genomas virales y proyectos de secuenciamiento de genomas
TRANSCRIPT
GENOMAS VIRALES Y PROYECTOS DE
SECUENCIAMIENTO DE GENOMAS
VIRALESPresentado por:
Santiago Andrés Pérez
Danilo Andrei Chacón
VIRUS
Los virus son parásitos intracelulares incapaces de replicarse por si mismos. Se reproducen mediante la infección de células huésped y la usurpación de maquinaria celular para producir mas particular virales.
COMPOSICIÓN DE LOS VIRUS
Dependiendo del virus el Acido nucleico puede ser DNA o RNA pero no ambos. Los ácidos nucleicos contienen bases raras o modificadas.
Las proteínas forman la cubierta protectora donde se encuentra el material genético, entre 2 a 30 polipéptidos y corresponde del 50 al 90% de la masa de un virus
PRIMER VIRUS DESCUBIERTO
Virus del mosaico del tabaco (TMV)
Dimitri Yosifovich Ivanoski (1892)
Martinus W. Beijerinck (1898)
Wendell Meredith Stanley (1935)
DEMOSTRACION MATERIAL GENETICO VIRUS
Alfred Hershey y Martha Chase demostraron que el material genético de los virus era el DNA y no las proteínas
CLASIFICACION VIRUS SEGÚN MATERIAL GENETICO
Virus ADN: Virus ADN bicatenario
Virus ADN monocatenario
Virus ARN: Virus ARN bicatenario
Virus ARN monocatenario positivo
Virus ARN monocatenario negativo
Virus ARN monocatenario retrotranscrito
Virus ADN bicatenario retrotranscrito
CLASIFICACION VIRUS SEGÚN SI SU GENOMA TIENE SENTIDO PARA TRADUCCION
Sentido positivo: RETROVIRIDAE
CORONAVIRIDAE
FLAVIVIRIDAE
TOGAVIRIDAE
CALICIVIRIDAE
PICORNAVIRIDAE
Sentido negativo: RHABDOVIRIDAE
PARAMYXOVIRIDAE
ORTHOMYXOVIRIDAE
FILOVIRIDAE
ARENAVIRIDAE
BUNYAVIRIDAE
CICLO DE VIDA BACTERIOFAGO
Adsorción
Inyección del material genético viral
Replicación del material genético viral
Síntesis de las envolturas proteicas
Empaquetamiento del DNA dentro de la envoltura proteica y ensamblaje de la envoltura
Lisis y liberación de las partículas viral
SECUENCIAMIENTO
Conjunto de métodos y técnicas bioquímicas cuya finalidad es la determinación del orden de los nucleótidos (A, C, G y T) en un oligonucleótido de ADN.
SECUENCIAMIENTO SINTETICO DE SANGER
SECUENCIACION DE MAXAM-GILBERT
PIROSECUENCIACION
GENOMA
Totalidad de la información genética que posee un organismo en particular y que codifica para él.
COMO SE HACE UN SECUENCIAMIENTO
Materiales: El ADN molde o segmento de ADN que se desea secuenciar.
Un enzima que replique el ADN
Un Primer
Cuatro nucleótidos trifosfato (dATP, dCTP, dGTP y dTTP)
Nucleótidos didesoxi (ddATP, ddTTP, ddCTP y ddGTP)
Procedimiento: Realizarse en cuatro tubos diferentes, cuatro mezclas de reacción. Cada
mezcla de reacción contiene los cuatro nucleótidos trifosfato (dATP, dCTP, de dTTP y dGTP), ADN polimerasa I, un cebador marcado radiactivamente y un nucleótido didesoxi, por ejemplo ddATP, a una concentración baja.
En cada mezcla de reacción se producen una serie de moléculas de ADN de nueva síntesis de diferente longitud que terminan todas en el mismo nucleótido y marcadas todas radiactivamente por el extremo 5‘
Los fragmentos de ADN de nueva síntesis obtenidos en cada mezcla de reacción se separan por tamaños mediante electroforesis en geles verticales de acrilamida muy finos (0,5 mm de espesor) y de gran longitud (cerca de 50 cm) que permiten distinguir fragmentos de ADN que se diferencian en un solo nucleótido.Los productos de cada una de las cuatro mezclas de reacción se insertan en cuatro calles o carriles diferentes del gel.
Una vez terminada la electroforesis, el gel se pone en contacto con una película fotográfica de autorradiografía. La aparición de una banda en una posición concreta de la autorradiografía en una de las cuatro calles nos indica que en ese punto de la secuencia del ADN de nueva síntesis (complementario al ADN molde) está la base correspondiente al nucleótido didesoxi utilizado en la mezcla de reacción correspondiente.
Procedimiento: Teniendo en cuenta que el ADN de nueva síntesis crece en la
dirección 5‘3', si comenzamos a leer el gel por los fragmentos de menor tamaño (extremo 5') y avanzamos aumentando el tamaño de los fragmentos (hacia 3'), obtendremos la secuencia del ADN de nueva síntesis en la dirección 5‘3'.
PRIMER GENOMA VIRAL SECUENCIADO
En 1977 el genoma de ADN del bacteriófago φX174 fue completamente secuenciado por Frederick Sanger utilizando el método de secuenciación de ADN conocido como Método de Sanger
LOS VIRUS SON SERES VIVOS?
No están considerados seres vivos, para que sea un ser vivo tienen que cumplir las tres funciones vitales:
Nutrición
Relación
Reproducción
Los virus no poseen un metabolismo
No son capaces de reproducirse por si solos, necesitan parasitar una celula
REPRODUCCION
Proceso biológico que permite la creación de nuevos organismos, siendo una característica común de todas las formas de vida conocidas
TRANSDUCCION
Proceso mediante el cual el ADN es transferido desde una bacteria a otra mediante la acción de un virus
CARACTERISTICAS BACTERIOFAGO φX174
Tiene una muy pequeña cantidad de ADN
Se identificaron 11 genes en 5.386 bases
Conformado por un solo cromosoma, en una topología circular
El contenido genómico (GC) es 44 % y el 95 % de los nucleótidos corresponde a genes codificantes
ENFERMEDADES PRODUCIDAS POR VIRUS
Gripe
Varicela herpes zóster
Hepatitis B VHB
Poliomielitis poliovirus
Mialgia epidémica Coxsackie
Dengue DEN-1, DEN-2, DEN-3 ó DEN-4
Fiebre amarilla Flavivirus amaril
Herpes genital herpesvirus hominus
Mononucleosis infecciosa Epstein Barr
Rabia Rhabdovirus
Rubéola Rubivirus Togaviridae
Viruela Variola virus
Sarampión paramixovirus
Sida VIH