dna rna proteine - biology, genetics and bioinformatics ... scmot 10... · forma di cromatina o di...
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DNA RNA PROTEINE
Dogma centrale
DNA RNA PROTEINE
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• Il DNA è un lungo polimero lineare che contiene l’informazione genetica.
• L’informazione genetica è contenuta nell’ordine lineare dei nucleotidi.lineare dei nucleotidi.
• Si trova nel nucleo delle cellule eucariotiche sotto forma di cromatina o di cromosomi.
• Il contenuto di DNA di una cellula e l’informazione in esso contenuta rappresenta il genoma della cellula
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I nucleotidi sono i monomeri che costituiscono gli acidi nucleici
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Lo zucchero può essere:
• Ribosio nell’RNA• Ribosio nell’RNA
• Desossiribosio nel DNA
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Basi azotate
DNATimina Citosina Guanina AdeninaRNAUracile Citosina Guanina Adenina
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Appaiamento delle basi nel DNA
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La struttura del DNA permette la trasmissione dell’informazione genetica nelle diverse cellule di un organismo e
nelle successive generazioni
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La struttura del DNA permette la trasmissione dell’informazione genetica nelle diverse cellule di un organismo e
nelle successive generazioni
•Duplicazione •Divisione cellulare
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Classes of eukaryotic cellular RNAs
• ribosomal RNA (rRNA)18S (small subunit)28S (large subunit)5.8S (large subunit)5S (large subunit)
• transfer RNA (tRNA)• transfer RNA (tRNA)• messenger RNA (mRNA)• heterogeneous nuclear RNA (hnRNA) (precursors of mR NA)• small nuclear RNA (snRNA)
U1, U2, U3, U4, U5, U6, U7, U8, U9, U10...• small cytoplasmic RNA (scRNA)
7SL RNA
What are the enzymes responsible for the synthesis of these RNAs?
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The human RNA polymerases
Polymerase Location Product
RNA polymerase I nucleolus 18S, 28S, 5.8S rRNA
RNA polymerase II nucleoplasm hnRNA/mRNA,U1, U2, U4, U5 snRNAU1, U2, U4, U5 snRNA
RNA polymerase III nucleoplasm tRNA, 5S RNA,U6 snRNA, 7SL RNA
mitochondrialRNA polymerase mitochondrion all mitochondrial RNA
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• TTCAGGAAATGACCCCTTTGCCCCGTCTGAAGGTAGTGCAGAGGCTGCACCTGAGCTGGACCTCTTTGCAATGAAGCCACCTGAGACCAGTGTTCCTGTAGTTACCCCTACAGCTAGCACAGCCCCTCCGGTTCCCGCAACTGCTCCTTCTCCTGCTCCTGCCGTTGCAGCTGCTGCTGCTGCCACTACTGCTGCCACCGCCGCTGCCACCACCACTACCACCACCTCCGCTGCCACCGCCACCACTGCTCCTCCTGCTCTAGATATCTTTGGTGATTTATTTGAGTCCACTCCTGAAGTTGCTGCAGCGCCTAAGCCAGATGCTGCTCCTAGCATAGACCTGTTTAGTACAGATGCTTTCTCCTCTCCACCACAAGGGGCCTCTCCTGTGCCTGAGAGTTCTCTCACTGCTGACCTCTTATCTGTGGATGCATTTGCAGCACCATCTCCTGCAACCACTGCCTCGCCAGCAAAGGTGGATTCTTCAGGTGTCATAGACCTTTTTGGGGATGCATTTGGAAGTAGCGCTTCTGAACCCCAACCTGCATCTCAGGCTGCTTCTAGTTCATCAGCATCGGCAGACCTACTAGCTGGATTTGGGGGTTCTTTCATGGCGCCTTCCCCATCTCCAGTGACTCCAGCTCAGAATAACCTGCTACAGCCCAATTTTGAGGCAGCTTTTGGGACAACGCCTTCAACTTCCAGCAGCAGCTCCTTTGATCCATCAGTGTTTGATGGTCTAGGTGATCTTTTGATGCCAACCATGGCACCAGCTGGGCAGCCTGCACCTGTCTCAATGGTACCACCCAGTCCTGCAATGGCAGCCAGCAAAGCCCTTGGAAGTGATCTTGATTCATCTCTTGCCAGCTTAGTAGGCAATCTTGGAATTTCTGGTACCACAACAAAAAAGGGAGATCTTCAGTGGAATGCTGGAGAGAAAAAGTTGACTGGTGGAGCCAACTGGCAGCCTAAAGTAGCTCCAGCAACCTGGTCAGCAGGCGTTCCACCAAGTGCACCTTTGCAAGGAGCTGTACCTCCAACCAGTTCAGTTCCTCCTGTTGCCGGGGCCCCATCGGTTGGACAACCTGGAGCAGGATTTGGAATGCCTCCTGCTGGGACAGGCATGCCCATGATGCCTCAGCAGCCGGTCATGTTTGCACAGCCCATGATGAGGCCCCCCTTTGGAGCTGCCGCTGTACCTGGCACGCAGCTTTCTCCAAGCCCTACACCTGCCAGTCAGAGTCCCAAGAAACCTCCAGCAAAGGACCCATTAGCGGATCTTAACATCAAGGATTTCTTGTAAACAATTTAAGCTGCAATATTTGTGACTGAATAGGAAAATAAATGAGTTTGGAGACTTCAAATAATAATAATAAGATTGATGCTGAGTTTCAAAGGGAGCCACCAGTACCAAACCCAATACTTACTCATAACTTCTCTTCCAAAATGTGTAACACAGCCGTGAAAGTGAACATTAGGAATATGTACTACCTTAGCTGTTATCCC
3*109
150*106CTCATAACTTCTCTTCCAAAATGTGTAACACAGCCGTGAAAGTGAACATTAGGAATATGTACTACCTTAGCTGTTATCCCTACTCTTGAAATTGTAGTGTATTTGGATTATTTGTGTATTGTACGATGTAAACAATGAATGGATGTTACTGATGCCGTTAGTGCTTTTTTGGACTTCACCTGAGGACAGATGATGCAGCTGTTGTGTGGCGAGCTATTTGGAAAGACGTCTGTGTTTTTGAAGGTTTCAATGTACATATAACTTTTGAACAAACCCCAAACTCTTCCCATAAATTATCTTTTCTTCTGTATCTCTGTTACAAGCGTAGTGTGATAATACCAGATAATAAGGAAAACACTCATAAATATACAAAACTTTTTCAGTGTGGAGTACATTTTTCCAATCACAGGAACTTCAACTGTTGTGAGAAATGTTTATTTTTGTGGCACTGTATATGTTAAGAAATTTTATTTTAAAAAATATAAAGGTTAACGTCCATAATAAATACTTCTCTTTGAAGCTACCTTATCAAGAACGAAAAATCGTATGGGAAGAATCCCCTATTTATCACTGCTATATTAAAATATATATATTTTAATTATATTTGACAGGTTTTGCATCTAAATTGACCTATTTATTCATTCTTGATTAAATGCACTGAAAAGTAAAGGGTCTGTTTGTGTCATGTTCATGAAAATGCGGTTAGAGAGGTGCTATTCAAGTGATTCTGAAGGCACCCCAAGGTATATCTGTAATTTAAAGATTACTGCAAATATCTTTACTTTACTGTGGGTTTTTAGTACATCTGTTAATTTAGTGTTTCTTTGTGTGTTTTGTAGACTAGTGTTCTTCCATCCTTCAACTGAGCTCAAAGTAGGTTTTGTTGTAACATTGTGATTAGGATTTAAACTAATTCAGAGAATTGTATCTTTTACTGTACATACTGTATTCTTTAAGTTTTAATTTGTTGTCATACTGTCTGTGCTGATGGCTTGGCTTAAGATTTTGATGCATAAATGAGGTCACTGTTGATCAGTGTTGCTAGTAGCTTGGCAGCTCTTCATAAAAGCATATTGGGTTGGAAAGGTGTTTGCCTATTTTTCAAATTATTTAATAGATGTATGGTACCATTTAAAAGTGGTTGTATCTGAATTTACTGTGGGGATAACATACACTGTAATGGGGAAAAATTACCTAAAACCAATTTCAAAATGGCTTTCTTTGTATTTCAGTTTAAAAACCCAGTGCATGTACGCCCTCTGAGATGCAATAAACACCTTGAACAAAG
150*106
1-5*106
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La cromatinaLa cromatinaLa cromatinaLa cromatina
La cromatina è una costruzione sovramolecolare La cromatina è una costruzione sovramolecolare La cromatina è una costruzione sovramolecolare La cromatina è una costruzione sovramolecolare costituita costituita costituita costituita dalle molecole di DNA genomicodalle molecole di DNA genomicodalle molecole di DNA genomicodalle molecole di DNA genomicoe e e e e e e e da due diverse classi di proteineda due diverse classi di proteineda due diverse classi di proteineda due diverse classi di proteine
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Le proteine della cromatina sono:Le proteine della cromatina sono:Le proteine della cromatina sono:Le proteine della cromatina sono:
• Gli istoniGli istoniGli istoniGli istoni
• Proteine non istonicheProteine non istonicheProteine non istonicheProteine non istoniche
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Gli istoniGli istoniGli istoniGli istoni
• Sono presenti nel nucleo in quantità pressochè Sono presenti nel nucleo in quantità pressochè Sono presenti nel nucleo in quantità pressochè Sono presenti nel nucleo in quantità pressochè
uguale a quella del DNAuguale a quella del DNAuguale a quella del DNAuguale a quella del DNAuguale a quella del DNAuguale a quella del DNAuguale a quella del DNAuguale a quella del DNA
• Sono proteine ricche di carica elettrica positiva Sono proteine ricche di carica elettrica positiva Sono proteine ricche di carica elettrica positiva Sono proteine ricche di carica elettrica positiva
perché ricche di aminoacidi basici (lisina e arginina)perché ricche di aminoacidi basici (lisina e arginina)perché ricche di aminoacidi basici (lisina e arginina)perché ricche di aminoacidi basici (lisina e arginina)
• Possono essere suddivise in 5 classiPossono essere suddivise in 5 classiPossono essere suddivise in 5 classiPossono essere suddivise in 5 classi
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Classi di istoniClassi di istoniClassi di istoniClassi di istoni
H1 – H2A – H2B – H3 – H4
Le quattro classi di istoni H2A – H2B – H3 – H4 sono t ra le proteine più
conservate dal punto di vista evolutivo:
la loro sequenza aminoacidica è estremamente simile in tutti gli esseri
viventi
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L’unità base della cromatina è il nucleosoma.
E’ costituito da DNA avvolto attorno ad un ottamero di istoni
Gli istoni che costituiscono il nucleosoma sono:
2H2A – 2H2B – 2H3 – 2H4
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Il nucleo del nucleosoma è costituito da 146 bp di DNA.
Due nucleosomi consecutivi sono riuniti dall’istone H1
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Il compattamento del DNA nel Il compattamento del DNA nel Il compattamento del DNA nel Il compattamento del DNA nel nucleosoma produce una fibra di nucleosoma produce una fibra di nucleosoma produce una fibra di nucleosoma produce una fibra di cromatina di circa 10 nm di diametro. cromatina di circa 10 nm di diametro. cromatina di circa 10 nm di diametro. cromatina di circa 10 nm di diametro. La cromatina è ulteriormente La cromatina è ulteriormente La cromatina è ulteriormente La cromatina è ulteriormente condensata a formare una fibra di 30 condensata a formare una fibra di 30 condensata a formare una fibra di 30 condensata a formare una fibra di 30 nm di diametro.nm di diametro.nm di diametro.nm di diametro.
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L’organizzazione base della cromatina è una L’organizzazione base della cromatina è una L’organizzazione base della cromatina è una L’organizzazione base della cromatina è una struttura a collana di perlestruttura a collana di perlestruttura a collana di perlestruttura a collana di perle
Un segmento di DNA della lunghezza di Un segmento di DNA della lunghezza di Un segmento di DNA della lunghezza di Un segmento di DNA della lunghezza di 140 bp si avvolge attorno ad ogni 140 bp si avvolge attorno ad ogni 140 bp si avvolge attorno ad ogni 140 bp si avvolge attorno ad ogni
ottamero di istoni (la perla), formandovi ottamero di istoni (la perla), formandovi ottamero di istoni (la perla), formandovi ottamero di istoni (la perla), formandovi circa due giri che aderiscono stabilmente circa due giri che aderiscono stabilmente circa due giri che aderiscono stabilmente circa due giri che aderiscono stabilmente alla superficie dell’ottamero mediante alla superficie dell’ottamero mediante alla superficie dell’ottamero mediante alla superficie dell’ottamero mediante
legami ionicilegami ionicilegami ionicilegami ionici
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La molecola di DNA (il filo) si estende con La molecola di DNA (il filo) si estende con La molecola di DNA (il filo) si estende con La molecola di DNA (il filo) si estende con continuità per tutta la sua lunghezza da un continuità per tutta la sua lunghezza da un continuità per tutta la sua lunghezza da un continuità per tutta la sua lunghezza da un nucleosoma all’altro, lasciando tra loro un nucleosoma all’altro, lasciando tra loro un nucleosoma all’altro, lasciando tra loro un nucleosoma all’altro, lasciando tra loro un continuità per tutta la sua lunghezza da un continuità per tutta la sua lunghezza da un continuità per tutta la sua lunghezza da un continuità per tutta la sua lunghezza da un nucleosoma all’altro, lasciando tra loro un nucleosoma all’altro, lasciando tra loro un nucleosoma all’altro, lasciando tra loro un nucleosoma all’altro, lasciando tra loro un tratto di collegamento di circa 60 bptratto di collegamento di circa 60 bptratto di collegamento di circa 60 bptratto di collegamento di circa 60 bp
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La presenza dell’istone H1 dà origine ad La presenza dell’istone H1 dà origine ad La presenza dell’istone H1 dà origine ad La presenza dell’istone H1 dà origine ad una struttura più compatta di 30nm una struttura più compatta di 30nm una struttura più compatta di 30nm una struttura più compatta di 30nm
(Fibra di 30 nm)(Fibra di 30 nm)(Fibra di 30 nm)(Fibra di 30 nm)(Fibra di 30 nm)(Fibra di 30 nm)(Fibra di 30 nm)(Fibra di 30 nm)
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DNA PACKAGING
Chromatin structure is hyerarchic
Eterocromatina struttura più compatta – DNA inattiv o
Eucromatina struttura più rilassata – DNA attivo
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GENE ACTIVATOR PROTEIN
Covalent histone modifications
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Braccio corto (p)
Braccio lungo (q)
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In base alla posizione del centromero i cromosomi vengono classificati in:
-metacentrici, quando il centromero divide il cromosoma in due bracci apparentemente uguali;
-submetacentrici, quando il centromero divide il cromosoma in due bracci di dimensioni diverse;
-acrocentrici, quando il centromero è banda
Braccio p
-acrocentrici, quando il centromero è subterminale;
In tutti i cromosomi viene distinto il braccio p (corto) e il braccio q (lungo).
Braccio q
Le bande che si evidenziano lungo i cromosomi umani possono essere ottenute con metodi diversi:
-bande Q (bande fluorenza con chinacrina, Quinacrina)
-bande G (bande G con tripsina e Giemsa)
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CARIOTIPO UMANO NORMALE
gruppo A: 1-3 metacentrici lunghi
gruppo B: 4-5 submetacentrici lunghi
gruppo C: 6-12 e X submetacentrici medi
gruppo D: 13-15 acrocentrici lunghi
Metacentrici lunghi Submetacentrici lunghi
gruppo E: 16-18 metacentrici o submetacentrici relativamente corti
gruppo F: 19 -20 metacentrici corti
gruppo G: 21-22 e Y acrocentrici corti
Submetacentrici medi
Acrocentrici lunghi Metacentrici relativamente corti
Metacentrici corti Acrocentrici corti
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