How to use Gene Name Service

GNS http://bioagent.iis.sinica.edu.tw/GeneAlias/#

How to Use

How to Use• A. Search Methods

• (1) FullText ︰

• 目標 ︰ 訊息包含關鍵字的基因。

• 檢索字段 ︰ 全部基因訊息專欄

• 預訂透過 ︰ MySQL FullText

• 使用情況 ︰

• 1. 使用者想要知道某種話或者片語用於描述基因多重要。

• 2. 使用者不知道哪種訊息話或者片語並且想要看看是否這與任何基因有關。

• (( 例子 )) A2M → A2M ， IGHA2 ， CPAMD8 ， LRP1 ， OLR1 ， IL 1 一， IGHG1 ， SERPINC1 ， APP

• (2) Exact Match ︰

• 目標 ︰ 搜尋選擇的專欄誰的完全適合那些使用者所輸入的關鍵字。

• 檢索字段 ︰ 選擇專欄

• 預訂透過 ︰ 基因符號

• 使用情況 ︰

• 1. 使用者想要查特殊的基因訊息。 ( 例如︰使用基因象徵尋找基因 Id)

• (( 例子 )) A2M → A2M

How to Use• (3) Blurred Match ︰

• 目標 ︰ 在被選擇的專欄中搜尋使用者輸入的關鍵字。

• 檢索字段 ︰ 選擇專欄

• 預訂透過 ︰ 基因符號

• 使用情況 ︰

• 1. 使用者想要用模糊搜尋來尋找某些關鍵字。

• (( 例子 ) ) A2M → A2M ， A2ML1 ， A2MP

• B. Search Hints

• (1) 逐筆搜尋 ︰

• 1. 使用逗號 “ ,” 同時做多搜尋。 ( 例如︰ A2M ， AACS)

• (2) 批量搜尋 ︰

• 1. 上載檔案形式 ︰ 正文檔案。

• 2. 關鍵字限制 ︰ 20000 個關鍵字。

How to Use• (3) Web服務 ︰

• 1. WSDL 位址 ︰ http://bioagent.iis.sinica.edu.tw/GeneAliasWS/services/WSServer? wsdl

• 2. Web 服務用戶指南 ︰ http://bioagent.iis.sinica.edu.tw/GeneAlias/Elements.htm

• gname ︰以逗號來區分關鍵字。

• 專欄 ︰ 以逗號區分基因訊息專欄。 ( 欄目名 )

• 例如 ︰ " Gene_Symbol,Gene_ID " 將搜尋專欄 "Gene_Symbol"

對於包含在兩種基因裡的關鍵字和顯示訊息來說 Gene_Symbol and Gene_ID 專欄。

• 關鍵字限制 ︰ 1000 個關鍵字。

• C. Special Usage

• (1) 讓基因看第一個它的基因象徵的性格是 @ + [ 關鍵字 ]:

• 1. 如果關鍵字是一長的字母，基因名稱服務將返回那第一個基因象徵的字符是是關鍵字的全部記錄。 • ( 例如 ︰ 進入 "@A" 將返回 " A1BG ， A2BP1 ， A2M ， A2ML1 ... 等等 ")

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