estructura primaria del los ácidos nucleicos - urv.cat llibre qualitat... · 1,3 bifosfoglicerato...
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enlace 3’-5’ fosfodiéster
enlace 3’-5’ fosfodiéster
enlace 3’-5’ fosfodiéster
N
NN
N
NH2
O
HO
HHH
CH2
H
PO
O
O-NH
N
N
O
NH2NO
H
HHH
CH2
HO
PO
O
O-
O
H
HH
H
H2C
H
N
N
NH2
O
O
PO
O
O-
O
H
HH
H
CH2
H
HN
N
O
O
OH
PO
O
O-
O-
Adenina (A)
Guanina (G)
Citosina (C)
Timina (T)
Extremo 3’ (con -OH libre)
Extremo 5’ (fosforilado)
Estructura primaria del los ácidos nucleicos
N
NN
N
H2N
O
HO
H
H
H
CH2
H
PO
-O O
NH
N
N O
NH2
NO
H
H
H
H
CH2
H
O
PO
-O O
O
H
H
H
H
CH2
H NN
NH2
O
O
PO
-O O
O
H
H
H
H
CH2
HNH
N
O
O
O
PO
-O O
O
NN
N
NNH2
O
HO
H
H
H
H2C
H
PO
O-O
NH
N
NO
H2N
N O
H
H
H
H
H2C
H
O
PO
O-O
O
H
H
H
H
H2C
HN N
H2N
O
O
PO
O-O
O
H
H
H
H
H2C
HNHN
O
O
O
PO
O-O
O
extremo 5’
extremo 3’
(A)
(T)
(G)(C)
(A)
(T)
(G)
(C)
extremo 5’
extremo 3’
Estructura de una doble hebra de DNA
surco menor
surco mayor
0.33 nm
3.4 nm
36°
2.37 nm
Modelo de Watson y Crick
N
NN
N
NO
N
N
N
O
H
H
H
H
H
N
NN
NNH3C
N
N
O
O
HH
H
1.08 nm
1.08 nm
C1’
C1’C1’
C1’
(G)(C)
(T) (A)
A-DNA
B-DNA
Z-DNA
Muy estrecho y profundo
estrecho y bastante profundo
muy amplio y poco profundo
Surco menor
planoancho y bastante profundo
estrecho y muy profundo
Surco mayor
81°89°71°Inclinación de las bases
anti- para C y Tsin- para G
anti-anti-enlace glicosídico
18,423,725,5diametro (Å)
-51° G-C-8,5° C-G
36°33°rotación por pb
0,35 G-C0,41 C-G
0,340,29altura por pb (nm)
1210,411pb por vuelta
levogirodextrogirodextrogirogiro
Z-DNAB-DNAA-DNA
Comparación entre los tipos de DNA
N
N
O O
N
N
N
NNH2
N
N
N
NH2N
N
N
N
N H2N
NH
N
O
O
N
N
N
N NH2
H3C
NH
N
O O
+CH3
N
N
H2N
O
NH2NH
N
N
N
O
NH2
NH
N
N
N O
H3C+
m22G26-A44
A23-U12-A9
G22-C13-m7G46
G15-C48
T54-m1A58 A14-U8
Lazo anticodón
Extremo aceptor
Lazo anticodón
Lazo DHU
Lazo TyC
Extremo aceptor
Punto de unión del aminoácido
Punto de unión del aminoácido
Extremo 5’fosforilado
Lazo DHULazo TYC
Brazo adicional(variable)
Lazo DHUmI
UH2 mG
5’-P
UH2
UH2m2G
Reacciones de hidrólisis de compuestos fosforilados
glicerol 1-fosfato Æ glicerol + PiAMP Æ adenosina + Pi
ATP Æ ADP + Pi ATP Æ AMP + PPi
PPi Æ 2 Pi
creatinina fosfato Æ creatinina + Pi1,3 bifosfoglicerato Æ glicerol 3-fosfato + Pi
fosfoenolpiruvato Æ piruvato + Pi
∆G°’ (kJ/mol)
-10-14
-31
-33
-43-49
-62
Conformación C2 endo y C3 endo de la ribosa
N
N N
N
N
CH3N
N
O
O
H H
N
N
N N
N
O
N
N
N
O
H
H
H H
H
H
A G
T C
Aceptores y dadores de hidrógeno en las bases nitrogenadas
Patrones de difracción de rayos X del DNA
A-DNA cristalino B-DNA semicristalino
DNA circular y superenrollado
DNA circular relajado
DNA circular superenrollado (“supercoiled”)
Procesamiento del precursor de rRNA en E. coli
Procesamiento del mRNA en eucariotas
rRNA 16S
rRNA 23S
rRNA 5S
tRNA
tRNA
M16M23
M5
RNAsa IIIRNAsa III
gen
exón 1 exón 2 exón 3 exón 4 exón 5 exón 6 exón 7
intrón 1 intrón 2 intrón 3 intrón 4 intrón 5 intrón 6
transcripción
ayuste (eliminación de intrones)
Modificación de los extremos del mRNA
poli ACAP
Nucleótidos infrecuentes en los RNAs
HN
N N
N
O
OCH2HO
OH OH
Inosina(I)
HN NH
O
OCH2HO
OH OH
pseudouridina (Y)5-(ß1'-ribosil)uracilo
O
HN
N
O
OCH2HO
OH OH
5-metiluridina(ribotimidina, T)
O
CH3HN
N
O
OCH2HO
OH OH
dihidrouridina(D, DHU, UH2)
O
N
N N
N
O
OCH2HO
OH OH
1-metilguanosina(m1G, Gm)
H2N
H3CN
N N
N
NH2
OCH2HO
OH OH
H3C
1-metiladenodina(m1A, Am)
Formación de dímeros de timina
NNH
O
O
CH3
NNH
O
O
CH3
NNH
O
O
CH3
NNH
O
O
CH3
UV