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Análisis de imagen con herramientas libres
FIJI (is just image J)
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Requisitos instalación
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Ejecutar FIJI
Fiji-win64 Fiji.app ImageJ-win64
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EJERCICIO 1
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- Imagen digital Píxel
- Píxel Es la unidad menor de la que se compone una imagen.
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Segmentación Selección de objetos, áreas o características de interés dentro de una imagen(foreground) y no selección del resto de imagen(background).
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- Imagen digital Modelos de colorRGB
HSI
CMYK
Cada color se expresa como la cantidad de luz Roja (R), Verde (G), y azul (B) que contiene cada píxel.
- Modelo RGB
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R
G
B
0 255
R G B
0 0 0
R G B
166 166 166
R G B
118 62 69
R G B
255 255 255
16.777.216
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Calibración de imágenes
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Selección de áreas teñidas de forma positiva.
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EJERCICIO 2
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MacroEs un programa sencillo que automatiza una serie de comandos del FIJI. La manera más fácil de crear una macro es grabando una secuencia de comandos utilizando el Macro Recorder
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Ruifrok, A.C.: Quantification of immunohistochemical staining by color translation andautomated thresholding. Anal Quant Cytol Histol. 19, 107-113 (1997).
Brown Channel = B- (R +G)*0.3
Brown B R G- +( ) X 0.3=
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R G+( ) X 0.3
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B R G- +( ) X 0.3
Imagen ResultImagen 1.jpg(blue)
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Brown
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Cierra de imágenes innecesarias
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MUCHAS GRACIAS