il progetto genoma umano (hgp)
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IL PROGETTO GENOMA UMANO (HGP). 2 metri di DNA; 46 cromosomi; 3 MILIARDI di coppie di basi (A, T, C, G); 30-40000 GENI. N° geni (bp). Homo s. 30000 (2.6x10 9 ). 2001. Drosophyla m. 13600 (1.2x10 8 ). 2000. Saccharomyces c. 6000 (1.2x10 7 ). 1996. Escherichia c. 4000 - PowerPoint PPT PresentationTRANSCRIPT
IL PROGETTO GENOMA UMANO (HGP)
• 2 metri di DNA;2 metri di DNA;
• 46 cromosomi;46 cromosomi;
• 3 MILIARDI di coppie di basi (A, T, C, G);3 MILIARDI di coppie di basi (A, T, C, G);
• 30-40000 GENI30-40000 GENI
GENI E GENOMIGENI E GENOMI
4000(4.6x106)
6000(1.2x107)
13600(1.2x108)
30000(2.6x109)
N° geni(bp)
Drosophyla m.
Saccharomyces c.
Escherichia c.
Homo s.
1997
1996
2000
2001
IL PROGETTO PROTEOMA UMANO (HPP)…
…I GENI ERANO SEMPLICII GENI ERANO SEMPLICI
Cosa si intende per PROTEOMA?Cosa si intende per PROTEOMA?
• Identifica TUTTE le PROTEINE espresse da un
GENOMA in una cellula, un tessuto od organismo
• Definisce come queste proteine si organizzano in RETI
di INTERAZIONE
• Descrive la STRUTTURA TRIDIMENSIONALE di
queste proteine con lo scopo di poter identificare un
FARMACO in grado di attivarne o disattivarne la
funzione
La Proteomica nell’era post-genomica
La Proteomica nell’ era post-genomica
1) Identificazione delle proteine
2) Studio delle modificazioni post-traduzionali
3) Esame delle reti di interazioni proteina-proteina
4) Confronto differenziale tramite analisi bidimensionale
5) Determinazione della funzione
6) Medicina Molecolare
ANALISI BIDIMENSIONALE
Identificazione di proteine cellulari
C - Cellule Cristallino
7 cm, 3-10 pH, Ag Maldi - C
Identificazione degli spots ...Identificazione degli spots ...
500M H2O2 (10 min)Control
Profilo di espressione proteicaProfilo di espressione proteica (H (H22OO22 vs ctrl) vs ctrl)
416399
387355305
348
316
278260
229
217
189
169
145141
133
0,00
2,50
5,00
7,50
10,00
6 59 75 101126139160172188203219229248264279293305319337355367383400416110121
500M H2O2 (10 min)Controllo
PrxI PrxI
3 10pH 3 10pH
Stress Ossidativo come modello cellulare per lo studio della Stress Ossidativo come modello cellulare per lo studio della cataratta:cataratta:
IDENTIFICAZIONE DI PROTEINE SOGGETTE AL TRATTAMENTOIDENTIFICAZIONE DI PROTEINE SOGGETTE AL TRATTAMENTO
LA FUNZIONE DELLE PROTEINE NELL’ERA LA FUNZIONE DELLE PROTEINE NELL’ERA POSTGENOMICAPOSTGENOMICA
CLASSICA POST GENOMICA
Identification of tumor markers from the study of Thyroid differentiation program
THYROID THYROID DIFFERENTIATIONDIFFERENTIATION
THYROID CELL LINES:Normal vs transformed
(different degree of differentiation
NUCLEAR PROTEINSDNA-binding proteins,
Co-activators, repressors, Transcriptional regulators
2-D GEL ANALYSIS
Expression Proteomics Cell Mapping Proteomics
Differential global pattern analysis
Intermolecular Networks
(GST-Pulldown, IP)
MALDI-MS Identification(CNR Naples)
PROTEINof INTEREST
MOLECULARMODEL
(‘in vitro’ and ‘in vivo’ assays)
TUMORAL TISSUES(Thyroid and other)
Tumoral marker)