DNAの二重らせん構造

相補鎖

• CDS 1..15• CDS complement(7..27)• GenBankファイルには、 3’-5’側の配列は載せられていない

1 2 12345678901234567890123456789 5’-atgctactaacgtagtcgatgtagcatgt-3’3’-tacgatgattgcatcagctacatcgtaca-5’

相補鎖配列を得る方法 1 2 12345678901234567890123456789 5’-atgctactaacgtagtcgatgtagcatgt-3’

CDS complement(7..27)

1. 配列を抽出ctaacgtagtcgatgtagcat

2. A→T、 C→G、 G→C、 T→Aの変換を行うgattgcatcagctacatcgta

3. 逆順にするatgctacatcgactacgttag

大腸菌ファイル

/pub/sfc/dnadb/genomes/bacteria/Ecoli/ecoli.gbk

CDSの切り出し

$cds_seq[$i] = substr($seq, $cds_start_set[$i] - 1,$cds_end_set[$i] - $cds_start_set[$i] + 1);

$i番目の CDS配列

塩基配列全体 $i番目の CDSの開始位置

CDSの長さ

塩基配列のみのファイルの作成sub save_sequence { my($filename, $fh) = @_; my($seq_frag); local(*SEQFILE); open(SEQFILE, "> $filename");

while(<$fh>){ if($_ =~ /^\/\//){ last; } else { $seq_frag = $_; $seq_frag =~ s/[^a-z]//g; print SEQFILE $seq_frag; } } close SEQFILE;}

呼び出し： save_sequence(“seq.tmp”, *FILE)

complementを処理するには…

• CDSが complementか否かを記録する変数@complementを用意

• CDSの開始位置、終了位置を取得• １つ１つの@complementを見ていって、” 1”だったら、配列を相補的にして逆にする