embase - tianjin medical universitylib.tmu.edu.cn/_upload/article/files/f6/6d/16cacc... · 2019....

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Embase


• Embase数据库包含的内容与特色 • Elsevier简介及生命科学产品线 • Embase数据库包含内容 • Embase数据库特色

• Embase数据库中的检索 • Embase中的数据记录 • 如何利用Embase数据库进行生物医学相关文献和会议内容的查询 • 如何利用Embase数据库进行药物与疾病相关文献的查询 • 如何利用Embase数据库支持循证医学系统评价的研究

• Embase数据库检索小结

2

提纲

TITLE OF PRESENTATION | 3

Elsevier Elsevier was established in 1880 in Holland，the world oldest and largest science and technology literature publisher. Right now, Elsevier is a global information analytics company that helps institutions and professionals progress science, advance healthcare and improve performance for the benefit of humanity.


Target ID &

Validation

PRE-CLINICAL CLINICAL POST-

MARKET

Elsevier生命科学解决方案产品线

Characterize & understand disease

Design effective approach & validate lead

Cull leads more quickly for safety & efficacy

Manage risk & compliance & improve patient care

4

Text Mining & Data Integration

Lead ID & Validation

Improve clinical trial design by better selecting patient

cohorts


21世纪医学面临的多种挑战

1. 疾病谱的改变：单因素疾病 → 多因素疾病 RCT和SR成为判断疗效的金标准 2. 证据结论不一致：同一疾病同一干预措施多个RCT 不同的结论怎样判效如何选择 3. 医疗资源有限：呼吁成本效果最优化卫生资源的合理配置和高效使用 4. 医疗模式改变：以疾病为中心 → 以病人为中心终点指标代替中间指标以人为本质量至上 5. 太多选择难以选择：医生如何循证决策病人如何知情选择 6. 医疗事故举证责任倒置：医师如何依法规范行医循证保护自己 7. 中医药国际化

——循证医学应用而生

解决新问题的新思路、新方法


1972年，一项RCT（随机对照组实验）报告显示早产儿的母亲如果在胎儿出生前短期使用肾上腺皮质激素可以改善结果。至1991年，已有7篇RCT报道，使原有系统评价证据进一步加强。

Prevention of prenatal death by antenatal corticosteroid therapy for fetal maturation

Meta-analysis: Steroids lower death risk with 30-50%

1989年以前，由于没有针对上述RCT的系统评价发表，多数产科医生并未认识到这一疗法的显著疗效，导致成千上万的早产儿死亡和高额医疗费用。

循证医学对人类健康带来了积极影响

The Cochrane Handbook recommends that both MEDLINE and EMBASE be searched to generate a comprehensive Systematic Review.


• Elsevier公司出品的，荷兰医学文摘的Online Database

• 源自70个国家，超过8600种期刊 • 完全包含Medline • 有2800种期刊在Medline数据库上无法检索到

• 尤其是那些在北美以外国家的期刊 • 包含会议资源

• 2009年以后新增 • 每年有来约7000个会议的超过295万条的会议摘要

• 基于Emtree词库的索引 • MeSH的2.5倍 • 深入的词库索引

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Embase数据库简介介绍

Embase.com ~ 3180万篇文献

8600 种期刊

MEDLINE ~ 2300万文献 5600 种期刊

PubMed ~ 2500万篇文献

1. Emtree收录 > 73,000个词汇，约为MeSH 的 2.5 倍

2. 每年更新 3 次


Embase收录的文献领域…

药理学&毒理学12% 临床医学11% 遗传学, 生化 & 分子生物学10% 神经病& 行为医学 8% 微生物& 传染病学 7% 心脏病 & 血液学6% 精神病& 精神卫生学 6% 肿瘤学5% Healthcare Policy & Management 4% 过敏& 免疫学 4% 儿科学4% 内分泌& 代谢学3% 产科& 妇科学3% 生物医学工程 & 医疗器械 3% 麻醉& 重症监护学 3% 肠胃病学2% 呼吸道医学 2% 肾脏& 泌尿学2% 皮肤病学2%

其他学科28% Including public health, basic biomedical MEDLINE 包含公共卫生、基础生物医学以及Medline包含的学科领域

演示者

演示文稿备注

Embase收录的是同行评审的生物医学期刊与会议，药物研究、药理学、配药学、药剂学、药物副作用、毒药学、生物工艺、保健策略与管理、药物依赖性及滥用、精神科学、补充医学、法医学、生物工程、药物经济学、公共医学等。


• Emtree生命科学辞典，对生物医学文献进行主题分析、标引和检索时使用的权威性词表

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Embase的核心索引体系—Emtree生命科学辞典

便于检索 • 超过73,000 个主题词汇以及超过 290,000个同义词汇

海量的药物以及医疗设备检索

• 化学名，商品名，实验室/研发代码，以及超过31,000个药物和化合物首选词汇 (FDA, EMA and WHO)

• 超过3,000个设备和医疗设备专属词汇 (e.g. endoscopes, catheters, prostheses) 以及数千个医疗过程相关词汇 (e.g. endoscopy, catheterization)

实时更新 • 每年3次更新最新的药物，疾病，生物体以及医疗过程的索引；包括所有的FDA以及EMA记录的药物名称和WHO从2000起记录的所有国际非专利名称(INNS).

包含词汇 • 包括所有的MeSH词汇，并且与超过23,000个CAS号进行了链接


关于系统分析和meta分析

Cochrane Handbook 推荐系统分析撰写步骤: 1. 确认主题 2. 搜集资料

(Embase) 3. 筛选资料质量 4. 评估实验数据 5. 分析数据，建立

meta分析方法 6. 处理结果偏向 7. 总结展示分析结

果 8. 后效跟踪，更新


Embase索引的内容—文献内容

bibliographic

Manual [digital] Indexing

Embase提炼了文献的书目信息，摘要，题录，并用不同角度的索引词对文献内容进行描述。


Asian journals in Embase

Country Embase (total) MEDLINE Unique in Embase India 244 47 197 Japan 215 152 63 China 162 91 61 South Korea 72 27 45 Pakistan 34 5 29 Singapore 31 11 20 Taiwan 15 4 11 Hong Kong 18 3 15 Bangladesh 11 3 8 Malaysia 10 4 6 Nepal 7 5 2 Thailand 6 4 2 Indonesia 2 1 1 Sri Lanka 2 1 1 Philippines 2 1 1


Emtree and MeSH: how do we compare?

• Using Natural language terminology

• 75,000 preferred terms

• 320,000 synonyms

• Including all the MeSH terms

• Updated 3 times a year, to include the latest drugs, diseases etc.

• Medical Subject headings

• Terminology may be inverted (e.g. leukemia, myeloid)

• 27,883 descriptors (headings)

• 87,000 entry terms

• 232,000 supplementary concepts

• Updated 1 time a year

“Emtree really helps me because if I find an interesting paper, I can review similar

papers through the terms of the entry. Compared to the way of searching in other tools, it’s much easier.”

Dr. Federico Aletti, Research Fellow at the Politecnico Di Milano

“Embase Indexing... is amazing” Medical Affairs from Top 10 Pharma


• Embase数据库包含的内容与特色 • Embase数据库包含内容 • Embase数据库特色



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提纲


Embase数据库特色—Pharmacovigilance向导检索

Tips： 1. 直接输入药品名称，并选择Subheadings即可进行PV方面的检索 2. 可以逐级展开，查看每一步骤的检索策略，并修改。

演示者

演示文稿备注

药物安全警戒的向导索引


Embase数据库特色—Drug检索

Tips： 1. Drug Search提供10种组合条

件的药物相关信息检索 2. Subheading（副标描述），

Routes（给药途径）等等


Embase数据库特色—Disease检索

Tips： 1. Disease Search提供9种组合

条件的疾病相关信息检索 2. Subheading，EBM等等


Embase数据库特色—PICO检索

Tips： 1. Embase中的PICO模块帮助科研人员直接进行循证医学相关信息的查询





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提纲


• https://www.embase.com

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Embase登录界面


Embase中的检索结果

结果过滤工具列表检索历史及策略检索结果


Embase中的一条记录

记录提供摘要，IndexTerm，全文链接

Tips： 1. 每条记录的Index Term中都能显示命中字段，同时Embase在每一个Index Term上

都标记和该索引词相关的信息，帮助快速了解药物在文献中的研究方向 2. Embase为文献提供Major Focus索引（索引词中黑体部分），帮助快速聚焦文献

中最关键的内容。


• 检什么？ • 检哪里？ • 怎么检？

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Embase中的检索

1

2

3


生物医学相关文献和会议内容的查询


• 检索和CDK4/6靶点相关的文献

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案例1：

Tips： 1. 选择检索范围 2. 涉及多个检索项的时候，需要考虑之间的关系 3. 直接输入CDK，系统可以给出Emtree中相关词汇，


获得结果 Tips：可以利用这里更多的工具，获得更加精准的文献。


Maping工具的使用

Embase mapping options

Map to preferred term in Emtree 用Emtree中匹配的词去检索Index Term包含该词汇的文献

Search also as free text in all fields 用输入的词检索所有包含该词汇的所有文献

Explode using narrower Emtree terms 用Emtree中匹配的词以及这些词的下位词检索Index Term中包含该词汇以及扩展下位词的文献

Search as broadly as possible Emtree的词，下位词，同义词，Free Text检索所有字段

Limit to terms indexed in articles as “major focus”:

将检索词锁定在Major Focus部分

Tips：通过不同的匹配度进行结果的扩展或者精炼


Major Focus结果 Tips： Embase将所有的检索历史列举

在界面，可以随时查看，方便结果集之间的逻辑关系

可以通过Filter工具

进一步对结果进行筛选


Filter工具的使用

Tips： 1. Embase能帮助检索到很多

Medline检索不到的文献 2. Study Tpye分析，帮助获得文

献涉及的最直接的研究方向。


更多的Filter工具—Diseases

Tips： 1. Disease分析，帮助从疾病领域出

发，对文献进行筛选，获得这个靶点可能从事的疾病的研究

2. 在Subheading中可以获得更加细节

性的内容，包括药物治疗，不良反应等，

3. 一些在研/上市的药物名称也可以通过这种方式获得。


更多的Filter工具—Drugs

Tips： 1. 进一步的Durg分析可以从药物的角度帮助获得

文献中涉及到的药物不良反应，药物联用，药物比较等细节性的内容

2. 所有的检索，筛选历史全部位于History的部分，用于掌握结果的检索逻辑。


其中的一条记录

索引词，细节信息查看


文献中的细节性信息

细节信息解读： 1. Palbociclib，在文献中提

到过的不良药物反应，关节痛，疲劳，潮热，恶心，中性粒细胞减少

2. Palbociclib，涉及的药物

联用，氟维司群，来曲唑，曲妥珠单抗等

3. 治疗领域，BC，ER+ BC


• 检索2016年ASCO会议中的报道

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案例2：


输入会议名称

建议输入会议的完整名称


检索到的结果

Tips： 1. 可以利用左侧分析工具进行过滤筛选 2. 也可以利用Embase对于结果集的组合进行筛选，考虑，如何从当前结果集中筛

选出Bladder Cancer有关的报道


重新做一次关于Bladder Cancer的检索

Tips：直接通过单前页面，进行Bladder Cancer的检索，添加引号，并选择Major Focus，


对已经检索到的2个结果集进行逻辑操作

Tips： 1. 通过History处可以直接对结果集进行逻辑操作， 2. 逻辑操作后的结果集亦可看到检索历史来源


最后的结果

从Source的分析可以看到，Medline中没有任何会议相关记录


药物和疾病相关文献的查询


• 检索Opdivo的相关文献

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案例3

输入药物名可以自动关联Emtree中的索引词条


Mapping的选择

副标题信息中，可以有更多细致选择：临床信息，药物联用，药物副作用等等


Major Focus的结果


Filter工具的使用

Filter 工具中直接筛选更细节的临床信息


其中的一条结果

阅读摘要中的各种细节，同时可以阅读查找全文信息


利用History返回最初的结果集

利用历史信息，方便的回溯，还可以进行其他细节文章的筛选


继续使用Filter工具获得和Opdivo药物联用的文献

Embase 数据库提供的细致的归纳功能就


最后的结果


Embase 数据库在循证医学和系统评价中的应用


寻找到最佳的证据

系统评价是什么？

以某一具体临床问题为基础，系统、全面地收集全世界所有已发表或未发表的临床研究结果，采用临床流行病学严格评价文献的原则和方法，筛选出符合质量标准的文献，进行定性或定量合成，得出综合可靠的结论，并随着新的临床研究的出现及时更新。

“The systematic review provides a verdict on unsettled medical debates based on a painstaking reassessment of all the relevant research…the impact can be enormous. Official guidelines and “best practices” are established or changed after systematic reviews. Legal standards defining malpractice may be set; insurers may decide which treatments to pay for and which to decline”.


循证医学和系统评价的关键因素

提出问题搜寻证据评估证据得出结论后效评价

Embase.com

MEDLINE

1. 选择关键词

2. 构建搜寻指令

3. 查找文献

4. 判断证据等级

PICOS

P = Population

I = Intervention

C = Comparison/control

O = Outcome


Embase中的PICO模块帮助快速建立检索式

Tips： Embase中的PICO检索

能帮助用户通过最直观的检索途径进行全面的文献调研

Population, Patient, Problem

Intervention

Comparison

Outcome


Browse Emtree Patient Intervention Comparison Outcomes

交集 PICO 或多个关键词

(筛选研究类型)

搜索 PICO 或任何生物医学研究关键词案例B：Aspirin 真的能预防结肠癌吗？

PICO 搜索流程策略

colon cancer aspirin prevent





搜索 PICO 或任何生物医学研究关键词案例C：成年女性如何通过HPV的检查来预测宫颈癌?

PICO 搜索流程策略

cervical cancer HPV diagnostic test

accuracy biopsy


• PICO检索下面的相关文献 • 使用 SSRI (选择性血清素回收抑制剂) 治疗抑郁症儿童或青少年是否会增加其自杀风险?

56

案例4：


depression SSRI Suicide




PICO检索构建—Step 1 搜索范围的定义


PICO检索构建—Step 2输入PICO所有的检索条件

Patient Intervention Comparison Outcomes

depression SSRI Suicide


PICO检索构建—Step 2全部条件输入后的结果


检索到的结果


结果处理—添加更多的条件


更多的用于循证医学的筛选

Tips： 1. Embase直接给出了专门用于EBM的筛选，可以快速用

于CR，SR，Meta分析方面文献的获得 2. 更多零散方面的证据可以通过Study Type来获得，如

Case Report，Cohort Analysis等


最后的结果


检索结果输出


检索结果的输出

每篇文献的单独导出，同时可以跟更多的Elsevier产品一起管理，加工数据信息


PICO examples - Treatment/Therapy PICO

Clinical question: What are the best empirical antibiotic treatment options for bacterial meningitis? Search query: P 'bacterial meningitis'/de OR 'bacterial meningitis' OR 'e. coli meningitis' OR 'escherichia coli meningitis' OR 'meningitis purulenta' OR 'purulent meningitis' OR 'pyogenic meningitis' OR 'group b streptococcal meningitis'/exp OR 'group b streptococcal meningitis' OR 'haemophilus meningitis'/exp OR 'haemophilus meningitis' OR 'pneumococcal meningitis'/exp OR 'pneumococcal meningitis' OR 'tuberculous meningitis'/exp OR 'tuberculous meningitis' OR 'neisseria meningitidis' OR 'epidemic meningitis'/exp OR 'epidemic meningitis' I 'antibiotic agent'/exp OR antibiotic* Study Type 'randomized controlled trial'/de OR (random*:ab,ti AND control*:ab,ti AND trial*:ab,ti) OR 'controlled clinical trial'/de OR (control*:ab,ti AND clinical* AND trial*:ab,ti)


PICO examples - Diagnostic PICO

Clinical question: What is the added value of chest radiography in diagnosis of asthma? Search query: P 'asthma'/exp OR 'asthma‘ I 'thorax radiography'/exp OR ‘chest radiogram’ OR ‘chest radiograph’ OR ‘chest radiography’ OR ‘chest radiology’ OR ‘chest roentgenogram’ OR ‘chest roentgenography’ OR ‘chest roentgenology’ OR ’chest x ray’ OR ‘chest xray’ OR ‘mass chest x-ray’ OR ‘thoracic radiography’ OR ‘thoracic roentgenology’ OR ‘thoracic x ray’ OR ‘thorax radiogram’ OR ‘thorax radiograph’ OR ‘thorax radiology’ OR ‘thorax roentgenogram’ OR ‘thorax roentgenography’ OR ‘thorax roentgenology’ OR ‘thorax x ray’ OR ‘thoraxradiography’ OR ‘X chest’ OR 'thorax radiography‘


PICO examples - Prevention PICO

Clinical question: What is the efficacy and comparative effectiveness of vaccines to prevent bacterial meningitis? Search query: P 'bacterial meningitis'/de OR 'bacterial meningitis' OR 'e. coli meningitis' OR 'escherichia coli meningitis' OR 'meningitis purulenta' OR 'purulent meningitis' OR 'pyogenic meningitis' OR 'group b streptococcal meningitis'/exp OR 'group b streptococcal meningitis' OR 'haemophilus meningitis'/exp OR 'haemophilus meningitis' OR 'pneumococcal meningitis'/exp OR 'pneumococcal meningitis' OR 'tuberculous meningitis'/exp OR 'tuberculous meningitis' OR 'neisseria meningitidis' OR 'epidemic meningitis'/exp OR 'epidemic meningitis' I 'vaccine'/exp OR vaccine OR 'vaccination'/exp OR vaccination OR 'immunization'/exp OR immunization


PICO examples - Prognosis PICO

Clinical question: What is predictive (prognostic) value of scoring system to measure the severity of community-acquired pneumonia (CAP)? Search query: P 'pneumonia'/de OR 'pneumonia‘ OR 'community acquired infection'/exp OR 'community acquired infection' OR ‘community acquired disease’ OR ‘community associated disease’ OR ‘community associated infection’ OR ‘community acquired infections’ OR 'community acquired pneumonia'/exp OR 'community acquired pneumonia' I pneumonia NEXT/2 outcome* NEXT/2 research NEXT/2 team* port:ab,ti AND pneumon*:ab,ti 'smart cop' ‘a-drop’ AND pneumon*:ab,ti 'pneumonia severity index' Study Type 'incidence'/exp OR 'mortality'/exp OR 'follow up study':ab,ti OR 'follow up studies':ab,ti OR prognos*:ab,ti OR predict*:ab,ti OR course*:ab,ti OR 'cohort analysis'/de OR 'cohort analysis' OR 'cohort study':ab,ti OR cohort:ab,ti OR 'prognosis'/exp OR 'prognosis'





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提纲


Embase 数据库涵盖的内容全球最佳的生物医学数据库，涵盖期刊以及学术会议摘要索引。

Embase 收录的文献领域完全涵盖同行评议的生物医学期刊和会议，涉及的领域包含了药理学&毒理学、临床医学、遗传学，生化&分子生物学、神经学&行为医学、微生物&传染病学、心脏病学&血液学、精神病&精神卫生、肿瘤学、公共卫生等相关学科。

Embase 支持循证医学研究对于撰写系统评价/Meta文献，辅助循证医学上，Embase的价值被 Cochrane 认可，Embase能让您的系统评价更值得信赖，其具有定期更新的综合性循证内容与详细的生物医学索引，能让您在范围极广泛的数据集中精准搜寻信息。

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小结

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