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Embase中生物医学信息检索

田云桃

Elsevier解决方案经理


• Embase数据库内容介绍

• Embase数据库中的基本检索

• Embase数据库中的高级应用介绍• 如何利用Embase数据库进行生物医学相关文献和会议内容的查询

• 如何利用Embase数据库支持循证医学系统评价的研究

• 如何利用Embase数据库进行药物警戒追踪

• 如何利用Embase数据库进行药物与疾病相关文献的查询

• Embase检索小结

2

提纲


• Elsevier公司出品的，荷兰医学文摘的Online Database

• 源自70个国家，超过8600种期刊

• 完全包含Medline

• 有2800种期刊在Medline数据库上无法检索到

• 尤其是那些在北美以外国家的期刊

• 包含会议资源

• 2009年以后新增

• 每年有来约7000个会议的超过295万条的会议摘要

• 基于Emtree词库的索引

• MeSH的2.5倍

• 深入的词库索引

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Embase数据库简介介绍

Embase.com~ 3180万篇文献

8600 种期刊

MEDLINE

~ 2300万文献5600 种期刊

PubMed ~ 2500万篇文献

1. Emtree收录 > 73,000个词汇，约为MeSH 的 2.5 倍

2. 每年更新 3 次

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Embase收录的文献领域…

药理学&毒理学12%

临床医学11%

遗传学, 生化 & 分子生物学10%

神经病& 行为医学 8%

微生物& 传染病学 7%

心脏病 & 血液学6%

精神病& 精神卫生学 6%

肿瘤学5%

Healthcare Policy & Management 4%

过敏& 免疫学 4%

儿科学4%

内分泌& 代谢学3%

产科& 妇科学3%

生物医学工程 & 医疗器械 3%

麻醉& 重症监护学 3%

肠胃病学2%

呼吸道医学 2%

肾脏& 泌尿学2%

皮肤病学2%

其他学科28%

Including public health, basic biomedical

MEDLINE 包含公共卫生、基础生物医学以及

Medline包含的学科领域


Embase中的亚洲期刊

Country Embase (total) MEDLINE Unique in Embase

India 244 47 197

Japan 215 152 63

China 162 91 61

South Korea 72 27 45

Pakistan 34 5 29

Singapore 31 11 20

Taiwan 15 4 11

Hong Kong 18 3 15

Bangladesh 11 3 8

Malaysia 10 4 6

Nepal 7 5 2

Thailand 6 4 2

Indonesia 2 1 1

Sri Lanka 2 1 1

Philippines 2 1 1


Embase每年非英文文献的收录（2016）

Language Embase (per year) MEDLINE (per year) Unique in Embase

English ** 1,413,745 623,018 790,727

Chinese 23,798 13,675 10,123

French 12,094 6,170 5,924

Spanish 12,333 4,273 8,060

Japanese 6,703 5,010 1,693

Russian 5,522 3,979 1,543

Portuguese 2,718 1,493 1,225

Polish 1,712 982 730

Turkish 1,534 421 1,113

Korean 364 146 360


Emtree and MeSH: how do we compare?

• 使用自然语言的断词技术

• 75,000 词条

• 320,000 同义词

• 包含MeSH词汇

• 每年3次更新，包括最新的药，疾

病等

• 医学相关的副主题词

• 断词时可能被打断（机器识别缘故）

• 27,883 副主题词

• 232,000 辅助概念

• 1年1更新

“Emtree really helps me because if I find an interesting paper, I can review similar papers through the terms of the entry. Compared to the way of searching in other tools, it’s much easier.”

Dr. Federico Aletti, Research Fellow at the Politecnico Di Milano

“Embase Indexing... is amazing” Medical Affairs from Top 10 Pharma









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提纲


• www.embase.com

9

Embase登录界面

基本检索模块

• 快速检索• PICO• PV Wizard• 高级检索• 药物检索• 疾病检索• 器械检索• 文献检索• 作者检索

浏览模块

• Emtree检索• 期刊检索


• 利用布尔运算符可以将多个词语进行连接• and， or，not

• near/n, next/n

10

Embase中的词语连结

NEAR，不考虑前后两个词语的顺序NEXT，需要考虑顺序


Embase中的Emtree浏览

Tips:

Find Term可以直接输入

概念，系统将自动匹配Emtree,


Index Minner

Index Minner允许用户查看所

有的索引词，关键可以让使用者按照一定的方式找到索引词


2017年新功能—Find similar records

Similar检索

• 按照文献中major focus的索引词，进行组合检索

• 给出Top 100的记录









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提纲


• 检什么

• 检哪里

• 怎么检

15

基本检索的步骤

1

2

3


• 检索和CDK4/6靶点相关的文献

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案例1：

Tips：1. 选择检索范围2. 涉及多个检索项的时候，需要考虑之间的关系3. 直接输入CDK，系统可以给出Emtree中相关词汇，


获得结果

Tips：

可以利用这里更多的工具，获得更加精准的文献。


Maping工具的使用

Embase mapping options

Map to preferred term in Emtree 用Emtree中匹配的词去检索Index Term部分

Search also as free text in all fields 用输入的词检索所有字段

Explode using narrower Emtree terms 用Emtree中匹配的词以及这些词的下位词检索Index Term部分

Search as broadly as possible Emtree的词，下位词，同义词，Free Text检索所有字段

Limit to terms indexed in articles as “major focus”:

将检索词锁定在Major Focus部分

Tips：

通过不同的匹配度进行结果的扩展或者精炼


Major Focus结果

Tips：Embase将所有的检索历史列举

在接口，可以随时查看，方便结果集之间的逻辑关系

可以通过Filter工具

进一步对结果进行筛选


Filter工具的使用

Tips：1. Embase能帮助检索到很多

Medline检索不到的文献2. Study Tpye分析，帮助获得文

献涉及的最直接的研究方向。


更多的Filter工具—Diseases

Tips：1. Disease分析，帮助从疾病领域出

发，对文献进行筛选，获得这个靶点可能从事的疾病的研究

2. 在Subheading中可以获得更加细节

性的内容，包括药物治疗，不良反应等，

3. 一些在研/上市的药物名称也可以通过这种方式获得。


更多的Filter工具—Drugs

Tips：1. 进一步的Durg分析可以从药物的角度帮助获得

文献中涉及到的药物不良反应，药物联用，药物比较等细节性的内容

2. 所有的检索，筛选历史全部位于History的部分，用于掌握结果的检索逻辑。


其中的一条记录

Tips：打开记录可以看到记录中更加详细的内容


文献中的细节性信息

细节信息解读：

1. Palbociclib，在文献中提

到过的不良药物反应，关节痛，疲劳，潮热，恶心，中性粒细胞减少

2. Palbociclib，涉及的药物

联用，氟维司群，来曲唑，曲妥珠单抗等

3. 治疗领域，BC，ER+ BC


• 检索2016年ASCO会议中的报导

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案例2：


输入会议名称

建议输入会议的完整名称


检索到的结果

Tips：1. 可以利用左侧分析工具进行过滤筛选2. 也可以利用Embase对于结果集的组合进行筛选，考虑，如何从当前结果集中筛

选出Bladder Cancer有关的报导


重新做一次关于Bladder Cancer的检索

Tips：

直接通过单前页面，进行Bladder Cancer的

检索，添加引号，并选择Major Focus，


对已经检索到的2个结果集进行逻辑操作

Tips：

1. 通过History处可以直接对结果集进行逻辑操作，2. 逻辑操作后的结果集亦可看到检索历史来源


最后的结果

从Source的分析可以看到，Medline中没有任何会议相关记录









31

提纲


• 循证医学的核心是证据，而其最鲜明的特点是对证据质量进行分级。Embase涵盖了从病例研究、队列研究、RCT、再到SR的高质量证据等级

32

Embase对于循证医学研究的重要性—证据


• 没有Embase，SR将会是不全面，有风险的

33

Embase对于循证医学研究的重要性—全面

0

5000

10000

15000

20000

2001 2003 2005 2007 2009 2011 2013 2015

Referencing Embase

All SR's

The Growing Importance of Systematic Reviews


循证医学和系统评价的关键因素

提出问题搜寻证据评估证据得出结论后效评价

Embase.com

MEDLINE

1. 选择关键词

2. 构建搜寻指令

3. 查找文献

4. 判断证据等级

PICOS

P = Patient

I = Intervention

C = Comparison/control

O = Outcome


Embase中的PICO模块说明快速建立检索式

Tips：

Embase中的PICO检索

能帮助用户通过最直观的检索途径进行全面的文献调研

Population, Patient, Problem

Intervention

Comparison

Outcome


• PICO检索下面的相关文献• 使用 SSRI (选择性血清素回收抑制剂) 治疗抑郁症儿童或青少年是否会增加其自杀风险?

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案例3：

Browse Emtree Patient Intervention Comparison Outcomes

depression SSRI Suicide

交集 PICO 或多个关键词

(筛选研究类型)


PICO检索构建—Step 1 搜索范围的定义

Tips：搜索范围的定义，也可以针对每个字段进行定义


PICO检索构建—Step 2输入PICO所有的检索条件

Patient Intervention Comparison Outcomes

depression SSRI Suicide

每一个字段在输入的时候都可以调整检索范围


PICO检索构建—Step 2全部条件输入后的结果


检索到的结果

使用Filter进行过滤


结果处理—添加更多的条件

Tips：

Age的选项不只是年龄的数据，


更多的用于循证医学的筛选

Tips：

1. Embase直接给出了专门用于EBM的筛选，可以快速用于CR，SR，Meta分析方面文献的获得

2. 更多零散方面的证据可以通过Study Type来获得，如Case Report，Cohort Analysis等


最后的结果


检索策略的输出


检索结果的输出

支持多种结果的输出，可以导入到各种文献管理软件中。









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提纲


案例4：药物警戒追踪

Tips：

PV Wizard用于

监控药物上市后的的不良反应


• 检索吉非替尼上市后的不良反应

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检索步骤—输入药品名称

只需要输入药品名称


检索步骤—Next添加同义词

如果不需要，可以关闭


Next，Next，Next

时间的设定


最后的结果与提醒设置

药物警戒的提醒设置









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提纲


• 检索Opdivo的相关文献

53

案例5

进入药物模块检索，Embase会直接匹配Emtree中的字段


Mapping的选择


Major Focus的结果


Filter工具的使用

如何获得和药物临床有关的文献？Filter By Study Types


其中的一条结果

细节性内容：1. 安全性，活性2. 开放标签，单臂，多中心II期实验3. 剂量3mg/Kg，2周一次注射，一共6周


利用History返回最初的结果集

Tips：

利用Subheadings，或者Diseases过滤可以获得更多细节性内容


继续使用Filter工具获得和Opdivo药物联用的文献


最后的结果


比较一下接下来的2张片子上的数据（Page 1)

Searching Steps:

1. Drug Search Opdivo，Major focus2. Subheadings过滤拿到201篇和Drug Combination的文献


比较一下接下来的2张片子上的数据（Page 2)

Searching Steps:

1. Drug Search Opdivo，Major focus2. Drug选择Opdivo过滤拿到122篇和Drug Combination的文献









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提纲


• Embase中完全包含Medline的内容，

• Embase中还包含更多的会议记录，以及更多的非英文文献

• Embase中拥有强大的Emtree索引词库，说明使用者能更加精准的找到文献

• Embase的Drug，Disease，PICO等检索模块，能帮助用户在最短时间内，创建最精准的检索式

• Embase的强大过滤工具，能帮助用户通过不同的手段进行文献方面的筛选和过滤

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Embase检索小结


田云桃

Elsevier解决方案咨询师

电话：15921496465

Email：[email protected]

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