Transcript
- 1. Kenneth Devloo
Master Computerwetenschappen: Mens-machine communicatie
Promotors:
Prof. dr. ir. Philip Dutr
Prof. dr. ir. Abram Aertsen
Detecteren en tracken van bacterile cellen in time-lapse opnames - 2. Inhoud
2
Inleiding
Algoritme
Implementatie
Resultaten
Toekomstigwerk
Besluit - 3. Inhoud
3
Inleiding
Algoritme
Implementatie
Resultaten
Toekomstigwerk
Besluit - 4. Inleiding
4
Doel
Video en Uitdagingen
Bestaandetoepassingen - 5. Inleiding: Doel
5
Geautomatiseerdeen lineage opstellen van eenpopulatiebacterilecellen
Nieuwalgoritme
Accuraat
Implementatie - 6. Inleiding: Doel
6
Geautomatiseerdeen lineage opstellen van eenpopulatiebacterilecellen - 7. Inleiding: Video en uitdagingen
7 - 8. Inleiding: Bestaandetoepassingen
8
Cell Profiler
CellTracer - 9. Inleiding: Bestaandetoepassingen
9
Cell Profiler
CellTracer - 10. Inhoud
10
Inleiding
Algoritme
Implementatie
Resultaten
Toekomstigwerk
Besluit - 11. Algoritme
11
Preprocessing
Detectie
Beschrijving
Tracken en correctie van detectie
Correctie op segmentatie - 12. Algoritme: Preprocessing
12 - 13. Algoritme: Detectie: Threshold
13 - 14. Algoritme: Detectie: Breedte
14 - 15. Algoritme: Detectie: Cellen
15 - 16. Algoritme: Beschrijving
16 - 17. Algoritme: Tracken
17
Voorbereiding
Driebouwblokken:
Matchen
Correctie op score
Correctie op detectie - 18. Algoritme: Correctie
18
Restoratievanafeenskelet
Na tracking! - 19. Inhoud
19
Inleiding
Algoritme
Implementatie
Resultaten
Toekomstigwerk
Besluit - 20. Implementatie
20
Technologie
Gebruikersinterface - 21. Implementatie: Technologie
21
C++
OpenMP
Qt
Graphviz
Implementatie preprocessing
Portabel
Snel - 22. Implementatie: Gebruikerinterface
22
Input, Detectie - 23. Implementatie: Gebruikersinterface
23
Lineage, opties - 24. Aanpak: Gebruikersinterface
24 - 25. Inhoud
25
Inleiding
Algoritme
Implementatie
Resultaten
Toekomstigwerk
Besluit - 26. Resultaten
26
Positief
Correct op gewonecellen
Robuusttegenkwaliteitsverlies
Hogeaccuraatheid
Snel op eenvoudigebeelden
Negatief
Sneluitbreidendepopulaties
Lange cellen
Populatiebuitenbeeld
Somsaanpassing parameter - 27. Inhoud
27
Inleiding
Algoritme
Implementatie
Resultaten
Toekomstigwerk
Besluit - 28. Toekomstigwerk
28
Deel van het algoritme
Accurater op pixelniveau
Iteratiefdeel
Visualisatie
Lineage
Alternatieven - 29. Inhoud
29
Inleiding
Algoritme
Implementatie
Resultaten
Toekomstigwerk
Besluit - 30. Besluit
30
Doel: Geautomatiseerdeen lineage opstellen van eenpopulatiebacterilecellen
Geslaagd
Accuraat
Volledigeimplementatie - 31. Vragen?
31 - 32. Volledige lineage
32 - 33. Radiaal
33 - 34. 34
- 35. Skelet
35 - 36. 36
- 37. 37
- 38. 38
- 39. 39
- 40. 40