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OXFORD NANOPORE: MinIONSECUENCIACIÓN DE TERCERA GENERACIÓN
Bothrops atrox
Unidad de Venómica Estructural y Funcional
¿SECUENCIACIÓN DE TERCERA GENERACIÓN? MinION?
05/02/2023 2Unidad de Venómica Estructural y Funcional
El Genetista, El Químico y El Biólogo
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Unidad de Venómica Estructural y Funcional
George Church David Deamer Daniel Branton
UN POCO DE HISTORIA
(Deamer, et al. 2015 Nature Biotchnology, Volumen 34, pag 519)
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Hitos de la secuenciación nanopore
(Deamer, et al. 2015 Nature Biotchnology, Volumen 34, pag 519)
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¿CÓMO FUNCIONA?
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(Deamer, et al. 2015 Nature Biotchnology, Volumen 34, pag 519)
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CONSTRUCCIÓN DE LA LIBRERÍA 7
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(Jain et al. Nature Methods 2015.)
TECNOLOGÍA EN DESARROLLO
MinION(2015)
MinION MkIB(201
6)
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α-Hemolisina (Exp)
MspA (R7)
MspA (R7)HOLEY GRAIL(R9)
MinION MAP(2014)
(Deamer, et al. 2015 Nature Biotchnology, Volumen 34, pag 519)
OUTPUT
.fast5
.fasta.fastq
https://www.hdfgroup.org/
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HERRAMIENTAS PARA FORMATO FAST5
10
(Hengyun Lu, et al Oxford Nanopore MinION Sequencing and Genome Assembly, 2016)
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APLICACIONES
PARTIMOS DE: 12
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Bothrops atrox
13NUESTRO TRABAJO HASTA EL MOMENTO
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Freq
uenc
y
Read length
Bothrops atrox
PRIMEROS RESULTADOS 14
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PRIMEROS RESULTADOS
05/02/2023 15Unidad de Venómica Estructural y Funcional
Secu
enci
a de
Ref
eren
cia
Secuencia de Interés
Grafico de Dot-Plot
PRIMEROS RESULTADOS
05/02/202316Unidad de Venómica Estructural y Funcional
NUESTRO OBJETIVO
17Unidad de Venómica Estructural y Funcional
Echis ocellatus
AGRADECIMIENTOS:18
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Unidad de Genética molecular