guia rapida popgene

Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México. 2012. Fernando González Andrés.

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GUÍA RÁPIDA DEL PROGRAMA POPGENE ver 1.32.

Programa de análisis de poblaciones.


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I. APLICACIÓN A DATOS CODOMINANTES. Pg. 5

1. PREPARACIÓN DE LA MATRIZ BÁSICA DE DATOS. 2. CARGA DE LOS DATOS EN EL PROGRAMA POPGENE. Pg. 6

3. REALIZACIÓN DEL ANÁLISIS. Pg. 7

3.1. Para realizar el análisis de manera ordenada, primero se realizarán los análisis intrapoblacionales. Pg. 7

3.2. A continuación se realizarán los análisis interpoblacionales. Pg. 8

II. APLICACIÓN A DATOS DOMINANTES. Pg. 10

1. PREPARACIÓN DE LA MATRIZ BÁSICA DE DATOS. Pg. 10

2. CARGA DE LOS DATOS EN EL PROGRAMA POPGENE. Pg. 11

3. REALIZACIÓN DEL ANÁLISIS. Pg. 12

3.1. Para realizar el análisis de manera ordenada, primero se realizarán los análisis intrapoblacionales. Pg. 12

3.2. A continuación se realizarán los análisis interpoblacionales. Pg. 13


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Este programa calcula índices para estimar la diversidad genética dentro de las poblaciones y entre poblaciones. Además también calcula las relaciones genéticas entre las poblaciones, realizando una labor análoga al programa NTSYS.I. APLICACIÓN A DATOS CODOMINANTES.1. PREPARACIÓN DE LA MATRIZ BÁSICA DE DATOS.

El archivo de entrada en este programa es de tipo “solo texto”.

El archivo de entrada debe describir el genotipo para cada uno de los individuos de la población considerada.

Lo más aconsejable es preparar los datos en un archivo de MS Excel, y luego guardarlo como texto delimitado por tabulaciones. Hay que poner especial cuidado para que no se corten columnas, pues el ancho de campo en los archivos solo texto es menor que el que permite MS Excel. La reducción de la anchura de las columnas es una medida eficaz para evitar el problema descrito.

Dat

os d

e la

Pob

laci

ón

1

Locus 1

Locus 2

Locus 3 Locus 4

Dat

os d

e la

Pob

laci

ón

2

Individuo 1

Individuo n

El contenido de estas filas es importante, sobre todo el número

de poblaciones y el número de loci.

Entre estas líneas y el inicio de los datos debe haber una línea de

separación.


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2. CARGA DE LOS DATOS EN EL PROGRAMA POPGENE.

La opción de carga debe coincidir con el tipo de datos que se tengan.


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3. REALIZACIÓN DEL ANÁLISIS.

La opción de análisis debe ser congruente con el tipo de datos que se tengan.

3.1. Para realizar el análisis de manera ordenada, primero se realizarán los análisis intrapoblacionales.


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3.2. A continuación se realizarán los análisis interpoblacionales.


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II. APLICACIÓN A DATOS DOMINANTES.1. PREPARACIÓN DE LA MATRIZ BÁSICA DE DATOS.

Las consideraciones generales son las mismas realizadas para el caso de datos codominantes (I)..

El contenido de estas filas es importante, sobre todo el número

de poblaciones y el número de loci.

Entre estas líneas y el inicio de los datos debe haber una línea de

separación.

Dat

os p

obla

ción

1

Dat

os p

obla

ción

2

Individuo 1

Individuo n

Cebador 1 (locus 1) Cebador n (locus n)... ...


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2. CARGA DE LOS DATOS EN EL PROGRAMA POPGENE.Igual que en el caso anteior, la opción de carga debe coincidir con el tipo de datos que se tengan.


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3. REALIZACIÓN DEL ANÁLISIS.

La opción de análisis debe ser congruente con el tipo de datos que se tengan.

3.1. Para realizar el análisis de manera ordenada, primero se realizarán los análisisintrapoblacionales.


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3.2. A continuación se realizarán los análisis interpoblacionales.


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