28 novembre 2013 N
1 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic
Evaluation des kits de diagnostic de la dengue
et du chikungunya
Rôle du CNR et implications pour la
surveillance
Christine Prat, Isabelle Leparc-Goffart
Institut de Recherche Biomédicale des Armées
CNR des Arbovirus
28 novembre 2013 N
2 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic
Missions du CNR Arbovirus
2
• Apporter une expertise microbiologique : Développer et/ou valider les techniques diagnostiques sérologiques et
moléculaires des arboviroses
Transfert technologique
Identification et caractérisation des souches d’arbovirus circulantes
• Contribuer à la surveillance épidémiologique, en lien avec
l’Institut de veille sanitaire : Plans nationaux de surveillance concernant la lutte contre ces virus en France
métropolitaine et dans les DOM
Contribuer aux réseaux de surveillance européens et internationaux
Contribuer à l’alerte
• Fonctionner en réseau
Entomologistes / Epidémiologistes / Laboratoires en charge de la surveillance
des arboviroses chez l’animal
28 novembre 2013 N
3 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic
Les Arbovirus: une introduction
3
• Arthropod-Borne virus: virus transmis par les arthropodes
(moustiques, tiques, phlébotomes etc…)
• Regroupe des virus appartenant à 5 familles virales différentes
28 novembre 2013 N
4 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic
Les Arbovirus: une introduction
4
Principaux virus
pathogènes
pour l’Homme,
et leur
diagnostic au
CNR
28 novembre 2013 N
5 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic
• Répartition géographique mondiale
• Chikungunya et Dengue: transmis par des moustiques du genre
Aedes
Les Arbovirus: une introduction
5
• Arthropod-Borne virus: virus transmis par les arthropodes
(moustiques, tiques, phlébotomes etc…)
• Regroupe des virus appartenant à 5 familles virales différentes
28 novembre 2013 N
6 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic
• 2012: 10 Départements
6 M habitants
• 2013: 17 Départements
12 M habitants
• 2014: …?
Le moustique Aedes albopictus en
France métropolitaine…
La surveillance de la dengue et du chikungunya en
métropole, pourquoi?
Risque de mise en place d’un
circuit de transmission
autochtone en cas
d’importation du virus
28 novembre 2013 N
7 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic
Plan national de surveillance de la dengue et du
chikungunya - Evolution
2006-2012:
Diagnostic des cas suspect importés et autochtones par le CNR
(1200 cas suspects en 2012)
2013:
Diagnostic des cas suspects importés par le CNR et un réseau de
laboratoires hospitaliers
Diagnostic des cas suspects autochtones par les laboratoires de
biologie médicale et confirmation par le CNR
2014 ?
Futur: 1ère ligne de diagnostic par les laboratoires de biologie
médicale (hospitaliers et privés) et confirmation par le CNR
17 départements en surveillance: 60% de l’activité = diagnostic de
première ligne
28 novembre 2013 N
8 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic
Problématiques et actions du CNR
• Alerte de la DGS pour la problématique de faisabilité du plan
• Saisine de la HAS pour la stratégie de diagnostic de la dengue et du
chikungunya (2012)
J0 à J7: RT-PCR pour la détection du génome viral
≥ J5: sérologie pour la détection des IgM et IgG
• Détection du génome viral de la dengue et du chikungunya par RT-
PCR mise en proposition pour remboursement par l’assurance maladie
Evaluation de kits de diagnostic par RT-PCR et sérologie pour les
laboratoires de biologie médicale
Contrôles Qualité (RT-PCR pour la dengue)
28 novembre 2013 N
9 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic
Evaluation kits RT-PCR dengue
SimplexaTM
dengue
RealStar® dengue Bioevolution®
dengue
Sensibilité: 1 log de plus
Equivalent 1 à 2 log de moins
Spécificité: Pas d’autres
arbovirus détectés
Pas d’autres arbovirus
détectés
Pas d’autres
arbovirus détectés
Concordance
clinique:
7/48 non détectées
5/48 non détectées
10/48 non
détectées
Origine
géographique
des souches
non détectées:
D1: Madère, Haïti
D2: Venezuela, Saint
Martin, Indonésie,
Guyane française
D3: Réunion
D1: Djibouti
D2: Venezuela
D4: Guadeloupe,
Sénégal, St Martin
D1: Grenadines,
Djibouti, Inde
D2: Venezuela,
Thaïlande, Burkina
D4: Guadeloupe,
Sénégal, St Martin,
Cambodge
28 novembre 2013 N
10 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic
Evaluation kits RT-PCR chikungunya
RealStar® chikungunya Bioevolution® chikungunya
Sensibilité Equivalent
1 log de moins
Spécificité: Détection du virus O’Nyong
Nyong
En cours de réalisation
Concordance clinique: En cours de réalisation
En cours de réalisation
28 novembre 2013 N
11 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic
Evaluation kits sérologiques chikungunya
IBL INTERNATIONAL (Novalisa): ELISA IgM et IgG anti-Chikungunya
32% faux positifs IgM anti-chikungunya
59% faux négatifs IgG anti-chikungunya
SD BIOLINE: TDR IgM anti-Chikungunya
57% faux positifs
44% faux négatifs
1
1
28 novembre 2013 N
12 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic
In house ELISA
CNR CHIK
SD Bioline
IgM chik RESULTATS CDC
RATIO
IgM
RATIO
IgG RATIO IgM RATIO IgG
SERO-
NEUTRALISATION
IgG CHIK
16459 1,2 16,8 POSITIF 0,64 23,2 5120
16384 1 7,5 NEGATIF 0,56 11 1280
7217 1,4 13,5 POSITIF 1 19,2 >320
IgG+IgM CHIK
15673 6,5 3,1 NEGATIF 4,2 4,2 320
15616 11,8 3,8 NEGATIF 4,6 4,0 40
15110 13 8,9 POSITIF 5,6 8,8 2560
5896 5,5 16,2 NEGATIF 5,3 9,4 1280
7047 4,8 11,2
POSITIF
DOUTEUX 3,4 13,3 640
7107 3,2 7,6 POSITIF 3,0 6,2 320
6766 7 7,6 NEGATIF 4,8 6,1 1280
IgM CHIK
12249 7,9 1,1 NEGATIF 3,4 1,1 <10
6575 7,1 1,4 NEGATIF 3,9 0,86 <10
6808 11,5 1,1 NEGATIF 4,5 1,2 80
IgG+IgM DEN 16569 1,0 1,0 NEGATIF 0,68 0,99 <10
16570 1,0 1,0 NEGATIF 1,1 0,81 <10
NEGATIFS
16719 1,0 1,0 NEGATIF 0,66 0,79 <10
16720 1,0 1,0
POSITIF
DOUTEUX 1,3 0,96 <10
8772 0,8 1,0 NEGATIF 0,6 1,4 <10
8759 0,8 1,6 POSITIF 1 0,93 <10
6468 1,0 0,8 NEGATIF 1,5 1 <10
8525 0,7 1,0 NEGATIF 1,1 1,1 <10
6593 0,9 0,7 NEGATIF 0,83 1,3 <10
8580 0,7 0,8 NEGATIF 0,79 1,1 <10
28 novembre 2013 N
13 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic
Evaluation kits sérologiques chikungunya
IBL INTERNATIONAL (Novalisa): ELISA IgM et IgG anti-Chikungunya
32% faux positifs IgM anti-chikungunya
59% faux négatifs IgG anti-chikungunya
SD BIOLINE: TDR IgM anti-Chikungunya
57% faux positifs
44% faux négatifs
1
3
Les kits commercialisés pour la sérologie du chikungunya ne sont
pas satisfaisants
28 novembre 2013 N
14 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic
Contrôle qualité RT-PCR dengue organisé par
le CNR
• Participants: 14 laboratoires
– Hôpitaux (Lyon, Marseille, Nîmes, Toulouse, Begin, Bordeaux Mayotte,
Réunion, Martinique, Guadeloupe)
– Laboratoires privés (Biomnis)
– CNR associés: IP Cayenne, CHU Réunion
– Institut Pasteur Nouvelle Calédonie
• Echantillons: Virus dilués dans serum humain négatif
– D1: Somalie 2012
– D2: Indonésie 2012
– D3: Djibouti 2012
– D4: Guyane française 2012
• Utilisation par les laboratoires de méthodes in house
28 novembre 2013 N
15 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic
Virus Charge virale Nombre de
laboratoires
avec réponse
positive
Pourcentage de
réussite
A D2 Moyenne 14 100
B Neg 14 100
C D3 Faible 14 100
D WN 14 100
E D4 Moyenne 14 100
F D1 Faible 4 29
G Chik 14 100
H D2 Faible 14 100
I D4 Faible 12 86
J D3 Moyenne 14 100
K D1 Moyenne 14 100
Contrôle qualité dengue organisé par le CNR
28 novembre 2013 N
16 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic
• Bon test : 86% de réussite
• PCR nichée Lanciotti n’est pas plus sensible que la real
time RT-PCR
• Différence de sensibilité: extraction ARN
Contrôle qualité dengue organisé par le CNR
28 novembre 2013 N
17 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic
Conclusions
But:
Diagnostic de première intention du chikungunya et
de la dengue réalisé par les laboratoires privés et
hospitaliers
Sérologie chikungunya:
reste problématique avec l’absence sur le marché de kit utilisable
Accréditation:
Les kits commerciaux de RT-PCR sont privilégiés
Impossible de tous les évaluer
Souvent moins bons que des techniques maison
28 novembre 2013 N
18 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic
CNR Arbovirus (IRBA):
Olivier Flusin
Christine Prat
Patrick Gravier
Laetitia Boubis
Bernard Tenebray
Olivier Merle
Collaborateurs:
CNR associés
InVS, CIRE
Réseaux de laboratoires français
Center for Disease Control (Lanciotti)
Remerciements