du bateau au laboratoire : le plancton, source de biodiversité
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Du bateau au laboratoire : Le plancton, source de biodiversité. Qu’est ce que le plancton ?. Copépode (1mm). Larve de mollusque (60µ). Crocosphaera watsonii (2,5 à 6 µ). Chaetoceros decipiens 5µ à 0,5 mm). 30% du plancton actuel est connu. - PowerPoint PPT PresentationTRANSCRIPT
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Du bateau au laboratoire :Le plancton,
source de biodiversité
Qu’est ce que le plancton ?
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Chaetoceros decipiens5µ à 0,5 mm)
Copépode (1mm)
Crocosphaera watsonii(2,5 à 6 µ)
Radiolaires (50 à 300 µ)
Larve de mollusque (60µ)
Concentration océanique en pigments chlorophylliensIndice de la photosynthèse.
30% du plancton actuel est connu.
Comment les analyses génétiques permettent-
elles d’évaluer la biodiversité ?
Plancton et biodiversité
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Chaque échantillon de 50 ml génère
environ 10 000 images, soit autant d’organismes à
identifier.
Taille
0,2 µ 20µ 200µ 20-200 cm
Virus bactéries petits et gros animauxeucaryotes unicellulaires
Recueil du
plancton
Analyse aux laboratoires de :
-Roscoff- Villefranche
- Paris VI
FLOW CAM
Enregistrement de diverses conditions
Filtres différents
conservation
Analyses génétiques - Roscoff
- GENOSCOPE- Barcelone- Arizona,
- ….
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1ère étape : réalisation d’une électrophorèse en TPL’ADN, origine de la biodiversité
Découpage de l’ADN par des enzymes de restriction
Préparation de l’ADN par du bleu cobalt
Cuve – milieu à pH constantDépôt d’ADN dans le gel
Allèle non mutéAllèle muté
Enzymes
Aucune enzyme
EcoR1 HindIII
EcoR1
HindIII
Enzymes
Aucune enzyme
EcoR1 HindIII
EcoR1
HindIII
Nos résultats
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Site EcoRI Site HIND III
Deux enzymes de restriction.
Sens migration
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Matériel génétique d’une cellule
- ADN = polymorphisme au sein d’une espèce- ARN m = reconnaissance de gènes transcrits – étude plus restreinte- ARN r = diversité des espèces
Ordre d’étude
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2ème étape : visite du GENOSCOPESéquençage de l’ADN
Stockage et conservation des
échantillons
Broyage et extraction ADN, ARN
Dénaturation de l’ADN par l’azote
liquide et centrifugation
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Deux types de séquenceurs
ACTTAGATT ……
Brin de l’échantillon
Bases ajoutées par le séquenceur
TGAATCTAA ….
Site GENOSCOPE – séquences échantillons
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ADN
STOPSTOP Début AUG
Séquence codante
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Informations sur la fonction protéique
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espèce fréquence
arthrospira platensis 20
Oscillatoria acuminata 3
Nematostella vectensis 60
Microscilla marina 14
Crocosphaera watsonii 75
monosiga brevicollis 8
Zobellia galactanivorans 41
Nematostella vectensis(anémone de mer)
Crocosphaera watsonii(cyanobactérie)
arth
rosp
ira p
late
nsis
Oscilla
toria
acu
min
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Nemat
oste
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Croco
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watso
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mon
osig
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evico
llis
Zobe
llia g
alac
tani
vora
ns
203
60
14
75
8
41
fréquence de détection d'une espèce sur 100 séquences
comparées
Espèce indéterminée (site TARA)
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Tous les élèves remercient pour leur collaboration et
leur disponibilité …
• Xavier BOUGEARD- Chargé de mission éducation Tara expéditions –
• Julie POULAIN – Chef d’équipe séquençage GENOSCOPE
• Nathalie AIACH – Technicienne séquençage GENOSCOPE
• Sabine LAVOREL et Vincent CHARBONNIER – IFE