Control de la calidad en R: Uso de Markdown paracreación de informes y reportes técnicos
Xavier Buenañ[email protected]
Noviembre 2016
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Resumen
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Reportes técnicos con R Markdown
Los reportes técnicos automáticos pueden generarse mediantevarias opciones. El data literacy o conocimiento práctico de losdatos es una importante herramienta para la consecución de lainvestigación reproducible.
OpcionesECLIPSELATEX (knitr)R Markdown
LenguajesRPythonSQLBashJavaScriptCSS
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La manera más práctica de trabajar: R Notebooks
PasosInstalar versión más actualizada de RStudioDescargar librería RmarkdownCrear un nuevo archivo R Notebook
VentajasNo es necesario correr un script completoVisualización de resultados paso a pasoEs posible compartir tus resultados y operaciones con otros,generando archivos pdf, html, Word y presentaciones (conBeamer)
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Proceso automatizado de conversión de archivos
Proceso
Figura: Procedimiento en el que un documento Rmarkdown es renderizado
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Estructura de un archivo R Notebook
Componentes
Cabecera YAML (header)Chunks (pedazo de código)Texto (fuera de chunks)
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Opciones de cabecera YAML
YAML (YAML Ain’t Markup Language) es una lista anidadacon los metadatos del documentoOpciones básicastitle: “Reporte de calidad (Exactitud temática)”Author: “X. Buenaño”date: “1 de Noviembre, 2016”output: html_documentSe pueden incluir varios formatos de salida y configuracionesen los mismos. Lo veremos en el ejercicio práctico.
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Opciones en un chunk
Este es un listado de algunas opciones que se pueden usar. Lasopciones por defecto pueden cambiarse al inicio del documento.
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Markdown código
Sintaxis# xxxx*xxxx***xxxx**[xxxx ](www.paginaweb.com)***‘r 2+2‘
ResultadoSección (inicio)CursivaNegritaHyperlinkLínea horizontalCódigo incrustado en texto
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Otras opciones importantes
Bibliografía:Insertar citas en el texto con [@clave_referencia_biliog]. Elestilo de cita también puede ser especificado con un archivo csl.Insertar bibliografía usando un archivo xxx.bib y nombrándoloen la cabecera YAML.
Tabla de contenidos:Incluir la opción toc: yes en la cabecera YAML.Otras opciones como nivel de profundidad y despliegue de latabla de contenidos pueden ser configuradas
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Conclusiones
RMarkdown constituye únicamente una herramienta para laelaboración de reportes de calidad (reproducible research).Es fundamental el conocimiento y experiencia de la temática aanalizar/reportar.Es posible compartir los resultados a través de la página webRPubs u otros mecanismos.Y ahora vamos a la práctica...
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Entorno R
Figura: Interfase de R
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