embase: vergelijking met pubmed & zoekstrategie · 2019. 6. 3. · embase: vergelijking met...
TRANSCRIPT
EMBASE: Vergelijking met PubMed & zoekstrategie
NELE PAUWELS
I N F O R M AT I E D E S K U N D I G E K C G G
N E L E . PA U W E L S @ U G E N T. B E – 0 9 / 3 3 2 . 2 4 . 4 3
1
Kenniscentrum voor de Gezondheidszorg Gent (KCGG)
• Bibliotheek voor het UZ en de faculteiten ‘Geneeskunde en Gezondheidswetenschappen’ en ‘Farmaceutische Wetenschappen’
• Kerntaken
o Toegang tot kennis faciliteren
o Kennis up-to-date houden
o Informatievaardigheden verder ontwikkelen en up-to-date houden
o Mogelijkheid tot netwerking creëren
o Verhogen van de visibiliteit
o Datamanagement optimaliseren
o Informatie verlenen
2
InhoudToegang tot Embase
Quick search in Embase
Wat kan er fout gaan bij het zoeken in Embase?
Embase versus PubMed/MEDLINE◦ Coverage en focus van Embase
◦ Waarom zoeken in Embase én PubMed/MEDLINE
Indexering in Embase
Zoeken in Embase◦ Tips & Tricks om specifieker te zoeken
◦ Tips & Tricks om een zoekstrategie voor een systematische review op stellen
Appendix: bijkomende uitgewerkte voorbeelden
3
TOEGANG TOT EMBASE
4
KCGG portaalwww.kcgg.be
Embase is toegankelijk via het UGent/UZ Gent netwerk
Extern: via Athena
5
Online ondersteuningInformatiefiche van KCGG
Help sectie op Embase.com website
Opleidingenhttp://www.kcgg.ugent.be/events/embase
6
QUICK SEARCH IN EMBASE
7
Suggestie Emtree term
Autocomplete
Quick search
9
Quick Search - Resultaat
=> emtree en free text
10
11
Is de ‘vertaling’ van de zoekopdracht door de databank wenselijk?
Ter informatie: ‘heart attack’/exp = ‘heart infarction’/exp (= de indexterm = emtree term) ≠ PubMed !
ZOEKEN IN EMBASE: WAT KAN ER FOUT GAAN?
12
Wat kan er fout gaan bij het zoeken? Zoekopdracht: Aids
Vertaling Embase: 'aids'/exp OR aids
De resultaten bevatten ook artikels over visual aids, navigational aids, diabetes aids, aids forpeople with disabilities
Voorbeeld:
13
Wat kan er fout gaan bij het zoeken? Zoekopdracht: Parkinson
Vertaling Embase: parkinson
De resultaten bevatten ook > 4000 artikels met Dhr/Mevr. Parkinson als (co-)auteur
Voorbeeld:
14
Wat kan er fout gaan bij het zoeken? Zoekopdracht: ‘chronic disease’/exp OR ‘chronic disease’ AND ‘quality of life’/exp OR ‘quality of life’
De resultaten bevatten ook artikels met ‘chronic disease’ in naam instituut
Voorbeeld: zie volgende slide
15
Wat kan er fout gaan bij het zoeken? Zoekopdracht: ‘chronic disease’/exp OR ‘chronic disease’ AND ‘quality of life’
De resultaten bevatten ook artikels met ‘chronic disease’ in naam instituut
Voorbeeld:
16
Workshop (1.1 – 1.2)
EMBASE VERSUS PUBMED/MEDLINE
18
Embase versus PubMed/MEDLINEEmbase PubMed/MEDLINE
Eigenaar ELSEVIER (uitgeverij) National Library of Medicine (US)
Inhoud wetenschappelijke artikels; conference proceedings(vanaf 2009); articles in press
wetenschappelijke artikels; articles in press; e-boeken
Troeven - Bevat meer Europese en farmacologische referenties dan PubMed/MEDLINE
- Indexering (gebeurt snel en op 3 niveaus)- Focus op de medicatie en apparatuur
- Abstracten zijn gratis te lezen voor iedereen- Indexering op 2 niveaus- Focus op de pathologie
Unieke records (Embase vs. PubMed/MEDLINE)
Ja Ja
Indexering/Thesaurus Emtree (> termen dan MeSH) - 3x/jaar geactualiseerd
MeSH – jaarlijks geactualiseerd
Filteropties Tijdens en na je search (slimme filters) Tijdens en na je search
Export naar bijv. EndNote Ja Ja
E-mail alerting/RSS Feed Ja Ja
Ondersteunende tools voor opbouw zoekstrategie
Intern: PICO search builder Extern: GoPubMed ; PubReMiner ; MeSHonDemand
19
Coverage en focus van Embase
• 85.000 tijdschriften• 30 miljoen records• > 5000 records worden
dagelijks toegevoegd
20
Indexering is uniek
Iedere databank bevat unieke records◦ Bijv. bepaalde artikelen en tijdschriften (nl. meer dan 6 miljoen referenties in meer dan 2900
tijdschriften) zijn niet in MEDLINE opgenomen, dus kan je uitsluitend via Embase consulteren.
◦ Bijv. de meest recente artikelen in PubMed/MEDLINE zijn nog niet van MeSH trefwoorden voorzien, en vind je dus uitsluitend via PubMed/MEDLINE terug.
Via PubMed.gov
Via embase.com
Waarom zoeken in Embase én PubMed/MEDLINE?
Embase(uniek)
MEDLINEPubMed (niet geïndexeerd)
21
22
Je kan via de filter ‘Sources” kiezen voor om uitsluitend de unieke records in Embase te zien
23
INDEXERING IN EMBASE
24
Indexering in EmbaseManuele indexering
◦ Door indexers met een biomedische achtergrond (op basis van de full tekst)
◦ Duurt gemiddeld 5 dagen
◦ Voor full articles
Automatische indexering◦ Onmiddellijk
◦ Voor Conference Proceedings (permanente indexering) en voor articles in press en articles in process(tijdelijke indexering)
(Major) focus(Key) subheadingsTriple linkage
Voordeel: Emtree termen gebruiken verhoogt de sensitiviteit van je zoekstrategie. De publicaties komen met andere woorden in je zoekresultaten voor, ongeacht de terminologie die de auteurs gebruikt hebben.
25
26
27
furolinfuradantin
ivadantin
2 resultaten3 resultaten 528 resultaten Op 22/2/2017
‘furolin’28
Embase versus PubMedPublicatie
National Library of MedicineElsevier (uitgeverij)
Indexering- MeSH / Major Topic- Subheadings
Indexering- Emtree / Major Focus- Subheadings- Triple linkage
29
EMBASE PubMed/MEDLINE
30
Gele markering = termen uit je zoekopdrachtGroene markering = termen t.g.v. exploderen van Emtree termen
Indexering in Embase: voorbeeld
31
Workshop (2.1 – 2.5)
ZOEKEN IN EMBASE: ALGEMENE TIPS & TRICKS
33
Zoektips in Embase- Booleaanse operatoren: AND, OR en NOT (AND is de default setting)
- Truncatie operatoren: ? (exact 1 karakter); * (meerdere karakters)◦ Voorbeeld: heart attack* ; sul*ur (sulfur, sulphur)
- Proximity operatoren: NEXT/n (exacte volgorde); NEAR/n (volgorde vrij te bepalen)◦ Voorbeeld: Hip NEXT/3 prosthesis => “rheumatoid arthritis, joint surgery, hip or knee prosthesis”
◦ Voorbeeld: Cardiac NEAR/5 catheter => “patients undergoing catheter ablation for cardiac arrhythmias”
- Phrase searching: enkele aanhalingstekens◦ Voorbeeld ‘heart failure’
- Gericht zoeken, zodanig zoektermen uitsluitend in titel, abstract en/of author keywords mogen voorkomen◦ Voorbeeld 'heart failure':ti,ab,kw (via Fields)
- Combinaties◦ Voorbeeld: (symptom* NEAR/5 (headache* OR ‘head ache*’)):ti,ab,kw
34
ZOEKEN IN EMBASE:
TIPS & TRICKS MET FOCUS OP SPECIFICITEIT OF SENSITIVITEIT
35
36
Wide search = sensitieve zoekopdracht
+ je kan een significant deel van de relevante
literatuur vinden
- Je zal ook veel irrelevante referenties hebben
Narrow search = specifieke zoekopdracht
+ resultaten zijn gerichter
- Je zal relevante literatuur missen
Focus op specificiteit
37
Voorbeeld zoekstrategie met focus op specificiteitOnderzoeksvraag: is bewegingstherapie effect bij de behandeling van osteoartritis van de heup?
‘kinesiotherapy’/de
AND
‘hip osteoarthritis’/exp/dm_rh,dm_th
Indextermen Subheadings (disease subheadings: rehabilitation & therapy)
38
Specificiteit van je zoekopdracht ↑- Emtree term niet exploderen (syntax ‘/de’)
- Gebruik van subheadings
- Emtree term: major focus
- Gebruik van Triple linking (uitsluitend bij keysubheadings)
- Veldcodes toevoegen aan de vrije tekstwoorden (bijv. uitsluitend zoeken in titel, abstract en author keywords)
- Limieten toepassen (bijv. species, age groups, gender, article language, date of publication, enz.)
Concept Key subheading
Drug Adverse drug reaction
Drug Drug combination
Drug Drug comparison
Drug Drug interaction
Drug Drug therapy
Device Adverse device effect
Device Device comparison
Disease Drug therapy
Disease Side effect
ind
exe
rin
g
39
Zoekstrategie1. Start in Emtree(Browse > Emtree)
2. Add to Query Builder OF ga naar Drug Search om Drug-specifieke subheadings toe te voegen
40
Zoekvraag: Informatie omtrent de nevenwerking van bepaald medicijn eg. incidentie niertoxiciteit van cisplatine
Subheadings – na de zoekopdracht toevoegen
41
Subheadings – vooraf aan de zoekopdracht toevoegen
42
Drug, Disease en Device search: assisteren gebruikers om specifiek te zoeken naar bepaald aspect van medicijn, ziekte en apparaat dankzij toevoegen van subheadings
Article search & Authors search ≈ Single CitationMatcher in PubMed
Major focus
Specificiteit ↑
43
Triple linking= 3 concepten aan elkaar gekoppeld nl (1) term (drug of device of disease), (2) key subheading(relationship) en (3) linked term (drug of disease)
- Gestart voor drugs in 2007, voor diseases in 2009 en devices in 2014
- Syntax: 'cisplatin'/'adverse drug reaction'/‘nephrotoxicity‘◦ Referenties die nephrotoxiciteit áls bijwerking van ciplatine beschrijven!
Cisplatin Adverse drug reaction Nephrotoxicity
44
45
Triple linking
46
Specificiteit ↑
Veldcodes toevoegen aan vrije tekstwoorden
47
Filteropties
48
Similar records: minstens 2 major termen zijn gemeenschappelijk. Tot max 100 similar records worden getoond. Deze worden gesorteerd op basis van aantal overeenkomstige major termen…Index miner: inspiratietool voor indextermen (op basis van de zoekresultaten)Filter opties
Workshop (3.1 – 3.6)
Focus op sensitiviteit (bijv. systematische review)
50
Voorbeeld zoekstrategie met focus op sensitiviteitOnderzoeksvraag: is bewegingstherapie effect bij de behandeling van osteoartritis van de heup?
‘hip osteoarthritis’/exp OR ((arthritis/de OR osteoarthritis/de) AND (hip/de OR ‘hip pain’/exp)) OR (((‘hip’ OR ‘cox’) NEAR/2 (arthros* OR arthrit* OR artheros* OR osteoarthr*)) OR coxarth* OR ‘malumcoxae senilis’):ab,ti
AND
‘kinesiotherapy’/exp OR exercise/exp OR physiotherapy/exp OR ‘conservative treatment’/de OR (((movement* OR motion OR manual OR phys* OR conservative* OR nonoperat* OR nonsurg* OR non-operative OR non-surgical OR paramedic* OR para-medical OR exercise) NEAR/5 (technique* OR therap* OR treat* OR isokinet* OR isomet* OR management*)) OR kinesitherap* OR kinesiotherapy* OR gymnastic* OR ((muscle* OR muscul*) NEAR/3 train*)):ab,ti
IndextermenVrij tekstwoorden (in titel en abstract)
51
Sensitiviteit van je zoekopdracht ↑- Emtree termen exploderen (syntax ‘/exp’)
- Synoniemen onder de vorm van vrije tekstwoorden opnemen in je zoekstrategie◦ Zie ook PICO search en PV Wizard
52
Start!
53
54
Sensitiviteit ↑
Overzicht zoekmodaliteiten in Embase
55
PICO & PV (Pharmacovigilance) wizard:assisteren gebruikers bij opbouw sensitievezoekstrategie dankzij toevoegen van synoniemen
Workshop (4.1)
Kenniscentrum voor de Gezondheidszorg Gent (KCGG)
Campus UZ - K3 gelijkvloers (ingang 42)
09/332.22.91 (balie)
Nele Pauwels
09/332.24.43
Contact
57
Bijkomende uitgewerkte voorbeeldenAppendix
58
Zoekstrategie in Embase (focus op specificiteit)Informatie omtrent dosering van geneesmiddelen bijvoorbeeld amoxicilline-clavulaanzuur bij intermittentehemodialyse patiënten
59
60
+ aandoening
61
+ emtree term en/of vrij tekstwoord
62
≠ Emtree-tak!
63
Zoekopdracht verder op punt stellen nl. verbreden of verfijnen afhankelijk van de doelstelling, de vraag, de tijd, enz.(cf. sensitiviteit en specificiteit)
64
Zoekstrategie in Embase (focus op specificiteit)Informatie omtrent het gebruik van geneesmiddelen bijvoorbeeld het gebruik van antibiotica bij prostatitis
65
66
Zoekstrategie in Embase (focus op sensitiviteit)Informatie omtrent het gebruik van een lidocaïne-gel bij een scheurwond bij kinderen
67
Voorbeeld 2
68
Zoekstrategie in Embase (focus op sensitiviteit)Evidentie omtrent gebruik van een bepaald medicijn in welbepaalde indicatie bijvoorbeeld Spiriva Respimat tov handihaler bij COPD
69
PICO search
= add all occurences
= add to query
70
Klik om toe te voegen
Aanpassing is mogelijk per synoniem71
72
Zoekstrategie in Embase (focus op sensitiviteit)Evidentie omtrent de behandeling van kinderen met streptokokkenfaryngitis
73
Andere “vormen” van vragen (dan PICO) zijn ook mogelijk. Een AND relatie wordt toegepast tussen de 4 concepten (in dit geval van PICO)
74
Bijv. Analytical equipment of culture medium
75