![Page 1: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/1.jpg)
Prof. Dr. Bektaş TEPE
![Page 2: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/2.jpg)
Proteinlerinyapıtaşları� Proteinler, amino asit monomerlerinden oluşmuş
polimerlerdir ve bilinen en karmaşık yapılı moleküllerdendir.
� Birçok hücrede kuru ağırlığın %50'den fazlasını oluştururlar.
� Her protein kendine özgü bir üç boyutlu yapıya (konformasyona) sahiptir.
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 2
![Page 3: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/3.jpg)
Metabolik görevleri� Katalitik aktivite� Yapısal destek ve hareket� Depolama� Taşıma� Sinyal iletimi� Savunma
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 3
![Page 4: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/4.jpg)
Temel/modifiye aminoasitler� Proteinlerin büyük bir kısmı 20
temel amino asitten oluşmuştur.� 20 temel amino asidin dışında,
modifiye amino asit olarak değerlendirilen selenosistein ve pirolizin amino asitlerinin de dur kodonlarının (UGA ve UAG) yeniden programlanması ile bazı proteinlerin yapısına katıldıkları tespit edilmiştir.
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 4
![Page 5: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/5.jpg)
Aminoasitlerinsimgeleri� Her amino asidin 3 harfli ve tek
harfli kısaltmaları bulunmaktadır.
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 5
![Page 6: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/6.jpg)
Aminoasitlerinyapısı� Amino asitler, hem amino hem
karboksil grubu içeren organik moleküllerdir.
� 20 amino asidin hepsi merkezlerinde α-karbon olarak adlandırılan bir asimetrik karbon atomu taşır.
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 6
![Page 7: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/7.jpg)
Aminoasitlerinyapısı� Tüm amino asitlerde α karbon atomuna bağlı olan
� Bir amino grubu� Bir hidrojen atomu, � Bir karboksil grubu ve � R ile gösterilen bir değişken
olmak üzere 4 farklı grup vardır
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 7
![Page 8: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/8.jpg)
İstisna!� İstisnai olarak, glisin amino
asidinde α-karbonuna biri R grubu olmak üzere iki adet H atomu bağlanmıştır ve asimetrik karbon içermeyen tek amino asittir.
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 8
![Page 9: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/9.jpg)
Aminoasitlerinizomerikyapıları� Amino asitlerin D- ve L- olmak üzere iki stereoizomeri
bulunur.� Bu iki form birbirlerinin ayna görüntüsü olduğundan
enantiyomer stereoizomerlersınıfına girer.
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 9
![Page 10: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/10.jpg)
Aminoasitlerinizomerikyapıları� D-stereoizomer amino asit bulunduran bazı istisnai
küçük peptitler (bazı antibiyotikler ve bakteriyel hücre duvarındaki bazı peptitler) dışında, proteinlerdeki amino asitlerin tamamı L- stereoizomer formundadır.
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 10
![Page 11: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/11.jpg)
Rgrubununönemi� R grubu yan zincir olarak da adlandırılır ve amino asidin
özelliklerine göre değişkenlik gösterir.� Amino asidin fonksiyonunu belirlemede çok önemli bir
rolü vardır.� R grubunun;
� Yapısı, � Boyutu, � Yükü ve � Suda çözünürlüğü gibi farklılık gösteren fiziksel ve kimyasal özellikleri, ait olduğu amino asidin kendine özgü fonksiyonunu belirler.
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 11
![Page 12: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/12.jpg)
Rgrubununönemi� Bu nedenle amino asitler genelde R grubunun
fizikokimyasal özelliklerine göre gruplandırılırlar:� Hidrofilik� Hidrofobik� Asidik� Bazik� Aromatik
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 12
![Page 13: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/13.jpg)
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 13
![Page 14: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/14.jpg)
Zwitter iyon� Nötral pH değerine yakın olan biyolojik sistemlerde
amino asitler suda çözündüklerinde genellikle "zwitter-iyon" (Almanca "hibrit iyon" anlamında) formundadır.
� Yani hem negatif hem de pozitif yüke sahiptir.
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 14
![Page 15: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/15.jpg)
Zwitter iyon� Karboksil grubu asidiktir, bu nedenle iyonize olarak
proton kaybeder ve negatif yüklenir. � Amino grubu ise baziktir ve proton alıcısı gibi
davranarak pozitif yüklenir.
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 15
![Page 16: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/16.jpg)
Zwitter iyon� Bu durum sonucunda hem pozitif (+) hem negatif (‒)
yüklü dipolar iyon formu olan "zwitter-iyon" oluşur. � Yapısında hem asit hem baz özelliği barındıran bu tip
moleküllere amfoter denir.
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 16
![Page 17: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/17.jpg)
İzoelektrik nokta� Bir proteinin net yükü ortamın pH değerine göre
değişir.� Bir amino asit veya proteinin net yükünün sıfır olduğu
pH değerine izoelektrik nokta (pI, pHI) adı verilir. � Proteinler izoelektrik noktalarının altında pozitif,
üstünde ise proton kaybettiği için negatif olarak yüklenir.
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 17
![Page 18: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/18.jpg)
Aminoasitpolimerizasyonu� Peptitler/proteinler, amino asit polimerleridir.� İki amino asit molekülü peptit bağı ile kovalent olarak
bağlanarak dipeptit oluşturur.� Bir amino asidin karboksil grubundaki -OH grubu ile
diğerinin amino grubundaki bir -H atomu su oluşturarak uzaklaştırılır (dehidrasyon).
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 18
![Page 19: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/19.jpg)
Aminoasitpolimerizasyonu
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 19
![Page 20: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/20.jpg)
Polipeptid zincirininuçları� Bir peptidin en uçta bulunan serbest α- amino kısmı
amino ucu (N-terminal ucu), � diğer uçta bulunan karboksil grubu ise karboksil ucu
(C-terminal ucu) olarak adlandırılır.
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 20
![Page 21: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/21.jpg)
Proteinlerinyapısaldüzeyleri� Birincil (primer) yapı� İkincil (sekonder) yapı� Üçüncül (tersiyer) yapı� Dördüncül (kuarterner) yapı
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 21
![Page 22: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/22.jpg)
Birincil(primer)yapı� Amino asitlerin peptit bağlarıyla
birbirlerine bağlanıp oluşturdukları düz polimer (polipeptit) zinciri, proteinin birincil yapısını ifade eder.
� Polipeptit zincirinin biyolojik olarak aktif proteinlere dönüşebilmesi için özgül 3 boyutlu yapısını kazanması gerekmektedir.
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 22
![Page 23: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/23.jpg)
Birincil(primer)yapı� Bir proteinin birincil yapısı, onun 3
boyutlu yapısını belirler. � Birincil yapıdaki amino asit
değişiklikleri proteinin üç boyutlu konformasyonunu ve fonksiyonunu etkileyebilir.
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 23
![Page 24: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/24.jpg)
İkincil(sekonder)yapı� Proteinin ikincil yapısı, genel konformasyonunu
etkileyen ve tekrarlanan kıvrım veya katlanmalarla tanımlanır.
� Bu katlanmalar, polipeptit omurgası boyunca düzenli aralıklarla kurulan hidrojen bağlarıyla oluşur.
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 24
![Page 25: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/25.jpg)
İkincil(sekonder)yapı:α-heliks� En yaygın olarak
gözlenen ikincil yapılar � α-heliks ve � β-tabaka yapısıdır.
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 25
![Page 26: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/26.jpg)
İkincil(sekonder)yapı:α-heliks� α-Heliks, her 4 amino asitte bir
kurulan kovalent olmayan H bağları ile şeklini koruyan kıvrımlı bir yapıdır ve kıvrımlı yapısından dolayı dayanıklı bir formdur.
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 26
![Page 27: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/27.jpg)
İkincil(sekonder)yapı:α-heliks� Saç ve deri gibi dokuların ana
bileşenidir, sertlikleri yapılarındaki polipeptid zincir arasındaki disülfitbağlarının sayısına bağlıdır.
� Bu yapıda polipeptidin omurgası saat yönünde kıvrılarak bir spiral oluşturur.
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 27
![Page 28: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/28.jpg)
İkincil(sekonder)yapı:α-heliks� Heliksin bir dönüşünde ~3,6
aminoasit vardır ve bir dönüş uzunluğu 5.4 A’dur.
� R grupları sarmaldan dışa doğru yönlenmiştir.
� Bu yapı, peptid bağının N atomuna bağlı H ile 4. aminoasitin karbonil O atomu arasında bulunan H bağıyla sabitlenmektedir.
� α-heliks yapısı globüler proteinlerde görülür.
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 28
![Page 29: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/29.jpg)
İkincil(sekonder)yapı:β-tabakayapısı� β-tabaka yapısındaki polipeptit zincirleri paralel veya
anti- paralel olabilir. � Omurganın paralel bölgeleri arasında H bağları
oluşmuştur. � İkincil yapı katlanmalarında ayrıca kovalent olmayan
iyonik bağlar da rol alır.
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 29
![Page 30: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/30.jpg)
İkincil(sekonder)yapı:β-tabakayapısı
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 30
![Page 31: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/31.jpg)
İkincil(sekonder)yapı:β-tabakayapısı� Bu yapıda H bağları polipeptid zincirinin farklı
bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptid zinciri arasında kurulmuştur.
� Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibrözproteinlerde görülür.
� β- tabakalı yapı paralel ya da anti-paralel olabilir.
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 31
![Page 32: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/32.jpg)
İkincil(sekonder)yapı:β-tabakayapısı
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 32
![Page 33: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/33.jpg)
Üçüncül(tersiyer)yapı� İkincil yapı elemanlarının daha
üst düzeyde katlanmalarıyla oluşan üçüncül yapı, özellikle R grupları arasındaki etkileşimlerden kaynaklanır.
� Üçüncül yapı ile üç boyutlu oluşuma katılan başlıca etkileşimler; � Hidrofobik ve � Van der Waals etkileşimleridir.
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 33
![Page 34: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/34.jpg)
Üçüncül(tersiyer)yapı� Bunların yanında iyonik bağlar,
tuz köprüleri ve hidrojen bağları da bu yapı düzeyinin oluşmasında rol alır.
� Proteinin üç boyutlu konformasyonu sistein amino asitleri arasında oluşan disülfitkovalent bağlarıyla da desteklenir.
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 34
![Page 35: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/35.jpg)
Doğal/denatüre protein� Üç boyutlu bir yapıya sahip olan ve biyolojik bakımdan
aktif olan proteinlere yapısı bozulmamış anlamına gelen doğal proteinler adı verilmektedir.
� Peptit bağları koparılmadan bir proteinin üç boyutlu yapısının bozulmasına ve aktivitenin kaybolması olayına ise denatürasyon adı verilmektedir.
� Bir proteinde biyolojik aktivitenin bozulması ve çözünürlüğün değişmesi, denatürasyon için bir kriter olarak kabul edilmektedir.
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 35
![Page 36: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/36.jpg)
Denatürasyon koşulları� Proteinler genellikle aşağıdaki koşullar altında
denatüre olmaktadır:� 50-60 °C’ın üstündeki sıcaklıklarda� pH 4’ün altında ve pH 10’un üzerinde� Alkol, aseton ve eter gibi organik çözücülerle veya � Üre, β-merkoptoetanolve guanidin HCI gibi bileşiklerle
muamele edildiklerinde
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 36
![Page 37: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/37.jpg)
Dördüncül (kuarterner)yapı� Bazı proteinlerde işlevsel form iki ya da daha fazla
polipeptit zincirinin alt birimlerinin bir araya gelmesiyle kazanılır.
� Bu noktada proteinin dördüncül yapı düzeyinden bahsedilir.
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 37
![Page 38: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/38.jpg)
Kuarterner proteinlerindenatürasyonu� Kuarterner bir protein denatüre olduğunda iki türlü
değişim meydana gelir:� Proteinin alt üniteleri birbirinden ayrılır.� Her bir alt ünitenin ve tersiyer yapıya sahip tek
polipeptit zincirlerinin konformasyonu bozularak tesadüfi kıvrılmalar ve bükülmeler meydana gelmektedir.
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 38
![Page 39: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/39.jpg)
Renatürasyon� Denatürasyon eğer ılımlı koşullarda gerçekleştirilmiş
ise bazen kuarterner yapıya sahip proteinlerin sadece alt üniteleri birbirinden ayrılmakta, fakat tersiyer yapıları bozulmamaktadır.
� Böyle durumlarda denatüre edici faktör ortadan kalktığında protein eski konformasyonunu, dolayısıyla aktivitesini geri kazanabilir.
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 39
![Page 40: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/40.jpg)
Renatürasyon� Proteinlerin, denatüre
durumda iken tekrar üç boyutlu yapılarını kazanmaları ve yeniden biyolojik aktivite göstermeleri olayına renatürasyon adı verilmektedir.
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 40
![Page 41: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/41.jpg)
Prionlar� Normal katlanmasını sağlayamayan proteinler
fonksiyonlarını kaybederler.� Örneğin, deli dana hastalığının oluşumunda rol
oynayan prion, beyindeki bir proteinin normal üç boyutlu katlanmasını gerçekleştirememesi sonucunda oluşur.
� Normal üç boyutlu yapı yerine, birden çok molekülün bir araya gelerek agregasyon yapması (yığılması) sonucu süngerimsi bir yapı meydana gelir.
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 41
![Page 42: Prof. Dr. Bektaş TEPE...bölgeleri arasında ya da iki ayrı polipeptidzinciri arasında kurulmuştur. Bu yapı genelde ipek böceği ipliği gibi fibröz proteinlerde görülür](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081619/60f6eafd3cb68271123ac1a0/html5/thumbnails/42.jpg)
Prionlar
Prof. Dr. Bektaş TEPE (Kaynak:https://acikders.ankara.edu.tr ) 42