e-biogenouest : dÉmonstrations et Échanges autour des outils de lenvironnement virtuel de...
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E-BIOGENOUEST : DÉMONSTRATIONS ET ÉCHANGES AUTOUR DES OUTILS DE L’ENVIRONNEMENT VIRTUEL DE RECHERCHE
Intervenant(s) : Yvan Le Bras, Cyril Monjeaud, Olivier Collin
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E-BIOGENOUESTProgramme fédérateur Biogenouest co-financé par les Régions Bretagne et Pays de la Loire • 24 mois • Lancé depuis Mai 2012• Porteur : Olivier Collin (IRISA) – Animateur : Yvan Le Bras (IRISA)
• Tester une approche e-Science en Sciences de la vie
• Proposer une structuration e-Science dans le Grand Ouest
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Briser les silos
Défis : Chaque domaine est particulier mais digital! Solution : Se centrer sur la donnée! Big Data relatif, collaboration, interdisciplinarité, mutualisation,
solutions open source
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Optimiser / Standardiser
Code, algorithmes, calcul, stockage, réseau, bonnes pratiques
Prévoir interopérabilité, langage commun, vocabulaire contrôlé, ontologies
Kahn. On the future of genomic data. Science (2011) vol. 331 (6018) pp. 728-9
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People paradox
Using Clouds for Metagenomics: A Case Study Wilkening et al. IEEE cluster 2009
Séquençage
Bioinformatique
Défis : Manque RH, Evolution des usages
Solutions : mutualisation, science citoyenne, Environnement virtuel de recherche
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Solution : e-Science
TIC
Domaine scientifique
Une démarche e-Science
Un environnement virtuel de recherche
Brest
Roscoff
Rennes
Nantes Angers
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L’APPROCHE E-SCIENCE
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e-Science
• e-Science = Science + TIC • « Research done through distributed global collaboration
enabled by the internet, using very large data collections, terascale computing resources and high performance visualization» (Sir John Taylor - 2001)• e-Science : trois volets• Calcul: grille, cloud• Stockage• Outils collaboratifs
• Pas d’initiative française purement e-Science
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Caractéristiques e-Science• Caractère distribué, pas de point central…• … n’empêche pas un guichet unique!Environnement de Recherche Virtuel
Portail web
Données
Logiciels
Ressources de
traitement
Utilisateurs
Communauté
Collaboration
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e-infrastructure test : le VRE eBiogenouest
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LE VREUn environnement virtuel de recherche en sciences de la vie
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Un début de structuration e-Science?
Education
record your data/metadata
analyse & share your data/metadata
Have an idea & create a groupInvite partners
Write & manage a new Project
Training
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Un début de structuration e-Science?
Le HUB eBGOHUBzero pour partager les connaissances et gérer les
groupes et projets
Informations125 utilisateurs69 Projets40 Groupes495 ressources…
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Un début de structuration e-Science?eBGO : Collaboration
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Un début de structuration e-Science?eBGO : Collaboration
Partage de ressources
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Un début de structuration e-Science?eBGO : une porte d’entrée vers l’e-Infrastructure
Une porte vers les outils du VRE
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Un début de structuration e-Science?eBGO : Collaborons
Groupes, projets, forums, …
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Un début de structuration e-Science?eBGO : Gestion de groupes
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Un début de structuration e-Science?eBGO : Gestion de projets
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Un début de structuration e-Science?eBGO : Gestion de projets
Gestion de tâches
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Un début de structuration e-Science?eBGO : Profil de membre
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Un début de structuration e-Science?
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données et métadonnées
Protocoles existantMétabolomiqueProtéomiqueGénomiqueBio-informatique
Protocoles sur mesureColorimétrieDosage d’ions plasmatique…
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Un début de structuration e-Science?EMME suite ISA tools : isacreator configurator
Protocoles existantMétabolomique, Protéomique, GénomiqueProtocoles sur mesureBio-informatique, Protéomique ICPL, …
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Un début de structuration e-Science?EMME suite ISA tools : isacreator
Login
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Choix de la configuration
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Ouverture / création d’un projet
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Choix d’un projet préexistant
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Un début de structuration e-Science?EMME suite ISA tools : isacreator
Description du projet
I..
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Un début de structuration e-Science?EMME suite ISA tools : isacreator
Description d’une étude du projet
IS..
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Un début de structuration e-Science?EMME suite ISA tools : isacreator
Description d’une expérience de l’étude du
projet
ISA
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Un début de structuration e-Science?EMME suite ISA tools : isacreator ISA
Validation de l’ISAtab
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Un début de structuration e-Science?EMME suite ISA tools : isacreator ISA
Conversion de l’ISAtab
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Un début de structuration e-Science?EMME suite ISA tools : isacreator ISA
Création de l’ISArchive
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Un début de structuration e-Science?
GALAXY by GenOuestpour analyser et partager les
données
Informations22729 jobs105 utilisateursPlus de 800 outils-NGS-Génomique des populations-Génétique quantitative-Protéomique-Nombreux utilitaires-…
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Un début de structuration e-Science?Galaxy by GenOuest : Traitement de l’ISArchive
Upload de l’ISArchive
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Un début de structuration e-Science?Galaxy by GenOuest : Traitement de l’ISArchive
Décompression de l’ISArchive
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Un début de structuration e-Science?Galaxy by GenOuest : Traitement de l’ISArchive
Log de la décompression
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Un début de structuration e-Science?Galaxy by GenOuest : Récupération des données
Recherche du fichier Assay contenant les URL des jeux de
données bruts
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Un début de structuration e-Science?Galaxy by GenOuest : Récupération des données
Téléchargement des données brutes pointées
par les URL
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Un début de structuration e-Science?Galaxy by GenOuest : Récupération des données
Log du download
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Un début de structuration e-Science?Galaxy by GenOuest : Analyse des données
Récupération du fichier manquant (indiqué par
un ACESS PROBLEM)
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Un début de structuration e-Science?Galaxy by GenOuest : Analyse des données
Ajout du fichier de barcode et du lien
barcode - population
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Un début de structuration e-Science?Galaxy by GenOuest : workflow
Présentation du workflow
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Un début de structuration e-Science?Galaxy by GenOuest : workflow
Sélection des fichiers et paramètres d’entrée du
workflow
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Un début de structuration e-Science?Galaxy by GenOuest : Analyse des données
Exécution du workflow
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• Pour les scientifiques en sciences de la vie et environnement• Optimiser son temps (programmation vs compréhension)• Préserver (données et processus analytiques)• Accéder, partager et visualiser de n’importe où• Une aide à la gestion de projet …
• Pour les développeurs• Améliorer l’utilisation des algo et outils : Bioinfo Recherche Service• Accélérer la mise en production
• Pour la gestion des infrastructures• Optimiser l’utilisation (stockage, calcul et réseaux…)
• Infrastructure pour la donnée infastructure de donnée
I have a dream…
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Merci de votre attention
eBGO HUB (collaboration) http://www.e-biogenouest.org/
EMME portal (data management ) http://emme.genouest.org/
Galaxy instance (data analysis) http://galaxy.genouest.org/
GO4Bioinformatics (education) http://go4bioinformatics.genouest.org/
Cyril Monjeaud
Olivier Collin
La plate-forme Bio-informatique GenOuestLe groupe Symbiose IRISA/INRIA
GenOuest-Dyliss-Genscale