![Page 1: Molekularna 1000 biofizika - IJS · 2014. 10. 3. · • Biopolimeri iz sladkornih enot – ekstremno polarni, – z veliko gostoto naboja – vežejo veliko vode – glavni vir energije](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071606/6142d247b7accd31ec0ef1d3/html5/thumbnails/1.jpg)
Janez Štrancar Laboratorijska biomedicina – Molekularna biofizika
planet Zemlja –
naključje ali pravilo ?
Molekularna
biofizika
10
100
1000
10 100 1000 10000
oddaljenost od Sonca (mio km)
tem
pe
ratu
ra (
K)
predvidena T glede na oddaljenost planeta
dejanska T planeta
![Page 2: Molekularna 1000 biofizika - IJS · 2014. 10. 3. · • Biopolimeri iz sladkornih enot – ekstremno polarni, – z veliko gostoto naboja – vežejo veliko vode – glavni vir energije](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071606/6142d247b7accd31ec0ef1d3/html5/thumbnails/2.jpg)
Pogled fizika …
• Sonce s površino 𝐴𝑆 = 4𝜋𝑅𝑆2 seva kot črno telo s temperaturo 𝑇𝑆 =
5800 𝐾 s tokom 𝐼𝑆 = 𝐴𝑆 𝜎𝑇𝑆4
(Planckov zakon)
• Zemlja s površino 𝐴𝑍 = 4𝜋𝑅𝑍2 sprejme 𝑡𝑣
𝜋𝑅𝑍2
4𝜋𝑅𝑆−𝑍2 solarnega toka 𝐼𝑆 in
seva kot črno telo s temperaturo 𝑇𝑍 tok 𝑡𝐼𝑅𝐴𝑍 𝜎𝑇𝑍4
• V ravnovesju velja 𝑡𝑣𝜋𝑅𝑍
2
4𝜋𝑅𝑆−𝑍2 4𝜋𝑅𝑆
2𝜎𝑇𝑆4 = 𝑡𝐼𝑅4𝜋𝑅𝑍
2𝜎𝑇𝑍4 torej je
𝑇𝑍 = 𝑇𝑆4 1
4
𝑡𝑣𝑡𝐼𝑅
𝑅𝑆2
𝑅𝑆−𝑍2
• Če bi bilo razmerje prepustnosti atmosfere v vidnem in IR spektru
68% (odboj 1/3 vidne svetlobe od atmosfere), bi bila temperatura
255 K… očitno je prepustnost v IR manjša
Janez Štrancar Laboratorijska biomedicina – Molekularna biofizika
![Page 3: Molekularna 1000 biofizika - IJS · 2014. 10. 3. · • Biopolimeri iz sladkornih enot – ekstremno polarni, – z veliko gostoto naboja – vežejo veliko vode – glavni vir energije](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071606/6142d247b7accd31ec0ef1d3/html5/thumbnails/3.jpg)
Janez Štrancar Laboratorijska biomedicina – Molekularna biofizika
Atmosferski
toplogredni
plini
spremenijo
temperaturo
planeta
IR svetlobo absorbirajo
ali sipajo tisti plini,
katerih dipolni moment
se spreminja med
vibracijskimi stanji teh
molekul !
![Page 4: Molekularna 1000 biofizika - IJS · 2014. 10. 3. · • Biopolimeri iz sladkornih enot – ekstremno polarni, – z veliko gostoto naboja – vežejo veliko vode – glavni vir energije](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071606/6142d247b7accd31ec0ef1d3/html5/thumbnails/4.jpg)
Temperatura vpliva na ravnovesje med stanji
Janez Štrancar Laboratorijska biomedicina – Molekularna biofizika
Stanje
proteinskih
stikal
Stanja vode
Stanje
membrane
Topnost
![Page 5: Molekularna 1000 biofizika - IJS · 2014. 10. 3. · • Biopolimeri iz sladkornih enot – ekstremno polarni, – z veliko gostoto naboja – vežejo veliko vode – glavni vir energije](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071606/6142d247b7accd31ec0ef1d3/html5/thumbnails/5.jpg)
Proteini so aktivni in
znižujejo entropijo!
... In membrane
celičnih organelov
prenašalci
kanalienzimi
Enzimi in
transporterji
Lipidi se samosestavijo v
plasmamembrano
črpalke
receptorji
DNA kodira pravila in
gradnike
Pogled biofizika:
povezati strukture in funkcije v celici !
![Page 6: Molekularna 1000 biofizika - IJS · 2014. 10. 3. · • Biopolimeri iz sladkornih enot – ekstremno polarni, – z veliko gostoto naboja – vežejo veliko vode – glavni vir energije](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071606/6142d247b7accd31ec0ef1d3/html5/thumbnails/6.jpg)
Dilema biofizika:
kaj dela celico živo ali mrtvo?
Sinteza znotrajceličnih
proteinov in
spreminjanje lipidov
Asimetrično
porazdeljevanje
lipidov
membranski
potencial
receptorji
prenašalcikanali in
črpalke
Permeabilnost
ionov in polarnih
molekul
heterogenost
Koncentracijski
gradienti
↓
TOKOVI
energija
![Page 7: Molekularna 1000 biofizika - IJS · 2014. 10. 3. · • Biopolimeri iz sladkornih enot – ekstremno polarni, – z veliko gostoto naboja – vežejo veliko vode – glavni vir energije](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071606/6142d247b7accd31ec0ef1d3/html5/thumbnails/7.jpg)
Bistvo molekularne biofizike je razumeti…
… molekularne strukture in njihovo spreminjanje,
interakcije med njimi
in njih povezovanje v kompleksen sistem,
kakršen je živa celica !
Janez Štrancar Laboratorijska biomedicina – Molekularna biofizika
![Page 8: Molekularna 1000 biofizika - IJS · 2014. 10. 3. · • Biopolimeri iz sladkornih enot – ekstremno polarni, – z veliko gostoto naboja – vežejo veliko vode – glavni vir energije](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071606/6142d247b7accd31ec0ef1d3/html5/thumbnails/8.jpg)
Janez Štrancar Laboratorijska biomedicina – Molekularna biofizika
Molekularna biofizika
• Program: Laboratorijska biomedicina
• Predavanja (FFA, P2):
prof.dr. Janez ŠtrancarJožef Stefan Institut, Odsek za fiziko trdne snovi, Laboratorij za biofiziko
• Vaje (FFA, P2):
doc.dr. Zoran ArsovJožef Stefan Institut, Odsek za fiziko trdne snovi, Laboratorij za biofiziko
• Seminarske vaje (IJS-F5, LBF):
+ dr. Iztok Urbančič, doc.dr. Miha Škarabot
![Page 9: Molekularna 1000 biofizika - IJS · 2014. 10. 3. · • Biopolimeri iz sladkornih enot – ekstremno polarni, – z veliko gostoto naboja – vežejo veliko vode – glavni vir energije](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071606/6142d247b7accd31ec0ef1d3/html5/thumbnails/9.jpg)
Janez Štrancar Laboratorijska biomedicina – Molekularna biofizika
Molekularna biofizika
PREDAVANJA (29h)
• Iz vode in drugih gradnikov
• Medmolekulske interakcije
• Termodinamika
• Zaznava specifičnih interakcij
• Samoorganizacija in strukture
• Površinski pojavi
• Gibljivost
• Membranski potencial
• Dinamika (supra)molekularnih sistemov
• Dinamika znotraj molekul, optične spektroskopije
• Metode za merjenje razdalj na molekularnem nivoju
• Zaključno predavanje
VAJE
• Velikost gradnikov
• Interakcije
• Termodinamika
• Samoorganizacija – hidrofobna interakcija, membrane
• Samoorganizacija – DNA, proteini
• Površinski pojavi
• Gibljivost
• Membranski potencial
• Dinamika in spektroskopije
• Razno, ponavljanje
SEMINARSKE VAJE (udeležba obvezna)
• EPR
• FMS
• FTIR, Raman
• Optična pinceta, AFM
![Page 10: Molekularna 1000 biofizika - IJS · 2014. 10. 3. · • Biopolimeri iz sladkornih enot – ekstremno polarni, – z veliko gostoto naboja – vežejo veliko vode – glavni vir energije](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071606/6142d247b7accd31ec0ef1d3/html5/thumbnails/10.jpg)
Janez Štrancar Laboratorijska biomedicina – Molekularna biofizika
Literatura
• T. A. Waigh Applied Biophysics – A Molecular Approach for Physical Scientists(Willey, Chicester, 2007)
• R. Glaser Biophysics(Springer, Berlin, 2005)
• R. Nossal Molecular & Cell Biophysics(Addison Wessley, Redwood City, 1991)
• I. N. Serdyuk Methods in Molecular Biophysics – Structure, Dynamics, Function(Cambridge University Press, Cambridge, 2007)
• C. Niemeyer Nanobiotechnology – Concepts, Applications and Perspectives(Wiley-VCH, Weinheim, 2004)
• P. J. Sinko Martin's Physical Pharmacy and Pharmaceutical Sciences(Lippincott Wlliams & Wilkins, Baltimore, 2006)
• M. M. Amiji Applied Physical Pharmacy(McGraw-Hill, New York, 2003)
![Page 11: Molekularna 1000 biofizika - IJS · 2014. 10. 3. · • Biopolimeri iz sladkornih enot – ekstremno polarni, – z veliko gostoto naboja – vežejo veliko vode – glavni vir energije](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071606/6142d247b7accd31ec0ef1d3/html5/thumbnails/11.jpg)
Janez Štrancar Laboratorijska biomedicina – Molekularna biofizika
Preverjanje znanja
• Pisni izpit:
preverjanje razumevanja snovi predavanj, vaj in seminarskih vaj
• Ustni izpit – zagovor pisnega izpita
![Page 12: Molekularna 1000 biofizika - IJS · 2014. 10. 3. · • Biopolimeri iz sladkornih enot – ekstremno polarni, – z veliko gostoto naboja – vežejo veliko vode – glavni vir energije](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071606/6142d247b7accd31ec0ef1d3/html5/thumbnails/12.jpg)
Janez Štrancar Laboratorijska biomedicina – Molekularna biofizika
Voda
![Page 13: Molekularna 1000 biofizika - IJS · 2014. 10. 3. · • Biopolimeri iz sladkornih enot – ekstremno polarni, – z veliko gostoto naboja – vežejo veliko vode – glavni vir energije](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071606/6142d247b7accd31ec0ef1d3/html5/thumbnails/13.jpg)
Janez Štrancar Laboratorijska biomedicina – Molekularna biofizika
Voda
• Vse makroskopske fizikalne lastnosti vode so nekaj posebnega !
– vrelišče (primerjaj z H2S, H2Te,...)
– gostota (ni linearna niti eksponentna funkcija temperature)
– specifična toplota (ena najvišjih sploh)
– toplotna difuzivnost ima tudi izjemno temperaturno odvisnost
– površinska napetost je precej velika na večini materialov
– sorazmerno malo viskozna (še vedno velika za snov s tako majhno
molekularno maso)
– izjemno polarizabilna (hitro se polarizira), izjemno dinamična, zato tudi
močno absorbira EMV v zelo različnih delih spektra (IR, MV)
– nevejetno veliko različnih oblik v trdnem agregatnem stanju
Zakaj ima voda vse te lastnosti ?
![Page 14: Molekularna 1000 biofizika - IJS · 2014. 10. 3. · • Biopolimeri iz sladkornih enot – ekstremno polarni, – z veliko gostoto naboja – vežejo veliko vode – glavni vir energije](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071606/6142d247b7accd31ec0ef1d3/html5/thumbnails/14.jpg)
Janez Štrancar Laboratorijska biomedicina – Molekularna biofizika
• Kaj pa dinamične lastnosti ? ... ko voda teče...
– zaradi majhne viskoznosti je njen tok na makro nivoju turbulenten, zato
se voda močno upira pri pretakanju, upira pa se tudi premikanju
objektov
– zaradi velike površinske napetosti, skozi hidrofobne porozne materiale
sploh ne more teči (goretex!)
• Si znamo predstavljati dinamiko vode na molekularnem nivoju? (gibanje bakterije kot posledica zvijanja flagele)
• Bi znali “plavati” v bazenu polnem velikih krogel iz lahke pene ?
![Page 15: Molekularna 1000 biofizika - IJS · 2014. 10. 3. · • Biopolimeri iz sladkornih enot – ekstremno polarni, – z veliko gostoto naboja – vežejo veliko vode – glavni vir energije](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071606/6142d247b7accd31ec0ef1d3/html5/thumbnails/15.jpg)
Janez Štrancar Laboratorijska biomedicina – Molekularna biofizika
Polarnost
• električni dipolni moment ...
• in gručenje okoli ionov
![Page 16: Molekularna 1000 biofizika - IJS · 2014. 10. 3. · • Biopolimeri iz sladkornih enot – ekstremno polarni, – z veliko gostoto naboja – vežejo veliko vode – glavni vir energije](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071606/6142d247b7accd31ec0ef1d3/html5/thumbnails/16.jpg)
Janez Štrancar Laboratorijska biomedicina – Molekularna biofizika
Vodikove vezi
• Omogočijo strukturiranje vode !
– kar 80% možnih H-vezi je tvorjeniih pri 20˘C
– razloži vrsto anomaličnih lastnosti vode
– če voda ne bi tvorila H-vezi, na Zemlji na bi bilo tekoče in trdne oblike vode
• Omogoči vezavo vode na površine proteinov in polisaharidov
![Page 17: Molekularna 1000 biofizika - IJS · 2014. 10. 3. · • Biopolimeri iz sladkornih enot – ekstremno polarni, – z veliko gostoto naboja – vežejo veliko vode – glavni vir energije](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071606/6142d247b7accd31ec0ef1d3/html5/thumbnails/17.jpg)
Janez Štrancar Laboratorijska biomedicina – Molekularna biofizika
Gradniki
![Page 18: Molekularna 1000 biofizika - IJS · 2014. 10. 3. · • Biopolimeri iz sladkornih enot – ekstremno polarni, – z veliko gostoto naboja – vežejo veliko vode – glavni vir energije](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071606/6142d247b7accd31ec0ef1d3/html5/thumbnails/18.jpg)
Janez Štrancar Laboratorijska biomedicina – Molekularna biofizika
Lipidi (maščobe)
• Amfifilne molekule, ki agregirajo v vodi v dvojne plasti in micele
– fosfolipidi
– steroli
– sfingolipidi
– Glikolipidi
– amfifilna narava, zwitter-ionska oblika, el. naboj in dipol, velik konformacijski prostor
– tvorba membran
• fluidna narava
• kompartmelizacija prostora
• različna propustnost za ione
– vir energije
– površinska zaščita pred mikrobi
![Page 19: Molekularna 1000 biofizika - IJS · 2014. 10. 3. · • Biopolimeri iz sladkornih enot – ekstremno polarni, – z veliko gostoto naboja – vežejo veliko vode – glavni vir energije](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071606/6142d247b7accd31ec0ef1d3/html5/thumbnails/19.jpg)
Janez Štrancar Laboratorijska biomedicina – Molekularna biofizika
Polisaharidi
• Biopolimeri iz sladkornih enot
– ekstremno polarni,
– z veliko gostoto naboja
– vežejo veliko vode
– glavni vir energije
– ogrodje struktur
– komunikacija
– pritrditev celic
– obramba in odstranjevanje tujkov
![Page 20: Molekularna 1000 biofizika - IJS · 2014. 10. 3. · • Biopolimeri iz sladkornih enot – ekstremno polarni, – z veliko gostoto naboja – vežejo veliko vode – glavni vir energije](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071606/6142d247b7accd31ec0ef1d3/html5/thumbnails/20.jpg)
Janez Štrancar Laboratorijska biomedicina – Molekularna biofizika
Proteini
• Biopolimeri iz aminokislin
– strukturne enote
– celični transport
– biološki katalizatorji / encimi
– celični konktakti
– kontrola celične aktivnosti
– prenašanje signalov
![Page 21: Molekularna 1000 biofizika - IJS · 2014. 10. 3. · • Biopolimeri iz sladkornih enot – ekstremno polarni, – z veliko gostoto naboja – vežejo veliko vode – glavni vir energije](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071606/6142d247b7accd31ec0ef1d3/html5/thumbnails/21.jpg)
Janez Štrancar Laboratorijska biomedicina – Molekularna biofizika
Lipoproteini
• Nanometrske supramolekularne strukture z lipofilno notranjostjo
– lipidni monosloj z apoproteini
– znotraj trigliceredi in esterificiran holesterol
– prenos lipofilnih snovi po telesu:
HDL, LDL, VLDL, hilomikroni
![Page 22: Molekularna 1000 biofizika - IJS · 2014. 10. 3. · • Biopolimeri iz sladkornih enot – ekstremno polarni, – z veliko gostoto naboja – vežejo veliko vode – glavni vir energije](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071606/6142d247b7accd31ec0ef1d3/html5/thumbnails/22.jpg)
Janez Štrancar Laboratorijska biomedicina – Molekularna biofizika
Peptidoglikani
• Biopolimeri iz kombiniranih verig polisaharidov in proteinov
– gradijo predvsem celične stene
![Page 23: Molekularna 1000 biofizika - IJS · 2014. 10. 3. · • Biopolimeri iz sladkornih enot – ekstremno polarni, – z veliko gostoto naboja – vežejo veliko vode – glavni vir energije](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071606/6142d247b7accd31ec0ef1d3/html5/thumbnails/23.jpg)
Janez Štrancar Laboratorijska biomedicina – Molekularna biofizika
Nukleinske kisline
• Vijačni polimer iz nukleotidov,
ki jih sestavljajo:
– sladkorji
– baze
– fosfat
– DNA =
shramba genetske informacije
– RNA =
prenosnik genetske informacije