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Épigénétique, stabilité des génomes & régulation de la
physiologie fongique
Laboratoire Génétique et Epigénétiquedes Champignons
Fabienne Malagnac
![Page 2: Épigénétique, stabilité des génomes & régulation de …unikontes anterokontes bikontes amebozoa metazoa choanozoa nuclearia eumycota microsporidia eubacteria archaea Monde bactérien](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042214/5eb8d3c3fed81b4a1f772a02/html5/thumbnails/2.jpg)
Saccharomyces cerevisiae : la pionnière
Séquençage d’une banque de cosmides ordonnés
-> 1 cosmide = 1 laboratoire et des mois de travail !
Chr XI : 29 cosmides pour 667 KB
Séquence complète = 1996
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Séquençage génomique : pour quoi faire ?
Intérêts
- médicaux -> pathogènes humains
- industriels -> agroalimentaire-> phytopathologie
- écologiques -> symbioses-> cycle du carbone-> bioremédiation
- scientifiques -> organismes modèles-> biodiversité & phylogénie
Espèces séquencées ≥ 125 Souches séquencées ≥ 200
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Séquençage génomique : qui ?
Fungal Genome Initiative~
50 espèces
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Séquençage génomique : qui ?
1000 Fungal GenomesProject
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Séquençage génomique : qui ?
-> pathogènes humains
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Séquençage génomique : qui ?
-> métagénomique d’écosystèmes
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Séquençage génomique : qui ?
![Page 9: Épigénétique, stabilité des génomes & régulation de …unikontes anterokontes bikontes amebozoa metazoa choanozoa nuclearia eumycota microsporidia eubacteria archaea Monde bactérien](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042214/5eb8d3c3fed81b4a1f772a02/html5/thumbnails/9.jpg)
Séquençage génomique : approches globales
- Fonction -> Délétions systématiques
- Réseaux d’interactions -> Double-hybride
-> Synthétiques létaux
- Expression -> « omiques »
. micro-puces
. Protéomes
. ARNseq
. Méthylome
…
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Principales caractéristiques génomiques des eumycètes
Ascomycètes
Taphrinomycotina
Schizosaccharomyces pombe
Saccharomycotina
Saccharomyces cerevisiae
Pezizomycotina
Podospora anserina
Taille en Mb 12,5 12 35,5
Protéines 5 144 5 863 10 545prédites
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Principales caractéristiques génomiques des eumycètes
Basidiomycètes
Taille en Mb 88,64 19,68 37,5
Protéines 15 800 6 522 13 342prédites
Puccinomycotina
Puccinia graminis
Agaricomycotina
Coprinuscinereus
Ustilaginomycotina
Ustilagomaydis
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ADN non répété
ADN répété
0,5-1%
50-80%
15% 2% 3 %
42%
Taille
des
géno
mes
(M
bp)
4000
3000
2000
1000
0
5000
6000> 70%
14-25%
Orge5 000
5 %
ADN répété et taille des génomes
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Pezizomycotina
Podospora anserina
Taille en Mb 125 37,5
Protéines 7 496 10 545prédites
Tuber melanosporum
ADN répété et taille des génomes
58 % d’ADN répété !
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Evolution taille des génomes
Agaricomycotina
Taille en Mb 19 37,5
Protéines 6 617 13 342prédites
Coprinuscinereus
Cryptococcusneoformans
Evolution régressive d’une espèce pathogène
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Vertébrés
ChampignonsProtistes
InvertébrésPlantes
centromères
télomères
ADN non répété
ADN répété
Localisation des séquences d’ADN répété dans les génomes d’eucaryotes
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Paysage génomique chez Tuber melanosporum
F Martin et al. Nature, 1-6 (2010) doi:10.1038/nature08867
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Paysage génomique chez Leptosphaeria maculans
Rouxel T. et al., Nat Commun. 2011 Feb 15;2:202. doi: 10.1038
Effecteurs
genes
ETs
isochores
Bloc CGBloc AT
Distorsioncarte génétique
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ADN répété, facteur d’instabilité chromosomique
Délétions Amplifications
A B C D
A D
A
DB
C
BC
A D
A D
A D
A D
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ADN répété, facteur d’instabilité chromosomique
Inversions Translocations
A B C D
A C B D
B
C
A
D
A B
E F
FA
EB
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ADN répété et balance coûts/bénéfices
- Augmentation « bruit de fond » transcriptionnel (A. Bird)
- Mobilisation d’enzymes cellulaires
- Instabilité génomique importante
- Gènes : perte, amplification & modification de
leur expression
- Introduction variabilité génétique chez espèces qui ne
recourent pas à la reproduction sexuée
=> Systèmes de défense
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Extinction post-transciptionnelle(PTGS)
Interférence à ARN
![Page 22: Épigénétique, stabilité des génomes & régulation de …unikontes anterokontes bikontes amebozoa metazoa choanozoa nuclearia eumycota microsporidia eubacteria archaea Monde bactérien](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042214/5eb8d3c3fed81b4a1f772a02/html5/thumbnails/22.jpg)
Caenorhabtidis elegans & interférence à ARN
1998
Prix Nobel 2006 Andrew Fire & Graig Mello
![Page 23: Épigénétique, stabilité des génomes & régulation de …unikontes anterokontes bikontes amebozoa metazoa choanozoa nuclearia eumycota microsporidia eubacteria archaea Monde bactérien](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042214/5eb8d3c3fed81b4a1f772a02/html5/thumbnails/23.jpg)
Caenorhabtidis elegans & interférence à ARN
Expériences de transgénèses préalables :
- Régulation expression génique par injection ARN anti-sens :
=> Extinction persistante et spécifique de l’expression du gène cible
Hypothèse : hybridation ARNm/ARN anti-sens = ARN double brin
=> Inhibition de la traduction
Mais avec expériences témoins : ARN sens = résultats analogues
- Extinction durable
- Transmissible alors que ARN dégradé rapidement
???
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- Injection d’ARN db :
-> Extinction est 100 X plus efficace qu’avec ARN sb
-> Cibles très variées : tous types de protéines
-> Propriété systémique : extinction perdure après dilution
extrême de l’ARN db initialement injecté, héritable
mitotiquement et méiotiquement
-> Pas d’extinction si ARNdb homologues à régions
promotrices ou introniques
Caenorhabtidis elegans & interférence à ARN
=> RNAi = système d’inactivation de l’expression génique
fondé sur identité de séquence via ARNdb
UNIVERSEL
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1996
Neurospora crassa & quelling
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Souches Transformées
[HygR] (n)
[Orange] MM + Hyg[Albinos]
Souche sauvage (n) [Orange]
al-1
Transformational-1
hph
Neurospora crassa & quelling
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Neurospora crassa & quelling
Souches[HygS]
Souches Transformées
[HygR]
[Orange]
[Albinos]
Ségrégation du transgènepar croisement
Northern-Blot
Pas d’ARNm al-1détectable
[Albinos]
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Construction d’hétérocaryons
(n)
[Albinos]
Neurospora crassa & quelling
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Propriétés du quelling:
-> Dépend de l’homologie de séquence
-> Des portions de gène peuvent induire quelling sauf
séquences promotrices
-> Inactivation réversible
-> Affecte la production ou la stabilité des ARNm
-> Dominant
-> Transmissible mitotiquement
Neurospora crassa & quelling
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Extinction épigénétique post-transcriptionnel de l’expression génique
Epigénétique, introduit par Conrad Wadington (1942) :
l’étude des changements héréditaires dans la fonction des
gènes, ayant lieu sans altération de la séquence d’ADN
N. tabacumA. thaliana
N. crassaC. elegans
Déficients RNAi Déficients quelling
DéficientsPTGS
Un seul et même système : interférence à ARN
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Quelques mutants clefs d’élucidation du mécanisme d’action de l’interférence à ARN
GènesFonction Phénotype mutant
C. elegansC. elegans N. crassa
dcr-1 DCL-1 Rnase III ARN db Stérilité, pléiotropique
ego-1 QDE-1 RdRP Stérilité, pléiotropique
mut-41 QDE-3 Hélicase ARN Mutateur, non disjonction chr X
mut-7 QIP Exonucléase Stérilité mâle, non disjonction chr X
rde-1 QDE-2 Paz/PIWI (Argonaute) liaison au siRNA ?
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Quelling
Noyau
Cytoplasme
Transgene
EndogenePol II
Pol II
QDE-2
QDE-1*
QIPQDE-2
QIPQDE-2
RISC
DCL DICER
RdRp
siARN (21-25 nt)
Argonaute
ARN db
ARNmhomologue
dégradé
![Page 33: Épigénétique, stabilité des génomes & régulation de …unikontes anterokontes bikontes amebozoa metazoa choanozoa nuclearia eumycota microsporidia eubacteria archaea Monde bactérien](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042214/5eb8d3c3fed81b4a1f772a02/html5/thumbnails/33.jpg)
Origine et rôle(s) de l’interférence à ARN ?
- Evolution à partir d’un système inné de défense contre les virus(ARN / ARNbd)
-> démontré chez les plantes ~ 90s
- Régulation de l’expression des gènes présents en copies multiples pour limiter :
-> expansion des transposons/retrotransposons-> le « bruit de fond transcriptionnel »
- Devenu processus de régulation de l’expression des gènes au cours du développement (miRNA)
![Page 34: Épigénétique, stabilité des génomes & régulation de …unikontes anterokontes bikontes amebozoa metazoa choanozoa nuclearia eumycota microsporidia eubacteria archaea Monde bactérien](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042214/5eb8d3c3fed81b4a1f772a02/html5/thumbnails/34.jpg)
opisthokontesunikontes
anterokontesbikontes
amebozoa
metazoachoanozoa
nuclearia
eumycotamicrosporidia
eubacteria
archaeaMonde bactérien ou procaryote
achaeplastida
chromista
alveolata
rhizaria
discicristata
excavata
Mondeeucaryote
L’interférence à ARN, un système de contrôle largement répandu
![Page 35: Épigénétique, stabilité des génomes & régulation de …unikontes anterokontes bikontes amebozoa metazoa choanozoa nuclearia eumycota microsporidia eubacteria archaea Monde bactérien](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042214/5eb8d3c3fed81b4a1f772a02/html5/thumbnails/35.jpg)
L’interférence à ARN s’invite pendant la reproduction sexuée chez N. crassa
n
n
n
n
2n
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L’interférence à ARN s’invite pendant la reproduction sexuée chez N. crassa
Prophase de
méiose I
MSUD -> Meiotic Silencing of Unpaired DNA
Shiu et al., PNAS 2006 Feb 14;103(7):2243-8
![Page 37: Épigénétique, stabilité des génomes & régulation de …unikontes anterokontes bikontes amebozoa metazoa choanozoa nuclearia eumycota microsporidia eubacteria archaea Monde bactérien](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042214/5eb8d3c3fed81b4a1f772a02/html5/thumbnails/37.jpg)
Mutants de N. crassa déficients pour le MSUD
mutantsMSUD
mutantsQuelling
Fonction
sms-3 DCL-1 Rnase III ARN db
Sad-1 QDE-1 RdRP
Sms-2 QDE-2Paz/PIWI
(Argonaute) liaison au siRNA
Quelling (végétatif) MSUD (méiotique)
- Reconnaissance ARNm cibles via siARN guides
- Dégradation via complexe RISC/argonaute
Mécanisme similaire impliquant acteurs communs
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Extinction génique transcriptionnelle
(TGS)
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Science 1987 Oct 2;238(4823):48-53.
![Page 40: Épigénétique, stabilité des génomes & régulation de …unikontes anterokontes bikontes amebozoa metazoa choanozoa nuclearia eumycota microsporidia eubacteria archaea Monde bactérien](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042214/5eb8d3c3fed81b4a1f772a02/html5/thumbnails/40.jpg)
Reproduction sexuée chez les pezizomycètes
![Page 41: Épigénétique, stabilité des génomes & régulation de …unikontes anterokontes bikontes amebozoa metazoa choanozoa nuclearia eumycota microsporidia eubacteria archaea Monde bactérien](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042214/5eb8d3c3fed81b4a1f772a02/html5/thumbnails/41.jpg)
Cellule dicaryotique
Fécondation
Cellule diploïde (2n)Caryogamie
Spores (n)
Souches parentales (n)His+
Repeat Induced Point mutation (RIP) chez N. crassa
His+ His+ His+ His+
Méïose
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RIP chez N. crassa
His+ His+His- His-
Souches parentales (n)His+
Fécondation
Caryogamie
Méïose
Cellule dicaryotique
Cellule diploïde (2n)
Spores (n)
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RIP chez N. crassa
RIP
His+ His+His- His-
Souches parentales (n)His+
Fécondation
Caryogamie
Méïose
Cellule dicaryotique
Cellule diploïde (2n)
Spores (n)
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Conséquences du RIP
* Introduction de mutations dans les séquences « ripées »
-> transitions préférentielles CpA vers TpA = favorise
création de pseudo-gènes, introduction codons non sens
Clutterbuck AJ. Fungal Genet Biol. 2011Mar;48(3):306-26
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Hane JK and Oliver RP BMC Bioinformatics. 2008 Nov 12;9:478
Conséquences du RIP : cicatrices génomiques
transposonStagonospora nodorum
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Conséquences du RIP : méthylation de l’ADN
N
NO
NH2
CH3
5-méthylcytosine
ADN méthyltransféraseN
NO
NH2
H
cytosine
Modifications des propriétés chimiques de l’ADN =>
importantes conséquences biologiques
MAIS réversible = commutateur
* Méthylation des cytosines des séquences « ripées »
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Méthylation de l’ADN chez les eucaryotes
Méthylation de novo
ATCGTATCACGTAGCATAGTGC
ATCGTATCACGTAGCATAGTGC
m m
mm
ATCGTATCACGTAGCATAGTGC
m m m
mm
PlantesMammifères
Champignons
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Méthylation de l’ADN chez les eucaryotes
ATCGTATCACGTAGCATAGTGC
m m m
mm
ATCGTATCACGTAGCATAGTGC
m mm m
ATCGTATCACGTAGCATAGTGC
mm
Méthylation de maintenance
ATCGTATCACGTAGCATAGTGC
m m
mm
ATCGTATCACGTAGCATAGTGC
m m m
mm
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Méthylation des cytosines des séquences « ripées »
-> inhibition réversible de l’élongation de la transcription
Conséquences du RIP : méthylation de l’ADN
MéthylationPas de méthylation
Promoteur
Séquence codanteCytosine
Transcrit
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Structure de la chromatine
modifications post-traductionnelles => code des histones
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SET protéines
Histones acétyltransférases
Code des histones
Euchromatine = chromatine « ouverte » -> transcription
Hétérochromatine = chromatine fermée -> pas de transcription
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Conséquences du RIP sur la structure de la chromatine
Lewis Z. Et al., Genome Res. 2009 Mar;19(3):427-37
Chromosome VII
Index RIP
Méthylation ADN
Histone méthylée H3K9me3
Protéine HP1
Histone H3K4
EuchromatineHétérochromatine
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Extinction de l’expression des gènes « rippés »
Lewis et al., PLoS Genet. 2010 Nov 4;6(11):e1001196
DIM-5 : Histone méthyltransférase (protéine à domaine SET)
HP1 : Hétérochromatine protéine 1
DIM-2 : ADN-méthyltransférase (activité de maintenance)
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Protéine(s) impliquée(s) dans le RIP per se ?
1 seul gène identifié comme essentiel au RIP:
RID (RIP déficient) -> code une protéine à structure
d’ADN-méthyltransférase
Mutant RID : plus de mutation ni de méthylation
de novo des séquences cibles
Mécanisme d’action du RIP ?
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N. crassa Fonction RIP
DCL-1 Rnase III ARN db +
QDE-1 RdRP +
QDE-3 Hélicase ARN +
QIP Exonucléase +
QDE-2 Paz/PIWI (Argonaute) liaison au siRNA +
Protéine(s) impliquée(s) dans le RIP per se ?
=> Pas de lien fonctionnel entre Quelling et RIP
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Pas de RIP
His+ His+
Souches parentales (n)His+
Fécondation
Caryogamie + Méïose
Cellule dicaryotique
Spores (n)
His+ His+
mut
Sélection de mutants déficients pour le RIP
-> crible difficile à mettre en place : génétique inverse
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His+
mut
Sélection de mutants déficients pour le maintien de l ’extinction de l ’expression des gènes cibles du RIP
His-
-> crible positif
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RIP : comment ça marche ?
- Reconnaissance des séquences cibles ?
Pas via un signal diffusible de type « petits ARN » !
-> RIP (noyau spécifique) a lieu dans cellule dicaryotique
-> Aucune espèces de milARNs ou disiARNs impliqués dans RIP
- Mécanisme de mutations ?
Pas seulement désamination spontanée des 5mC en T
- Méthylation puis mutations ou mutation puis méthylation ?
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Conséquences du RIP chez N. crassa
- Pas d’élément transposable actif
- Pas de duplication récente
=> Frein à l’évolution du génome ?
Mécanisme propre à N. crassa ?
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De nombreuses traces de RIP chez les pezizomycètes
Cluterbuck, Fungal Genetics and Biology 48 (2011) 306–26
Preuves expérimentales de mécanismes fonctionnels de type RIP
Podospora anserinaLeptospheria maculans Magnaporthe griseaFusarium graminearum / Gibberella zeaeNectria haematococca
Cycle de reproduction
maîtrisé au laboratoire
Preuves in silico des génomes fongiques
49 génomes de pezizomycètes examinés : 48 montrent des traces de RIP
Pas de RIP chez les levures !
![Page 61: Épigénétique, stabilité des génomes & régulation de …unikontes anterokontes bikontes amebozoa metazoa choanozoa nuclearia eumycota microsporidia eubacteria archaea Monde bactérien](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042214/5eb8d3c3fed81b4a1f772a02/html5/thumbnails/61.jpg)
Orthologues de RID et DIM-2
orthologuesRID
orthologuesDIM-2
Capdoniales
Pleosporales
Onygénales
Eurotiales
Helotiales
Sordariales
hypocrélaes
65 espèces considérées -> Pas de 5mC pour la majorité d’entre elles
![Page 62: Épigénétique, stabilité des génomes & régulation de …unikontes anterokontes bikontes amebozoa metazoa choanozoa nuclearia eumycota microsporidia eubacteria archaea Monde bactérien](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042214/5eb8d3c3fed81b4a1f772a02/html5/thumbnails/62.jpg)
MIP chez Ascobolus immersus
MIP
brunes brunesblanches blanches
Souches parentales (n)Spores brunes
Fécondation
Caryogamie
Méïose
Cellule dicaryotique
Cellule diploïde (2n)
Spores (n)
![Page 63: Épigénétique, stabilité des génomes & régulation de …unikontes anterokontes bikontes amebozoa metazoa choanozoa nuclearia eumycota microsporidia eubacteria archaea Monde bactérien](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042214/5eb8d3c3fed81b4a1f772a02/html5/thumbnails/63.jpg)
Conséquence du MIP chez Ascobolus immersus
* PAS de mutations introduites dans les séquences « mipées »
-> véritable mécanisme épigénétique !
* Méthylation des résidus cytosines des séquences « mipées »
-> inhibition de l’élongation de la transcription
extinction expression génique
1 seul élément transposable mobile : ascot < 400 pb taille minimale
cibles du MIP
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MIP et reproduction sexuée chez A. immersus
Masc1 protéine à structure d’ADN-méthyltransférase RID
MIP
masc1 masc1 masc1masc1
Masc1 nécessaire au MIP ET à la reproduction sexuée
-> rôle physiologique du MIP ?
STERILE
![Page 65: Épigénétique, stabilité des génomes & régulation de …unikontes anterokontes bikontes amebozoa metazoa choanozoa nuclearia eumycota microsporidia eubacteria archaea Monde bactérien](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042214/5eb8d3c3fed81b4a1f772a02/html5/thumbnails/65.jpg)
MIP et reproduction sexuée chez A. immersus
-> rôle physiologique du MIP ? OUI !
![Page 66: Épigénétique, stabilité des génomes & régulation de …unikontes anterokontes bikontes amebozoa metazoa choanozoa nuclearia eumycota microsporidia eubacteria archaea Monde bactérien](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042214/5eb8d3c3fed81b4a1f772a02/html5/thumbnails/66.jpg)
RIP mécanisme conservé au cours de l’évolution : largement présent chez les pezizomycètes
MAIS
caractéristiques distinctes du RIP de N. crassa
-> moins de mutations introduites-> très peu d’espèces montrent 5mC
=> Un des moteurs de l’évolution des génomes fongiques
RIP et mécanismes apparentés
![Page 67: Épigénétique, stabilité des génomes & régulation de …unikontes anterokontes bikontes amebozoa metazoa choanozoa nuclearia eumycota microsporidia eubacteria archaea Monde bactérien](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042214/5eb8d3c3fed81b4a1f772a02/html5/thumbnails/67.jpg)
-> création de nouveaux allèles via RIP très modéré
Répertoire allélique et RIP chez P. anserina
Paoletti et al., PLoS One. 2007 Mar 14;2(3):e283.
![Page 68: Épigénétique, stabilité des génomes & régulation de …unikontes anterokontes bikontes amebozoa metazoa choanozoa nuclearia eumycota microsporidia eubacteria archaea Monde bactérien](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042214/5eb8d3c3fed81b4a1f772a02/html5/thumbnails/68.jpg)
Répertoire allélique et RIP chez L. maculans
Fudal et al., Mol Plant Microbe Interact. 2009 Aug;22(8):932-41
RLm6 / AvrLm6 * -> virulent
3 ans
* Mutations type RIP
Colza L. maculans
RLm6 / AvrLm6 -> avirulent
![Page 69: Épigénétique, stabilité des génomes & régulation de …unikontes anterokontes bikontes amebozoa metazoa choanozoa nuclearia eumycota microsporidia eubacteria archaea Monde bactérien](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042214/5eb8d3c3fed81b4a1f772a02/html5/thumbnails/69.jpg)
Chez S. pombe TGS et PTGS à l’œuvre
Nucleus
Cytoplasm
Repeats
Pol II
Chp1
*
Rdp1
Dcr1
Chp1Ago1
RITS
Swi6
Clr4
Swi6
Swi6
RDRC
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Epigénétique… cytoplasmique !
Génétiquement identiquesmais phénotypiquement non
équivalents !
CG
growthphasestationnary phase
sexual reproduction
ASK1
MKK1
MPK1
Mais c’est une autre histoire…
![Page 71: Épigénétique, stabilité des génomes & régulation de …unikontes anterokontes bikontes amebozoa metazoa choanozoa nuclearia eumycota microsporidia eubacteria archaea Monde bactérien](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042214/5eb8d3c3fed81b4a1f772a02/html5/thumbnails/71.jpg)
Et une autre école d’été !