Download - Struktura DNK i RNK
![Page 1: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/1.jpg)
Struktura DNK i RNK
![Page 2: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/2.jpg)
Dezoksiribonukleinska kiselina (DNK) i ribonukleinska kiselina (RNK) su polimeri izgrađeni od monomernih jedinica –nukleotida.
Molekuli DNK se sastoje od dva polinukleotidna lanca koji su spiralno uvijeni i formiraju dvolančanu zavojnicu ili dupli heliks.
Molekuli RNK se sastoje od jednog polinukleotidnog lanca.
![Page 3: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/3.jpg)
Građa nukleozida i nukleoida
ostatak fosforne kiseline
šećer – pentoza
azotna baza
nukleotid
nukleozid
![Page 4: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/4.jpg)
Azotne baze
![Page 5: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/5.jpg)
Pentoze Fosfatna grupa
![Page 6: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/6.jpg)
H3PO4 - fosforna kiselina je jaka kiselina
Kiselinski ostatak fosforne kiseline se naziva fosfatni jon
Jonizuje do dihidrogenfosfatnog jona i protona (H2PO4- i H+), a
zatim dalje do monohidrogenfosfatnog jona (HPO42-)i fosfatnog
jona (PO43-)
Iako se sve ove hemijske forme se nalaze u ravnoteži u vodi, konvencijom se fosfatni jon u biologiji predstavlja kao HPO4
2- iliskraćeno Pi (neorganski fosfat)
U biološkim molekulima fosfor se najčešće javlja u formi kiselefosfatne grupe -PO4
2-
![Page 7: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/7.jpg)
Sastav DNK nukleotida:
dezoksiriboza
azotna baza (A, G, C ili T)
ostatak fosforne kiselina
Sastav RNK nukleotida:
riboza
azotna baza (A, G, C ili U)
ostatak fosforne kiselina
![Page 8: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/8.jpg)
Hemijske veze u nukleotidu
ostatak fosforne kiseline
šećer – pentoza
azotna baza
![Page 9: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/9.jpg)
(Tad)
![Page 10: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/10.jpg)
Nazivi nukleozida i nukleotida
Nukleotide možemo smatrati, s jedne strane kao estre nukleozida (fosfate), a sa druge strane kao kiseline zbog prisustva ostataka fosforne kiseline pa im u skladu sa tim dajemo i nazive.
![Page 11: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/11.jpg)
Dezoksiribonukleotidi
dezoksiadenozin-5'-monofosfatdezoksiadenozinmonofosfat5'-dezoksiadenilna kiselinadezoksiadenilat
A, dA, dAMP
dezoksiadenozin
NUKLEOTID:
SKRAĆENICE:
NUKLEOZID:
dezoksiguanozin-5'-monofosfatdezoksiguanozinmonofosfat5'-dezoksiguanilna kiselinadezoksiguanilat
G, dG, dGMP
dezoksiguanozin
![Page 12: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/12.jpg)
Dezoksiribonukleotidi
NUKLEOTID:
SKRAĆENICE:
NUKLEOZID:
(dezoksi)timidin-5'-monofosfat(dezoksi)timidinmonofosfat5'-(dezoksi)timidilna kiselina(dezoksi)timidilat
T, dT, dTMP
(dezoksi)timidin
dezoksicitidin-5'-monofosfatdezoksicitidinmonofosfat5'-dezoksicitidilna kiselinadezoksicitidilat
C, dC, dCMP
dezoksicitidin
![Page 13: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/13.jpg)
Ribonukleotidi
adenozin-5'-monofosfatadenozinmonofosfat5'-adenilna kiselinaadenilat
A, AMP
adenozin
guanozin-5'-monofosfatguanozinmonofosfat5'-guanilna kiselinaguanilat
G, GMP
guanozin
NUKLEOTID:
SKRAĆENICE:
NUKLEOZID:
![Page 14: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/14.jpg)
Ribonukleotidi
NUKLEOTID:
SKRAĆENICE:
NUKLEOZID:
uridin-5'-monofosfaturidinmonofosfat5'-uridilna kiselinauridilat
U, UMP
uridin
citidin-5'-monofosfatcitidinmonofosfat5'-citidilna kiselinacitidilat
C, CMP
citidin
![Page 15: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/15.jpg)
Nukleozid-difosfati i nukleozid-trifosfatine ulaze u sastav nukleinskih kiselina
adenozin-5’-trifosfat (ATP)
![Page 16: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/16.jpg)
Povezivanje nukleotida u polinukleotidni niz
fosfodiestarske veze izmeđuC3’ atom pentoze jednog nukleotida i C5’ atoma pentoze narednog nukleotida u lancu
![Page 17: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/17.jpg)
Redosled nukleotida – primarna struktura DNK i RNK
Početak polinukleotidnog niza je 5’ kraj
![Page 18: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/18.jpg)
Sekundarna struktura DNK
dvolančana zavojnica ili dupli heliks
![Page 19: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/19.jpg)
Vodonične veze između komplementarnih baza
guanin citozin
timin adenin
![Page 20: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/20.jpg)
B DNK (Watson-Crick-ov model)
![Page 21: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/21.jpg)
![Page 22: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/22.jpg)
• DNK najčešće zauzima ovu konformaciju• desnogira zavojnica, jedan okret je 3,4 nm (34 Å) i sadrži 10 bp (10,5)• rastojanje između dva bazna para je oko 0,34 nm (3,4 Å)• antiparalelni lanci• prečnik 2nm (20 Å)• razlikujemo veliki i mali žljeb u kojima se nalaze atomi bočnih grupa azotnih
baza• okosnicu molekula čine šećeri i fosfati• baze nalaze u unutrašnjosti, ravni baza su skoro normalne u odnosu na osu
molekula, komplementarne baze se povezuju vodoničnim vezama
B DNK
![Page 23: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/23.jpg)
• stabilnost zavojnice
1. vodonične veze između komplementarnih baza
2. hidrofobne interakcijenegativno naelektrisane fosfatne grupe nasuprot nepolarnim bazama
3. Stacking interactions ili base stackingnastaju usled interakcije elektrona baza koje su naslagane jedna na drugu u nepolarnoj unutrašnjosti heliksa
4. Jonske interakcije soli stabilizuju heliks jer maskiraju negativno naelektrisanje fosfatnih grupa
5. Rigidne difosfatne veze u okosnici DNK lanca
![Page 24: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/24.jpg)
Veliki žljeb je bogat hemijskom informacijom na osnovu koje se razlikuju baze
v ivice baza nalaze se u velikom i malom žljebu kreirajući određen patern donora ili akceptora vodonične veze kao i patern Van der Valsove površine koja identifikuje svaki bazni par
A - akceptor vodonične vezeD - donor vodonične vezeM - hidrofobna površinaH - nepolaran vodonik
v to je kao kod po kom se razlikuju A-T, T-A, C-G i G-C bazni parovi
v na osnovu ove hemijske informacije proteini prepoznaju DNK sekvencu
v mali žljeb je siromašan u hemijskoj informaciji (ne može se razlikovati A-T od T-A kao i G-C od C-G)
![Page 25: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/25.jpg)
Primer: A-T bp prikazuje sledeće hemijske grupe, sledećim redosledom u velikom žljebu
Veliki žljeb
Mali žljeb
A:T T:A
A - akceptor vodonične veze – N7 adeninaD - donor vodonične veze – amino grupa vezana za C6 adenina A - akceptor vodonične veze – karbonilna grupa vezana za C4 timinaM - hidrofobna površina – metil grupa vezana za C5 timina
![Page 26: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/26.jpg)
Veliki žljeb
Mali žljeb
Veliki žljeb
Mali žljeb
A:T T:A
G:C C:G
![Page 27: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/27.jpg)
Polimorfizam sekundarne strukture DNK
![Page 28: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/28.jpg)
• šira i kraća od B zavojnice• desnogira zavojnica, jedan okret sadrži 11 bp• osa zavojnice ne prolazi kroz baze, a ravni baza su pod uglom u odnosu na osu• familiji A zavojnica pripadaju konformacije označene sa A i A’ koje formiraju
dvolančani molekuli RNK, kao i hibridi RNK-DNK (dvolančana RNK ne može da formira B zavojnicu jer 2’ OH grupa riboze predstavlja sternu smetnju)
• mali žljeb je veoma plitak, fosfatne grupe vezuju manje vode nego kod B DNK i u in vitro sistemu utvrđeno je da dehidratacija favorizuje ovu konfomaciju dvolančane DNK
A DNK
![Page 29: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/29.jpg)
• uža i duža od B zavojnice• levogira zavojnica, jedan sadrži 12 bp• ima samo jedan žljeb• okosnica molekla ima oblik cik-cak linije pa po tome nosi naziv• ovu konformaciju zauzimaju delovi polinukleoidnog lanca u kojima se purinski
i pirimidinski nukleotidi naizmenično smenjuju (kod takve primarnestrukture uzastopne glikozidne veze se nalaze u sin i anti konformaciji, dok se kod A i B zavojnice sve nalaze u anti konformaciji)
• metilacija C stabilizuje ovu strukturu• značaj u genskoj regulaciji• spoj izmedu Z i B konformacije čini niz od oko 10-ak nukleotida, na tom delu
dolazi do savijanja lanca, pa se smatra da su i delovi važni za superspiralizaciju DNK
Z DNK
![Page 30: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/30.jpg)
Denaturacija DNK
v denaturacija - narušavanje sekumdarne strukture DNK i razdvajanje dvalanca
v denaturacija je reverzibilna, ako npr. zagrejan rastvor DNK polako hladimo dolazi do ponovnog spajanja komplementarnih lanaca – renaturacija
v denaturacija i renaturacija DNK su visoko kooperativni procesi
v hibridizacija - sposobnost jednolančanih polinukleotidnih lanaca koji imaju kompelmentarne redoslede nukleotida da nagrade dvolančani hibridni molekul
v denaturisana DNK može da hibridizuje sa denaturisanom DNK iste ili različite vrste, ili sa RNK
v hibridizacija je osnova za nekoliko izuzetno važnih tehnika u mol. biologiji
![Page 31: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/31.jpg)
v na povišenim temperaturama ili pri visokoj pH vrednosti DNK se denaturiše (topi)
v Tm – temperatura topljenja (melting temperature)
- ona temperatura na kojoj je polovina DNK lanca denaturisana- predstavlja merilo stabilnosti DNK
Temperatura topljenja DNK
![Page 32: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/32.jpg)
v DNK ima maksimum apsorpcije na 260 nm (zbog prisustva azotnih baza)
v denaturacijom DNK povećava se njena absorpcija na 260 nm za (30-40%) –hiperhromni efekat
v razlog: stacking interakcije uzmeđu baza u dvolančanoj zavojnici smanjuju njihovu sposobnost da apsorbuju UV svetlo
Optički test za praćenje denaturacije DNK
![Page 33: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/33.jpg)
Kriva topljenja DNK
![Page 34: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/34.jpg)
Unutrašnja svojstva DNK koja utiču na Tm:
1. GC sastav- više GC parova veća Tm- uticaj se može opisati jednačinom: Tm=T0 + 0,41 (% GC), T0 – razni faktori
2. Dužina lanca- duži lanac – viša Tm (preko 500 bp više nema efekta)
3. Procenat tačno sparenih baza- na 1,5% netačno sparenih baza Tm opada za 1°C
4. Redosled nukleotida u lancu- hidrofobne interakcije baza nisu iste za svih 10 nukleotida koji se mogu
naći jedan pored drugog- postoji termodinamička karakterizacija svih interakcija
![Page 35: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/35.jpg)
![Page 36: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/36.jpg)
Kako karakteristike rastvora u kom je DNK utiču na Tm:
1. Jonska snaga rastvora- ukoliko je veća koncentracija soli, veća je i koncentracija jona (Na+, K+, Mg2+...) koji
neutrališu negativno naelektrisanje DNK, smanjujući elektrostatičko odbijanje dva lanca, čime se povećava stabilnost DNK i Tm
- uticaj koncentracije soli se može opisati jednačinom:Tm=T0+16,6 log[NaCl], [NaCl] < 1M, T0 - razni faktori
2. pH rastvora- pri ekstremnim vrednostima pH (izvan opsega pH 5-9) baze se jonizuju i prekidaju se
vodonične veze, tako da Tm dramatično opada
3. Polarnost rastvarača- polarniji rastvarač – veća stabilnost i Tm jer su jače hidrofobne interakcije između
baza (organski rastvarači uglavnom teže da smanje Tm)
4. Temperatura- veća temperatura rastvora favorizuje neuređene strukture
5. Destabilišući agensi - formamid, urea, dimetilsulfoksid (DMSO)
![Page 37: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/37.jpg)
![Page 38: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/38.jpg)
Enzimi topoizomeraze kontrolišu stepen superspiralizacije.
Ako posmatramo cirkularne molekule dvolančane DNK na elektronskim mikrografijama možemo da vidimo da su izuzetno izuvijani. To se naziva superspiralizacija DNK, a prisutna je i kod linearnih DNK molekula. Superspiralizacija nastaje kada se dvolančana DNK dodatno uvija u prostoru.
Određen nivo superspiralizacije je neophodan i za cirkularne i za linearne DNK molekule, jer omogućava procese replikacije i transkripcije.
Superspiralizacija DNK
![Page 39: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/39.jpg)
Nukeozomi su odgovorni za negativnu superspiralizaciju kod eukariota
DNK žiraza je odgovorna za negativnu superspiralizaciju prokariotskih hromozoma
![Page 40: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/40.jpg)
Sekundarna i tercijerna struktura RNK
uracil
adenin
• tRNK i rRNK imajukarakterističnu sekundarnu itercijernu strukturu, dok je savijanje iRNK sprečeno raznim proteinima koji sa njom interaguju
![Page 41: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/41.jpg)
Pored standardnog Watson-Crick-ovog sparivanja baza (G-C i A-U) formiranju sekundarne i tercijerne strukture RNK doprinose i nestastandardno tzv. kolebljivo sparivanje baza koje je manje stabilno (najčešće G-U) .
![Page 42: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/42.jpg)
Invertovani ponovci
5' AGAACAnnnTGTTCT 3‘3' TCTTGTnnnACAAGA 5'
Palindromi
5' GGCC 3‘3' CCGG 5'
![Page 43: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/43.jpg)
Ukosnica (drška + petlja)(Stem and loop or hairpin loop)
Isupčenje(bulge loop)
Spoj ili višestruka petlja
![Page 44: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/44.jpg)
Pseudočvor(pseudoknot)
![Page 45: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/45.jpg)
Sekundarne strukture RNK
Stem
jednolančana RNK
ukosnica
ispupčenje
unutrašnjapetlja
spoj ili višestruka petlja
pseudočvor
![Page 46: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/46.jpg)
Sekundarna i tercijerna struktura tRNK
antikodon
vezivanjeaminokiseline
vodonične veze između baza
![Page 47: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/47.jpg)
Zašto je DNK molekul (a ne RNK) nosilac naslednih informacija?
![Page 48: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/48.jpg)
Genetički materijal mora da bude stabilan da bi se informacija prenela sa jedne na drugu generaciju
Dve osnovne razlike u hemijskoj građi između DNK i RNK molekula:
1. DNK sadrži deoksiribozu umesto riboze
2. DNK sadrži timin umesto uracila
![Page 49: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/49.jpg)
üDNK je termodinamički stabilniji od RNK molekula jer nema 2’ OH grupu
üRNK je podložna alkalnoj hidrolizi, a DNK nije
1.
![Page 50: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/50.jpg)
Alkalna hidroliza RNK Deprotonizacija u baznoj sredini i
nakon toga nukleofilni napad na P atom što dovodi do
raskidanja fosfodiestarske veze
2’,3’ ciklični fosfat(intermedijer)
![Page 51: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/51.jpg)
§ Dvovalentni katjoni stabilizuju ciklični fosfat (intermedijer) tako da promovišu RNK degradaciju
§ Povišena temperatira i pH takođe promovišu RNK degradaciju
![Page 52: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/52.jpg)
![Page 53: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/53.jpg)
Slučajnom hidrolizom cikličnog fosfodiestra (intermedijer) nastaje 2’ i 3’ nukleozid monofosfati
![Page 54: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/54.jpg)
Kompletnom alkalnom hidrolizom RNK nastaje smeša 2’NMP i 3’NMP
![Page 55: Struktura DNK i RNK](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022050622/55cf91b5550346f57b8fe356/html5/thumbnails/55.jpg)
2.
ü Timin umesto uracila
üDeaminacijom citozina nastaje uracil kod reparacioni mehanizmi prepoznaju jer se prirodno ne nalazi u DNK molekulu
Deaminacija citozinaTimin (5 metil uracil)