Ulrike Wittig
Biologische Datenbanken
Einteilung der Datenbanken
Klassifizierung der Datenbanken entsprechend des Inhaltes
viele verschiedene sehr spezielle Datenbanken
Verknüpfungen zwischen den meisten Datenbanken
fast ausschließlich in englischer Sprache
Verknüpfung der Datenbanken
Chemische DatenbankenGenomdatenbanken
Literatur-datenbanken
Stoffwechseldatenbanken
Enzymdatenbanken
Proteindatenbanken
Genomdatenbanken
Nukleinsäuresequenzen Komplette Erbinformation eines
Organismus Funktionen der Gene
Genomdatenbanken
GenBank http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
EMBL Database http://www.ebi.ac.uk/embl/index.html
DDBJ - DataBank of Japan http://www.ddbj.nig.ac.jp/
Zwischen diesen drei Datenbanken besteht eine internationale Zusammenarbeit. Jede der drei Datenbanken sammelt weltweit Daten und Änderungen und Neueinträge werden täglich ausgetauscht.
Proteindatenbanken Informationen über Proteine Funktionen und Eigenschaften der
Proteine Proteinsequenzen Struktur der Proteine (Aktive
Zentren, 3D Struktur)
SWISS-PROT http://www.ebi.ac.uk/swissprot/index.html
PDB - Protein Data Bank http://www.rcsb.org/pdb/
SwissProt
Enzymdatenbanken Sequenzen und Eigenschaften von
Proteinen mit enzymatischer Activität
Informationen über Gene, die die Enzyme codieren
Anwesenheit der Enzyme in Stoffwechselwegen
ExPASy–ENZYME http://www.expasy.ch/enzyme/
BRENDA http://www.brenda.uni-koeln.de/
Stoffwechseldatenbanken
graphische Darstellung von Stoffwechselwegen
Eigenschaften von Reaktionspartnern (chemische Verbindungen, Enzyme, Gene)
Beziehungen zwischen Genen, Proteinen/Enzymen und Reaktionen
Stoffwechseldatenbanken
KEGG - Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html
EcoCyc /MetaCyc http://ecocyc.pangeasystems.com/ecocyc/
ExPASy-Biochemical Pathways http://expasy.proteome.org.au/cgi-bin/search-biochem-index
KEGG
Chemische Datenbanken
Eigenschaften von chemischen Verbindungen
Struktur, Molekulargewicht etc.
Beilstein http://www.chemweb.com/databases/beilstein/
ChemFinder http://www.chemfinder.com/
Literaturdatenbanken
Informationen über wissenschaftliche Literatur
Verknüpfung zu den original Zeitschriften
Medline /PubMed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed
SRS (Sequence Retrieval System)
Abfrage von mehreren Datenbanken gleichzeitig möglich
SRS http://srs6.ebi.ac.uk
SRS
BioBrowser
am EML entwickeltes Datenbanksystem zur Analyse und Darstellung von Stoffwechselwegen
Möglichkeit, komplexe Abfragen an die Datenbank zu stellen
BioBrowser