Download - Practica5 Bioinformatica
Profesores: Jose F. Sanchez (Dept. Gené+ca, Micro. y Estadís+ca) -‐-‐ [email protected] Josep Tarragó (Dept. Bioq y Biomed. Molecular) -‐-‐ [email protected]
2.2.2 Iden9ficació de bacteris
• Dels resultats ob+nguts, quins són els valors més rellevants per decider aquesta similitud?
• Quines són les seqüències que s'assemblen més a les de la seqüència del DNA 16S?
• A quines espècies poden pertànyer aquestes seqüències I quin criteri podríem seguir per decidir-‐ho?
• Quina funció tenen anotada les seqüències homologues a la base de dades?
Seqüència DNA 16S del bacteri aïllat del sòl (amb ac+vitat carbohidratasa)
2.2.2 Iden9ficació de bacteris
Mínim 95% per considerar que dues seqüències pertanyen a una mateixa espècie
2.2.3 Predicció de gens en seqüències anònimes
Seqüència
Gens? ORF? CDS?
Translate tool EXPASY (genèrica) FgenesB (genomes bacterians) GLIMMER (procariotes) MIT genscan (eucariotes)
Diverses eines:
• Quantes ORFs trobem a cadascuna de les possibles pautes de lectura? • Quina és la longitud de les ORFs més llargues, a quina pauta de lectura s'han
localitzat? • Quants CDS ens prediuen els diferents programes de predicció de gens,
coincideixen tots ells per detector anotacions sobre les mateixes coordenades? • Perquè creieu que no ens podem refiar dels resultats ob+nguts amb el genscan? • Quantes i quines ORFs coincideixen amb les CDSs predates pels programes de
predicció de gens?
2.2.3 Predicció de gens en seqüències anònimes Translate tool EXPASY
1 forward
2 forward
3 forward
1 reverse
2 reverse
3 reverse
2.2.4 Cerca de senyals involucrats en la regulació dels gens
DBGP Promoter Predic9on (procariotes i eucariotes) SoWBerry BPROM (específic per a genomes bacterians)
DBGP Promoter Predic9on (procariotes i eucariotes)
2.2.4 Cerca de senyals involucrats en la regulació dels gens
Gen Endogluconasa: Start 604 – End 3525 (+1) Gen Cel·∙lulosa 1,4-‐βcel·∙lobiosidasa: Start 3677 – End 6952 (+2)
SoWBerry BPROM (específic per a genomes bacterians)
2.2.4 Cerca de senyals involucrats en la regulació dels gens
Gen Endogluconasa: Start 604 – End 3525 (+1) Gen Cel·∙lulosa 1,4-‐βcel·∙lobiosidasa: Start 3677 – End 6952 (+2)