![Page 1: Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vectorcdast.unej.ac.id/wp-content/uploads/2020/08/Presentasi-CDAST_Rikn… · Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vector Rikno Harmoko](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081400/60921e3be7651672b70f91a3/html5/thumbnails/1.jpg)
Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vectorRikno HarmokoLembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia
![Page 2: Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vectorcdast.unej.ac.id/wp-content/uploads/2020/08/Presentasi-CDAST_Rikn… · Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vector Rikno Harmoko](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081400/60921e3be7651672b70f91a3/html5/thumbnails/2.jpg)
PendahuluanDNA sebagai materi genetik
![Page 3: Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vectorcdast.unej.ac.id/wp-content/uploads/2020/08/Presentasi-CDAST_Rikn… · Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vector Rikno Harmoko](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081400/60921e3be7651672b70f91a3/html5/thumbnails/3.jpg)
DNA sebagai Material Genetik
3 8/4/2020 Erich Grotewold, Joseph Chappell, Elizabeth Kellogg,2015, Plant genes, genomes, and genetics, Wiley Blackwell
![Page 4: Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vectorcdast.unej.ac.id/wp-content/uploads/2020/08/Presentasi-CDAST_Rikn… · Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vector Rikno Harmoko](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081400/60921e3be7651672b70f91a3/html5/thumbnails/4.jpg)
DNA ke Kromosom
4 8/4/2020 Add a footer
Chromosome Padi
![Page 5: Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vectorcdast.unej.ac.id/wp-content/uploads/2020/08/Presentasi-CDAST_Rikn… · Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vector Rikno Harmoko](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081400/60921e3be7651672b70f91a3/html5/thumbnails/5.jpg)
Tipe-tipe sekuen pada genom
5 8/4/2020 Erich Grotewold, Joseph Chappell, Elizabeth Kellogg,2015, Plant genes, genomes, and genetics, Wiley Blackwell.
![Page 6: Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vectorcdast.unej.ac.id/wp-content/uploads/2020/08/Presentasi-CDAST_Rikn… · Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vector Rikno Harmoko](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081400/60921e3be7651672b70f91a3/html5/thumbnails/6.jpg)
Gene sebagai seperangkat instruksi untuk membuatRNA dari DNA
6 8/4/2020 Erich Grotewold, Joseph Chappell, Elizabeth Kellogg,2015, Plant genes, genomes, and genetics, Wiley Blackwell
![Page 7: Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vectorcdast.unej.ac.id/wp-content/uploads/2020/08/Presentasi-CDAST_Rikn… · Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vector Rikno Harmoko](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081400/60921e3be7651672b70f91a3/html5/thumbnails/7.jpg)
Gen dan regulatory sequences
7 8/4/2020 Erich Grotewold, Joseph Chappell, Elizabeth Kellogg,2015, Plant genes, genomes, and genetics, Wiley Blackwell
![Page 8: Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vectorcdast.unej.ac.id/wp-content/uploads/2020/08/Presentasi-CDAST_Rikn… · Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vector Rikno Harmoko](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081400/60921e3be7651672b70f91a3/html5/thumbnails/8.jpg)
8 8/4/2020 Add a footer
Chalcone synthase expression to modify pigmentation
Wild-type petunia producing purple
anthocyanin pigments
Chalcone synthase (CHS) is the enzyme at the start of
the biosynthetic pathway for anthocyanins
Anthocyanins
Chalcone synthase (CHS)
Purple flowers
White flowers
![Page 9: Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vectorcdast.unej.ac.id/wp-content/uploads/2020/08/Presentasi-CDAST_Rikn… · Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vector Rikno Harmoko](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081400/60921e3be7651672b70f91a3/html5/thumbnails/9.jpg)
Isolasi Gene
![Page 10: Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vectorcdast.unej.ac.id/wp-content/uploads/2020/08/Presentasi-CDAST_Rikn… · Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vector Rikno Harmoko](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081400/60921e3be7651672b70f91a3/html5/thumbnails/10.jpg)
2. Mencari sekuen gen target
10 8/4/2020 Add a footer
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html#
http://rice.plantbiology.msu.edu/
http://signal.salk.edu/ https://www.ebi.ac.uk/
http://shigen.nig.ac.jp/shigen/about/database.jsp
![Page 11: Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vectorcdast.unej.ac.id/wp-content/uploads/2020/08/Presentasi-CDAST_Rikn… · Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vector Rikno Harmoko](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081400/60921e3be7651672b70f91a3/html5/thumbnails/11.jpg)
2. Isolasi total RNA
11 8/4/2020 Ido Keren et.al, 2012. An optimized method for the analysis of plant mitochondria RNAs by Northern-blotting. Journal of Endocytobiosis and Cell Research
❑ DNA / RNA dapat terikat pada silica
membrane pada kondisi buffer dengan
garam tinggi
❑ Interaksi antara DNA / RNA dengan silica
membrane dapat dipecah dengan dengan
melarutkan chaotropic salt dengan buffer
atau air.
❑ Centrifuge berpendingin (4oC) kecepatan
rotor diatas 10.000 rpm
❑ Enzim DNAase untuk mendegradasi DNA
![Page 12: Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vectorcdast.unej.ac.id/wp-content/uploads/2020/08/Presentasi-CDAST_Rikn… · Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vector Rikno Harmoko](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081400/60921e3be7651672b70f91a3/html5/thumbnails/12.jpg)
2. Reaksi Reverse Transcriptase
12 8/4/2020 Add a footer
• Enzim yang berfungsi untuk mensintesiscomplementary DNA (cDNA) dari template RNA
![Page 13: Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vectorcdast.unej.ac.id/wp-content/uploads/2020/08/Presentasi-CDAST_Rikn… · Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vector Rikno Harmoko](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081400/60921e3be7651672b70f91a3/html5/thumbnails/13.jpg)
2. Polymerase chain reaction (PCR)
13 8/4/2020 Add a footer
• PCR adalah teknik untuk memperbanyak copy sekuen DNA secaraenzimatis tanpa menggunakan organisme.
Komponen dalam Reaksi PCR:
• Template : DNA/cDNA
• DNA Polymerase : Enzim yang mengkatalisis reaksi polymerasi dalam proses sintesis DNA.
• Oligonucleotide primers : DNA rantai tunggal dengan panjang 18-30 bp yang complement dengan target sekuen.
• Deoxynucleotide triphosphates :
• Buffer system
![Page 14: Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vectorcdast.unej.ac.id/wp-content/uploads/2020/08/Presentasi-CDAST_Rikn… · Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vector Rikno Harmoko](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081400/60921e3be7651672b70f91a3/html5/thumbnails/14.jpg)
Design primer
14 8/4/2020 Add a footer
5’UTR ORF 3’UTR AAAAAAAAAAAAAAA
Primer F
Primer RATG
STOP
1 Primer length 20 – 25 bp
2 TM 60 - 65 oC
3 Primer 3' clamp C/G
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/index.cgi
http://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/primer3plus/primer3plus.cgi
![Page 15: Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vectorcdast.unej.ac.id/wp-content/uploads/2020/08/Presentasi-CDAST_Rikn… · Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vector Rikno Harmoko](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081400/60921e3be7651672b70f91a3/html5/thumbnails/15.jpg)
Jenis Jenis DNA Polymerase
15 8/4/2020 Add a footer
• Taq Polymerase
• KOD Polymerase
• Pfu Polymerase
![Page 16: Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vectorcdast.unej.ac.id/wp-content/uploads/2020/08/Presentasi-CDAST_Rikn… · Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vector Rikno Harmoko](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081400/60921e3be7651672b70f91a3/html5/thumbnails/16.jpg)
Cloning Gen
![Page 17: Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vectorcdast.unej.ac.id/wp-content/uploads/2020/08/Presentasi-CDAST_Rikn… · Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vector Rikno Harmoko](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081400/60921e3be7651672b70f91a3/html5/thumbnails/17.jpg)
1.DNA Endonuclease/Restriction Enzyme
Type II Endonuclease
• Restriction Enzyme adalah enzyme yang dapat memotong DNA pada specific sequen tertentu
17 8/4/2020 Add a footer
![Page 18: Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vectorcdast.unej.ac.id/wp-content/uploads/2020/08/Presentasi-CDAST_Rikn… · Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vector Rikno Harmoko](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081400/60921e3be7651672b70f91a3/html5/thumbnails/18.jpg)
Bentuk titik potong
18 8/4/2020 Add a footer
Bagaimana mencari titik potong pada sequence DNA?http://nc2.neb.com/NEBcutter2/http://www.takara-bio.co.jp/enzyme/enzyme_search.php
Bagaimana mendapatkan enzyme?https://www.neb.com/products/restriction-endonucleaseshttps://www.takarabio.com/products/cloning/restriction-enzymes
![Page 19: Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vectorcdast.unej.ac.id/wp-content/uploads/2020/08/Presentasi-CDAST_Rikn… · Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vector Rikno Harmoko](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081400/60921e3be7651672b70f91a3/html5/thumbnails/19.jpg)
2. Reaksi Ligasi : T4 DNA Ligase
19 8/4/2020 Add a footer
• T4 DNA ligase: mengkatalis reaksipembentukan ikatan phosphodiester pada sequence DNA
19 8/4/2020 Add a footer
![Page 20: Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vectorcdast.unej.ac.id/wp-content/uploads/2020/08/Presentasi-CDAST_Rikn… · Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vector Rikno Harmoko](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081400/60921e3be7651672b70f91a3/html5/thumbnails/20.jpg)
2. Reaksi Ligasi : T4 DNA Ligase
20 8/4/2020 Add a footer
Vector/plasmid: DNA sirkuler pada cell yang terpisah dari DNA kromoson dan dapat bereplikasi secaraindependen
20 8/4/2020 Add a footer
![Page 21: Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vectorcdast.unej.ac.id/wp-content/uploads/2020/08/Presentasi-CDAST_Rikn… · Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vector Rikno Harmoko](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081400/60921e3be7651672b70f91a3/html5/thumbnails/21.jpg)
DNA Ligation dan Tranformasi ke E. coli
21 8/4/2020 Add a footer
Reaksi Ligasi:- Plasmid : Insert DNA dg ratio 1:3- T4 DNA ligase + Buffer
![Page 22: Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vectorcdast.unej.ac.id/wp-content/uploads/2020/08/Presentasi-CDAST_Rikn… · Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vector Rikno Harmoko](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081400/60921e3be7651672b70f91a3/html5/thumbnails/22.jpg)
Preparasi kompeten cell
22 8/4/2020 Add a footer
https://protocols.scienceexchange.com/protocols/preparation-of-competent-cells
![Page 23: Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vectorcdast.unej.ac.id/wp-content/uploads/2020/08/Presentasi-CDAST_Rikn… · Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vector Rikno Harmoko](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081400/60921e3be7651672b70f91a3/html5/thumbnails/23.jpg)
Preparasi kompeten cell dan transformasi plasmid
23 8/4/2020 Add a footer