erratum suite à mon retard les diapositives sont celles présentées en cours. les numéros ne se...
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Erratum suite à mon retard
Les diapositives sont celles présentées en cours. Les numéros ne se suivent pas forcément puisque j’ai du en passer quelques unes sous silence faute de temps.
Encore désolé pour ce contretemps!!! Seules les diapos vues en cours peuvent
donner lieu à des questions au concours
Bon courage et à lundi 8h00!!!
Enzymes
1. Généralités
2. Classification
3. Cinétique enzymatique
4. Effecteurs de l’activité enzymatique
5. Isoenzymes
6. Le site actif
7. Régulation de l'activité enzymatique
8. Utilisation des enzymes en Biologie49
5. Les isoenzymes
Protéines différentes qui catalysent la même réaction biochimique Gènes différents (ex malate déshydrogénase) Composition en sous-unités différentes (ex
lactate déshydrogénase) Différences fonctionnelles
Affinité Propriétés immunologiques…
Comportement électrophorétique50
M4
M3H
M2H2
MH3
H4
Cœur, rein
Foie, muscle
Globules blancs, cerveau
Cerveau, globules rouges
Lacticodeshydrogénase (LDH)CH3-CHOH-COOH + NAD+ ↔ CH3-CO-COOH + NADH + H+
a. lactique a. pyruvique 51
Enzymes
1. Généralités
2. Classification
3. Cinétique enzymatique
4. Effecteurs de l’activité enzymatique
5. Isoenzymes
6. Le site actif
7. Régulation de l'activité enzymatique
8. Utilisation des enzymes en Biologie52
6. LE SITE ACTIF
6.1. Topologie du site actif C'est un entité tridimensionnelle Il correspond habituellement à une fissure ou une
crevasse Il occupe une part réduite du volume de l'enzyme Dans l'interaction avec le substrat, il y a mise en œuvre
d’interactions faibles non covalentes : Groupes de contact Groupes auxiliaires Groupes indifférents
La liaison du substrat est stéréospécifique
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Deux éléments site de liaison :reconnaissance et maintien du substratpar des interactionsFaibles site catalytique :
intervention d’acides aminés ayant des potentialités réactives His, Ser, Asp, Glu, Tyr, Lys, Cys
Bouclecatalytique
Liaison dusubstrat
6.1 topologie du site actif
54
6.1 topologie du site actif
Site catalytiqu
e
Site de liaison
Enzyme Substrat
55
6.2. Ajustement induit
ATP ADP
Glucose Glucose 6 phosphate
Exemple : l’hexokinase
FERMEOUVERT
Domaine 1
Domaine 2
Glucose
57
6.3. Interactions enzyme - substrat
Pas de liaison covalente (hors réaction ES ->P) Interactions ioniques
Asp, Glu, Arg, Lys Interactions hydrogène
Ser, Thr, Asp, Glu, Asn, Gln, Arg, His, Lys, Tyr, Trp Transfert de charge
Phe, Tyr, Trp
E + S k -1
k1ES
58
Ser 82
Arg 83
Glu 92
Thr 127
Ser 128
6 interactionshydrogène
1 interactionionique
EXEMPLE : LIAISON DE L’AMPc
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7. REGULATION
pourquoi ? Économie - Adaptation notion de :
voie métabolique : linéaire ou cycle
étape limitante : vitesse la plus faible quantité enzyme et état conformationnel
64
7. REGULATION
7.1. Contrôle génétique de la synthèse des enzymes
InductionRépression
7.2. Modification structurale de l’enzyme
E1
E2
E Ei a
65
7.2. Régulation par modification structurale de l’enzyme
7.2.1. Systèmes réversibles Phosphorylation (Ser, Thr, Tyr)
PPi
Enz—Tyr—OH Enz—Tyr—O—AMP
ATP
R—CH3 R
Enz—Glu—COOH Enz—Glu—CO—O—CH 3
NAD Nicotinamide
Enz—Arg—ribosyl—ADPEnz—Arg
Adénylation (Tyr)
Méthylation (Glu)
ADN ribosylation (Arg, Asn, Lys, Cys)
ADP
Enz—Ser—OH
ATP
Enz—Ser—O—PO3H2Kinase / phosphatase
adénylase / désadénylase
carboxyméthyltransférase
monoADPribosyltransférase 66
7.2. Régulation par modification structurale de l’enzyme
7.2.2. Systèmes
irréversiblesProtéolyse d’un
précurseur (zymogène)
Etat inactif
Site de coupure
Coupure
protéolyt.
Catalyse 67
7.3. Régulation au niveau du site catalytique
7.3.1. En fonction de KM et de [S]
7.3.2. Inhibiteurs et activateurs Inhibition par le produit de la réaction Limitation de la vitesse par [S] et [coenzyme] Limitation de vitesse si plusieurs enzymes
différentes
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7.4. Régulation
7.4.1. Inhibition par le produit final
7.4.2. Activation par le précurseur
7.4.3. Activation ou inhibition par des métabolites
A B C D PE1 E2 E3 E4 E5
E
A B C D PE1 E2 E3 E4 E5
E
+
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Propriétés des enzymes
les enzymes sont des protéines les enzymes sont des catalyseurs les enzymes sont spécifiques les enzymes sont thermosensibles les enzymes sont pH dépendantes les réactions catalysées sont réversibles l'activité enzymatique est régulée
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