Download - 2013 DUATB Grenoble R Et Epidemio Gram
S A N D R I N E B O I S S E T , M C U - P H , B A C T É R I O L O G I E D U T H É R A P E U T I Q U E I N F E C T I E U S E
1 3 F É V R I E R 2 0 1 3
MÉCANISMES ET ÉPIDÉMIOLOGIE DES RÉSISTANCES AUX ANTIBIOTIQUES CHEZ
LES BACTÉRIES À GRAM POSITIF
BACTÉRIES A GRAM POSITIF
• Staphylococcus
• Streptococcus
• Enterococcus
• Corynebacterium
• Listeria monocytogenes
STAPHYLOCOCCUS AUREUS
STAPHYLOCOCCUS
• Résistances naturelles :
• Acide nalidixique
• Colistine
• S. saprophyticus :
= R fosfomycine
S. AUREUS SENSIBLE À LA PÉNICILLINE 1928 : S. aureus sensible à la pénicilline
Alexander Fleming (1881 1955) 3 Septembre 1928
HISTOIRE DES S. AUREUS RÉSISTANTS
1944 → pénicillinase (actuellement 75% ville - 90% hôpital)
1961 : commercialisation de la méticilline
Pénicilline M (oxacilline / cloxacilline)
1962 : apparition de la résistance à la méticilline Codée par un gène porté par une cassette chromosomique (SCCmec)
Résistance à toutes les béta-lactamines
1962-1993 : SARM confinés aux structure de soins Emergence progressive, très liée à la consommation d’antibiotiques
Dissémination mondiale de 5 clones
Multi-résistance
1993-2000 : premières épidémies de SARM communautaires Australie, Europe, Amérique du Nord
Clones indépendants entre eux et vis à vis des SARM hospitaliers
Multi-résistance rare
RÉSISTANCE AUX b-LACTAMINES
PENICILLINASE
• > 90% des S. aureus et des staphylocoques à
coagulase négative (SCoN)
• gène blaZ, transposon sur plasmide,
• plasmide de grande taille : autres gènes de
résistance
• inactivation des pénicillines G, A, carboxy- et
uréido-pénicillines, céfazoline
• sensibilité aux inhibiteurs de β-lactamases
• détection difficile : test à la nitrocéfine
BORSA & MODSA
• BORSA : borderline oxacillin S. aureus • Pénicillinase hyper produite capable d’hydrolyser
partiellement les pénicillines M
• Ces souches ne possèdent pas le gène mecA
• Activité restaurée par les inhibiteurs de β- lactamases
• MODSA : (Modified S. aureus) • Ces souches ne possèdent pas le gène mecA
• Bas niveau de résistance à la méticilline par modifications des PLP ayant une moindre affinité pour la méticilline
• Mécanismes rares !
GÈNE MEC A ET CASSETTE
• gène mecA = fragment d’ADN de 2,1 kb codant une protéine liant la pénicilline additionnelle (PLP2a)
• Cette transpeptidase PLP2a a une affinité faible vis-à-vis des -lactamines résistance à toute la famille des -
lactamines, notamment à la méticilline ou à l’oxacilline.
• Le gène mecA est inclus dans un élément génétique
mobile : la cassette staphylococcique (SCCmec,
staphylococcal cassette chromosome mec).
COMPOSITION DE LA CASSETTE
• La cassette SCCmec comporte deux éléments essentiels :
• le complexe du gène mecA • gène mecA et gènes régulateurs mecI et mecR1
• 4 classes (A, B, C, D) décrites chez S. aureus
• le complexe de gènes codant des recombinases ccr (cassette chromosome recombinase) qui assurent les phénomènes d’intégration et d’excision de la cassette • gènes ccrA et ccrB codant 2 recombinases → mobilité SCCmec
• 5 types (1,2, 3, 4, 5) • + autres éléments mobiles (résistance à d’autres ATB).
orfX
ccrAB2 Tn554 pUB110mecAmecR1
IRDR
mecI
orfX
Cassette SCCmec
S. aureus
20 à 80 kb
SCCmec
COMPOSITION DE LA CASSETTE
DIFFÉRENTS TYPES SCCMEC
La combinaison des différentes classes
de complexe mec et des 5 types de
recombinases permet de définir huit
types de cassettes (I-VIII).
Elles diffèrent :
• par leur structure et leur taille (20 à 66
kb)
• par leur répertoire de résistances aux
antibiotiques
ANTIMICROBIAL AGENTS AND CHEMOTHERAPY,
Dec. 2009, p. 4961–4967
DÉTECTION DE LA RÉSISTANCE À LA MÉTICILLINE
• Détection difficile chez les souches peuvent présenter une expression hétérogène de la résistance
EVOLUTION DES RECOMMANDATIONS
• Améliorer l’expression de la résistance à l’oxacilline
in vitro :
• Mueller-Hinton incubé à 30°C
• Mueller-Hinton hypersalé à 37°C
• La présence du gène mecA s’est imposée comme
référence pour la méticillino-résistance
• Marqueurs de substitution à l’oxacilline:
céphamycines (corrélation avec
absence/présence de mecA)
TEST CEFOXITINE
• ≥ 27 mm : souche mecA - : S oxacilline
• 26 - 25 mm : ? PLP2a ou mecA
• <25 mm : souche mecA+ : R oxacilline
Black : mecA+
White : mecA-
Skov et al. J Antimicrob Chemother. 2003 Aug;52(2):204-7.
Oxacilline Cefoxitine
DÉTECTION DE LA PLP2A PAR IMMUNOCHROMATOGRAPHIE
• Clearview Exact
PBP2a (Alere)
A partir de l’isolement primaire
Différent pour les coag neg, meilleure
sensibilité si après induction autour de la cefox
La nature du milieu n’influence pas le résultat
DÉTECTION SUR MILIEUX CHROMOGÈNES
• CHROMagar MRSA (CHROMAGAR)
• S. aureus ID (bioMerieux)
• Colonies vertes : activité a-D-glucosidase
• Brillance MRSA (oxoïd)
• MRSA select (biorad)
• BD BBL CHROMagar MRSA (BD)
COMPARAISON DE 3 MILIEUX CHROMOGENES
Eur J Clin Microbiol Infect Dis (2009) 28:363–369
• Temps de lecture important +++
DÉTECTION PAR BIOLOGIE MOLÉCULAIRE
KITS COMMERCIAUX
• PCR kit commerciaux • GenExpert (Cepheid),
• GeneOhm (BD),
• BD Max (BD)
• LightCycler® MRSA Advanced Test (ROCHE)
• Genotype MRSA (Biocentric/Hain),
• Evigene MRSA kit (I2A)
HISTOIRE DE L’ÉPIDÉMIOLOGIE
• mecA s’est installé initialement dans un clone identifié au Danemark conservation des souches
depuis les années 50 = clone archaïque
• Puis implantation dans 5 lignées pandémiques
• Clone ibérique (Espagne, Europe, Etats-Unis)
• Clone Brésilien
• Clone Hongrois
• Clone New-York-japon
• Clone Pédiatrique
QU’EST QU’UN CLONE ?
A l’intérieur d’une espèce bactérienne, les individus n’existent pas à l’unité car les bactéries se divisent en permanence : la descendance d’une même cellule bactérienne en se divisant forme un clone
Clones = souches de S. aureus ayant un ancêtre commun
CARACTÉRISATION GÉNÉTIQUE DES SOUCHES DE S. AUREUS
L’appartenance d’une souche à un clone est démontrée en caractérisant
la souche par :
le séquençage de 7 gènes de ménages : MLST
(multilocussequencetyping). Un type de séquence ST est attribué à
chaque souche analysée. Tous les ST ayant 5 des 7 gènes en commun
sont regroupés dans un même complexe clonal CC.
La caractérisation du nombre et la structure des répétitions dans la
séquence codante pour la protéine A : spa typing. L’analyse de ces
répétitions par PCR permet d’attribuer à chaque souche un profil « spa
type » dont la définition et la nomenclature sont standardisées au niveau
international.
La caractérisation de la cassette contenant le gène de résistance mecA
à la méticilline: SCCmec. Il existe 8 grands types de cassettes et plusieurs
sous-types.
CARACTÉRISATION GÉNÉTIQUE DES SOUCHES DE S. AUREUS
En plus, on caractérise les souches par
Le type d’allèle, agr. Il existe 4 types d’allèles
agrqui représentent le fond génétique de la
souche analysée.
Le profil toxinique
SARM DE L’HÔPITAL ET SARM DES VILLES
• SARM hospitaliers = HA-MRSA (Healthcare
associated MRSA)
• très résistant +++
• aminosides, cyclines, quinolones, macrolides
• Grosse cassette SCCmec manque de fitness
• Patients à risque : long séjour
• SARM communautaires = CA-MRSA (community-
acquired MRSA)
• Peu de résistance : Acide Fusidique ±
Kanamycine/Tobramycine
• Cassette SCCmec plus petite, pas de perte de fitness,
diffusion rapide
SARM HOSPITALIERS PANDÉMIQUES : HA-MRSA
EARSS 2011
Stabilisation et
décroissance dans la
majorité des pays
Sauf pour Italie,
Bulgarie, Allemagne et
Slovénie
EPIDÉMIOLOGIE DES SARM EN FRANCE : EARSS 2007
Dauwalder et al. JCM 2008
• 27 hôpitaux
EPIDÉMIOLOGIE DES S. AUREUS AU CHU GRENOBLE
EN 2011 :
• SASM : 3311 souches
• SARM : 733 souches
• SARM/ S. aureus : 18.1%
(2010 : 21.9% - 2009 : 22.6%)
RESISTANCE DES SASM
0
1.6
4.2
6.8
0.9
0.7
0.5
21.8
2.4
0.8
2010
0 0 0 0 0 0.1 Glycopeptides
2 1.3 1.2 0.5 1.1 0.5 Cotrimoxazole
3.8 4.5 4.2 4.2 4.5 5 Fucidine
5.4 7 4.9 6 4.4 4 Fluoroquinolones
1.1 1.4 1.2 1.1 0.8 2 Rifampicine
0.6 0.7 0.9 1.6 1 1 Fosfomycine
0.6 0.4 1 0.9 0.9 1 Pristinamycine
21.2 23.7 18.5 22.1 20 19 Erythomycine
2 1.5 1.6 1.3 0.8 1.3 Tobramycine
0.8 0.4 0.5 0.4 0.3 0.6 Gentamicine
2011 2009 2008 2007 2006 2005
RÉSISTANCE DES SARM
2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011
Gentamicine 2 1.2 2.8 2.3 1.5 2.4 2.6
Tobramycine 70 64 63.7 60.6 61.7 55.1 49.5
Erythomycine 48 37 36.1 33.5 35.9 22.7 22.7
Pristinamycine 15 6.3 10 5.8 4.3 6.6 4.9
Fosfomycine 11 8.8 9.5 8.9 8.3 5.2 2.6
Rifampicine 10 5.2 10.7 8.2 8.5 6.2 5.6
Fluoroquinolones 94 91 94.1 90.8 93.2 91.4 89.1
Fucidine 11 13.8 16.8 16.7 13.8 14.5 18.5
Cotrimoxazole 0.8 0.2 2 1.5 0.2 1.5 1.4
GISA
(nombre de souches)
11 4 4 2 0 1 2
POURCENTAGE DE BACTÉRIÉMIE À SARM
12,6
18,1 18,1
14,3
9,1
14,7
13
11,4
15
11,4
02468
101214161820
2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011
% SAMR
RELATIONS PHYLOGÉNÉTIQUES DES 5 PRINCIPAUX COMPLEXES
CLONAUX DE CA-MRSA
CA-MRSA & MIGRATION
Frank R DeLeo Lancet 2010
Migrations des SARM-co à
travers le monde
« USA300 »
ST80
Frank R DeLeo Lancet 2010
PRÉVALENCE DES SARM COMMUNAUTAIRES
• Bien que la diffusion des souches CA-MRSA soit
mondiale, leur distribution n’est pas
géographiquement uniforme.
• Etats-Unis : 59% des S. aureus isolés des infections de la peau et
de tissus mous d’origine communautaire. Situation alarmante !
• Afrique du Nord, prévalence des CA-MRSA est de 48,8 %.
• En Europe, la distribution n’est pas uniforme :
• pays à faible diffusion : Royaume-Uni avec moins de 2 % de CA-
MRSA
• pays à forte diffusion telle la Grèce avec 75 % de souches CA-
MRSA
• En France, prévalence des CA-MRSA faible : 3,6 %
LES SARM COMMUNAUTAIRES EN FRANCE
• Clone ST80
• profil caractéristique de résistance aux antibiotiques
• Résistant pénicilline, oxacilline, kanamycine, tétracycline
• Intermédiaire acide fusidique
• cassette SCCmec le plus souvent de type IV ou V
• souvent présence de la leucocidine de Panton Valentine
(PVL)
• Clone Géraldine (clone communautaire et hospitalier)
• Cassette SCCmec type I tronquée
• phénotype de résistance aux antibiotiques caractéristique :
• résistant pénicilline, oxacilline, kanamycine, tobramycine
• Intermédiaire acide fusidique.
• Présence du gène codant la toxine du choc toxique
staphylococcique (TSST-1) et non pas la PVL.
CARACTÉRISTIQUES DE CES 2 CLONES Caractéristiques cliniques de ces deux clones
Robert et al., AAC 2011
Robert et al. 2011
HISTOIRE D’UN NOUVEAU CLONE DE SARM EMERGENT : ST398
• 1ères souches isolées aux Pays-Bas chez le porc dès février
2003 (Van Loo et al. 2007) et aussi en France à la même
période chez l’homme (Armand-Lefevre et al. 2005).
• Le portage humain d’un tel clone a été statistiquement
corrélé au réservoir animal (porc, bovin) et à la profession
d’éleveurs et ce clone était responsable de plus de 20 %
des infections rapportées chez l’homme aux Pays-Bas.
• Détection aux Pays-Bas
• en 2003 : 0%
• en 2007 : 33%
• > 50 en 2010
Bull. Acad. Vét. France — 2010 - Tome 163
NOUVEAU CA-MRSA : ST398
• co-résistance aux antibiotiques : surtout tétracyclines (+/- macrolides)
• portage nasal chez l’homme + fréquent chez les éleveurs de porc, les vétérinaires, voire les employés d’abattoir
• Histoire initiale de SARM mais circulation de SASM ++ & pas de lien retrouvé avec le réservoir animal
• Pouvoir pathogène : • Souche de colonisation +++
• Majorité d’infections cutanéo-muqueuses et pulmonaires avec quelquefois des souches SASM.
• + rare : infections invasives : bacteriémie, endocardite, VAP, défaillance multiviscérale, pneumopathie
• Première souche isolée
chez les vaches
laitières en angleterre
• Nouveau gène mec :
<65% d’homologie
avec mecA
• Nouvelle casette
SCCmec: type XI
• Résistance isolée à la
méticilline
• PCR mecA négative
MECC EN FRANCE
• 1er cas détecté : homme de 67 ans, hospitalisé à Aix-en-Provence en Novembre 2007, pour infection sur prothèse de genou gauche.
• 2nd cas chez 2 vaches avec des mammites dans la même ferme en Meurthe et Moselle en décembre 2008.
STAPHYLOCOQUE ET AMINOSIDES
• inactivation enzymatique :
• ANT = aminosides nucléotidyltransférase
• AAC = aminosides acétyltransférase
• APH = aminosides phosphotransférase
• souvent plusieurs enzymes par souche
• Phénotypes : K, KT, KTG
• gentamicine R ⇒ R à tous les aminosides
STAPHYLOCOQUE ET MACROLIDES
• Méanisme le plus fréquent = Modification de la cible ARNr
23S par méthylation
• méthylation de l’adénine de l’ARNr 23S (A 2058, A2059)
• gène erm (A, B ou C): erythromycin ribosome methylase
• phénotype MLSb : macrolides, lincosamides, synergistine B
• inductible : R érythromycine, clarithromycine,
azithromycine (macrolides en C14)
• constitutif : R à tous les macrolides, télithromycine,
lincosamides, synergistine B
STAPHYLOCOQUE ET AUTRES ATB
• Fluoroquinolones : • résistances par mutation des cibles et/ou efflux
• topoisomérases : ADN gyrase (gyrA et gyrB) et topoisomérase IV (parC, parE)
• résistance croisée : R à toutes les FQ
• Tétracyclines : • efflux (tet K, tet L) et modification du ribosome (tet M)
• Rifampicine : • résistances par mutation de la cible ARN polymérase : rpoB
• Fosfomycine : mutants du système de transport de la
fosfomycine
• Acide fusidique : mutants fusA codant pour EF-G (facteur d’élongation / ribosome)
Rifampicine, fosfomycine, acide fucidique PAS de monothérapie
STAPHYLOCOCCUS ET GLYCOPEPTIDES
3 catégories
• GISA
• Sensibilité diminuée, population homogène
• La majorité de la population est de sensibilité diminuée
• hVISA
• Sensibilité diminuée, population hétérogène
• Une fraction de la population (10-6 à 10-9) exprime la résistance
• VRSA
• Résistance vraie
• Haut niveau de résistance, mécanisme différent
RECOMMANDATION DU CA-SFM POUR LA DETECTION
• Modification des concentrations critiques des glycopeptides pour les staphylocoques avec différence entre S. aureus et SCN en 2011
• S.aureus et vancomycine/ teicoplanine : une seule
concentration critique (2mg/L)
• SCN : une seule concentration critique différente pour vancomycine (2mg/L) et teicoplanine (4mg/L)
MÉCANISME DE RÉSISTANCE DES GISA ET HGISA
• Epaississement de la paroi
• Biosynthèse du Peptidoglycane
accrue
• Augmentation des couches
polysaccharidiques
=> Augmentation du nombre de
cibles des Glycopeptides
• Inductible par les Glycopeptides
• Pas de support génétique
connue
• Résistance non transférable
K Sieradzki and A Tomasz. J Bacteriol 1997
EPIDÉMIOLOGIE DES GISA
• Les souches hGISA sont plus fréquentes • 1 à 25 % des SARM selon les régions en France
• Exceptionnellement SASM
• Peuvent diffuser en l’absence de sélection par un GP
• En augmentation = « Vancomycin creep » • 2000 à 2005 : ↑ de 1 mg/L des CMI vanco vis-à-vis
des S. aureus catégorisés sensibles
Les souches GISA (homogènes) sont rares
Une dizaine de cas documentés dans le monde depuis
1996
Après exposition prolongée à la vancomycine +++
Ho PL, J Infect, 2010
IMPORTANCE CLINIQUE DES GISA
• Apparition inquiétante car impasse thérapeutique
• Augmentation des CMI corrélée à une mauvaise évolution clinique
=> Nécessaire de les détecter mais difficile
Corrélation entre la CMI vancomycine
et le pronostic des infections à SARM
Source : Soriano A., CID, 2008
DÉTECTION SUR L’ANTIBIOGRAMME
Critères de suspicion de la sensibilité diminuée aux GP : => CMI
• Méthode par diffusion en milieu gélosé :
• Diamètre de la zone d’inhibition autour d’un disque < 17 mm
• Diamètre de la zone d’inhibition autour du disque de teico < 3 mm à celui autour
du disque de vanco
• Quelques colonies présentes dans la zone d’inhibition de l’un des deux GP
• Phénomène d’interaction (synergie ou antagonisme) entre l’un des deux GP et un
disque d’oxacilline à 5 µg
• Méthodes automatisées : souches catégorisés I ou R à l’un des deux GP
ATB Charge du disque Concentrations critiques (mg/L)
Diamètres critiques (mm)
S R S R
Vancomycine 30 µg ≤ 2 > 2 ≥ 17 -
Teicoplanine 30 µg ≤ 2 > 2 ≥ 17 -
MÉTHODES DE DÉTECTION
• Etest®
• Très bonne technique
• 2McF, BHI
• Incubation 48h
• Lecture parfois difficile si souche hétérogène : attention aux
microcolonies dans la zone d’inhibition
• Coût élevé, non automatisable
• Analyse de population
• inoculum 2 McF, 50 l , cœur cervelle
• « gold standard » mais long, fastidieux, réservé à des
laboratoires spécialisés
ANALYSE DE POPULATIONS
Analyse de population : inoculum 2 McF, 50 l , cœur cervelle
témoin Vanco 2 mg/L Vanco 4 mg/L
Vanco 6 mg/L Vanco 8 mg/L Vanco 16 mg/L
CNR des Staphylocoques, LYON
ANALYSE DE POPULATIONS
ÉPIDÉMIOLOGIE DES SARM GISA AU CHU DE GRENOBLE
34
5
11
4 4
2
01
2
0
2
4
6
8
10
12
2002 2004 2006 2008 2010
nombre de patients
VRSA
• Actuellement 10 souches VRSA découvertes depuis
2002 (USA, Iran, Inde)
• Aucun lien entre elles
• Co-infection préalable ERG-SARM
• Acquisition de l’opéron VanA décrit chez les
entérocoques : haut niveau de résistance
• Pas de problèmes de détection
STREPTOCOCCUS
CF COURS DU PNEUMOCOQUE
ENTEROCOCCUS
RÉSISTANCE NATURELLE
• pénicillines (G), M, céphalosporines (C3G)
• aminosides (bas niveau)
• acide nalidixique
• Fluoroquinolones
• Phénicolés
• Macrolides
• Cotrimoxazole
• Colistine
ENTÉROCOQUE ET BETA-LACTAMINES
• Production d’une PLP5 naturelle de faible affinité pour les β-lactamines R naturelle de bas niveau
• Chez E. faecalis,
• l’ampicilline a une relative affinité
• Résistance par augmentation de la production de PLP5
• <5% des souches
• Chez E. faecium
• Résistance modérée par hyperporduction de PLP5 (CMI
entre 4 et 16 mg/l)
• R haut niveau : mutations au niveau du gène codant pour
la PLP5 (CMI entre 16 et 256 mg/l)
ENTÉROCOQUES ET AMINOSIDES
• Résistance naturelle de bas niveau
• CMI=4-256 mg/L
• β-lactamine + aminoside : synergie bactéricide
• R de haut niveau
• par acquisition d’un gène codant pour une enzyme
modificatrice (CMI > 500mg/l)
• perte de la synergie β-lactamine + aminoside
• EARSS 2011, 33.7% des souches de E. faecalis
présentait un haut niveau de résistance à la
gentamicine
EARSS 2011: E. FAECALIS ET AMINOSIDES
ENTÉROCOQUES ET GLYCOPEPTIDES
• Naturellement sensibles aux glycopeptides
CMI modale à la vancomycine : 1 mg/L
CMI modale de la teicoplanine : 0,5 mg/L
• Sauf E. gallinarum, E. casseliflavus, E. flavescens (< 3% des entérocoques isolés)
Résistance naturelle de bas niveau à la vancomycine (CMI 2-32 mg/L) avec une sensibilité conservée à la teicoplanine
• 1ers à avoir acquis une résistance plasmidique acquise aux GP
APPARITION DES VRE
• 1986 : premiers entérocoques résistants à la vancomycine
• Etats-Unis
• Sélection par surconsommation de vancomycine par voie oral
• Epidémies liées à la diffusion de souches clonales au sein d’un hôpital ou entre hôpitaux. Portage extra-hospitalier faible.
• Europe
• Rôle de la chaîne alimentaire ?
• Isolement de E. faecium VanA chez le bétail au Royaume-Uni, en Allemagne et au Danemark
• Rôle de l’avoparcine utilisé comme facteur de croissance chez les animaux en Europe (interdit depuis 1997) ?
• Portage dans la population communautaire (discuté)
MÉCANISME DE RÉSISTANCE
• Support génétique
• Plusieurs gènes « Van » groupés en opérons
• Modification de la cible
• Acquisition de nouvelles enzymes synthétisant des
précurseurs de faible affinité pour les GP
Remplacement du résidu D-Ala-D-Ala terminal par un
D-Ala-D-Ser ou un D-Ala-D-Lac
Elimination des précurseurs normaux de haute affinité
(synthétisés par les enzymes normales)
PHÉNOTYPES DE RÉSISTANCE
Résistance acquise Résistance naturelle
Type VanA VanB VanD VanG VanE
VanC1/C2/C3 Niveau Haut Variable Modéré Faible
Bas niveau
CMI-Van 64->1024 4-1024 64-128 16 8-32 2-32
CMI-Tei 16-512 0,5-1 4-64 0,5 0,5 0,5-1
Expression Inductible Inductible Constitutive Inductible Inductible Constitutive inductible
Localisation Plasmide Chromosome plasmide
Chromosome Chromosome Chromosome
Chromosome
Transférable Tn1546 Tn1547 ou Tn1549
… … … …
Cible modifiée
D-Ala-D-Lac
D-Ala-D-Lac D-Ala-D-Lac D-Ala-D-Ser D-Ala-D-Ser D-Ala-D-Ser
Espèces E. faecium
E. faecalis
E. avium
E. durans
…
E. faecium
E. faecalis
E. faecium E. faecium
E. faecalis E. gallinarum
E.casseliflavus
E.flavescens
DÉTECTION DES SOUCHES ERV
• Détermination des CMI • Lorsque par la méthode de diffusion en gélose, après 24h d’incubation :
• Diamètre de la zone d’inhibition autour d’un disque < 17 mm
• Diamètre de la zone d’inhibition autour du disque de vanco < 3 mm à
celui autour du disque de teico
• Quelques colonies présentes dans la zone d’inhibition de l’un des deux
glycopeptides
• Lorsque les souches sont catégorisés I ou R à l’un des deux GP par les
méthodes automatisés
ATB Charge du disque Concentrations critiques (mg/L)
Diamètres critiques (mm)
S R S R
Vancomycine 30 µg ≤ 4 > 8 ≥ 17 -
Teicoplanine 30 µg ≤ 4 > 8 ≥ 17 -
IMPORTANT : IDENTIFICATION DE L’ESPÈCE
• E. faecium/E. faecalis : risque d’épidémies
• E. casseliflavus/E. gallinarum/E. flavescens : pas de
risque
Galeries d’identification : confusion fréquente E.
faecium et E. gallinarum !!
DÉTECTION SUR MILIEU CHROMOGÈNE
• ChromID VRE ®
(BioMérieux)
• 2 substrats
chromogènes
(α-glucosidase,
β-glucosidase)
• α-glucosidase :
bleu vert → E.
faecalis
• β-glucosidase : violet → E.
faecium
• Vancomycine
(8 mg/L)
DÉTECTION PAR BIOLOGIE MOLECUALIRE
• PCR maison
• PCR + Hybridation GénoType® Enterococcus (Hain –
Lifescience)
• Principe • Extraction de l’ADN à partir de la culture
• Amplification de l'ADN par PCR (amorces biotinylées)
• Hybridation des amplicons sur bandelettes
(sondes)
• Révélation chromogénique (streptavidine-PAL + substrat)
• Délai < 5h
• Identification : spécificité 100%
• Détection génotype 100%
EARSS 2011 : E. FAECIUM ET VANCOMYCINE
EPIDEMIOLOGIE FRANCE
• Jusqu’en 2003 : proportion de VRE stable (< 2%) avec de rares épidémies de diffusion limitée
• Emergence en 2004 : ↑ signalements d’infections nosocomiales à ERG et survenue d’épidémies hospitalières d’ampleur inhabituelle
• Enjeu : • Evolution vers un état
endémique comme aux Etats-Unis
• Risque de transfert des plasmides de résistance aux SARM !
VRE COLONISATION ET INFECTION
01
20 0 0 0
20 0 0 0 0 0 0 0 0
27
0
5
10
15
20
25
30
2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011
E. faecalisE. faecium
EPIDÉMIES VRE 2011
• 2 phases épidémiques - Mars : 7 patients - juillet février 2012 : 21 patients (dont un faux-positif
non confirmé par la culture) • 3 clones différents en typage moléculaire
- clone St-Julien A1 : 23 patients - clone GRE-A1 : 1 patient - clone GRE-A2 : 1 patient + autres clones
• Prélèvements cliniques 8 patients ont eu un prélèvement clinique positif à VRE dont
deux patients avec hémocultures positives
CORYNEBACTERIUM
CORYNEBACTERIUM ET RÉSISTANCES
• peu de résistances naturelles
• sauf fosfomycine, imidazolés, pénicilline M,
aztréonam, ceftazidime
• sauf C. jeikeium, et C. urealyticum : fréquence des
R acquises, modifiant le phénotype de base
• résistance > 80% acquise aux β-lactamines, aminosides,
macrolides, fluoroquinolones
• absence de pénicillinases ou céphalosporinases
• R souvent croisée aux β-lactamines par modification des
PLP
• sensibilité habituelle à la pristinamycine
• sensibilité constante aux glycopeptides
LISTERIA
LISTERIA ET RESISTANCE
• Résistances naturelles : oxacilline,
céphalosporines, lincosamides,
fosfomycine, fluoroquinolones (bas
niveau)
• Résistance acquise : pas de
conséquence clinique jusqu’à présent
car ne touchent pas les antibio de
premières lignes
• Cependant augmentation des CMI aux aminopénicillines surveillance ++.
ANTIMICROBIAL AGENTS AND CHEMOTHERAPY, June 2010, p. 2728–2731
LES ANTIBIOTIQUES LES PLUS RÉCENTS
DAPTOMYCINE
• Lipopeptides
• Bactéricide
• Composé semi-synthétique: Streptomyces roseosporus
• Action Ca++-dépendante sur la membrane plasmique (dépolarisation et effet bactéricide)
• Spectre limité aux bactéries à Gram positif aérobies ou anaérobies
• Cibles: SARM, GISA, GRE
• Fréquence de mutants spontanés < 10-10
• Mécanismes de R complexes (mutations mprF : régulation de la charge membranaire bactérienne
• Détection phénotypique difficile (Ca++)
Ann. N.Y. Acad. Sci. 1277 (2013) 139-158
TIGÉCYCLINE
• Glycylcyclines
• Composé dérivé de la minocycline (formulation IV
• Inhibition de la synthèse protéique au site A du ribosome 30S (bloque l’attachement de l’aminoacyl ARNt)
• Bactériostatique
• Spectre large: Staphylococcus (SARM, GISA), Streptococcus, Enterococcus (VRE), Campylobacter, Haemophilus, Moraxella, Neisseria, Pasteurella, certaines entérobactéries, Acinetobacter, Stenotrophomonas, Anaérobies, etc.
• Activité conservée vis-à-vis des souches R aux tétracyclines par efflux ou protection ribosomale
• Résistance par efflux chez Klebsiella, Enterobacter, Acinetobacter. Pas de souche « naturelle » de sensibilité diminuée isolée jusqu’alors.
Diagn Micorbiol Infct Dis (2013)
LINEZOLIDE
• Oxazolidinone
• Composé synthétique
• Inhibition de la synthèse protéique (inhibition de l’initiation
par action au niveau du site P de l’ARNr23S)
• Action limitée aux bactéries à Gram positif (résistance
naturelle par efflux chez les bactéries à Gram négatif)
• Spectre: Staphylococcus, Streptococcus, Enterococcus,
Corynebacterium, Anaérobies à Gram positif,
Mycobacterium sp. (not. MTB), Nocardia sp.
• Résistance par mutations du ribosome 23S positions 2505,
2447, 2500, 2576, fréquence faible (10-9 à 10-10) rarement
décrites chez Enterococcus, S. aureus, S. epidermidis
• Résistance par methylation ribosomale gène cfr chez S.
aureus et S. sciuri, méthylation de A2503