![Page 1: Inbreeding and Relationship Coefficients PDF/3.Inbreeding.pdf · Inbreeding coefficient เป็นค่าแสดงการเพิ่มโฮโมไซโกทในประชากร](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050106/5f44669f9918910d8b0399fd/html5/thumbnails/1.jpg)
Talerngsak Angkuraseranee
Department of animal science
Faculty of Natural Resources
Prince of Songkla University
Inbreeding and
Relationship coefficients
![Page 2: Inbreeding and Relationship Coefficients PDF/3.Inbreeding.pdf · Inbreeding coefficient เป็นค่าแสดงการเพิ่มโฮโมไซโกทในประชากร](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050106/5f44669f9918910d8b0399fd/html5/thumbnails/2.jpg)
Data
Pedigree
Performance
Gene
Animal breeding
![Page 3: Inbreeding and Relationship Coefficients PDF/3.Inbreeding.pdf · Inbreeding coefficient เป็นค่าแสดงการเพิ่มโฮโมไซโกทในประชากร](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050106/5f44669f9918910d8b0399fd/html5/thumbnails/3.jpg)
Inbreeding coefficient
เปนคาแสดงการเพมโฮโมไซโกทในประชากร
สญลกษณ เขยนแทนดวย F
Wright : คาสหสมพนธระหวาง Gametes ทมารวมกนในสตวตวใดตวหนง
Malecot : คาความนาจะเปน (หรอโอกาส) ทยนสองตวในต าแหนงเดยวกนของสตวตวหนงจะเหมอนกนโดยการถายทอด
![Page 4: Inbreeding and Relationship Coefficients PDF/3.Inbreeding.pdf · Inbreeding coefficient เป็นค่าแสดงการเพิ่มโฮโมไซโกทในประชากร](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050106/5f44669f9918910d8b0399fd/html5/thumbnails/4.jpg)
Relationship coefficient
เปนคาแสดงการเพมโฮโมไซโกทในประชากร
สญลกษณ เขยนแทนดวย R
Wright คาสหสมพนธระหวาง gametes ในสตวสองตว
Malecot คาความนาจะเปนทยนตวหนงของสตวตวหนงจะเหมอนกนโดยการถายทอดกบยนอกตวหนงในต าแหนงเดยวกนของสตวอกตวหนง
![Page 5: Inbreeding and Relationship Coefficients PDF/3.Inbreeding.pdf · Inbreeding coefficient เป็นค่าแสดงการเพิ่มโฮโมไซโกทในประชากร](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050106/5f44669f9918910d8b0399fd/html5/thumbnails/5.jpg)
การค านวณอตราเลอดชดและอตราความสมพนธ
ระหวางญาตจากพนธประวต
![Page 6: Inbreeding and Relationship Coefficients PDF/3.Inbreeding.pdf · Inbreeding coefficient เป็นค่าแสดงการเพิ่มโฮโมไซโกทในประชากร](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050106/5f44669f9918910d8b0399fd/html5/thumbnails/6.jpg)
อตราเลอดชดสามารถค านวณจากพนธประวตไดตามสมการ
อตราเลอดชดของสตวตวท X
อตราเลอดชดของบรรพบรษรวม
(common ancestor) ตวท i เมอ i = 1,2,3...
จ านวนครงทเกดการแยกตวของยน (segregation of gene) หรอ
จ านวน path จากพอถงแมของ X โดยผานบรรพบรษรวมตวท i
)F()(Fi
i
c
nr
iX
12
1
2
1
1
XF
icF
in
การค านวณอตราเลอดชดและความสมพนธโดยวธ path coefficient (Wright)
![Page 7: Inbreeding and Relationship Coefficients PDF/3.Inbreeding.pdf · Inbreeding coefficient เป็นค่าแสดงการเพิ่มโฮโมไซโกทในประชากร](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050106/5f44669f9918910d8b0399fd/html5/thumbnails/7.jpg)
การค านวณอตราเลอดชดของลกทเกดจากการผสมพนธของพนองรวมพอแตตางแม (half-sib mating)
A B C
G H
X
Example 1
![Page 8: Inbreeding and Relationship Coefficients PDF/3.Inbreeding.pdf · Inbreeding coefficient เป็นค่าแสดงการเพิ่มโฮโมไซโกทในประชากร](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050106/5f44669f9918910d8b0399fd/html5/thumbnails/8.jpg)
วธค านวณ
1. บรรพบรษรวม คอ B
2. พอและแมของ X คอ G และ H
3. การนบจ านวน path จะนบจาก G ถง H ผาน B
G B H = 2 path
ดงนน
ni = 2
Example 1
![Page 9: Inbreeding and Relationship Coefficients PDF/3.Inbreeding.pdf · Inbreeding coefficient เป็นค่าแสดงการเพิ่มโฮโมไซโกทในประชากร](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050106/5f44669f9918910d8b0399fd/html5/thumbnails/9.jpg)
จากสตร
)F()(Fi
i
c
nr
iX
12
1
2
1
1
%)5.12(125.0
8
1
012
1
2
1 2
)()(FX
Example 1
![Page 10: Inbreeding and Relationship Coefficients PDF/3.Inbreeding.pdf · Inbreeding coefficient เป็นค่าแสดงการเพิ่มโฮโมไซโกทในประชากร](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050106/5f44669f9918910d8b0399fd/html5/thumbnails/10.jpg)
สตรค านวณอตราความสมพนธระหวางญาตของสตว 2 (สมมตเปน X และ Y) เขยนในรปโดยทวไปไดเปน
อตราความสมพนธระหวางญาตระหวาง X กบ Yอตราเลอดชดของบรรพบรษรวมตวท i, i = 1,2,3...อตราเลอดชดของ Xอตราเลอดชดของ Yจ านวน path จาก X ถง Y ผานบรรพบรษรวมท i
Relationship coefficient
![Page 11: Inbreeding and Relationship Coefficients PDF/3.Inbreeding.pdf · Inbreeding coefficient เป็นค่าแสดงการเพิ่มโฮโมไซโกทในประชากร](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050106/5f44669f9918910d8b0399fd/html5/thumbnails/11.jpg)
การค านวณอตราความสมพนธระหวางญาตของสตว ทเปนลงกบหลานจากพนธประวตตอไปน
A B
C D E
X
Example 2
![Page 12: Inbreeding and Relationship Coefficients PDF/3.Inbreeding.pdf · Inbreeding coefficient เป็นค่าแสดงการเพิ่มโฮโมไซโกทในประชากร](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050106/5f44669f9918910d8b0399fd/html5/thumbnails/12.jpg)
กรณน บรรพบรษรวมม 2 ตวคอ A กบ B ดงนน
เมอ A เปนบรรพบรษรวมของ C กบ X (i = 1)
Fc1 = FA = 0
n1 = C A D X
= 3
เมอ B เปนบรรพบรษรวมของ C กบ X (i = 2)
Fc2 = FB = 0
n2 = C B D X
= 3
XC
c
n
iCX
FF
F
Ri
i
1.1
)1()2
1(
2
1
Example 2
![Page 13: Inbreeding and Relationship Coefficients PDF/3.Inbreeding.pdf · Inbreeding coefficient เป็นค่าแสดงการเพิ่มโฮโมไซโกทในประชากร](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050106/5f44669f9918910d8b0399fd/html5/thumbnails/13.jpg)
และ FC = FX = 0
ดงนน
สรป อตราสมพนธระหวางญาตของสตวทเปนลงกบหลาน มคาค านวณไดเทากบ 0.25%
%25
4
1
0,)2
1()
2
1(
1.1
)1()2
1()1()
2
1(
33
33
XCBA
XC
BA
CX
FFFF
FF
FFR
Example 2
![Page 14: Inbreeding and Relationship Coefficients PDF/3.Inbreeding.pdf · Inbreeding coefficient เป็นค่าแสดงการเพิ่มโฮโมไซโกทในประชากร](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050106/5f44669f9918910d8b0399fd/html5/thumbnails/14.jpg)
สรป : คา Inbreeding และ Relationship coefficient ของ Wright : Inbreeding coefficient มคาเทากบ
ครงหนงของคา Relationship coefficient
![Page 15: Inbreeding and Relationship Coefficients PDF/3.Inbreeding.pdf · Inbreeding coefficient เป็นค่าแสดงการเพิ่มโฮโมไซโกทในประชากร](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050106/5f44669f9918910d8b0399fd/html5/thumbnails/15.jpg)
Covariance
or Tabular method
![Page 16: Inbreeding and Relationship Coefficients PDF/3.Inbreeding.pdf · Inbreeding coefficient เป็นค่าแสดงการเพิ่มโฮโมไซโกทในประชากร](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050106/5f44669f9918910d8b0399fd/html5/thumbnails/16.jpg)
Inbreeding (F) for an animal is equal to half of the relationship between its parents
Additive relationship (aXY) between two animals is equal to half of the relationship between the one animal, X, and the other animal, Y’s, parents, A and B
The tabular method two basic
formulas
![Page 17: Inbreeding and Relationship Coefficients PDF/3.Inbreeding.pdf · Inbreeding coefficient เป็นค่าแสดงการเพิ่มโฮโมไซโกทในประชากร](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050106/5f44669f9918910d8b0399fd/html5/thumbnails/17.jpg)
เรยงล าดบสตว ใน Column และ Row ตามอายของสตวจากมากไปหานอย ทงนใน Column ใหแสดงพอแมของสตวแตละตวดวย
คานอกเสนทแยงมมเปนคา Covariance โดยค านวณดวยสตร
How to calculate by
the tabular method
COV(X,Y) = 1/2[COV(X, พอของ Y) + COV(X,แมของY)]
![Page 18: Inbreeding and Relationship Coefficients PDF/3.Inbreeding.pdf · Inbreeding coefficient เป็นค่าแสดงการเพิ่มโฮโมไซโกทในประชากร](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050106/5f44669f9918910d8b0399fd/html5/thumbnails/18.jpg)
ถามพนธประวตตอไปนจะค านวณตารางความสมพนธไดอยางไร
C A
D B
ขนตอนท 1 จากพนธประวต ส ารวจวาควรจะรวมสตวตวใดบางไวในตารางเฉพาะสตวทรทมา หรอมความสมพนธกบตวอนๆ ตามล าดบในการเกด
Example 3
ขนตอนในการค านวณ
![Page 19: Inbreeding and Relationship Coefficients PDF/3.Inbreeding.pdf · Inbreeding coefficient เป็นค่าแสดงการเพิ่มโฮโมไซโกทในประชากร](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050106/5f44669f9918910d8b0399fd/html5/thumbnails/19.jpg)
ขนตอนท 2 เขยนหมายเบอรหรอชอในตารางทงแนว column และ row
A B C D
A
B
C
D
Example 3
![Page 20: Inbreeding and Relationship Coefficients PDF/3.Inbreeding.pdf · Inbreeding coefficient เป็นค่าแสดงการเพิ่มโฮโมไซโกทในประชากร](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050106/5f44669f9918910d8b0399fd/html5/thumbnails/20.jpg)
ขนตอนท 3 เขยนเบอรหรอชอพอแมของสตวไวเหนอชอของสตวแตละตว และใสคา 1 ในแนวทะแยงมมของตาราง ถาสตวมอตราเลอดชด บวกคาอตราเลอดชดดวย ส าหรบสตวทไมมความสมพนธใหใสคา 0
A,_ A,B
A B C D
A 1 0
B 0 1
C 1
D 1
Example 3
![Page 21: Inbreeding and Relationship Coefficients PDF/3.Inbreeding.pdf · Inbreeding coefficient เป็นค่าแสดงการเพิ่มโฮโมไซโกทในประชากร](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050106/5f44669f9918910d8b0399fd/html5/thumbnails/21.jpg)
ขนตอนท 3 ค านวณคาในแตละชองของ row โดยค านวณจากสตร
COV(X,Y) = 1/2[COV(X, พอของ Y)] + [COV(X,แมของY)]
A,_ A,B
A B C D
A 1 0 1/2 1/2
B 0 1 0 1/2
C 1/2 0 1 1/4
D 1/2 1/2 1/4 1
Example 3
![Page 22: Inbreeding and Relationship Coefficients PDF/3.Inbreeding.pdf · Inbreeding coefficient เป็นค่าแสดงการเพิ่มโฮโมไซโกทในประชากร](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050106/5f44669f9918910d8b0399fd/html5/thumbnails/22.jpg)
อตราสมพนธระหวางของสตว 2 ตว เชน ระหวาง C กบ D โดยค านวณจากสตร
%25.04
1
01.01
4/1
)().(
),(
1.1
)(
)().(
)(
DVCV
DCCOV
FF
XYCOV
YVXV
XYCOVR
YX
XY
Example 3
![Page 23: Inbreeding and Relationship Coefficients PDF/3.Inbreeding.pdf · Inbreeding coefficient เป็นค่าแสดงการเพิ่มโฮโมไซโกทในประชากร](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050106/5f44669f9918910d8b0399fd/html5/thumbnails/23.jpg)
Summary
สตว 2 ตวมความใกลชดกนทางเครอญาตมากเทาใดกควรจะมยนเหมอนกนหรอเปนยนตวเดยวกนมากเทานน
สตวทง 2 ตวทมยนเหมอนกนมาก เมอผสมพนธกนมโอกาสทจะถายทอดยนทเหมอนกนนนใหแกลก
เมอลกไดรบยนทเหมอนกนจากพอและแม ท าใหยนในต าแหนงนนอยในสพาพ homozygous
ถาพอแมมยนเหมอนกนจ านวนมากต าแหนง เนองจากเปนญาตกน โอกาสทยนในลกจะอยในสพาพ homozygous จะเพมมากขน
![Page 24: Inbreeding and Relationship Coefficients PDF/3.Inbreeding.pdf · Inbreeding coefficient เป็นค่าแสดงการเพิ่มโฮโมไซโกทในประชากร](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050106/5f44669f9918910d8b0399fd/html5/thumbnails/24.jpg)
1 ? 1 2
3 4 1
5 6
7
แบบฝกหด Inbreeding and Relationship coefficients
![Page 25: Inbreeding and Relationship Coefficients PDF/3.Inbreeding.pdf · Inbreeding coefficient เป็นค่าแสดงการเพิ่มโฮโมไซโกทในประชากร](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050106/5f44669f9918910d8b0399fd/html5/thumbnails/25.jpg)
1 2 3 4 5 6 7
1
2
3
4
5
6
7
1 0 .5 .5 .5 .75 .625
-,- -,- 1,- 1,2 3,4 1,4 5,6
1 0 .5 .25 .25 .251 .25 .625 .375 .5
1 .62 .75 .6875
1.125 .5625 .843751.25 .90625
1.28125
0.5 .5.5 .5 .25.5 .25 .625 .625.75 .25 .375 .75 .5625.625 .25 .5 .6875 .84375 .90625