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www.upmc.fr
Université Pierre-
et-Marie-Curie
Formation_Bu_Medecine
(at)scd.upmc.fr
Orthophonistes 3e année
PubMed
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• Élaborer une stratégie de recherche
• Les outils de recherche
– Recherche sur Internet
– Catalogues de bibliothèques
– Ebooks et revues en ligne
– Bases de données : EM-Premium, banque de
données de l’UNADREO, base Saphir,
SantéPsy, PsycINFO + Pascal (aperçu),
Science Direct, Web of Science
– PubMed 2
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PubMed / MedLine :
présentation
- MEDLINE (Medical Literature Analysis and
Retrieval System Online)
- Base de données bibliographiques
(= références d’articles ≠ texte des articles) en
sciences biologiques et biomédicales
- Base gérée et mise à jour par la bibliothèque
nationale de médecine des États-Unis (NLM)
3
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PubMed / MedLine : contenu
- MedLine = le contenu (base de données)
≠ PubMed = le contenant (accès à MedLine
+ autres bases)
- 20 millions de références d’articles, tirés de
5 000 revues, depuis les années 1950
- Une centaine de titres français
4
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Liste des revues
5
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Chercher une revue
6
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Trouver le titre abrégé
7
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PubMed via JUBIL
PubMed est accessible gratuitement sur
Internet mais si on passe par JUBIL pour
s’y connecter :
On garde l’interface classique
+ lien vers texte intégral si nos
bibliothèques sont abonnées
8
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PubMed via JUBIL
Accès distant possible, quand on se connecte
depuis chez soi ou dans son service !10
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Interroger PubMed
• Pour avoir des résultats pertinents, rechercher en anglais
• Les articles sont indexés avec un système de mots-clefshiérarchisés : le MeSH
• MeSH pour Medical Subject Headings
• Intérêt du MeSH : gère les synonymes (Trisomy 21 = DownSyndrome = Mongolism)
+ permet de chercher sur le sujet seulement des articles : exemple dela revue Cell ou du docteur Cell
+ permet de réaliser des recherches fines, en allant du général auparticulier
11
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Qu’est-ce que le MeSH ?
- Plus de 25 000 termes, hiérarchisés entre eux,
répartis en 16 grandes catégories
- Mise à jour annuelle
- Traduction française
par l’INSERM
12
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Exemple d’un terme dans
l’arborescence du MeSH (on part du
général pour arriver au plus précis)
13
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Un même terme peut appartenir à
plusieurs arborescences
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Le MeSH est accessible via PubMed
15
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Recherche en anglais
Ex. de recherche sur le troubles de la
parole
En anglais : Speech Disorders
16
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On cherche le terme dans le MeSH
17
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Détail d’un terme MeSH
18
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Choix du qualificatif et
construction de la requête
19
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Termes majeurs / Explosion
20
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AB AD AE AG AA AN AH AI BI BS BL CF CS CI CH CL CO CN CT CY DF DI DU DH DE DT EC ED
Abnormalities Administration and Dosage Adverse Effects Agonists Analogs and Derivatives Analysis Anatomy and Histology Antagonists and Inhibitors Biosynthesis Blood Supply Blood Cerebrospinal Fluid Chemical Synthesis Chemically Induced Chemistry Classification Complications Congenital Contraindications Cytology Deficiency Diagnosis Diagnostic Use Diet Therapy Drug Effects Drug Therapy Economics Education
EM EN EP ES EH ET GE GD HI IM IN IR IS IP LJ MA ME MT MI MO NU OG PS PY PA PK PD PH
Embryology Enzymology Epidemiology Ethics Ethnology Etiology Genetics Growth and Development History Immunology Injuries Innervation Instrumentation Isolation and Purification Legislation and Jurisprudence ManpowerMetabolismMethodsMicrobiologyMortalityNursingOrganization and AdministrationParasitologyPathogenicityPathologyPharmacokineticsPharmacologyPhysiology
PP PO PC PX RE RA RI RT RH SC SE ST SN SD SU TU TH TO TM TR TD US UL UR UT VE VI
PhysiopathologyPoisoningPrevention and ControlPsychologyRadiation EffectsRadiographyRadionuclide ImagingRadiotherapyRehabilitationSecondarySecretionStandardsStatistics and Numerical DataSupply and DistributionSurgeryTherapeutic UseTherapyToxicityTransmissionTransplantationTrendsUltrasonographyUltrastructureUrineUtilizationVeterinaryVirology
Le MeSH comprend 83 qualificatifs
Chaque mot-clef du MeSH ne peut être associé
qu’avec certains qualificatifs
Les qualificatifs du MeSH
21
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Combinaison avec un autre terme
22
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23
Combinaison avec un autre terme
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Chercher à partir du français
Étape 1 : trouver le mot-clef de départ en français
• On détermine un mot-clef intéressant en
français
• On cherche l’équivalent de ce mot-clef dans le
MeSH français
• Le site du CISMeF propose la traduction
française du vocabulaire MeSH
25
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Équivalent du mot-clef dans le MeSH
français : http://pts.chu-rouen.fr
26
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Exemple : troubles de la parole
27
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Place du terme dans l’arborescence MeSH
28
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Étape 2 : choix des qualificatifs
29
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30
Étape 3 : on lance la recherche depuis CISMeF
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Intérêt du CISMeF : les articles récents
• Ex. de recherche sur les thérapies pour l’écholalie
31
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Intérêt du CISMeF : les articles récents
• Ex. de recherche sur les thérapies pour l’écholalie
• Terme Mesh : Echolalia
• Formule de recherche standard :
• "echolalia/therapy"[MH]
• CISMeF : "echolalia/therapy"[MH] OR ((("mixed dysarthrias"[TIAB] OR "mixed
dysarthria"[TIAB] OR "stutter"[TIAB] OR "stammering"[TIAB] OR "echo reaction"[TIAB] OR
"logorrhoea"[TIAB] OR "slurring"[TIAB] OR "aprosodia"[TIAB] OR "dysarthrias"[TIAB] OR
"developmental stuttering"[TIAB] OR "verbal fluency disorders"[TIAB] OR "flaccid
dysarthria"[TIAB] OR "slurred speech"[TIAB] OR "speech disorder"[TIAB] OR "stuttering"[TIAB]
OR "dyslalias"[TIAB] OR "childhood stuttering"[TIAB] OR "aprosodias"[TIAB] OR "scanning
dysarthria"[TIAB] OR "dyslalia"[TIAB] OR "dysglossia"[TIAB] OR "cluttering"[TIAB] OR
"aprosodic speech"[TIAB] OR "dysarthria"[TIAB] OR "speech disorders"[TIAB] OR "acquired
stuttering"[TIAB] OR "echolalia"[TIAB] OR "rhinolalia"[TIAB] OR "spastic dysarthria"[TIAB] OR
"adult stuttering"[TIAB] OR "rhinolalias"[TIAB] OR "volubility"[TIAB]) AND ("therapy"[TIAB] OR
"disease management"[TIAB] OR "therapeutic"[TIAB] OR "treatments"[TIAB] OR
"treatment"[TIAB] OR "therapeutic procedure"[TIAB] OR "th"[TIAB] OR "therapeutics"[TIAB]))
NOT (MEDLINE[SB] OR oldmedline[sb]))
32
![Page 33: Orthophonistes3 2011-5-pub med](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022042815/5585a2f9d8b42a711a8b480d/html5/thumbnails/33.jpg)
Sans CISMeF
33
![Page 34: Orthophonistes3 2011-5-pub med](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022042815/5585a2f9d8b42a711a8b480d/html5/thumbnails/34.jpg)
Avec CISMeF
34
![Page 35: Orthophonistes3 2011-5-pub med](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022042815/5585a2f9d8b42a711a8b480d/html5/thumbnails/35.jpg)
Recherches très spécifiques avec
des termes absents du MeSH
• Utiliser [TIAB] = recherche du terme dans
les titres et résumés des articles
• Ex. : dose intégrale en radiothérapie :
« integral dose »
– "integral dose" [TIAB] : 312 résultats
– "integral dose" [TIAB] AND radiosurgery [MH]
: 23 résultats35
![Page 36: Orthophonistes3 2011-5-pub med](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022042815/5585a2f9d8b42a711a8b480d/html5/thumbnails/36.jpg)
Les limites…
36
![Page 37: Orthophonistes3 2011-5-pub med](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022042815/5585a2f9d8b42a711a8b480d/html5/thumbnails/37.jpg)
Limiter le nombre de résultats (par langue, type de
document, population…)
37
![Page 38: Orthophonistes3 2011-5-pub med](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022042815/5585a2f9d8b42a711a8b480d/html5/thumbnails/38.jpg)
Pourquoi utiliser le MeSH ?
• Recherche dans PubMed
– Avec « moelle épinière » : 56 articles seulement
– Avec « moelle spinale » : 2 articles seulement
– Avec « spinal cord » (directement) :
plus de 142 000 articles
– Avec « spinal cord [MeSH] » : 72 000 articles
– Avec un qualificatif « "Spinal Cord/surgery"[Mesh] » :
2 600 articles
38
![Page 39: Orthophonistes3 2011-5-pub med](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022042815/5585a2f9d8b42a711a8b480d/html5/thumbnails/39.jpg)
Combiner les termes recherchés
• Opérateurs booléens (en majuscules)
AND / OR / NOT
• (AND) par défaut (en majuscule !)
• Troncature (transpl*) + guillemets
(« kidney allograft »)
39
![Page 40: Orthophonistes3 2011-5-pub med](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022042815/5585a2f9d8b42a711a8b480d/html5/thumbnails/40.jpg)
Consulter les articles trouvés
• Sur papier dans les bibliothèques (JUBIL)
• En ligne, sur les postes des bibliothèques
• Et maintenant de chez vous, via l’accès
distant
40
![Page 41: Orthophonistes3 2011-5-pub med](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022042815/5585a2f9d8b42a711a8b480d/html5/thumbnails/41.jpg)
Exemple d’article accessible
41
![Page 42: Orthophonistes3 2011-5-pub med](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022042815/5585a2f9d8b42a711a8b480d/html5/thumbnails/42.jpg)
42
Chercher un auteur
• Rentrer son nom et l’initiale de son prénom
• PubMed comprend qu’on cherche une personne
![Page 43: Orthophonistes3 2011-5-pub med](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022042815/5585a2f9d8b42a711a8b480d/html5/thumbnails/43.jpg)
43
Alertes et historiques
• Fil RSS sur une recherche
• Historique automatique, conservé 8 heures,
accessible via la recherche avancée
![Page 44: Orthophonistes3 2011-5-pub med](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022042815/5585a2f9d8b42a711a8b480d/html5/thumbnails/44.jpg)
Utilisation optimale documentation médicale44
« Single Citation Matcher »
• Recherche par auteur / revue / date
• Pour retrouver une référence d’article précise
![Page 45: Orthophonistes3 2011-5-pub med](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022042815/5585a2f9d8b42a711a8b480d/html5/thumbnails/45.jpg)
45
Création de compte gratuit : My NCBI
Intérêts :
– Sauvegarder ses résultats
– Sauvegarder ses recherches habituelles
– Créer des alertes (RSS ou courriel)
– Appliquer des filtres automatiques sur les
résultats
![Page 46: Orthophonistes3 2011-5-pub med](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022042815/5585a2f9d8b42a711a8b480d/html5/thumbnails/46.jpg)
46
Création de compte gratuit : My NCBI
![Page 47: Orthophonistes3 2011-5-pub med](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022042815/5585a2f9d8b42a711a8b480d/html5/thumbnails/47.jpg)
47
Création de compte gratuit : My NCBI
![Page 48: Orthophonistes3 2011-5-pub med](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022042815/5585a2f9d8b42a711a8b480d/html5/thumbnails/48.jpg)
48
Création de filtres pour les recherches
![Page 49: Orthophonistes3 2011-5-pub med](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022042815/5585a2f9d8b42a711a8b480d/html5/thumbnails/49.jpg)
49
Création de filtres pour les recherches
![Page 50: Orthophonistes3 2011-5-pub med](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022042815/5585a2f9d8b42a711a8b480d/html5/thumbnails/50.jpg)
50
On cherche le filtre JUBIL
![Page 51: Orthophonistes3 2011-5-pub med](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022042815/5585a2f9d8b42a711a8b480d/html5/thumbnails/51.jpg)
Utilisation optimale documentation médicale51
Les résultats sont triés
![Page 52: Orthophonistes3 2011-5-pub med](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022042815/5585a2f9d8b42a711a8b480d/html5/thumbnails/52.jpg)
52
Les résultats sont triés
• JUBIL : articles parus dans des revues accessibles en ligne via JUBIL (5 500 revues)
• ifrhplib : articles parus dans des revues accessibles via l’APHP (300 revues)
• ifrbinslib : articles parus dans des articles accessibles sur biblioInserm
![Page 53: Orthophonistes3 2011-5-pub med](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022042815/5585a2f9d8b42a711a8b480d/html5/thumbnails/53.jpg)
53
Liens vers les PDFNe fonctionnera que si vous êtes sur un ordinateur de l’université
ou de l’APHP (de l’extérieur repasser par l’accès distant JUBIL)
![Page 54: Orthophonistes3 2011-5-pub med](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022042815/5585a2f9d8b42a711a8b480d/html5/thumbnails/54.jpg)
54
Avant de partir…
Un petit questionnaire d’évaluation de la
formation, qui se remplit en 2 minutes :
www.tinyurl.com/formmedupmc
Merci d’avance
![Page 55: Orthophonistes3 2011-5-pub med](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022042815/5585a2f9d8b42a711a8b480d/html5/thumbnails/55.jpg)
FINMerci de votre attention