Download - Pengantar Biokimia Jurusan Kimia
![Page 1: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/1.jpg)
SELAMAT DATANG DI PERKULIAHAN
BIOKIMIA
![Page 2: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/2.jpg)
Tujuan Perkuliahan
• Mengenalkan dan memahamkan bahasa biokimia : Kosakata (istilah dan struktur kimia), tatabahasa (reaksi-reaksi kimia), struktur kalimat (Jalur metabolisme) dan arti (keterkaitan metabolik)
![Page 3: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/3.jpg)
Apa itu Biokimia?
• Definisi:– Webster’s dictionary: Bios = Yunani,
artinya “hidup” “Kimia mahluk hidup; Kimia yang terjadi dan menjadi ciri kehidupan.”
– WebNet dictionary: “Biokimia adalah kimia dari bahan-bahan dan proses-proses yang terjadi dalam tubuh mahluk hidup; sebagai upaya untuk memahami proses kehidupan dari sisi kimia.“
![Page 4: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/4.jpg)
Apa itu biokimia?
Pemahaman bentuk dan fungsi biologis dari sudut pandang kimia
Bertujuan untuk memahami interaksi molekul-molekul tak hidup yang menghasilkan fenomena kompleks dan efisien yang menjadi ciri-ciri kehidupan serta menjelaskan keseragaman kimia dari kehidupan yang beragam.
![Page 5: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/5.jpg)
Hal-hal yang dipelajari
Struktur kimia dan bentuk tiga dimensi molekul biologi
Interaksi antar biomolekul Sintesis dan degradasi biomolekul dalam sel Perolehan dan pemanfaatan energi oleh sel Mekanisme pengorganisasian biomolekul dan
pengkoordinasian aktifitasnya Penyimpanan, pemindahan dan ekspresi
informasi genetika
![Page 6: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/6.jpg)
Sejarah Biokimia Pertama, identifikasi unsur kimia penyusun mahluk hidup.
Enam unsur utama penyusun sel hidup adalah: C, H, N, O, P, dan S.
Unsur kimia utama penyusun mahluk hidup adalah bahan minor penyusun kerak bumi (kandungan utama 47% O, 28% Si, 7.9% Al, 4.5% Fe, dan 3.5% Ca).
99% penyusun sel adalah H, O, N, dan C
Unsur Elektron bebas Jumlah Fraksi
H 1 2/3
O 2 1/4
N 3 1/70
C 4 1/10
![Page 7: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/7.jpg)
Unsur dengan berat atom paling ringan membentuk ikatan paling kuat
Sebagian besar unsur penyusun bahan hidup memiliki berat atom yang rendah; H, O, N dan C adalah unsur dengan berat atom relatif paling kecil yang masing-masing mampu membentuk ikatan tunggal, rangkap, rangkap 3 dan rangkap 4.
![Page 8: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/8.jpg)
Sejarah Biokimia
• Kemudian, identifikasi tipe molekul yang ditemukan dalam mahluk hidup
• Asam Amino
• Nukleotida
• Karbohidrat
• Lipida
![Page 9: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/9.jpg)
Sejarah Biokimia Selanjutnya memahami mekanisme biomolekul membuat mahluk hidup menjadi hidup
![Page 10: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/10.jpg)
Hubungan antara Biokimia dan ilmu lainnya
Kimia Organik yang mempelajari sifat-sifat biomolekul.
Biofisika, yang memanfaatkan teknik-teknik fisika untuk mempelajari struktur biomolekul.
Nutrisi, yang memanfaatkan pengetahuan tentang metabolisme untuk menjelaskan kebutuhan makanan bagi mahluk hidup mempertahankan kehidupan normalnya.
Kesehatan, yang mencari pemahaman tentang keadaan sakit dari sudut pandang molekular.
![Page 11: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/11.jpg)
• Mikrobiologi, yang menunjukkan bahwa organisme sel tunggal dan virus cocok untuk digunakan sebagai sarana mempelajari jalur-jalur metabolisme dan mekanisme pengendaliannya.
• Fisiologi, yang mempelajari proses kehidupan pada tingkat jaringan dan organisme.
• Biologi sel, yang mempelajari pembagian kerja biokimia dalam sel.
• Genetika, yang mempelajari mekanisme penyusunan identitas biokimia sel.
Hubungan antara Biokimia dan ilmu lainnya
![Page 12: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/12.jpg)
(1)ENERGI, hal yang perlu diketahui adalah cara:
Memperolehnya Mengubahnya Memanfaatkannya
Tiga hal yang dibutuhkan sel
![Page 13: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/13.jpg)
(2) MOLEKUL SEDERHANA , hal yang perlu diketahui adalah cara:
• Mengubahnya
• Mempolimerisasikannya
• Mendegradasinya
Tiga hal yang dibutuhkan sel
![Page 14: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/14.jpg)
(3) MEKANISME KIMIA, untuk:• Memperoleh energi• Menjalankan reaksi kimia secara berurutan• Mensintesis & mendegradasi makromolekul• Mempertahankan suatu keadaan steady state
yang dinamis• Swarakit kembali struktur yang kompleks• Menggandakan diri secara akurat dan efisien• Mempertahankan keteraturan proses biokimia
![Page 15: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/15.jpg)
Strategi sel #1: mahluk hidup menggunakan sistem reaksi kimia berpasangan untuk mendorong reaksi yang sulit terjadi
![Page 16: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/16.jpg)
Strategi sel #2: mahluk hidup menggunakan enzim untuk mempercepat reaksi yang semestinya lambat
![Page 17: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/17.jpg)
Bagaimana enzim bisa mempercepat reaksi? Penjelasan termodinamis
![Page 18: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/18.jpg)
Bagaimana enzim bisa mempercepat reaksi? Penjelasan mekanistis
![Page 19: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/19.jpg)
Atom Karbon yang sangat lentur merupakan tulangpunggung kehidupan
![Page 20: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/20.jpg)
Konversi isomer kimia membutuhkan pemutusan ikatan kovalen
![Page 21: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/21.jpg)
Stereoisomers: Sama secara kimia, berbeda secara biologi
![Page 22: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/22.jpg)
Stereoisomers: Sama secara kimia, berbeda secara biologi
![Page 23: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/23.jpg)
Transformasi Biokimia dapat dikelompokkan ke dalam 5 kelompok besar
• Reaksi pemindahan Group• Reaksi Oksidasi-reduksi• Penyusunan kembali
Rearrangements (isomerizations)• Reaksi pemotongan• Reaksi kondensasi
![Page 24: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/24.jpg)
Biomolekul – Struktur
• Senyawa Pembangun
• Gula sederhana
• Asam amino
• Nukleotida
• Asam lemak
• Makromolekul• Polisakarida
• Protein (peptida)
• RNA or DNA
• Lipid
Anabolic
Catabolic
![Page 25: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/25.jpg)
Biosintesis Membutuhkan molekul sederhana untuk dirangkai secara kovalen melalui berbagai kombinasi
![Page 26: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/26.jpg)
1. Keelektronegatifan kedua atom
• O 3.5
• Cl 3.0
• N 3.0
• C 2.5
• P 2.1
• H 2.1
• Na 0.9
• K 0.8
Kekuatan ikatan kimia dipengaruhi oleh
Keelectronegatifan tinggi =Kebutuhan akan elektron
![Page 27: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/27.jpg)
2. Jumlah elektron yang berikatan
![Page 28: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/28.jpg)
Kekuatan beberapa ikatan kimia:
Approx. Avg.
Triple: 820 kJ/mole
Double: 610 kJ/mole
Single: 350 kJ/mole
![Page 29: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/29.jpg)
Gugus Fungsi yang Umum
![Page 30: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/30.jpg)
Nukleofil Biologi yang Penting:
Gugus fungsi yang kaya elektron
![Page 31: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/31.jpg)
BIOKIMIA (MKS1002A)
drs. Winarto Hariadi, M.Si. Dr. Sedyo HartonoDr. Irfan D. Prijambada
![Page 32: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/32.jpg)
Jadual & SAPNo. Topik Kuliah Tanggal Dosen
1. Pendahuluan :- Konsep dasar biokimia- Reaksi-reaksi biokimia
27-08-2007 Dr. Irfan D. Prijambada
2. Air dan Buffer 03-09-2007 Drs. Winarto Hariadi, M.Si.
3. Karbohidrat I- Tinjauan umum- Monosakarida- Disakarida- Polisakarida
10-09-2007 Drs. Winarto Hariadi, M.Si.
4. Karbohidrat II- Reaksi monosakarida- Ikatan glikosida- Fungsi karbohidrat
17-09-2007 Drs. Winarto Hariadi, M.Si.
5. Asam Amino dan Protein I- Tinjauan umum- Asam Amino- Biosintesis asam amino
24-09-2007 Drs. Winarto Hariadi, M.Si.
![Page 33: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/33.jpg)
Jadual & SAP
No.
Topik Kuliah Tanggal Dosen
6. Asam Amino dan Protein II- Peptida- Struktur protein- Fungsi asam amino dan protein- Biosintesis protein
01-10-2007 Dr. Irfan D. Prijambada
7. Ujian tengah semester Jadual dari Fakultas
Topik Kuliah 1 s/d 6
8. Lipida I- Tinjauan umum- Asam lemak jenuh & tak jenuh- Reaksi asam lemak
05-11-2007 Dr. Irfan D. Prijambada
9. Lipida II- Fungsi asam lemak dan lipid- Biosintesis asam lemak
12-11-2007 Dr. Irfan D. Prijambada
![Page 34: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/34.jpg)
Jadual & SAP
No.
Topik Kuliah Tanggal Dosen
10. Asam nukleat I- Tinjauan umum- Nukleosida dan nukleotida
19-11-2007 Dr. Sedyo Hartono
11. Asam nukleat II- Struktur DNA dan RNA- Informasi genetik
26-11-2007 Dr. Sedyo Hartono
12. Enzim - Tinjauan umum- Klassifikasi enzim- Koenzim dan kofaktor - Mekanisme dan kinetika kerja enzim- Penghambatan
03-12-2007 Dr. Sedyo Hartono
![Page 35: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/35.jpg)
Jadual & SAP
No. Topik Kuliah Tanggal Dosen
13. Metabolisme I- Tinjauan umum- Jalur metabolisme
10-12-2007 Dr. Sedyo hartono
14. Metabolisme II- Bioenergetika- Kontrol metabolisme
17-12-2007 Dr. Sedyo Hartono
15. Ujian Akhir Semester Jadual dari Fakultas
Topik Kuliah 8 s/d 14
![Page 36: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/36.jpg)
Buku Acuan
• Trudy McKee and James McKee. 2003. Biochemistry: The Molecular Basis of Life. Third edition. McGraw-Hill, Boston.
• Lehninger, Nelson, & Cox. 1997. Principles of Biochemistry.2nd edition. Worth Publishers.
• Albert L. Lehninger. 1995. Dasar-dasar Biokimia. (Alih bahasa: Maggy Thenawidjaja). Penerbit Erlangga, Jakarta.
• David S. Page. 1995. Prinsip-prinsip Biokimia. Penerbit Unair, Surabaya.
• Soeharsono. 1982. Biokimia I dan II. Gadjah Mada University Press, Yogyakarta.
![Page 37: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/37.jpg)
Penilaian
Total Nilai Ujian + Mid + Tugas dari 4 dosen dibagi 4(Rata-rata dari Nilai Dosen I + II + III + IV)
Pengharkatan A : > rata-rata kelas + 1,5 x stdevB : < rata-rata kelas + 1,5 x stdev &
> rata-rata kelas + 0,5 x stdevC : < rata-rata kelas + 0,5 x stdev &
> rata-rata kelas – 0,5 x stdevD : < rata-rata kelas – 0,5 x stdev &
> rata-rata kelas – 1,5 x stdevE : < rata-rata kelas – 1,5 x stdev
![Page 38: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/38.jpg)
Tata Tertib Kuliah
Tepat waktu, toleransi maks. 15 menitTidak BerisikHP tidak diaktifkanHadir minimal 70% Paham bahasa Indonesia & Inggris Baca salah satu / dua buku acuanKerjakan Tugas, Mid, & Ujian
![Page 39: Pengantar Biokimia Jurusan Kimia](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012402/55cf9bc0550346d033a742a2/html5/thumbnails/39.jpg)
Kesimpulan
• Karbon dengan struktur tetrahedral memiliki sifat ikatan yang luwes
• Senyawa yang memiliki banyak atom dapat memiliki bentuk isomerik
• Untuk konversi perlu terjadinya pemecahan ikatan kimia
• Molekul berukuran besar dibentuk oleh molekul berukuran kecil melalui pembentukan ikatan baru