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Influence du contexte en 3' de Influence du contexte en 3' de l'heptamère sur le décalage de l'heptamère sur le décalage de
phase en -1 chez les eucaryotesphase en -1 chez les eucaryotes
Michaël Bekaert
Équipe de Génétique Moléculaire de la Traduction (Jean-Pierre Rousset)Institut de Génétique et Microbiologie (Orsay)
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Sites de décalage de phase en -1
X XXY YYZ
1000
1000
2000
2000
3000
3000
4000
4000
+10-1
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Modèle de site eucaryoteJacks et Varmus, 1985 et 1988
HeptamèreBrierley, 1993
Pause du ribosomeBrierley, 1993, Dinman, 2000
Influence du site ENierhaus, 2004, Bekaert et al., 2005
Sites de décalage de phase en -1
X XXY YYZ
1000
1000
2000
2000
3000
3000
4000
4000
+10-1
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ALV TAGGGAGANV TAAATGAAPV TTCTAGCBChV GGACTGABCoV GGGTTCGBIV GGGAAGTBLRV TAGAGGGBLV TAATAGABMYV GCAAGCABWYV GGGAGAGBYDV TAGAGGGCABYV GGGCAGGCAEV GGGAGGACMoMV TACTAGGCoMV TACCAGCCRSVs1 TAAGTGCCYDV GCCAAGG... ...
Espaceur de virus
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0
10
20
30
40
+1 +2 +3 +4 +5 +6 +7ACUG ACUG ACUG ACUGACUG ACUG ACUG
position des nucléotides
nombre d’occurrences
Composition
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0
20
40
60
80
X X X Y Y Y Z +1 +2 +3 +4 +5 +6 +7
position des nucléotidesChi2 score
[UG]- G - G - N - N - G - G consensus {AC}-{U}-{U}- N - N - N -{U} exclusion
Biais
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-galactosidase
-galactosidase-luciférase
Région de décalage
lacZluc
+1
0
-1
Évaluation in vivo
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• IBV.wt GGGUAC 21% ±1%
• IBV.sp1AGGUAC 15% ±2%• IBV.sp2UGGUAC 25% ±4%• IBV.sp3CGGUAC 6% ±1%
• IBV.sp4GAGUAC 7% ±2%• IBV.sp5GUGUAC 19% ±2%• IBV.sp6GCGUAC 17% ±1%
• IBV.sp7GGAUAC 15% ±3%• IBV.sp8GGUUAC 19% ±2%• IBV.sp9GGCUAC 11% ±1%
L’espaceur
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Contexte
5’ NNX XXY YYZ NNNNNNNNN
H SP
ES1.5’
EL1
ES2.3’
EL2
EL1’
Heptamère glissant Structure secondaire
3’ES2.5’
ES1.3’
AUG
Espaceur
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Évaluation in vivo
Région de décalage du virus IBV
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contexte clones E. coli clones S.c clones positifs sequences
IBV release 1 86 000 (21) 39 800 (10) 87 25
IBV release 2 78 000 (19) 41 000 (10) 21 19
SRV release 1 81 000 (5) 38 000 (2) 92 22
SRV release 2 76 000 (5) 46 000 (3) 19 14
Banques d’espaceurs
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L’espaceur
Chi2 score
position des nucléotides
+1 +2 +3 +4 +5 +60
10
15
20
25
5
[UG]-[AG]-[CG]- N - N - N consensus {A}- {U}- {U}- N - N - N exclusion
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Biais
0
20
40
60
80
X X X Y Y Y Z +1 +2 +3 +4 +5 +6 +7
Chi2 score
Chi2 score
+1 +2 +3 +4 +5 +60
10
15
20
25
5[UG]-[AG]-[CG]- N - N - N consensus {A}- {U}- {U}- N - N - N exclusion
[UG]- G - G - N - N - G consensus {AC}-{U}-{U}- N - N - N exclusion
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...UUUAAACGGGUACG..
Une explication ?
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Une explication ?
...UUUAAACGGGUACG…
1
2
Sauvage Mutant
HIV (1=GGG) (2=AGG) - ↓
IBV (1=CGG) (2=GGG) - →
IBV.AGG (1=AGG) (2=GGG) - ↑
TY (1=AGG) (2'=GGG) - ↑
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Compétition entre ARNt
0%
10%
20%
30%
40%
HIV IBV IBV.AGG TY
Sauvagehdx1
taux de décalage de phase
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Effet tueur de décalage de phase
0,00%
10,00%
20,00%
séquences positives (~40)
séquences négatives (~20000 ?)
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Flexibilité de l’espaceur
Tension induite par le pseudonoeudPlant et al., 2003
Déformation de l’ARNtau site P lors de la pauseNamy et al., en préparation
Flexibilité de l’epaceur ?
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Agnès Baudin-BaillieuLaure BidouBruno CosnierCéline FabretIsabelle HatinMarta KwapiszOlivier NamyJean-Pierre Rousset
Web : www.igmors.u-psud.fr/rousset/
L’équipe
Alain DeniseJean-Paul ForestChristine Froideveaux
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