gag 580 pol 590 vif 608 vpr 612 tat 614 rev 616 vpu 618 ...a.se.se8538 af069669 gag nef pol tat vpr...
TRANSCRIPT
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HIV-1/SIVcpz 571
HIV
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IVcp
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eins
HIV-1/SIVcpz proteins
Introduction ....................................................................................................................................... 571
Table of HIV-1/SIVcpz protein alignments ...................................................................................... 574
Gag .................................................................................................................................................... 580
Pol ...................................................................................................................................................... 590
Vif ...................................................................................................................................................... 608
Vpr ..................................................................................................................................................... 612
Tat ...................................................................................................................................................... 614
Rev ..................................................................................................................................................... 616
Vpu .................................................................................................................................................... 618
Env ..................................................................................................................................................... 620
Nef ..................................................................................................................................................... 636
IV
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HIV-1/SIVcpz572
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Construction of HIV-1/SIVcpz protein alignments
The number of full-length gene sequences is still growing rapidly for all genes. The envelope masteralignment now contains 307 full-length sequences. For the purposes of the printed alignments, we havehad to limit the number of sequences dramatically. Here we list the criteria we have followed to makethe selection.
First, we have decided to end the supremacy of the B clade sequences. More than half (198, to be precise)of the full-length envelope sequences are still subtype B, though the contribution of other subtypes isincreasing. We have tried to balance the number of representatives of all subtypes in these alignments.For this, we had to make a heavy selection on subtype B sequences. We have tried to include as many“classical” sequences as possible. A lot of follow-up work has been done based on lab strains such asHXB2, MN, SF2, and JR-CSF/JR-FL, so these strains are included in the alignments. Furthermore, withinsubtype B we have tried to represent sequences from diverse geographical origins, so as to represent abroad spectrum of variants. In the case of subtype B, this means that we have included African, Asianand Brazilian variants along with the “Western” strains. For sequences from non-B subtypes, we haveselected a few representative sequences from each dataset, again with an eye on maintaining geographicaldiversity. When possible we have left all representatives of group O in the alignment, as these sequencesare much more genetically diverse than any single M-group subtype.
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HIV-1/SIVcpz 573
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Explanation of Symbols in Alignments
Symbol Meaning
Alignment symbols
? in consensus no majority-rule consensus could be determined at this positionx nucleotide missing from codon# frameshift, or codon contains N or illegal character$ stop codon
Annotation symbols
|- -| domain boundaries/ protein start point\ protein end point\/ splice site or exon join-> start of overlapping coding region
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574 HIV-1/SIVcpz Proteins
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Name Accession Region Author Reference
A.BY.97BL006 AF193275 VPR Liitsola, K ARHR 16(11):1047–53 (2000)A.CD.97DC-KMST91 AJ401040 ENV Vidal, N J Virol 74(22):10498–10507 (2000)A.CD.HIM401034 AJ401034 ENV Vidal, N J Virol 74(22):10498–10507 (2000)A.FI.FIN91121 AF219261 VPU Liitsola, K Scand J Infect Dis 32(5):475–480 (2000)A.FI.FIN9199 AF219265 ENV Liitsola, K Scand J Infect Dis 32(5):475–480 (2000)A.FR.HIV232956 AJ232956 NEF Jubier-Maurin, VARHR 15(1):23–32 (1999)A.KE.K89 L22943 ENV Louwagie, J J Virol 69(1):263–271 (1995)A.RW.PVPI L07082 ENV Bex, F Unpublished (1992)A.SE.SE7535 AF069671 GAG POL REV TAT VIF Laukkanen, T AIDS 13(14):1819–1826 (1999)
VPRA.SE.SE8538 AF069669 GAG NEF POL TAT VPR Laukkanen, TAIDS 13(14):1819–1826 (1999)A.SE.SE8891 AF069673 GAG NEF VPR Laukkanen, TAIDS 13(14):1819–1826 (1999)A.SE.UGSE8131 AF107771 GAG NEF POL REV VIF Laukkanen, TAIDS 13(14):1819–1826 (1999)
VPR VPUA.UA.ukr970063 AF082486 ENV Liitsola, K AIDS 12(14):1907–1919 (1998)A.UG.U13-2 X91354 VIF Wieland, U J Gen Virol 78:393–400 (1997)A.UG.UG275A L22951 TAT Louwagie, J J Virol 69(1):263–271 (1995)A1.KE.Q23-17 AF004885 ENV GAG NEF POL REV Poss, M J Virol 72(10):8240–51 (1998)
TAT VIF VPR VPUA1.SE.SE7253 AF069670 GAG POL REV TAT VIF Laukkanen, TAIDS 13(14):1819–1826 (1999)
VPR VPUA1.UG.92UG037 U51190 ENV GAG NEF POL REV Gao, F J Virol 70(3):1651–1657 (1996)
TAT VIF VPR VPUA1.UG.U455 M62320 ENV GAG NEF POL REV Oram, JD ARHR 6(9):1073–1078 (1990)
TAT VPR VPUA2.CD.97CDKFE4 AF286240 POL VIF Gao, F ARHR 17(8):675–688 (2001)A2.CD.97CDKS10 AF286241 ENV REV TAT VIF VPU Gao, F ARHR 17(8):675–88 (2001)A2.CD.97CDKTB48 AF286238 ENV GAG NEF REV TAT Gao, F ARHR 17(8):675–688 (2001)
VIF VPUA2.CY.94CY017-41 AF286237 ENV GAG NEF POL REV Gao, F ARHR 17(8):675–688 (2001)
TAT VIF VPUB.AU.1052D1 AF133402 VPR Naif, HM J Virol 73(6):4866–4881 (1999)B.CN.RL42 U71182 ENV GAG NEF POL REV Graf, M ARHR 14(3):285–288 (1998)
TAT VIF VPR VPUB.DE.D31 U43096 GAG NEF POL TAT Kreutz, R ARHR 8(9):1619–1629 (1992)B.ES.89SP061 AJ006287 GAG NEF TAT Olivares, I ARHR 14(18):1649–1651 (1998)B.FR.HXB2 K03455 ENV GAG NEF POL REV Wong-Staal, F Nature 313(6000):277–284 (1985)
TAT VIF VPR VPUB.GA.OYI M26727 ENV GAG NEF POL REV Huet, T AIDS 3(11):707–715 (1989)
TAT VIF VPR VPUB.GB.CAM1 D10112 POL VPR McIntosh, AAG PhD dissertation, University of
Cambridge (1989)B.IN.AF316095 AF316095 VPR Halani, N ARHR 17(7):637–642 (2001)B.IN.IND-P35 Y15122 NEF Ahmad, KM ARHR 14(16):1491–1493 (1998)B.IT.B-IT-R5 AF147737 NEF Catucci, M J Med Virol 60(3):294–299 (2000)B.JP.JH31 M21137 GAG Komiyama, N ARHR 5:411–19 (1989)B.JP.JH32 M21138 ENV Komiyama, N ARHR 5:411–19 (1989)B.JP.KK51-1 D70887 VIF Tominaga, K ARHR 12(16):1543–1549 (1996)B.JP.PT1-01 AB034578 VPU Yamada, T Arch Virol 145(5):1021–7 (2000)B.JP.PT7-2 AB034558 VPR Yamada, T Arch Virol 145(5):1021–7 (2000)B.KR.WK AF224507 GAG NEF POL REV TAT Cho, YK Unpublished
VIF VPR VPUB.MM.MCSW12 AB043906 VPR Motomura, K ARHR 16(17):1831–1843 (2000)B.TH.93TH067 U39258 ENV Penny, MA ARHR 12(8):741–747 (1996)B.TH.AF082839 AF082839 NEF Vallejo, A AIDS 13(4):532–4 (1999)
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575HIV-1/SIVcpz Proteins
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B.TW.TWCYS AF086817 GAG NEF POL REV TAT Huang, LM UnpublishedVIF VPR VPU
B.US.JRCSF M38429 VPR VPU O’Brien, WA Nature 348:69–73 (1990)B.US.JRFL U63632 ENV GAG NEF POL REV O’Brien, WA Nature 348:69–73 (1990)
TAT VIFB.US.MNCG M17449 ENV GAG NEF POL REV Gurgo, C Virology 164(2):531–536 (1988)
TAT VIF VPR VPUB.US.RF M17451 ENV GAG NEF POL REV Starcich, BR Cell 45(5):637–648 (1986)
TAT VIF VPUB.US.SF2 K02007 ENV GAG NEF POL REV Sanchez- Science 227(4686):484–492 (1985)
VIF VPR VPU Pescador, R.C.BR.92BR025 U52953 GAG NEF POL REV TAT Gao, F J Virol 70(3):1651–1667 (1996)
VIF VPR VPUC.BR.98BR004 AF286228 ENV NEF POL TAT Rodenburg, CMARHR 17(2):161–168 (2001)C.BW.96BW01B03 AF110959 POL Novitsky, VA J Virol 73(5):4427–32 (1999)C.BW.96BW01B21 AF110960 REV VIF VPR Novitsky, VA J Virol 73(5):4427–32 (1999)C.BW.96BW01B22 AF110961 GAG TAT Novitsky, VA J Virol 73(5):4427–32 (1999)C.BW.96BW0402 AF110962 ENV NEF POL TAT VPU Novitsky, VA J Virol 73(5):4427–32 (1999)C.DJ.DJ373A L23065 REV TAT Louwagie, J J Virol 69(1):263–271 (1995)C.ET.ETH2220 U46016 ENV GAG NEF POL REV Salminen, MOARHR 12(14):1329–1339 (1996)
TAT VIF VPR VPUC.FI.FIN9126 AF219262 ENV Liitsola, K Scand J Infect Dis 32(5):475–480 (2000)C.IL.98IS002 AF286233 ENV GAG NEF POL REV Rodenburg, CMARHR 17(2):161–168 (2001)
TAT VIF VPR VPUC.IN.93IN101 AB023804 ENV GAG NEF REV TAT Mochizuki, N ARHR 15(14):1321–1324 (1999)
VPUC.IN.93IN999 AF067154 POL VPR Lole, KS J Virol 73(1):152–160 (1999)C.IN.94IN11246 AF067159 VIF VPR Lole, KS J Virol 73(1):152–160 (1999)C.IN.94IN476 AF286223 NEF Rodenburg, CMARHR 17(2):161–168 (2001)C.IN.95IN21068 AF067155 GAG POL REV TAT VIF Lole, KS J Virol 73(1):152–160 (1999)
VPRC.IN.98IN012 AF286231 GAG NEF POL REV TAT Rodenburg, CMARHR 17(2):161–168 (2001)
VPUC.IN.98IN022 AF286232 VIF Rodenburg, CMARHR 17(2):161–168 (2001)C.IN.IND-P728-2 Y15117 NEF Ahmad, KM ARHR 14(16):1491–1493 (1998)C.MY.AB043903 AB043903 VPU Motomura, K ARHR 16(17):1831–1843 (2000)C.SO.SO145A L22946 ENV REV VPU Louwagie, J J Virol 69(1):263–271 (1995)C.TZ.98TZ013 AF286234 ENV GAG NEF POL REV Rodenburg, CMARHR 17(2):161–168 (2001)
TAT VIFC.TZ.98TZ017 AF286235 GAG NEF POL TAT VPR Rodenburg, CMARHR 17(2):161–168 (2001)
VPUC.UG.UG268A2 L22948 ENV REV VPU Louwagie, J J Virol 69(1):263–271 (1995)C.ZA.97ZA012 AF286227 GAG NEF POL REV TAT Rodenburg, CMARHR 17(2):161–168 (2001)
VPR VPUC.ZA.AF325763 AF325763 VIF Scriba, TJ ARHR 17(8):775–81 (2001)C.ZM.96ZM651 AF286224 GAG NEF POL REV TAT Rodenburg, CMARHR 17(2):161–168 (2001)
VPRC.ZM.96ZM751 AF286225 GAG NEF POL VIF Rodenburg, CMARHR 17(2):161–168 (2001)D.CD.84ZR085 U88822 ENV GAG NEF POL REV Gao, F J Virol 72(7):5680–98 (1998)
TAT VIF VPR VPUD.CD.ELI K03454 ENV GAG NEF POL REV Alizon, M Cell 46(1):63–74 (1986)
TAT VIF VPR VPUD.CD.JY1 J03653 ENV Yourno, J ARHR 4:165–173 (1988)D.CD.NDK M27323 ENV GAG NEF POL REV Spire, B Gene 81:275–284 (1989)
TAT VIF VPR VPUD.CD.Z2Z6 M22639 GAG POL REV TAT VIF Srinivasan, A Gene 52:71–82 (1987)
VPRD.CI.CI13 AJ277820 ENV Beirnaert, E Virology 281(2):305–14 (2001)
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576 HIV-1/SIVcpz Proteins
HIV
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D.DE.K23DE AF233690 VIF Kuhn, J UnpublishedD.FI.FIN93167 AF219271 VPU Liitsola, K Scand J Infect Dis 32(5):475–480 (2000)D.FI.FIN93178 AF219272 ENV REV VPU Liitsola, K Scand J Infect Dis 32(5):475–480 (2000)D.JP.PT14-5 AB034542 VPR Yamada, T Arch Virol 145(5):1021–7 (2000)D.SN.SE365A2 L22945 ENV REV TAT VPU Louwagie, J J Virol 69(1):263–271 (1995)D.TZ.87TZ4622 U65075 ENV Robbins, KE ARHR 12(14):1389–1391 (1996)D.TZ.TZ005 U12406 VPU Siwka, W ARHR 10(12):1753–1754 (1994)D.UG.94UG1141 U88824 GAG NEF POL REV TAT Gao, F J Virol 72(7):5680–98 (1998)
VIF VPR VPUD.UG.U18-0 X91355 VIF Wieland, U J Gen Virol 78:393–400 (1997)D.UG.U25-6 X91361 VIF Wieland, U J Gen Virol 78:393–400 (1997)D.UG.U36-0 X91363 VIF Wieland, U J Gen Virol 78:393–400 (1997)D.UG.UG266A2 L22947 VPU Louwagie, J J Virol 69(1):263–271 (1995)D.UG.UG269A L22949 REV Louwagie, J J Virol 69(1):263–271 (1995)D.UG.UG274A2 L22950 REV TAT Louwagie, J J Virol 69(1):263–271 (1995)D.UG.WHO15-474 U36886 ENV Douglas, NW AIDS 10(1):39–46 (1996)F1.BE.VI850 AF077336 ENV GAG NEF POL REV Laukkanen, T Virology 269(1):95–104 (2000)
TAT VPR VPUF1.BR.93BR020-1 AF005494 ENV NEF POL REV TAT Gao, F J Virol 72(7):5680–98 (1998)
VIF VPR VPUF1.BR.BZ162 L11751 GAG Louwagie, JJ AIDS 7:769–780 (1993)F1.CD.VI174 L11782 GAG Louwagie, JJ AIDS 7:769–780 (1993)F1.DE.AF200475 AF200475 VIF Kuhn, J UnpublishedF1.FI.FIN9363 AF075703 NEF POL REV TAT Laukkanen, T Virology 269(1):95–104 (2000)F1.FR.MP411 AJ249238 ENV NEF POL REV TAT Triques, K ARHR 16(2):139–151 (2000)
VIF VPR VPUF1.RW.VI69 L11796 GAG Louwagie, JJ AIDS 7:769–780 (1993)F2.CM.CA20 AJ277824 ENV Nyambi, PN J Virol 70(9):6235–6243 (1996)F2.CM.CM53657 AF377956 ENV NEF POL REV TAT Carr, JK Virology 286(1):168–181 (2001)
VIF VPR VPUF2.CM.HIV232985 AJ232985 NEF Jubier-Maurin, VARHR 15(1):23–32 (1999)F2.CM.MP255 AJ249236 GAG POL REV TAT VIF Triques, K ARHR 16(2):139–151 (2000)
VPR VPUF2.CM.MP257 AJ232986 NEF Jubier-Maurin, VARHR 15(1):23–32 (1999)F2.CM.MP257 AJ249237 ENV GAG POL REV TAT Triques, K ARHR 16(2):139–151 (2000)
VIF VPR VPUG.BE.DRCBL AF084936 ENV GAG POL REV TAT Debyser, Z ARHR 14(5):453–459 (1998)
VIF VPR VPUG.CG.CNG30 AF056186 VIF VPR VPU Harada, Y ARHR 18(1):79–83(2002)G.FI.HH8793-1-1 AF061640 GAG POL REV VIF Salminen, MOARHR 8(9):1733–1742 (1992)G.FI.HH8793-12-1 AF061641 TAT Salminen, MO ARHR 8(9):1733–1742 (1992)G.ML.HIV232990 AJ232990 NEF Jubier-Maurin, VARHR 15(1):23–32 (1999)G.NG.92NG083 U88826 ENV GAG NEF POL REV Gao, F J Virol 72(7):5680–98 (1998)
TAT VIF VPR VPUG.SE.SE6165 AF061642 ENV GAG NEF POL REV Laukkanen, TVirology 247(1):22–31 (1998)
TATG.TW.TWG1 AF220486 VPU Lee, CN J Clin Microbiol 38(7):2468–2474 (2000)H.BE.VI991 AF190127 ENV GAG NEF POL REV Janssens, W AIDS 14(11):1533–43 (2000)
TAT VIF VPR VPUH.BE.VI997 AF190128 ENV GAG NEF POL REV Janssens, W AIDS 14(11):1533–43 (2000)
TAT VIF VPR VPUH.CF.90CF056 AF005496 ENV GAG NEF POL REV Murphy, E ARHR 9(10):997–1006 (1993)
TAT VIF VPR VPUJ.SE.SE7022 AF082395 ENV GAG NEF POL REV Laukkanen, TARHR 15(3):293–297 (1999)
TAT VIF VPR VPUJ.SE.SE7887 AF082394 ENV GAG NEF POL REV Laukkanen, TARHR 15(3):293–297 (1999)
TAT VIF VPR VPU
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577HIV-1/SIVcpz Proteins
HIV
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K.BE.VI325 L11789 GAG Louwagie, JJ AIDS 7:769–780 (1993)K.CD.EQTB11C AJ249235 ENV GAG NEF POL REV Triques, K ARHR 16(2):139–151 (2000)
TAT VIF VPR VPUK.CM.MP535 AJ249239 ENV GAG NEF POL REV Triques, K ARHR 16(2):139–151 (2000)
TAT VIF VPR VPU01_AE.CF.90CF11697 AF197340 ENV GAG NEF POL REV Anderson, JPJ Virol 74(22):10752–10765 (2000)
TAT VIF VPR VPU01_AE.CF.90CF402 U51188 ENV GAG NEF POL REV Gao, F J Virol 70(10):7013–7029 (1996)
TAT VIF VPR VPU01_AE.CF.90CF4071 AF197341 ENV GAG NEF POL REV Anderson, JPJ Virol 74(22):10752–10765 (2000)
TAT VIF VPR VPU01_AE.CM.CA10 AJ277818 ENV Beirnaert, E Virology 281(2):305–14 (2001)01_AE.CN.97CNGX11F AY008718 REV TAT VIF VPR VPU Piyasirisilp, S J Virol 74(23):11286–11295 (2000)01_AE.CN.97CNGX2F AY008714 ENV GAG NEF POL TAT Piyasirisilp, S J Virol 74(23):11286–11295 (2000)
VPR VPU01_AE.DE.K08DE AF215859 VIF Kuhn, J Unpublished01_AE.FI.FIN9379 AF219273 REV Liitsola, K Scand J Infect Dis 32(5):475–480 (2000)01_AE.FR.HIV232982 AJ232982 NEF Jubier-Maurin, VARHR 15(1):23–32 (1999)01_AE.JP.93JPNH1 AB052995 ENV GAG NEF POL REV Sato, H J Virol 75(12):5604–5613 (2001)
TAT VIF VPR01_AE.TH.93TH057 AF197338 GAG NEF Anderson, JP J Virol 74(22):10752–10765 (2000)01_AE.TH.93TH253 U51189 POL REV TAT Gao, F J Virol 70(10):7013–7029 (1996)01_AE.TH.93TH902 AF170549 VPR Chang, SY ARHR 15(17):1591–1596 (1999)01_AE.TH.93TH9021 AF164485 ENV VPU Chang, SY ARHR 15(18):1703–1706 (1999)01_AE.TH.94TH702 AF170545 POL VPR Chang, SY ARHR 15(17):1591–1596 (1999)01_AE.TH.94TH7091 AF170546 GAG Chang, SY ARHR 15(17):1591–1596 (1999)01_AE.TH.95TH022 AB032740 ENV NEF POL VPR VPU Auwanit, W ARHR 17(9):867–871 (2001)01_AE.TH.95TH047 AB032741 GAG POL REV TAT VIF Auwanit, W ARHR 17(9):867–871 (2001)
VPU01_AE.TH.CM235-2 AF259954 GAG NEF VPR VPU Salminen, MOVirology 278(1):103–110 (2000)01_AE.TH.CM235-4 AF259955 REV TAT VIF Salminen, MO Virology 278(1):103–110 (2000)01_AE.TH.CM240 U54771 ENV GAG NEF POL REV Laukkanen, T J Virol 70(9):5935–5943 (1996)
TAT VIF VPR VPU01_AE.TW.TWE13 AF220479 VPU Lee, CN J Clin Microbiol 38(7):2468–2474 (2000)01_AE.TW.TWE6 AF220478 VPU Lee, CN J Clin Microbiol 38(7):2468–2474 (2000)02_AG.CM.97 AJ286133 NEF POL REV TAT VIF Montavon, C JAIDS 23(5):363–74 (2000)
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TAT VIF VPR VPU
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