Download - Enzim Taq Polimerase-Kelompok 5
Kelompok 5 Muhammad Fahmi Zaenal Abidin 1206212520
Laras Ragil K.P. 1206212363
Kasandika Ganiarsa 1206350304
Sabrina Zahra Fitriani 1206249391
Tiara Febriani 1206262140
BIOKATALISIS Enzim Taq DNA Polimerase
Outline
Sumber Taq DNA Polimerase (bakteri
Thermus aquaticus)
Proses Produksi Taq DNA
Polimerase
Produk
Industri dan Harga dari Taq DNA
Polimerase di berbagai negara
Paper terkini tentang Taq DNA
Polimerase
SUMBER
Karena kestabilannya pada suhu tinggi Taq
polimerase yang dihasilkan dari Thermus
aquaticus digunakan untuk PCR (Teknik Perbanyakan DNA)
Menghasilkan enzim Taq polimerase yang dapat
membiarkan bakteri membelah saat suhu
lingkungan yang tinggi
Ditemukan di Yellowstone National Park hot
spring, 55-100 derajat celcius, pH 5-9
Bakteri gram negatif (mengandung peptidoglikan
yang sedikit dan mengandung lipoprotein.)
Thermus aquaticus Klasifikasi: Bacteria; Deinococcus-Thermus; Deinococci; Themales; Thermophilus; Aquaticus
Thermus aquaticus Karakteristik DNA Polimerase dari Thermus aquaticus
Fungsi Dengan
memanfaatkan
aktifitas eksonuklease
5’ ke 3’, PCR dapat
dilaksanakan
Ukuran dan
Aktivitas Taq berukuran 94 kd,
dengan aktivitas DNA
polimerasi
terlokalisasi pada C
terminal dan aktivitas
eksonuklease
terlokalisasi 5’ ke 3’
pada N terminal
Temperatur Dapat hidup di
temperatur diatas 45
derajat celcius dan
optimum saat 80
derajat celcius.
Kation
Monovalent
dan Divalent Optimum saat
konsentrasi NaCL 40
mM dan KCl 60 mM,
jika lebih aktifitas
katalitik terganggu.
pH pH optimum
dikisaran 7-8 pH unit
dengan suhu 80
derajat celcius,
bervariasi tergantung
buffer yang
digunakan.
PROSES
PRODUKSI
Proses Produksi Bahan yang digunakan
STRAIN T. aquaticus
strain YT-1
M E D I A K U L T U R
55-60oC; padat
mengandung
1.5% agar dan
nutrien
H O S T E. Coli DH1 de-ngan
medium LB 80
mikro gram/ml
ampicillin
Proses Produksi Aktivitas protein
KONSENTRASI ditentukan dengan mengukur absorbansi :
280 dan 260 nm
VISUALISASI elektroforesis (gel polyacrylamide) dan
staining Coomasie brilliant blue R
Proses Produksi Purifikasi Taq DNA Polimerase
Persiapan
strain dan
media kultur
Menentukan
konsentrasi
protein PCR
Memproduk
si clone T.
aquaticus
(amplifikasi
PCR)
Purifikasi
PRODUK
Aplikasi
Biotechnology
Molecular biology Proses PCR
Thermus aquaticus Enzim Taq Polymerase
Sumber: www.brenda-enzyme.com
Produk Enzim Taq Polimerase
Deoxynucleoside triphosphate
(dATP)
DNAn
Diphosphate +
DNAn + 1
Sumber: www.brenda-enzyme.com
Skema Reaksi Taq Polimerase
Sumber: www.brenda-enzyme.com
Patent
Patent Number : 5,108,892
Date of Patent : Apr. 28, 1992
• Method of Using a Taq DNA Polymerase
Without 5’-3’-Exonuclease Activity
Patent Number : US 7,972,830 B2
Date of Patent : Jul. 5, 2011
• Thermostable Taq Polymerase Fragment
INDUSTRI
DAN HARGA
Aplikasi dalam Industri
Taq DNA Polymerase
sebagai standar untuk PCR
Memiliki buffer untuk berbagai macam aplikasi
PCR
Tersedia dalam berbagai jenis
format
Perusahaan
New England Biolabs Inc.
Phusion ® High-Fidelity DNA Polymerase
• 100U, 2000 U/mL : $105.00
• 500U, 2000 U/mL : $420.00
GenScript USA Inc.
Taq DNA Polymerase
• 50x1000U : $2,700.00
• 1000U : $60.00
PENELITIAN
TERKINI
Sumber Jurnal
Daftar Pustaka
• Detection of specific polymerase chain reaction product utilizing the 5’ – 3’ exonuclease activity of Thermus aquaticus DNA polymerase. 1991. Holland, P. M., Abramson, R.D., Watsohn, R., Gelfand, D.H. Proc. Natl. Acad. Sci. 88: 7276-7280
• Deoxyribonucleic acid polymerase from the extreme thermophile Thermus aquaticus. 1976. Chien, A., Edgar, D.B., Trela, J.M.Journal of Bacteriology. 127 (3): 1550-1557
• Characterization of the 5’ to 3’ exonuclease associated with Thermus aquaticus DNA polymerase. 1990. Longley, M.J., Bennett, S.E., Mosbaugh, D.W. Nucleic Acid Research 18(24):7317-7322
• Characterization of contaminating DNA in Taq polymerase which occurs during amplification with a primer set for Legionella 5S ribosomal RNA. 1994. Maiwald, M., Ditton, H.J., SonnTaq, H.G., von Knebel Doeberitz, M. Molecular and Cellular Probes 8(1):11-14
• Optimizing Taq polymerase concentration for improved signal-to-noise in the broad range detection of low abundance bacteria. 2009. Spangler, R., Goddard, N.L., Thaler, D.S. PLoS ONE 4(9):e7010
• High fidelity DNA synthesis by the Thermus aquaticus DNA polymerase. 1990. Eckert, K.A. and Kunkel, T.A. Nucleic Acids Research18:3739-3744
• Comparison of different decontamination methods for reagents to detect low concentrations of bacterial 16S DNA by real-time pcr. 2002. Klaschik, S., Lehmann, L.E., Raadts, A., Hoeft, A., Stuber, F. Molecular Biology 22(3):231-242
• Optimization of real-time PCR assay for rapid and sensitive detection of eubacterial 16S ribosomal DNA in platelet concentrates. 2003. Mohammadi,T., Reesink, H.W., Vandenbroucke-Grauls, C.M.J.E., Savelkoul, P.H.M. Journal of Clinical Microbiology41(10):4796–4798
• Engelke, David R., dkk. “Purification of Thermus aquaticus DNA Polymerase Expressed in Escheria coli” (sumber: http://degradome.uniovi.es/jmpf/Bibliograf/Analytical%20Biochemistry%201990%20Engelke%20Taq%20purification.pdf) Diakses pada 4 November 2014 Pukul 16.30