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イルミナテクニカルセミナー session3

Illumina Experiment Managerの使い方

サービス・サポート部

テクニカルサポートサイエンティスト

渡辺真子

2

Illumina Experiment Manager (IEM)とは

IEM のインストール

IEM のワークフロー

–サンプルプレートの作成と編集

–サンプルシートの作成と編集

MiSeq からのサンプルシートの利用

Outline

3

フリーソフトウェア (MyIllumina)

ウィザードベースで作成

不適切なインデックスの組み合わせを通知

Illumina Experiment Manager とは

Illumina Experiment Manager (IEM) は、

サンプルシートを作成するためのツールです。

4

IEM のインストール

ソフトウェアのダウンロード

• MyIllumina へのログイン

• Downloads >> software >> llumina Experiment Manager https://my.illumina.com/download/summary/Do_qnPtQYkG3Inh3jPkOTA

ソフトウェアのインストール

• Setup.exe ファイルを開けてインストール

• インストレーションウィザードに従ってNextを選択

ソフトウェアの開始

• デスクトップ上のIEMのアイコンをクリック

5

サンプルプレートとサンプルシートとは

サンプルプレート: (.plt )

–解析のタイプ

–プレート名

–インデックス

サンプルシート: (.csv)

–ランの条件

–データ解析の条件

–マニフェスト

–ゲノム

作成はサンプル調製の前

6

v1.1 v1.2

ファイルの保存フォルダーのセッティング

リポジトリ：

• サンプルプレート

• サンプルシート

リポジトリ：

• サンプルプレート

• サンプルシート

• マニフェスト

• ゲノム

7

Illumina Experiment Manager の起動

v1.1

(for MCS1.1) v1.2

(for MCS1.2)

8

サンプルプレートの作成

v1.1 v1.2

9

サンプルプレートの作成 – Assay Selection

v1.1 v1.2

10

サンプルプレートの作成 – Assay Selection

TruSeq Custom Amplicon (TSCA)

v1.1 v1.2

11

サンプルプレートの作成 – Assay Parameters

v1.1 v1.2

12

サンプルプレートの作成 - Plate Samples (Table tab)

v1.1 v1.2

“Apply Default Index Layout”

インデックス配列を自動的に追加

13

Sample ID- サンプルシートに記載するサンプル名 Sample Name- サンプル名 Index 1 & Index 2- ドロップダウンするとリストが表示されます。 または”Apply Default Index Layout“をクリックして 下さい。 Manifest (v1.1) , Amplicon Manifest (v1.2) – v1.1 のTSCA, NexteraではManifestファイルのアップロード v1.2の Nextera, Nextera XT ではAmplicon Manifest の作成が必要 Sample Project- プロジェクト全体の説明 Description- 他に記載しておきたいこと等 (解析には使用しません)

サンプルプレートの作成 - Plate Samples (Table tab)

v1.1 v1.2

14

Sample ID- サンプルシートに記載されるサンプル名 Sample Name- サンプル名 Index 1 & Index 2- ドロップダウンリスト ”Apply Default Index Layout“をクリック Manifest (v1.1) , Amplicon Manifest (v1.2) – v1.1 : TSCA, Nextera → Manifestのアップロード v1.2 : Nextera, Nextera XT → Amplicon Manifest の作成 Sample Project- プロジェクト全体の説明 Description- 他に記載しておきたいこと等 (解析には使用しません)

サンプルプレートの作成 - Plate Samples (Table tab)

v1.1 v1.2

15

Sample ID- サンプルシートに記載されるサンプル名 Sample Name- サンプル名 Index 1 & Index 2- ドロップダウンリスト ”Apply Default Index Layout“をクリック Manifest (v1.1) , Amplicon Manifest (v1.2) – v1.1 : TSCA, Nextera → Manifestのアップロード v1.2 : Nextera, Nextera XT → Amplicon Manifest の作成 Sample Project- プロジェクト全体の説明 Description- 他に記載しておきたいこと等 (解析には使用しません)

サンプルプレートの作成 - Plate Samples (Table tab)

v1.1 v1.2

16

Sample ID- サンプルシートに記載されるサンプル名 Sample Name- サンプル名 Index 1 & Index 2- ドロップダウンリスト ”Apply Default Index Layout“をクリック Manifest (v1.1) , Amplicon Manifest (v1.2) – v1.1 : TSCA, Nextera → Manifestのアップロード v1.2 : Nextera, Nextera XT → Amplicon Manifest の作成 Sample Project- プロジェクト全体の説明 Description- 他に記載しておきたいこと等 (解析には使用しません)

サンプルプレートの作成 - Plate Samples (Table tab)

v1.1 v1.2

17

Sample ID- サンプルシートに記載されるサンプル名 Sample Name- サンプル名 Index 1 & Index 2- ドロップダウンリスト ”Apply Default Index Layout“をクリック Manifest (v1.1) , Amplicon Manifest (v1.2) – v1.1 : TSCA, Nextera → Manifestのアップロード v1.2 : Nextera, Nextera XT → Amplicon Manifest の作成 Sample Project- プロジェクト全体の説明 Description- 他に記載しておきたいこと等 (解析には使用しません)

サンプルプレートの作成 - Plate Samples (Table tab)

v1.1 v1.2

18

Sample ID- サンプルシートに記載されるサンプル名 Sample Name- サンプル名 Index 1 & Index 2- ドロップダウンリスト ”Apply Default Index Layout“をクリック Manifest (v1.1) , Amplicon Manifest (v1.2) – v1.1 : TSCA, Nextera → Manifestのアップロード v1.2 : Nextera, Nextera XT → Amplicon Manifest の作成 Sample Project- プロジェクト全体の説明 Description- 他に記載しておきたいこと等 (解析には使用しません)

サンプルプレートの作成 - Plate Samples (Table tab)

v1.1 v1.2

19

v1.1 v1.2

サンプルプレートの作成 - Plate Samples (Plate tab)

20

v1.1 v1.2

サンプルプレートの作成 - Plate Samples (Plate tab)

21

２つのインデックスを用いたサンプルプレートの例

(Plate Graphic tab)

Copy to Clipboard：他の書類へペースト

Print：印刷、 PDFファイルへの変換

v1.1 v1.2

22

サンプルプレートの保存

23

サンプルプレートの解析タイプと拡張子

解析タイプ ファイル拡張子の例

TruSeq Custom Amplicon .amp28.plt

Nextera .nex28.plt

Nextera XT (v1.2 のみ) .next28.plt

TruSeq DNA/RNA .tru16.plt

Small RNA .smr16.plt

24

サンプルシートの作成

v1.1 v1.2

25

サンプルシートの作成 – Instrument Selection

1 2

MiSeq Reporter に準拠した

サンプルシート の作成

データをCASAVAで解析するための

サンプルシートの作成

データ解析:

サーバーまたはBaseSpaceで

実行

26

MiSeqのサンプルシートの作成

27

サンプルシートの作成 – MiSeq Workflow Selection

v1.1 v1.2

28

サンプルシートの作成時のフロー

Custom Amplicon

Custom Enrichment

PCR Amplicon

Clone Checking

Metagenomics 16S rRNA

Plasmids

Resequencing

de novo (v1.1)

Assembly (v1.2)

Small RNA

RNA-Seq

Library QC

ChIP-Seq

Targeted

Resequencing

Small Genome

Sequencing

RNA Sequencing

Other

v1.2 (new) FASTQ Only

29

サンプルシートの作成 – MiSeq Workflow Selection

TSCA

Targeted Resequencing >>> Custom Amplicon

v1.1 v1.2

30

サンプルシートの作成 – Workflow Parameters

v1.1 v1.2

31

Parameter Description

Reagent Cartridge Barcode 試薬カードリッジのバーコードにより、MCS が自動的にサンプルシートを検出。

MCS は、カートリッジに印刷されているバーコードとは異なるフォーマットを要求。

例えば、バーコードが“MS0002724-300” のとき、MCSはファイル名が“MS0002724-00300” のサンプルシートを、バーコードが“MS0002724-50” のとき、MCSはファイル名が“MS0002724-00050 ” のサンプルシートを探す。

Investigator Name 実施者名

Project Name プロジェクト名

Experiment Name 実験名

Date 実験日

Workflow 必須: Resequencing, Amplicon, DenovoAssembly, SmallRNA, Metagenomics, LibraryQC

Genome Folder

FASTAファイルが入っているリファレンスゲノムフォルダー

例: C:¥Illumina¥MiSeq Reporter¥Genomes¥PhiX¥Illumina¥RTA¥Sequence¥Chromosomes

Only Generate FASTQ

Output Files

MiSeq Reporter でFASTQ ファイルのみ作成し、ワークフロー終了

Use Adapter Trimming MiSeq Reporter でアダプター配列をマスク (二次解析の精度とスピードが向上)

Contaminants, RNA,

miRNA

Contaminants, small RNA, mature miRNA のFASTAファイルを含むフォルダーのパス

サンプルシートの設定項目

32

サンプルシートの作成 – Sample Selection

v1.1 v1.2

Add Blank Row → 行の追加

33

サンプルシートの作成 – Sample Selection

v1.1 v1.2

入力に不備：Invalid

Sample ID, Manifest, Index 1&2, Genome Folder(v1.2) に入力

34

サンプルシートの作成 – Sample Selection

v1.1 v1.2

インデックスの選択

35

サンプルシートの作成 – Sample Selection

v1.1 v1.2

入力完了：Valid

Finish → 終了

36

サンプルシートの例

v1.1 v1.2

37

ランの準備：サンプルシートをMiSeq のPC上へ

MiSeq Control Software (MCS) で指定

C:¥Illlumina¥MiSeq Control Software¥SampleSheet

ランの開始：ランフォルダーのルートへコピー

ランの終了：サンプルシートは MiSeq Reporter software

による二次解析へ

MiSeq からのサンプルシートの利用

38

39

40

41

マニフェストファイルのダウンロード

https://icom.illumina.com/Custom/Index

TruSeq Custom Amplicon (TSCA)

42

43

Documents:

Illumina Experiment Manager Guide https://my.illumina.com/download/summary/Do_qnPtQYkG3Inh3jPkOTA

MiSeq Sample Sheet Quick Reference Guide

https://icom.illumina.com/Download/Summary/q53DRWShtEy-U8XrRJz5Hg

MiSeq System User Guide https://icom.illumina.com/download/summary/uDUWEnvxcE22mfFTC95zwg

Additional Information

44

ご清聴ありがとうございました。

ご質問はtechsupport@illumina.comでも承ります。