-
7/25/2019 Praktikum Bioinformatika s2 Biomedik 4 Juni 2015
1/28
Lihat sekuens gen dan protein
Kalo mau cari yang human masukkan p53, human
-
7/25/2019 Praktikum Bioinformatika s2 Biomedik 4 Juni 2015
2/28
Kalo tidak dapat. Berarti nama gen yang kita masukkan salah. Ganti jadi tp53
human
Klik gen, homo sapiens ada 999
-
7/25/2019 Praktikum Bioinformatika s2 Biomedik 4 Juni 2015
3/28
-
7/25/2019 Praktikum Bioinformatika s2 Biomedik 4 Juni 2015
4/28
Gamar diatas garis hijau hori!ontal intron, "ertical ekson
#
$da da%tar &'()
Bisa man%aatkan data &'() untuk ikin primer
-
7/25/2019 Praktikum Bioinformatika s2 Biomedik 4 Juni 2015
5/28
-
7/25/2019 Praktikum Bioinformatika s2 Biomedik 4 Juni 2015
6/28
Ganti jadi *5++ karena )- maksimal +++/5++
get primer
-
7/25/2019 Praktikum Bioinformatika s2 Biomedik 4 Juni 2015
7/28
Loading..
0issal &'() di garis merah tengah, pilih primer yang jaraknya agak jauh dari &'()
-
7/25/2019 Praktikum Bioinformatika s2 Biomedik 4 Juni 2015
8/28
Berarti pilih primer 5
Kalau hasil empty results,
-
7/25/2019 Praktikum Bioinformatika s2 Biomedik 4 Juni 2015
9/28
&etelah dapat primer, )-, lalu dapat data,
0asuk ke 1esite pak 1idodo
2orkshop ioin%ormatika
onlot contoh, materi lain tentang ioin%ormatika isa didonlot disitu
&a"e, ekstrak
ek hasil sekuensing
Buka salah satu 4le pakai aplikasi se6uence scanner7
-
7/25/2019 Praktikum Bioinformatika s2 Biomedik 4 Juni 2015
10/28
Klik
-
7/25/2019 Praktikum Bioinformatika s2 Biomedik 4 Juni 2015
11/28
Bagus tidaknya sekuens
oule peak8 hetero!igot
Kalo ' erarti tidak teraca asanya
-
7/25/2019 Praktikum Bioinformatika s2 Biomedik 4 Juni 2015
12/28
Kuningmerah erarti hetero!igot
Buka aplikasi ioedit gratis7 donlot di 111.mio.ncsu.eduioeditioedit.html
-
7/25/2019 Praktikum Bioinformatika s2 Biomedik 4 Juni 2015
13/28
)ilih 4le lagi, import se6uences, pilh 4le yang diinginkan misal 4le */:7
)illih edit di mode, ;erus lok +/3+ asa nukleotida, dan delete. idealnya hapus
+an sekuens a1al dan +an sekuens akhir, karena hasil pemacaan diragukan7
-
7/25/2019 Praktikum Bioinformatika s2 Biomedik 4 Juni 2015
14/28
Lalu pilih $) contig untuk meng/align eerapa sekuens7
-
7/25/2019 Praktikum Bioinformatika s2 Biomedik 4 Juni 2015
15/28
-un
Kalau sudah ada tulisan sho1 klik enter
-
7/25/2019 Praktikum Bioinformatika s2 Biomedik 4 Juni 2015
16/28
liat di catatan7
Kalo ada peredaan, erarti ada "ariasi
-
7/25/2019 Praktikum Bioinformatika s2 Biomedik 4 Juni 2015
17/28
;rs 4le. Graphic "ie1
-
7/25/2019 Praktikum Bioinformatika s2 Biomedik 4 Juni 2015
18/28
)ilih 3 letter translation, nanti langsung keluar asam aminonya lihat "ariasi tadi
seakan peruahan asam aminotidak
Kalau mau di sa"e, pilih 4le e
-
7/25/2019 Praktikum Bioinformatika s2 Biomedik 4 Juni 2015
19/28
&a"e. =ile dalam entuk 1ord untuk lampiran
>ntuk cek gen di last, klik kali di cap *+:
-
7/25/2019 Praktikum Bioinformatika s2 Biomedik 4 Juni 2015
20/28
0uncul seperti ini,
;erus kopi
Kemudian uka last
-
7/25/2019 Praktikum Bioinformatika s2 Biomedik 4 Juni 2015
21/28
)ilih nucleotide last
masukkan sekuens yang tadi di kopi. ;erus klik last
-
7/25/2019 Praktikum Bioinformatika s2 Biomedik 4 Juni 2015
22/28
)rotein model
Googling s1iss model
&1issmodel.e
-
7/25/2019 Praktikum Bioinformatika s2 Biomedik 4 Juni 2015
23/28
)roject ?ope@ untuk memandingkan mutasi"ariasi yang terjadi pada satu asam
amino mutasi kecil7 pada entuk 3 protein.
-
7/25/2019 Praktikum Bioinformatika s2 Biomedik 4 Juni 2015
24/28
-
7/25/2019 Praktikum Bioinformatika s2 Biomedik 4 Juni 2015
25/28
-
7/25/2019 Praktikum Bioinformatika s2 Biomedik 4 Juni 2015
26/28
Protein interaction
Bisa juga dipelajari di dataase KAGGreactome ro1se dari nci isa namadisease, nama protrein,dll7
KAGG path1ay , misal cari cell cycle path1ay
KAGG@
-
7/25/2019 Praktikum Bioinformatika s2 Biomedik 4 Juni 2015
27/28
ata ase protein@
>niprot data ase protein paling mudah7. ;inggal masukkan nama protein
'ama protein, "ariasi, %ungsi domain %ungsi protein
3 structure8 ada kode )Bnya
-
7/25/2019 Praktikum Bioinformatika s2 Biomedik 4 Juni 2015
28/28
ara design "aksin
ari antigen, terus mapping.
)ake data ase tools.ied.org
Bisa pilih target "aksin cell atau t cell
0asukkan antiody epitope prediction@
&yarat epitop@ tidak oleh sama kyak protein diri.