan Perguruan Tinggi

S-1 S-2 S-3

Nama Perguruan Tinggi FK. UNPAD FK. UNPAD FK. UNIBRAW

Bidang Ilmu Umum Patologi Anatomi

Tahun Masuk-Lulus 1979 - 1989 1996 - 1999 2009 – 2012

Judul Skripsi/Tesis/Disertasi - M R D R p a d a kanker payudara type invasive

Patomekan isme p e r ta h a n a n s e l epitel bronkhiolus paru akibat paparan debu batu bara & asap rokok

Nama Pembimbing/Promotor - P r o f . Ta n w i r Mukani (Alm)

Prof. HMS. Chandra Kusuma

Pelatihan Profesional

Tahun Jenis Pelatihan (Dalam / Luar Negeri)

Penyelenggara Jangka waktu

2008 Imunohistokimia (dlm Negeri) FK. UI Jakarta 4 Feb s/d 29 Feb

2008 Cytology & Immunocytochemistry (luar Negari)

Tama-Nagayama Hospital Nippo Medical school, Japan

Juni s/d November

Konferensi/Seminar/Lokakarya/Simposium

Tahun Judul Kegiatan Penyelenggara Panitia/peserta/pembicara

NAsioNAL

2008 KONKER XI & PIT IAPI Manado Peserta / Pembicara Makalah Bebas

2008 Workshop International standard for TB care (ISTC)

IDI Kal-Sel Peserta

2008 Course on diagnostic Pathology of Non Hodgkin Lymphoma

FK. UI Jakarta Peserta

2008 PKB Bedah onkologi Indonesia

Bedah Onk Ind, Pontianak

Pembicara

2009 Muktamar Dokter Indonesia XXVII

IDI Palembang Peserta

2009 16th National congress of the Indonesian association of Pathologist

IAPI Medan Peserta

Biodata Penulis 55

2010 8th Basic molecular biology course on stemcell

UNIBRAW Malang

Peserta

2010 Dinner Symposium ”Therapy Acute Coronary Syndrome”

UNIBRAW Malang

Peserta

2010 Seminar Nasional Green Technology for Better Future

Fakultas Sain & teknologi Malang

Peserta

2010 Slide Seminar Dermatopathology

FK. UNPAD Bandung

Peserta

2011 Year End Scientific Meeting : Exchange Experience, Extending Horison in Solid Tumor Management

Bedah Onk Ind, Bali

Peserta

2012 Seminar Ilmiah IDI IDI Kal-Sel Peserta

2012 The 2nd International Conference of Life Sciences (ICLS 2012)

UNIBRAW, Malang

Peserta

2012 Seminar Insentif Riset Sistem Inovasi Nasional

RISTEK, Bandung Peserta

2012 The 11th Grand Round Musculoskeletal Tumor

Banjarmasin Pembicara

2012 Update Diagnostik deteksi KLR metoda sitologi serviks berbasis cairan - LC Prep

PT. Isotekinda Intertama, Banjarmasin

Pembicara

2013 Sosialisasi Material Transfer Agreement

Banjarmsain Peserta

2013 Workshop ”Attended the 2nd congress of Indonesia

Jakarta Peserta

2013 A Novel therapy in stem cell activation

IDI Kal-Sel Pembicara

2013 Temu Ilmiah Oncology Update ”Immunohistokimia Marker untuk terapi ca Mammae”

IKABI Pembicara

2014 Workshop Thyroid Disorders

PERKENI Pembicara

2014 Workshop Clinico Pathology

POGI & INASGO, Bandung

Pembicara

2014 Fine Needle Biopsy Cytology Tutorial

IAPI Jakarta Peserta


2014 Workshop ”Borneo Gastrohepatologi Update 2014”


2014 ICAMBBE ”International Conference on Advance Molecular Bioscience and Biomedical Engineering 2014”

Malang Pembicara

2014 Workshop ”Teknik Virologi Melalui Pendekatan Molekuler”

Banjarmasin Peserta

2014 Working Conference XIII and Annual Scientific Meeting 2014

IAPI Padang Peserta / Pembicara Makalah Bebas

2015 The 11st International conference of Enviromental Pollution on Human Health 2015

Batu - Malang Pembicara

2015 PKB XIV Ilmu Penyakit Dalam


2015 Singhealth haematolymphoid pathology course 2015

IAPI Cab. Yogyakarta

Peserta

2015 The 18Th National congress & Annual scientific meeting

IAPI Cab. Yogyakarta

Peserta

2015 Pelatihan Penulisan proposal RISBIN IPTEKDOK

FK. UNLAM Banjarmasin

Peserta

2016 Pelatihan Pengembangan Keterampilan Dasar Teknik Instruksional (PEKERTI)

UNLAM LP3 Peserta

2016 Mini Simposium Kanker Paru 2016


2016 Pelatihan penguji & pelatih pasien standar OSCE Nasional

FK. ULM Banjarmasin

Peserta

2016 Perkembangan Penelitian Penyakit Tropis Berbasis Lahan Basah & Kearifan Lokal KalSel

FK. ULM Banjarmasin

Peserta

2016 Lymphoma, Breast Cancer Diagnostic and Treatment Update

Golden Tulip Hotel – Banjarmasin

Pembicara

Biodata Penulis 57

2016 Pelatihan Good Clinical Laboratory Practice (GCLP)

Banjarmasin Peserta

2017 The 10th Asia Pacific International Academy of Parhologi Congress

Bali Peserta

2017 Update In EGFR Examination and Targeted Therapy In Lung Ca

RSUD Ulin - Banjarmasin

Pembicara

2017 Development of Tropical Diseases Research Based on Wetlands and Indonesian Local Wisdom

FK. ULM Banjarmasin

Pembicara

internasional

2008 Cytopathology Course Singapore Peserta

2008 Cytologi workshop ”Five years retrospective study head and neck tumor with fine aspiration biopsy at rural area”

Japan- Thailand Peserta / Presentasi poster

2008 38th Annual Scientific & Business Meeting

Sydney Peserta /Presentasi poster

2010 Cytopathology Course Singapore Peserta

2010 IOF World Congress on Osteoporosis & 10th European Congress on Clinical and Economic Aspects of Osteoporosis and Osteoarthritis

Florence – Italy Peserta

2011 21st Asia Pacific Cancer Conference

Malaysia Peserta /Presentasi poster

2013 IOF Regionals 4th Asia-Pacific Osteoporosis Meeting

Hong Kong Peserta /Presentasi poster

2014 IOF Regionals 5th Asia-Pacific Osteoporosis Meeting

Chinese Taipei Peserta /Presentasi poster

2015 The science of pain and its management

London Peserta /Presentasi poster


Pengalaman Penulisan Artikel Ilmiah Dalam Jurnal Publikasi

Tahun Judul Penelitian Jurnal, Vol, Akreditasi Urutan Nama Penulis

2011 Efek Inhalasi Debu Batubara terhadap stress klorinatif dan kerusakan endotel

Journal of the Indonesia Medical Associatin Vol 61. Th. 2011 Hal. 253 ISSN 0377-1121Website : www.idionline.org

2

2011 Perubahan gambaran histopatologi paru pada paparan debu batubara memakai alat model 2010.

MKB Vol. 43 No. 3. Th. 2011 Hal. 127 ISSN 0126-074X

1

2011 Paparan debu batubara subkronik pada peroksidasi Lipid dan kadar gula darah tikus diabetes.

MKB Vol. 43 No. 4. Th. 2011 Hal. 189 ISSN 0126-074X

3

2011 Decreased osteoblasts and increased osteoclasts in rats after coal dust exposure

Universa Medicina Vol 30 No. 2. Th. 2011 Hal. 73 ISSN : 1907-3062Website : www.univmed.org

2

2011 Oxydative stress in rats caused by coal dust plus cigarette smoke

Universa Medicina Vol 30 No. 2. Th. 2011 Hal. 80 ISSN : 1907-3062 Website : www.univmed.org

1

2012 Peroxidative index as novel marker of hydrogen peroxide involvement in lipid peroxidation from coal dust exposure

Oxidants and Antioxidants In Medical Science. Th. 2012 Hal. 209-215 ISSN : 2146-8389Website : www.oamsjournal.com

1

2013 The Effect of Eucheuma cottonii on Signaling Pathway Inducing Mucin Synthesis in Rat Lungs Chronically Exposed to Particulate Matter 10 (PM10) Coal Dust

Journal of Toxicology Vol. 2013, Article ID 528146, 8 pageshttp://dx.doi.org/10.1155/2013/528146

1

2013 The effects of combined particulate matter 10 coal dust exposure and high-cholesterol diet on lipid profiles, endothelial damage, and hematopoietic stem cells in rats

Journal of Experimental and Integrative Medicine. Th 2013 Hal. 219-223ISSN : 1309-4572http://www.jeim.org

5

Biodata Penulis 59

2013 Effects of Combined Inhalation of Coal Dust and Cigarette Smoking on Haematobiochemical Parameters

Cukurova Medical Journal 2013; 38 (4): 547-552

1

2013 Combined inhalation of cigarette smoke and low and high dose of coal dust particulate matter 10 (PM 10) on bone histology and mineral elements in rats.

Jurnal Internasional Osteoporosis International with Others Metabolic Bone Diseases, Vol. 24 Supp 4 December 2013 Page:P292. (IOF Hong Kong)www.iofbonehealth.org

1

2014 Tibia bone properties at different time course of ovariectomized rats

Journal of Diabetes & Metabolic Disorders 2014, 13:91http://www.jdmdonline.com/content/13/1/91

2

2014 Subchronic inhalation of particulate matter 10 coal dust induces atherosclerosis in the aorta of diabetic and nondiabetic rats

Biomarkers and Genomic Medicine (2014) 6, 67-73. http://dx.doi.org/10.1016/j.bgm.2014.03.002

2

2014 Effects of acute coal dust exposure on the OPG/RANKL system of middle-aged male rats

Jurnal Internasional Osteoporosis International with Others Metabolic Bone Diseases, Vol. 25 Supp 5 November 2014 Page:P107. (IOF Chinese Taipei) www.iofbonehealth.org

1

2014 Subchronic inhalation of dust particulate matter 10 induces bronchoalveolar hyperplasia and decreases MUC5AC expression in male Wistar rats.

Experimental and Toxicologic Pathology 66 (2014) 383-389.http://dx.doi.org/10.1016/j.etp.2014.06.001

1

2014 The effects of Eucheuma cottonii on alveolar macrophages and malondialdehyde levels in bronchoalveolar lavage fluid in chronically particulate matter 10 coal dust-exposed rats

Iran J Basic Med Sci, Vol 17, No. 8, Aug 2014. Ijbms.mums.ac.ir

4


2015 Concomitant exposure to cigarette smoke and coal dust induces lung oxidative stress and decreases serum MUC5AC levels in male rats

Biomarkers and Genomic Medicine (2015)XX, 1-7http://dx.doi.org/10.1016/j.bgm.2014.10.001

1

2016 Factors Affecting The Incident Of Hypertension In Adolescent at Christian High School Banjarmasin

IJABER, Vol. 14, No.6, (2016): 3631-3642 1

2016 Chlorinative Index in Liver Toxicity Induced by Iron

International Journal of Toxicological and Pharmacological Research. (2016) – ISSN : 0975 1556http://www.ijtpr.com

1

2017 Safe Dosage of Caprine CSN1S2 Protein From Fresh Local Goat Milk for Rats Evaluated by acute and Sub-Chronic Toxicity Testing

ITB Journal Publisher – ISSN: 2337-5760, DOI: 10.5614

3

2017 Cinnamomum burmanini Blume increases bone turnover marker and induces tibia’s granule formation in ovariectomized rats

Journal of Ayurveda and Integrative Medicinehttp://elsevier.com/locate/jaim

1

2018 The interaction of the active compounds of labisia pumila on RANK-RANKL-OPG system

Journal homepage: http://www.clinicalnutritionexperimental.com

2

Kegiatan Profesional Penelitian/ Karya Ilmiah

Tahun Jenis/Nama Kegiatan Tempat Besaran Dana (Rp)

2014 Penyusunan dan pelatihan SADARI pada wanita usia subur untuk Deteksi dini kanker payudara

Klinik IDI Banjarmasin

Rp. 3.500.000,-

2015 Screening Ca cervix dengan Pap smear & seminar masyarakat awam tentang kanker & cacat lahir

Batu licin Kab. Tanah Bumbu

Rp. 70.000.000,-

Biodata Penulis 61

2015 Tingkat kebersihan lantai ruang persalinan bidan praktik swasta di kota Banjarbaru

Banjarbaru Rp. 5.000.000,-

2015 Peningkatan pengetahuan kesehatan reproduksi pada siswa sekolah menengah atas

Kab. Banjar Rp. 3.000.000,-

2016 Penyuluhan tentang personal hygiene pada remaja di pondok Pesantren Darul Ilmi Banjarbaru

Banjarbaru Rp. 750.000,-

2016 Penyuluhan kesehatan tentang personal hygiene pada pekerja tambang intan


2016 Penyuluhan kesehatan tentang scabies pada pekerja tambang intan Banjarbaru


2016 Penyuluhan tentang giji seimbang pada siswa SD Alam Muhammadiyah Landasan Ulin Banjarbaru


2016 Penyuluhan tentang perilaku hidup bersih dan sehat (PHBS) pada siswa SD Alam Muhammadiyah Landasan Ulin Banjarbaru


2016 Hubungan antara beban kerja dgn kinerja perawat di ruang rawat inap penyakit dalam RSUD X Bjm

Banjarmasin Rp. 5.000.000,-

2016 Penyuluhan kecacingan kepada masyarakat di wilayah pendulangan intan cempaka desa sungai tiung kota banjarbaru

Banjarbaru Rp. 3.500.000,-


Kegiatan Profesional Pengabdian Kepada Masyarakat

Tahun Jenis/Nama Kegiatan Tempat

2007 Nara Sumber pada acara Mini Lokakarya & Workshop ”Kesehatan reproduksi / pap smear & kanker”

DINKES Kota Banjarmasin

2007 Nara Sumber pada acara Seminar Umum ”Hidup sehat mencegah KLR menuju keluarga sakinah”

RS. Islam Banjarmasin

2007 Nara Sumber pada acara ” Deteksi dini KLR dengan pap smear”

DPW PATELKI Palangka Raya

2011 Nara Sumber pada acara seminar Sehari ”Pencegahan KLR masa kini menuju wanita sehat & cantik

YKI Cab. KalSel

2012 Nara Sumber pad acara Seminar Nasional ”Peran perempuan dalam mencegah kanker serviks melalui inovasi IPTEK menuju keluarga sehat”

Fakultas Pertanian UNLAM Banjarbaru

2012 Nara Sumber pada acara Seminar Sehari ”Gerakan Nasional Peduli & Cegah Kanker Serviks dalam rangka HUT YKI Ke-35

RM. Pawon Tlogo Handil Bakti

2014 Seminar Sehari dlm Rangka HUT Polwan ke 64 th

POLDA KalSel

2014 Sosialisasi tentang kanker dalam rangga hari kanker sedunia

RSUD Ulin Bjm

Pembicara pada “Talk Show” Yayasan Suaka Ananda B.Pos

Golden Tulip Hotel

2015 Lokakarya Penanggulangan Kanker Terpadu Paripurna

SEKDA Kab. Tanah Bumbu

2016 Sosialisasi tentang kanker dalam rangka hari kanker sedunia (WCD)

Ex. Kantor Gubernur KalSel

2016 Narasumber pada acara Seminar sehari Deteksi dini kanker colon & kanker payudara dalam rangka HUT YKI Ke 39

YKI Cab. KalSel

2016 Narasumber pada acara Dinkes Provinsi KalSel tentang Ca cervix & Ca Payudara

G-Sign Hotel Bjm


Palm Hotel Bjm


Amaris Hotel Bjm

Biodata Penulis 63

Jabatan Dalam Pengelolaan Institusi

Peran/Jabatan Institusi (Univ, Fak, Jurusan, Lab, Studio, Manajemen sistem informasi Akademik, dll)

Tahun

Ketua SMF Lab. Patologi Anatomi S/d Sekarang

Anggota Tim Ethical Clearance FK. UNLAM 2015

Organisasi Profesi/Ilmiah

Tahun Jenis/Nama organisasi Jabatan/Jenjang Keanggotaan

2007 s/d sekarang Tim Penanggulangan Kanker Terpadu Paripurna (PKTP)

Ketua

2007 s/d sekarang Ikatan Ahli Patologi Indonesia (IAPI)

Ketua Cab. Kal-Sel

2015 s/d 2018 POI Cab. Kalimantan Ketua

2015 s/d 2018 PEROSI Cab. Banjarmasin Bidang Pendidikan

Saya Menyatakan Bahwa Semua Keterangan Dalam Curriculum Vitae Ini Adalah Benar Dan Apabila Terdapat Kesalahan, Saya Bersedia Mempertanggungjawabkannya. Demikian Biodata Ini Saya Buat Dengan Sebenarnya Untuk Keperluan Kesediaan Mengajar Di Program Studi Magister Ilmu Kesehatan Masyarakat Fk Unlam.

Banjarmasin, Februari 2018

Yang Menyatakan,

(Dr. Dr. Nia Kania, Sp.Pa(K)

eprints.ulm.ac.ideprints.ulm.ac.id/4445/1/tehnik deteksi proteonomik pada... · 2018. 10. 18. ·...

Documents