URUTAN NUKLEOTIDA DNA MITOKONDRIA FRAGMEN D-LOOP PADA JARINGAN DARI LAPISAN MESODERM
Oleh: Eva Naulina Simarmata
(10506065)
Pembimbing:Achmad Saifuddin Noer, Ph.D
slide 1 dari 1626 Mei 2010 Presentasi Seminar TA
AGENDA PRESENTASI• LATAR BELAKANG• TINJAUAN PUSTAKA• METODOLOGI PENELITIAN• HASIL• PEMBAHASAN• KESIMPULAN
slide 2 dari 1626 Mei 2010 Presentasi Seminar TA
LATAR BELAKANG• DNA mitokondria fragmen D-loop dapat digunakan
untuk keperluan analisis forensik
• Pada proses embriogenesis, terbentuk lapisan embrionik, yaitu ektoderm, endoderm, dan mesoderm yang akan terdiferensiasi menjadi organ-organ tertentu
• Tujuan penelitian adalah mengetahui apakah ada perubahan atau perbedaan urutan nukleotida mtDNA fragmen D-loop pada jaringan psoas dan diafragma yang berasal dari lapisan mesoderm satu individu
slide 3 dari 1626 Mei 2010 Presentasi Seminar TA
MITOKONDRIA
slide 4 dari 1626 Mei 2010 Presentasi Seminar TA
DNA MITOKONDRIA• Karakteristik DNA mitokondria:
– diwariskan secara garis keturunan maternal
– memiliki laju mutasi 10-17 kali lebih cepat dibandingkan DNA inti
– terdapat dalam jumlah kopi yang jauh lebih banyak daripada molekul DNA inti
– memiliki daerah Displacement loop (D-loop) tingkat polimorfisme tertinggi dan tingkat variasi terbesar antara individu-individu yang tidak mempunyai hubungan kekerabatan.
slide 5 dari 1626 Mei 2010 Presentasi Seminar TA
EMBRIOGENESIS
slide 6 dari 1626 Mei 2010 Presentasi Seminar TA
Psoas Diafragma
MESODERM• Lapisan mesoderm memegang
peranan fundamental dalam
pembentukan dan pengaturan
sumbu tubuh pada vertebrata serta
pada perkembangan berikutnya.
• Mesoderm akan membentuk organ
atau jaringan, di antaranya: tulang,
otot, sistem kardiovaskuker, sistem
reproduksi, sel darah, ginjal, dan
limfa.
26 Mei 2010 Presentasi Seminar TA slide 7 dari 16
METODOLOGI PENELITIANPenyiapan Sampel yaitu Psoas & Diafragma
Individu A (didapat dari Yohanes Ngili)
Lisis Sel
Polymerase Chain Reaction
Elektroforesis Gel Agarosa
Penentuan Urutan Nukleotida dengan Metode Dideoksi Sanger
Analisis in silico slide 8 dari 1626 Mei 2010 Presentasi Seminar TA
ELEKTROFORESIS GEL AGAROSA• Metode untuk memvisualisasi hasil PCR
– Ada atau tidak adanya pita
– Ukuran pita dibandingkan dengan marker (misal pUC19/Hinfl)
– Konsentrasi pita (berdasarkan intensitas pita)
• Komponen yang diperlukan:– Gel agarosa
– Loading buffer
– Buffer TAE
– EtBr
26 Mei 2010 Presentasi Seminar TA slide 9 dari 16
HASIL
Hasil Elektroforesis Gel Agarosa
Marker pUC19 /HinfI
Kontrol (+)
Kontrol (-)
Psoas Diafragma
1419 pb
517 pb397 pb
214 pb75 pb
± 0,9 kb
slide 10 dari 1626 Mei 2010 Presentasi Seminar TA
HASIL
slide 11 dari 16
Elektroforegram sampel dengan Primer M1Fenomena Heteroplasmi pada Sampel dengan Primer M1
T(16189)CA(16183)CT(16172)C C(16168)T
T(16189)C
26 Mei 2010 Presentasi Seminar TA
HASIL
slide 12 dari 16
Elektroforegram sampel dengan Primer HV2R
Eva
26 Mei 2010 Presentasi Seminar TA
T(152)C
PEMBAHASAN• Tidak ada perbedaan urutan
nukleotida antara psoas dan diafragma individu A
• Perbedaan urutan nukleotida kedua sampel dengan rCRS terdapat pada tabel berikut ini
No. Posisi Mutasi Jenis Mutasi
1 C(16111)T Substitusi2 C(16168)T Substitusi3 T(16172)C Substitusi4 A(16183)C Substitusi5 T(16189)C Substitusi6 T(16519)C Substitusi7 A(73)G Substitusi8 T(152)C Substitusi9 C(253)T Substitusi
10 T(310)TC Insersi
slide 13 dari 1626 Mei 2010 Presentasi Seminar TA
PEMBAHASAN• Mutasi T(16189)C yang menghasilkan
rangkaian poli-C.• Pada hasil direct sequencing dengan primer
M1, daerah setelah poli-C tidak dapat dibaca elektroforegram bertumpuk.
• Hal ini menunjukkan adanya fenomena heteroplasmi (Yuniarti, 2009).
• Daerah HV1 dan HV2 (D-loop) merupakan ‘hotspot’ untuk terjadinya heteroplasmi ini.
slide 14 dari 1626 Mei 2010 Presentasi Seminar TA
PEMBAHASAN• Hasil sesuai dengan yang diperoleh oleh Ngili• Mutasi pada daerah non-pengode:
– tidak mengubah urutan asam amino dari protein yang dikode (Dwiyanti, 2006)
– tidak mengubah fisiologi mitokondria atau sel (Raifuddin, 2007)
• Jaringan-jaringan yang berasal dari lapisan embrionik satu individu ada yang memiliki urutan nukleotida yang sama dan ada pula yang berbeda (Unwakoly, 2010)
• Kesamaan urutan nukleotida ini memberikan keuntungan bagi analisis forensik
slide 15 dari 1626 Mei 2010 Presentasi Seminar TA
KESIMPULAN• Urutan nukleotida antara psoas dan
diafragma yang berasal dari lapisan mesoderm individu A adalah sama.
• Tidak ada perubahan urutan nukleotida mtDNA D-loop pada saat embriogenesis individu tertentu.
• Diperlukan penelitian lebih lanjut terhadap individu-individu lain untuk mengetahui apakah ada perubahan urutan nukleotida mtDNA D-loop pada saat embriogenesis.
slide 16 dari 1626 Mei 2010 Presentasi Seminar TA