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Histoires cachées Un peu de microbiologie aquatique (morceaux choisis)
« Ce qui est important, ça ne se voit pas » (Le petit prince, Saint-Exupéry)
Stéphan JACQUET
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Le lac de Paladrun° 5
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Le lac d’Aiguebelletten° 4
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Le lac d’Annecyn° 3
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Le lac du Bourgetn° 2
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Le lac Lémann° 1
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12 ansTemps moyen de renouvellement
des eaux
72,3 kmLongueur dans l'axe
13,8 kmLargeur maximum
89.109 m3Volume total d'eau
309 mProfondeur maximum
372 mAltitude moyenne
167 kmPérimètre du lac
234 km2 (40%)
348 km2 (60%)
582 km2Superficie du plan d'eau
Le lac Léman
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Biologie étude du vivant
---------------------------------------
Ecologie étude des interactions entre le
vivant et l’environnement
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CharacéesAnnecy
Elodée de Nuttallinvasive
Plantes et macroalgues
Potamot perfolié
Macrophytes (<10)
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Plantes et algues
Potamot pectiné
Myriophylle en épi
Macrophytes
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Plantes et algues
Spirogyres
Macroalgues (2)Cladophora
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Poissons (<20)
Perche
Lotte
Brochet
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Poissons
Omble chevalier
Carpe
TancheChevaine
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Poissons
Gardon
Féra ou corégone ou palée
Truite (2)
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Crustacés (100)
Ecrevisses (3)Invasives
Ecrevisse américaineEcrevisse de CalifornieEcrevisse à pattes grêles
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Crustacés
Gammare du Danubeou crevette tueuseinvasive
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Mollusques (<10)
Annodontes
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Mollusques
Dreissene ou moule zébréeinvasive
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MollusquesEscargots (3) = pas forcément bon signe ?
Limneastagnatys
Puce du canard
CanardsCygnes
Goélands
Petit escargot operculéinvasive
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Phytoplancton
Poissonsicthyophages(ex: brochet)
Poissonsplanctonophages(ex: perche)
Zooplancton(ex: daphnies)
Quand les « gros » ont besoin des petits
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Contexte globalBoucle microbienne
Chaîneclassique
Zooplancton
Phytoplancton
Nutriments inorganiques Nutriments organiques
virus
Bactéries
Protozoaires
Le réseau trophiquePoissons
Réseau trophique pélagique
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Abondance des organismes dans 1 ml d’échantillon d’eau (lac, mer, océan)
Virus / phages 10 000 000
Bactéries hétérotrophes 1 000 000
Bactéries photosynthétiques 100 000
Protozoaires < 10 000
Microalgues < 5 000
Zooplancton << 1
Poissons 0
Avec quelques chiffres
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Quelques copépodes
Cyclops prealpinus
Cyclops vicinus
Chair saumonée des poissons
Eudiaptomusgracilis f
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Quelques cladocèresDaphnia hyalina
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Quelques flagellés et ciliés
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Oocystis lacustris Pediastrum boryanum
Dictyosphaerium pulchellum
Pediastrum tetras
Eudorina elegans Scenedesmus acutus
Quelques chlorophycées
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Quelques diatomées
Asterionella formosa Cyclotella cyclopuncta Fragilariacrotonensis
Navicula tripunctataNitzschia dissipata
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Quelques cyanobactéries
Chroococcus turgidus
Merismopedia glauca
Merismopedia punctata Planktothrix rubescens Pseudanabaena galeata
Anabaena sp.
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Quelques cyanobactéries
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Quelques cryptophycées
Rhodomonas minuta Rhodomonas minutaVariété
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Quelques chrysophycées
Dinobryon divergensDinobryon cylindricum
Dinobryonelegantissimum
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Quelques desmidiacées
Ceratium hirundinella
Micrasterias sp.
Mougeotia sp.
Spyrogira sp.
Staurastrum sp.
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Quelques virus et bactéries
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Recherches en microbiologie aquatique
Quels sont les organismes ?Identité, diversité, biodiversité
Que font-ils ?Dynamique, succession d’espèces, rôle, fonction
Sont-ils dangereux ?Toxicité, autre
Sont-ils (ir)remplaçables ?Compétition, résistance, fitness
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Recherches en microbiologie aquatique
Quels sont les organismes ?Identité, diversité, biodiversité
Que font-ils ?Dynamique, succession d’espèces, rôle, fonction
Sont-ils dangereux ?Toxicité, autre
Sont-ils (ir)remplaçables ?Compétition, résistance, fitness
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Recherches en microbiologie aquatique
Diversité des communautés naturelles
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Quelles techniques pour analyser la diversité ?
•Méthodes classiques:
•Nombre restreint d’échantillons (temps, coût, expertise)
•1-5% de micro-organisms sont cultivables (sous-estimation)
•Méthodes biomoléculaires:
•Différentes techniques pour différentes questions
•Méthodes qui ne nécessitent pas la mise en cultures
•Méthodes non-destructives (FISH,…)
•Méthodes destructives (SSCP, DGGE,...)
Recherches en microbiologie aquatique
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Méthodes DestructivesExtraction de lExtraction de l’’ADNADN
Méthodes NON Destructives
Echantillon Echantillon naturelnaturel
FISH (comptage en microscopie ou cytométrie)
PCR(gène marqueur phylogénétique)
indirecteindirecte directedirecte
Gradient de densité
Cinétique de réassociation ADN\ADN
Clonage
SEQUENCAGE(Banque de données)
D/TGGESSCPRISARFLPT-RFLP
% GC Nombres de génomes différents
Méthodes biomoléculaires
Techniques de » fingerprinting » moléculaires
Recherches en microbiologie aquatique
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Recherches en microbiologie aquatique
Quels sont les organismes ?Identité, diversité, biodiversité
Que font-ils ?Dynamique, succession d’espèces, rôle, fonction
Sont-ils dangereux ?Toxicité, autre
Sont-ils (ir)remplaçables ?Compétition, résistance, fitness
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Recherches en microbiologie aquatique
Quels sont les facteurs environnementaux et les processus favorisant ou non la croissance des populations phytoplanctoniques ?
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Lumière
Température
Turbulence
Advection
Sédimentation
Nutriments
Salinité
Polluants
Toxines
Nourriture
Prédation
Compétition
Lyse virale
physiques chimiques biologiques-----------------------------Facteurs--------------------------
Temps
Effe
ctif
des
popu
latio
n s
La dynamique des populationsLa dynamique des populations
Propriétés individuelles des organismes populations
+
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Date du début de stratification thermique
1-mai
15-mai
29-mai
12-juin
26-juin
1970 1980 1990 2000
Moyennes annuelles des températures au fond du lac
4.0
4.5
5.0
5.5
6.0
1960 1970 1980 1990 2000
Evolution des dynamiques planctoniques au cours d’une réoligotrophisation sur un fond de
réchauffement climatique
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Pour le phytoplancton, le scénario dégagé rend compte d’une évolution plus saltatoire que régulière
Jusqu’en1985
Période1986-1991
Période1988-à
nos jours0
5001000150020002500300035004000
Espèces d’automneEspèces de
printempsEspèces
d’été
moisJ F M A M J J A S O N D
J F M A M J J A S O N D0500
1000150020002500300035004000
J F M A M J J A S O N D
mois
Espèces d’automne
Espèces deprintemps
Espècesd’été
0500
10001500200025003000
mois
Espèces d’automne
Espèces deprintemps
Espècesd’été
!La cinétique du développement vernal tend à s’accélérer
100
1100
2100
3100
4100
5100
74 76 78 80 82 84 86 88 90 92 94 96 98Années
Biom
asse
(µg
.l-1
)
Biomasse observée en AvrilInterpolée (15 du mois)
!Et les espèces indésirables, initialement automnales, sont revenues en force depuis 1988, et s’accumulent de + en plus tôt au cours de l’été
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Phytoplancton….
Automne
0500
1000
1500
2000
2500
J F M A M J Jt A S O N D
Bio
mas
se (µ
g.l-1
)
Printemps
Eté
Broutage par le zooplancton
herbivore :Phase des
eaux claires
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Les cyanobactériesLes cyanobactéries
Les Cyanobactéries aussi appelées algues bleues ou algues vert-bleuessont des organismes intermédiaires entre bactéries et microalgues:
- bactéries car leurs cellules sont dépourvues de vrai noyau
- algues car elles contiennent des pigments photosynthétiques,typiquement la chlorophylle, la phycoérythrine, la phycocyanine.
Elles ont aussi des formes très variées:- unicellulaires- coloniales- filamenteuses
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Les cyanobactériesLes cyanobactéries
Microcystis Anabaena Anabaena Gomphosphaeria
Aphanizomenon Merismopedia Microcystis Planktothrix
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En 1476 eut lieu la bataille de Morat (Suisse) au cours delaquelle les troupes de Charles le Téméraire furent défaites et précipitées dans le lac du même nom. A la suite de quoi le lac devint rouge, couleur attribuée à la remontée du « Sang des Bourguignons » et due, en fait, à la prolifération de la cyanobactérie Planktothrix rubescens
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Conditions eutrophes Conditions mésotrophes50
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7000
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0 m
50 m
Eté1999 Eté 2000 Eté 2001 Eté 2002 Eté 2003
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Pourquoi les cyanobactéries « gagnent » souvent lorsqu’elles sont en situation de compétition ?
Cyanobactéries et microalgues
Prédation et parasitisme(zooplancton, virus…)
Top-down control
Nutriments minéraux+ lumière
Bottom-up control
Contrôle des communautés phytoplanctoniques
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- Controle de la flotabilité
- Présence de cellules spécialisées(hétéocystes, akinètes)
- Capacité de faire des réserves
- Pigments accessoires(phycoérythrine, …)
- Organisation multi-cellulaire(filaments, colonies)
- Faible qualité nutritionnelle
- Synthèse de toxines
Défense contre les prédateurs
Utilisation lum / nuts
Pourquoi les cyanobactéries « gagnent » souvent lorsqu’elles sont en situation de compétition ?
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Conditions eutrophes Conditions mésotrophes
! adapté à faible lumière, faible conc. nutriments! capacité de réserve et de photo-hétérotrophie! été tardive – espèce automnale! requiert une colonne d’eau stable! capable de réguler sa flottabilité! filamenteuse & toxique : faible pression des prédateurs! probablement peu affecté par la lyse virale! …
Le cas particulier de P. rubescens dans le Bourget
7 °C
24 °C
P +++
P +++
P +++
P +
P +++
P -
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44
Influence climatique=
Hivers et printemps plus chauds
Pression humaine=
Réduction de P
Avance du bloom printanier& du dévelop. zooplanctonique
=Avance du déclin des populations
& avance de la phase d’eaux claires
Eaux de surface dépourvues de P
=Enfoncement des populations
& la zone dépourvue de P
Espèces très compétitives pour ce nouvel environnement :
faible nutriment, faible lumière, stabilité
Planktothrix rubescens
Un scénario réaliste ?
Bourget, Léman,Zurich, …
pas ou peu broutée
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Recherches en microbiologie aquatique
Quels sont les organismes ?Identité, diversité, biodiversité
Que font-ils ?Dynamique, succession d’espèces, rôle, fonction
Sont-ils dangereux ?Toxicité, autre
Sont-ils (ir)remplaçables ?Compétition, résistance, fitness
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Expériences au laboratoiresur la croissance de l’espèceet sa production de toxines
Temps (j)
0 20 40 60 80 100
DO
(570
nm)
2
1
0
Temps (j)
2 6 20 64 87 112
extraintra
EqM
C-L
R (µ
g.l-1
)
0
200
400
600
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Suivi in situ
0
2
4
6
8
28/01/03 12/02/03 25/02/03 11/03/030.0
0.2
0.4
0.6
0.8Zooplancton sans dièteZooplancton avec dièteSeston
MC
YST
équi
-LR
(µg/
g de
zoo
plan
cton
)
MC
YST
équi
-LR
(µg/
L de
ses
ton)
6229
3771
4286
2994
Planktothrix rubescens (# cellules/mL)
Relations cyanobactérie -zooplancton
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RESEAUXTROPHIQUES
Zooplancton&
Toxines
Vecteur de transfert Accumulateur
Planktothrix rubescens
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Ecologie virale
![Page 59: Histoires cachées Un peu de microbiologie aquatique ...jacquet.stephan.free.fr/Microbiologie_aquatique.pdfHistoires cachées Un peu de microbiologie aquatique (morceaux choisis)«](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081620/6116b646cd5a406dc279a6fb/html5/thumbnails/59.jpg)
Ecologie virale
1. Pourquoi s’y intéresser ?- groupe biologique le plus abondant- impact important sur la structure et le
fonctionnement des écosystèmes- cycle de la matière (carbone, nutriments)- l’écologie virale débute
2. Quelle importance écologique ?- réduction de la production primaire et bactérienne- terminaison des efflorescences algales- affectation de la dynamique des populations et de la diversité
des communautés planctoniques- transferts et recombinaisons génétiques
3. Applications potentielles ?- contrôle des blooms à cyanobactéries toxiques
![Page 60: Histoires cachées Un peu de microbiologie aquatique ...jacquet.stephan.free.fr/Microbiologie_aquatique.pdfHistoires cachées Un peu de microbiologie aquatique (morceaux choisis)«](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081620/6116b646cd5a406dc279a6fb/html5/thumbnails/60.jpg)
Ecologie virale
Quelle est la dynamique des communautés bactériennes et virales ?
Quelle est la diversité de ces communautés ?
Quel est le rôle des virus en tant qu’agents de mortalité bactérienne ?
![Page 61: Histoires cachées Un peu de microbiologie aquatique ...jacquet.stephan.free.fr/Microbiologie_aquatique.pdfHistoires cachées Un peu de microbiologie aquatique (morceaux choisis)«](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022081620/6116b646cd5a406dc279a6fb/html5/thumbnails/61.jpg)
Ecologie virale
LAC LEMAN
Dates (jours)
37500 37600 37700 37800 37900
Pro
f (m
)
0
10
20
30
40
50
5e+7 1e+8 2e+8 2e+8 3e+8 3e+8 4e+8 4e+8
juillet 2002 octobre 2003
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Ecologie virale
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Ecologie virale
Fraction whole water (%)
Het
. bac
teria
l app
aren
t gro
wth
rate
(d-1
)
0,0
0,5
1,0
1,5
2,0
2,5Exp1: March-AprilExp2: MayExp3: August
20 40 60 80 100
Mortalité journalière imputable aux virus de
38 % en mars - avril26 % en mai34 % en août
Mortalité journalièredue aux protistes de
56 % en mars - avril63 % en mai18 % en août
Impact sur la mortalité bactérienne « in situ »
Lac du Bourget
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EtudiantsStagiairesLycéens !