Download - Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto
![Page 1: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/1.jpg)
Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em
proteômica
Dr. Luciano da Silva Pinto
![Page 2: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/2.jpg)
Introdução
• O que é Espectrometria de massa?– É o estudo de sistemas que causam a formação de íons
gasosos com ou sem fragmentação que é caracterizada então pela relação massa/carga e abundância relativa (Mede a massa de moléculas individuais que tenham sido convertidas em íons).
– Relação m/z – unidade de massa atômica por unidade fundamental de carga
– Em muitos casos, os íons encontrados no espectrômetro de massa possuem uma carga (z =1) e, então o valor m/z é numericamente igual à massa molecular iônica em unidades de massa atômica.
![Page 3: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/3.jpg)
• Biotecnologia: na análise de proteínas, peptídeos e oligonucleotídeos, monitoramento de fermentação;
• Agropecuária: Análise e controle de qualidade de rações;
• Farmacêutica: Descobertas de novas drogas, farmaco-cinética;
• Clínica: Análise da hemoglobina, teste de drogas;• Ambiental: Qualidade de água, contaminação em
alimentos;• Geologia: Composição do petróleo, análise de solos;• Esportes: Identificação de esteróides;• Medicina Forense: Investigação de crimes
Espectrometria de Massa é usada para....
![Page 4: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/4.jpg)
Aplicação da Espectrometria de Massa em proteômica
• Informação de massa molecular – Com precisão;
• Identificação de proteínas usando massa molecular de peptídeos trípticos;
• Informação Estrutural;
• Sequenciamento de peptídeos;
• Identificar modificações pós-traducionais (fosforilação, glicosilação e pontes de sulfeto).
![Page 5: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/5.jpg)
História da espectrometria de massa
• J.J. Thomson (University of Cambridge)– 1897: estudos da descarga elétrica de gases
(descobrimento do elétron). 1906: Prêmio Nobel (construção do primeiro
espectrômetro- espectrógrafo de parábola) para a determinação das razões massa-carga dos íons.
• Francis W. Aston (University of Cambridge) 1922: Prêmio Nobel (estudos isotópicos com um novo espectrômetro de massa de maior resolução- íons dispersos pela massa e focalizados pela velocidade).
![Page 6: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/6.jpg)
História da espectrometria de massa
• 1960- MALDI e ESI- Hillenkamp e Fenn (Prêmio Nobel)
Prêmio Nobel de Química, 2002 – foi para os inventores de métodos de ionização branda em espectrometria de massa - permitiu análise de
macromoléculas
Evolução
John B. Fenn (E.U.A.) - Electrospray (ESI)
Koichi Tanaka (Japão) - Soft Laser Desorption (SLD).
![Page 7: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/7.jpg)
Como um espectrômetro de massa trabalha?
![Page 8: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/8.jpg)
Espectrometria de massa
MODOS DE IONIZAÇÃO PARA BIOMOLÉCULAS
ELECTROSPRAY
MALDI (matrix assisted laser desorption ionization)
ANALISADORES DE MASSA
FTICR (Fourier Transform cyclotron resonance)
ION – TRAP
TRIPLE QUADRUPOLE
TIME OF FLIGHT (TOF)
Orbitrap
Setor magnético
![Page 9: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/9.jpg)
Métodos de Ionização
![Page 10: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/10.jpg)
Fonte de íons
Métodos agressivosde ionização
(fragmentos podem não ser detectados)
Métodos suavesde ionização
![Page 11: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/11.jpg)
• Adequado para análise de moléculas termolábeis, como proteínas.
• Ionização ocorre pela nebulização de gotículas (nanolitros) de uma solução em um campo elétrico intenso, formando gotículas altamente carregadas.
Ionização por electronspray (ESI)
![Page 12: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/12.jpg)
Ionização por electrospray
![Page 13: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/13.jpg)
M E H F R W G KH
H H 4+H
H
H
HH
4+
HH
H
3+
H
2+
H
1+
H
Amina N-terminal
Equilíbrio de estados múltiplos da cargaEquilíbrio de estados múltiplos da carga
Ionização por eletrospray
![Page 14: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/14.jpg)
H
H
HH
4+
HH
H
3+
H
2+
H
1+
H
m/z = (Mr+4H)/4
m/z = (Mr+3H)/3
m/z = (Mr+2H)/2
m/z = (Mr+H)
1+
2+
3+
4+
Rel. Inten.
ES-MS
Origem do Espectro de Massa dos Peptídeos por ESI
![Page 15: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/15.jpg)
Vantagens do electrospray
1) Apropriado para compostos carregados, polares e básicos;
2) Permite a detecção de compostos de alta massamolecular - maioria dos espectrômetros de
massas;3) Melhor métodos para análises de compostosmulticarregados;4) Baixo ruído químico permite ótimos limites de
detecção;5) Permite o controle de fragmentações;6) Compatível com métodos de MS/MS
![Page 16: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/16.jpg)
Ionização por MALDI (Matrix Assisted Laser Desorption Ionization)
•A amostra é misturada com uma matriz queabsorva UV.
•A matriz absorve energia do laser o que causa sua volatilização junto com a volatilização da amostra
![Page 17: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/17.jpg)
Matrizes
![Page 18: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/18.jpg)
Preparo das amostras
![Page 19: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/19.jpg)
Vantagens do MALDI
1) Ionização suave – análise de biomoléculas intactas,
2) Extensa faixa de massa (> 400 kDa)3) Análise de misturas - sem purificação4) Alta sensibilidade5) Fácil interpretação dos dados6) Tampões e sais tem pouco efeito7) Rápida8) Fácil uso e manutenção
![Page 20: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/20.jpg)
Analisadores de Massa
![Page 21: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/21.jpg)
Analisadores de Massa
• Após sua formação, os íons são acelerados para o analisador de massa através de um campo elétrico.
• O analisador de massa separa os íons de acordo com suas razões m/z.
• Os analisadores de massa podem ser contínuos ou pulsados:Contínuos: transmitem um simples íon de razão m/z ao detector (quadrupolos e campo magnético).Pulsados: coletam um espectro de massa inteiro a partir de um pulso simples de íons (TOF).
![Page 22: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/22.jpg)
Analisador Tempo de Vôo (TOF)
Mede o tempo que íons de diferentes massas levam para mover-se da fonte de íons até o detector:
Íons menores chegarão primeiro ao detector. Existem dois tipos de analisadores TOF:
linear e refletor.
![Page 23: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/23.jpg)
A equação que governa a separação de íons por TOF é:
m/z razão massa/carga do íonE potencial do pulso de extraçãos comprimento do setor em que E é aplicadod comprimento do tubo de vôot tempo de vôo do íon
MS tempo de vôo: • Sem campo elétrico ou magnético,• Ao contrário de outros MS, não há limite superior de detecção de m/z. • É o mais preciso de todos os MS, permitindo análise elementar. Podem fazer até 100 espectros por segundo.
MS-TOF
![Page 24: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/24.jpg)
Ionização: um feixe de elétrons de alta energia é utilizado para ejetar um elétron de uma molécula, formando um radical catiônico designado como íon molecular. Se o íon molecular for muito instável ele poderá se fragmentar em íons menores.
Analisador de massa: os íons moleculares são focalizados, formando um feixe, são acelerados através de um campo magnético, sendo defletidos (desviados) de acordo com as massas dos íons.
MS de setor magnético
![Page 25: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/25.jpg)
Analisadores de massa Quadrupolo• Quatro eletrodos, dois positivos e dois negativos.• A voltagem aplicada afeta a trajetória de íons passando através dos eletrodos. Para uma dada condição de corrente e voltagem, somente íons com uma determinada razão massa/carga seguem o trajeto entre os tubos, e todos os outros são desviados para fora. • Obtém-se um espectro de massas variando-se gradualmente a corrente e voltagem para detectar-se todos os íons presentes.
MS quadrupolo de transmissão: consiste de um ionizador, lentes para acelerar e focalizar os íons para a entrada no quadrupolo, o quadrupolo com controles de V e A, um detector de íons. Todo o sistema necessita de alto vácuo. Resolução: separa íons com diferenças de 0.3 m/z
![Page 26: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/26.jpg)
IONIZAÇÃO: ELETROSPRAY - analíto e solvente são submetido a alta voltagem (3-4 kVolts)IONIZAÇÃO: ELETROSPRAY - analíto e solvente são submetido a alta voltagem (3-4 kVolts)
Q1 : 1º QUADRUPOLO (DC/Rf) - modo MS (Q1) determina massa/carga (m/z) - molécula intactaQ1 : 1º QUADRUPOLO (DC/Rf) - modo MS (Q1) determina massa/carga (m/z) - molécula intacta
Q3 : 2º QUADRUPLO (DC/Rf) - modo MS/MS (Q3) detecta fragmentação dos ions - estruturaQ3 : 2º QUADRUPLO (DC/Rf) - modo MS/MS (Q3) detecta fragmentação dos ions - estrutura
CÉLULA DE COLISÃO: HEXAPOLO (somente Rf) Dissociação por colisão induzida - fragmetaçãoCÉLULA DE COLISÃO: HEXAPOLO (somente Rf) Dissociação por colisão induzida - fragmetação
ESQUEMA DE UM ESPECTROMETRO DE MASSA TRIPLO-QUADRUPOLOESQUEMA DE UM ESPECTROMETRO DE MASSA TRIPLO-QUADRUPOLO
![Page 27: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/27.jpg)
MS Íon-trap: formado por um quadrupolo tridimensional
• Consiste de eletrodos cilíndricos simétricos, que formam dois “end caps” e um anel. Pode ser bastante pequeno, com somente 1-2 cm separando os eletrodos.
•Face interna de cada eletrodo tem uma superfície hiperbólica. • Ainda que a resolução do MS ion trap seja mais baixa, apresenta como vantagem a pré-concentração do íon de interesse antes da análise.
Analisadores de massa Íon-trap
![Page 28: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/28.jpg)
Analisador por ressonância ciclotrônica de íons e transformada de Fourrier - FTICR
• Consiste de três pratos paralelos dispostos na forma de um cubo, usados para capturar, excitar e detectar íons em uma célula pequena.
• Os íons capturados, sob a influência de um campo magnético movem-se em uma trajetória circular de raio r e freqüência w:
![Page 29: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/29.jpg)
Analisador por FTICR
![Page 30: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/30.jpg)
Orbitrap
LTQ-Orbitrap
![Page 31: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/31.jpg)
Detectores
![Page 32: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/32.jpg)
Multiplicador de elétrons
• Multiplica uma corrente eletrônica, por aceleração de elétrons na superfície de um eletrodo.
• A colisão libera um número de elétrons secundários maior que o número de elétrons incidentes. Os elétrons secundários são acelerados também por um outro eletrodo que por sua vez libera outros elétrons secundários e assim por diante, resultando em uma amplificação do sinal.
![Page 33: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/33.jpg)
Placa de Micros Canais (MCP)
• Um arranjo de capilares de vidro
• paredes internas
• material condutor de energia elétrica
• alta voltagem
• íon que colidir na parede interna dos capilares criará uma avalanche de elétrons secundários
![Page 34: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/34.jpg)
Placa de Micros Canais (MCP)
![Page 35: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/35.jpg)
Resolução dos espectrômetros de massa
![Page 36: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/36.jpg)
![Page 37: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/37.jpg)
![Page 38: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/38.jpg)
![Page 39: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/39.jpg)
ALANINA
Cadeia lateral
Aminoacidos são as subunidades das proteínas
![Page 40: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/40.jpg)
Uma cadeia de polipeptídeos tem duas regiões terminais (amino- ou N-terminal e carbox- ou C-terminal) e possui
uma espinha dorçal regularmente repetida mas com diferentes resíduos (R1, R2, R3, R4, R5)
Aminoacidos são ligados por ligações peptídicas para formar a cadeia
polipeptídica
![Page 41: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/41.jpg)
Mr = Soma de todas as massas dos resídos + 18 (H2O)
Massa Molecular de um Peptídeo/Proteina
![Page 42: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/42.jpg)
O espectro de massas de uma molécula consiste de uma família de picos, correspondendo a espécies carregadas que diferem de 1 unidade de massa e carga. A “deconvolução” desses picos, gerando o gráfico acima, dá a massa de uma molécula com precisão de 0,01%
A massa de uma molécula pode ser determinada a partir dos m/z de quaisquer dois picos vizinhos, que diferem por 1 carga (+) ou 1 próton:
(m/z)1 = M + n2x n2
M é a massa da moléculan2 é o número de cargasX é a diferença entre dois picos
(m/z)2 = M + (n2x +1)X n2 + 1
Temos duas equações e dois desconhecidos, M e n2, que podem ser calculados resolvendo-se esse sistema de equação:
n2 = (m/z)2 – X (m/z)2 – (m/z)1
M = n2 [(m/z)2 – X]
![Page 43: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/43.jpg)
Sequenciamento de novo de proteínas por espectrometria de massas
Para sequenciar proteínas é preciso obter o espectro MS/MS de seus peptídeos.
2 etapas de MS acopladas.
Depois de fazer o MS da molécula inteira, esta é fragmentada dentro do aparelho por colisão com gases.Os fragmentos são então separados e analisados por MS.
hélio ou argônio
A ligação peptídica se quebra formando fragmentos típicos, como os íons b e y mostrados na figura acima, que terão massas diferentes de acordo com o radical R de cada aminoácido.
![Page 44: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/44.jpg)
Quando um peptídeo é analisado por MS/MS, a fragmentação gera uma família de fragmentos peptídicos com massas que vão diferir uma da outra em valores que correspondem a um íon b, permitindo a identificação de cada aminoácido.
Sequenciamento de novo de proteínas
![Page 45: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/45.jpg)
A sequência obtida pela análise dos íons de uma série pode ser confirmada pela determinação da sequência feita a partir da série complementar de íons, no caso do exemplo, os íons y.
Sequenciamento de novo de proteínas
![Page 46: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/46.jpg)
Espectro MS/MS do peptídeo tríptico
GLSDGEWQQVLNVWGK.
Código AA Mono. Código AA Mono.
Gly G 57.021464 Asp D 115.02694
Ala A 71.037114 Gln Q 128.05858
Ser S 87.032029 Lys K 128.09496
Pro P 97.052764 Glu E 129.04259
Val V 99.068414 Met M 131.04048
Thr T 101.04768 His H 137.05891
Cys C 103.00919 Phe F 147.06841
Leu L 113.08406 Arg R 156.10111
Ile I 113.08406 CMC 161.01467
Asn N 114.04293 Tyr Y 163.06333
- - - Trp W 186.07931
Analisa-se o espectro buscando diferenças de m/z equivalentes a um resíduo de aminoácido, que permitem conhecer
a seqüência do peptídeos
![Page 47: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/47.jpg)
Pesquisa em bancos de dados
m/z Submitted
MH+ Matched
Delta ppm
1163.5960 1163.6312 -30 1439.7990 1439.8123 -9.2 1479.8420 1479.7960 31 1567.7940 1567.7433 32 1899.9710 1900.0081 -20
PROTEIN ID: serum albumin precursor (BOVINE)
A pesquisa em banco de dados foi realizada com submissão de massa/carga de 7 mais intensos peptídeos demonstrados no espectro de massa da figura e o programa ProteinProspector foi acertado para a menor especificidade possível, sem nenhuma restrição ao peso molecular, ponto isoelétrico e cadeia taxonômica. A pesquisa envolveu 983900 entradas, sendo que BSA foi prontamente identificada.
![Page 48: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/48.jpg)
• Proteínas são identificadas inserindo-se a massa dos peptídeos em um banco de dados de peptídeos como o ProFound.
• Parâmetros de busca são refinados incluindo massa e ponto isoelétrico determinados por 2D PAGE.
•http://www.unb.br/cbsp/paginiciais/profound.htm
![Page 49: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/49.jpg)
Busca em bancos de dados
![Page 50: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/50.jpg)
![Page 51: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/51.jpg)
Nanoeletrospry
![Page 52: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/52.jpg)
Nanoeletrospray
![Page 53: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/53.jpg)
Nanoelectrospray
![Page 54: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/54.jpg)
![Page 55: Espectrometria de Massa: Fundamentos e aplicações em proteômica Dr. Luciano da Silva Pinto](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062307/552fc0fe497959413d8baf74/html5/thumbnails/55.jpg)
http://prospector.ucsf.edu/
http://db.systemsbiology.net:8080/proteomicsToolkit/index.html
http://www.ionsource.com/