instituto catalán de oncología la estadística aplicada en el programa de investigación...

Institut Català d'OncologiaInstituto Catalán de Oncología

La estadística aplicada en el Programa de Investigación

Epidemológica del Cáncer del Instituto Catalán de Oncología

Sara Tous BelmonteLlicenciada en Ciències i Tècniques Estadístiques

(Universitat Politècnica de Catalunya, 2008)

Jornades de Consultoria Estadística i Software II

Centre de Recerca Matemàtica, SEA, UAB

23 de Octubre de 2013

ICO L’Hospitalet. Programa de Investigación Epidemiológica del Càncer


Índice de la presentación

• Instituto Catalán de Oncología (ICO)

• Programa de Investigación Epidemiológica del Cáncer (PREC)

• El rol del estadístico en el PREC

• Mi experiencia de 8 años en el PREC/UNIC

ICO L’Hospitalet. Programa de Investigación Epidemiológica del Càncer


Instituto Catalán de Oncología (ICO)

ICO L’Hospitalet. Programa de Investigación Epidemiológica del Cáncer

• El Instituto Catalán de Oncología (ICO) es un centro público y monográfico sobre cáncer creado en 1995

• Único en todo el estado, sigue el modelo de los Comprehensive Cancer Centres que reúnen, en la misma organización, la asistencia, la prevención, la investigación y la formación especializada


Programa de Investigación Epidemiológica del Cáncer (PREC) (I)


• Objetivo: Investigación de las causas, el diagnóstico precoz y la prevención del cáncer.

• Jefe de programa: Francesc Xavier Bosch

• Líneas de investigación:

–Unidad de Nutrición, Ambiente y Cáncer (UNEC) y Laboratorio UNEC•Jefe de unidad: Carlos Alberto González

•Estudios desarrollados en el marco del Estudio Prospectivo Europeo sobre Dieta, Cáncer y Salud (EPIC), coordinando, en el ámbito europeo, las líneas de:

–Cáncer gástrico–Cáncer esofágico–Exposición al tabaco

•Estudios de interacción de la dieta, la susceptibilidad genética e infecciones por Helicobacter pylori

en la progresión de lesiones precursoras y en el origen del cáncer gástrico y del cáncer de esófago

•Estudios sobre la exposición a compuestos cancerígenos de la dieta, marcadores biológicos deexposición (adductos) y su interacción con genes metabólicos y su relación con el riesgo de cáncer

•Estudios sobre el riesgo atribuible al tabaco en la incidencia y mortalidad por cáncer en Europay su relación con la obesidad

•Estudios sobre cáncer de páncreas


Programa de Investigación Epidemiológica del Cáncer (PREC) (II)

–Unidad de Infecciones y Cáncer (UNIC) y Laboratorio Duran y Reynals de Infecciones y Cáncer

•Jefe de unidad: Sílvia de Sanjosé

•Estudios sobre cáncer y Virus del Papiloma Humano (VPH):–Estudios etiológicos sobre los cánceres de cérvix, vulva, vagina, ano, pene, cavidad oral, faringe y laringe

–Estudios sobre verrugas genitales–Estudios de modelización y evaluación económicas de las medidas de prevención del cáncer de cérvix–Ensayos clínicos de vacunación del VPH–Coordinación del ICO Information Centre on HPV & Cancer (http://www.hpvcentre.net)

–Coordinación del cribado de cáncer de cérvix en la Atención Primaria de Cataluña

•Linfomas:–Estudios sobre la etiología infecciosa de los linfomas malignos:–Estudios sobre factores de riesgo infecciosos, genéticos y medioambientales–Susceptibilidad genética e interacción gen-ambiente

•Laboratorio: Diversidad y evolución del virus del papiloma

•Coordinación del proyecto de formación on-line (http://www.e-oncologia.org/web/ico/presentacion)


http://www.hpvcentre.net/

http://www.e-oncologia.org/web/ico/presentacion


Programa de Investigación Epidemiológica del Cáncer (PREC) (III)


• Equipo humano formado por 71 profesionales

• Actividad 2012:– 189 publicaciones en revistas internacionales – 132 comunicacions en congresos – 6 libros y 3 capítulos de libros editados– 13 seminarios realizados– 20 doctorandos

Epidemiólogos35%

Laboratorio27%

Estadísticos14% Informáticos

7%

Secretariado7%

E-oncología7%

Otros3%


El rol del estadístico en el PREC

• Implicación global en los estudios nuevos:

– Solicitud de financiación– Diseño del estudio– Generación de formularios de recogida de datos– Depuración de bases de datos

– Análisis e interpretación de los resultados– Presentación en congresos– Publicación de artículos científicos

• Asesoramiento estadístico y/o colaboración en estudios ya iniciados

• Elaboración de cursos de formación en estadística

• Formación contínua



El rol del estadístico en el PREC. Metodología estadística y software• Diseño

– Cálculo del tamaño muestral– Diseño de formularios de recogida de datos– Generación y depuración de bases de datos

• Análisis descriptivo– Tablas de contingencia– Medidas de asociación– Comparación de medias y proporciones– Tests no paramétricos– Métodos de clasificación:

• Co-infecciones VPH• Biomarcadores

– Revisiones sistemáticas

• Software


• Modelos de regresión– (semi)Paramétricos:

• Lineal/Logística/de Cox de efectos fijos

• Modelos de medidas repetidas (efectos aleatorios)

• Splines• GAM• Meta-análisis

– No-paramétricos:• Bootstrap

• Otros– Modelos de coste-efectividad– Modelos de calibración de

cuestionarios– Análisis de interacción gen-gen /

gen-huésped– Ejercicios de simulación– …


Mi experiencia de 8 años en el PREC/UNIC (I)

• Estudio Retrospectivo Internacional para la determinación de la prevalencia y distribución de genotipos de VPH en cánceres anogenitales y de cabeza y cuello

(RIS HPV TT y HPV VVAPO)

– Muestras patológicas fijadas

– Variables recogidas:• País de origen• Año de diagnóstico• Edad al diagnóstico• Diagnóstico histológico

– Variables generadas:• Información patológica • Positividad por VPH• Genotipación del VPH


Reception and verificationRe-embeddingCuttingDyingDiagnosisCutting sandwichDiagnosisTesting and typing

Institut Català d'OncologiaInstituto Catalán de OncologíaICO L’Hospitalet. Programa de Investigación Epidemiológica del Cáncer

Cervix

VulvaVaginaPenis

Anus

OC/Pharynx/Larynx

Site of samples:

MEXICO

COLOMBIA

CHILE

PARAGUAY

PORTUGAL

SPAIN

CZECH REPUBLIC

TURKEYKOREA.S

VENEZUELA

FRANCE

AUSTRALIA

TAIWAN

GUATEMALA

PHILIPPINES

BANGLADESH

LEBANON

GREECE

ALGERIA

NIGERIAUGANDA

MOZAMBIQUE

CHINA

JAPAN

INDIATHAILAND

USA

HONDURAS

PERU

BRAZIL

ARGENTINA

NETHERLANDS

CROATIABOSNIA-HZ

IT

AUSTRIA

POLAND

KUWAIT

BELARUS

ECUADOR

NEW ZEALAND

ISRAEL

GERMANY

MALI

SENEGAL

UK

URUGUAY

SLOVENIA

>45.000muestras


Argentina: Estela Irene Albanesi (Ministerio de Salud de la Provincia de Buenos Aires); Virginia Estrada, Sandra Erzi (Hospital San Juan de Dios); Susana Miciquevich (Facultad de Odontología de la UNLP); Australia: Gerard Vincent Wain, Catherine Jane Kennedy, Yoke-Eng Chiew (Gynaecological Oncology, Westmead Hospital); Raghwa Sharma (Department of Tissue Pathology and Diagnostic Oncology, University of Sydney and University of Western Sydney Westmead Hospital); Bangladesh: Ashrafun Nessa, AJE Nahar Rahman, Mohammed Kamal (Bangabandhu Sheikh Mujib Medical University – BSMMU); Faruk Ahmed (Dhaka Medical College Hospital); Belarus: Halina Viarheichyk, Sitnikov Valeriy (Gomel State Medical University); Achynovich Searhei (Gomel Regional Clinical Oncological Hospital); Bolivia: Pablo Sitic Vargas, Edith Claros (Insituto Oncologico del Oriente); Bosnia Herzegovina: Ermina Iljazovic (University Clinical Center Tuzla BiH); Chile: Rodrigo Prado, Carla Molina, rosa Muñoz (Centro de Oncología Preventiva, Facultad de Medicina, Universidad de Chile); Ximena Rodriguez, Marisol Guerrero,Virginia Leiva, Elsa Olave, Claudia Ramis, Viviana Toro (Hospital de San José); Colombia: Enrique Cadena, Raúl Murillo, Gustavo Adolfo Hernández Suárez, Carlos Eduardo Pinzón (Instituto Nacional de Cancerología); Manuel enrique González, Sandra Arauchan (Onmédica Investigación, Córdoba); Czech Republic: Jan Laco (Faculty Hospital Hradec Kralove); Ecuador: Leopoldo Tinoco (Hospital Oncológico Solca-Quito); Juan Carlos Ruíz Cabezas, Fernando Camacho, Rina Quinto, Leyda Jaramillo (Solca Laboratory, Guayaquil); France: Valerie Costes, Renaoud Garre, Anne Sophie Ramayl (Hospital Gui de Chauliac-Department de Pathologie); Massimo Tommasino (International Agency for Research on Cancer); Germany: Michael Pawlita, Dana Holzinger, Gordana Halec (Department Genome Changes and Carcinogenesis, Heildelberg); Falko Fend, Thorsten Biegner (Institute of Pathology,University Hospital Tuebingen); Guatemala: Hesler Morales Mérdia, Marcos Mauricio Siliezar Tala (Instituto de Cancerologia Dr. Bernardo del Valle S ); Honduras: Annabelle Ferrera (Escuela de Microbiología, Universidad Nacional Autónoma de Honduras); Flora Duarte Muñoz, Marco Molinero, Luxely Toledo, Eda Sofía Calix, Nelly Sarai Padilla (Centro de Cáncer Emma Romero Callejas, Tegucigalpa); India: Asha Jain (Cancer Prevention and Relief Society Raipur); Sushil K Giri (Regional Cancer Center, Cuttack); Maheep Bhalla (JLN Hospital & Research Center,BSP, Bhilai); Bharat Patel (Lab One Raipur); PSA Sarma (BSP Hospital); Ravi Mehrotra, Mamta Singh (M.L.N Medical College, Allahabad); Neerja Bhatla (Institute of Medical Science New Dehli); Italy: Maria Benevolo, Renato Covello, Giuseppe Spriano, Amina Vocaturo (Regina Elena Cancer Istitute); Republic of Korea: Hai-Rim Shin, Jin-Kyung Oh (National Cancer Center); Shin Gwang Kang (Asian Medical Center); Dong-chul Kim (Kangnam St. Mary's Hospital); Mali: Bakarou Kamate, Cathy Ndiaye (Hospital National DU Point G); Mexico: Isabel Alvarado-Cabrero (Instituto Mexicano del Seguro Social); Marco Antonio Duran Padilla, Patricia Alonso Viveros, Maria Esther Gutiérrez Díaz Ceballos (Hospital General de México, México DF); Rubén López-Revilla, Claudia Magaña-León (Instituto Potosino de Investigación Científica y Tecnológica, AC); Cuauhtémoc Oros (Hospital Central Ignacio Morones Prieto, San Luis Potosí); Nigeria: A.A.F. Banjo, F.B. Abdulkareem, A.O. Daramola, C.C. Anunobi, R.U. Anorlu (Lagos University Teaching Hospital Idi-Araba); Sani Malami, Ali Bala Umar (Faculty of Medicine, Bayero University); Paraguay: Elena Kasamatsu, Antonio Leoploldo Cubilla, Francisco Perrota (Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud, Universidad Nacional de Asunción); Philippines: Celia Ladines Llave, Jean Anne Toral (Cervical Cancer Prevention Center, Cancer Institute); Efren Javier Domingo, Jericho Thaddeus P. Luna, Maria Julieta V. Germar, Arnold M. Fernandez, Carolyn Zalameda Castro, Roslyn Balacuit (University of the Philippine College of Medicine General Hospital); Poland: Tomasz Szafaroswski (Czerniakowski Hospital); Portugal: Ana Felix, Jorge Manuel Soares (Instituto Portugues de Oncologia de Lisboa Francisco Gentil); Senegal: Cathy Ndiaye, Nafissatou Ndiaye Ba, Victorino Mendes (HOGGY stands for Hôpital Général de Grand Yoff ; DANTEC - Hôpital A. Le Dantec; FAC - Faculté de Médecine - Université Cheikh A. Diop); Slovenia: Mario Poljak, Boštjan J. Kocjan, Nina Gale, Polona J. Maver (Institute of Microbiology and Immunology, Ljubljana); Spain: Belén Lloveras, Gemma Martín (hospital del Mar); Llúcia Alós (Hospital Clínic i Provincial de Barcelona); Julio Velasco Alonso, Cristina Pérez (Hospital San Agustín); Maria Alejo (Hospital General de l ’Hospitalet); Xavier Leon, Miquel Quer (Hospital de Sant Pau); Marcial García Rojo, Lucía González López, Matías cuesta Gil (Hospital General Universitario de Ciudad Real); Laia Alemany, Francesc Xavier Bosch, Ignacio G. Bravo, Vanesa Camón, Xavier Castellsagué, Omar Clavero, Silvia de Sanjosé, Anna Esteban, José M. Godínez, Yolanda Florencia, Joellen Klaustermeier, Marisa Mena, Nubia Muñoz, Beatriz Quirós, Cristina Rajo, Sara Tous, Marleny Vergara (Institut Català d’Oncologia); The Netherlands: Wim G.V. Quint, Anco C. Molijn, Daan T. Geraets, Núria Guimerà (DDL Diagnostic Laboratory); Chris J.L.M Meijer (Vrije Universiteit Medical Center); Turkey: Ruacan Arzu (Hacettepe University); UK: Henry Kitchener (School of Medicine, University of Manchester); Robyn Davies, Godfrey Wilson (Manchester Royal Infirmary); Mehanna Hisham, Davy Rapozo, Whitmore Shelley, James Sean (UHCW NHS Trust); USA: Marc Wendy Cozen, Marc T. Goodman, Brenda Y. Hernández, Charles Lynch, Daniel B. Olson, Freda R. Selk (Cancer Center, Hawaii-Iowa); Edyta C. Pirog (New York Hospital - Cornell Medical Centre); Venezuela: Pablo Dabed (Universidad Central de Venezuela)

>30Países

>50Centros

>150 Investigatores

Upd

ated

: S

epte

mbe

r, 2

013

• Estudio Retrospectivo Internacional para la determinación de la prevalencia y distribución de genotipos de VPH en cánceres anogenitales y de cabeza y cuello (RIS HPV TT y HPV VVAPO)



• Estudio Retrospectivo Internacional para la determinación de la prevalencia y distribución de genotipos de VPH en cánceres anogenitales y de cabeza y cuello

(RIS HPV TT y HPV VVAPO)

– Creación de formularios de recogida de datos – Coordinación del procesamiento de las muestras– Análisis de los controles de calidad entre laboratorios

– Modelos de regresión logística

– Estimación de la contribución relativa de los genotipos

de VPH según región geográfica, año de diagnóstico,

edad de diagnóstico e histología del cáncer

Mi experiencia de 8 años en el PREC/UNIC (I)


Cervix

Vulva

Vagina

Penis

Anus

OC/Pharynx/Larynx

Site of samples:

Samples received*: Cervix- 15,792 Vulva- 2,543 Vagina- 780 Penis- 1,194 Anus- 726 OC/Pharynx/Larynx- 2,114

MEXICO

COLOMBIA

CHILE

PARAGUAY

PORTUGAL

SPAIN

CZECH REPUBLIC

TURKEY

KOREA.S

VENEZUELA

FRANCE

AUSTRALIA

TAIWAN

GUATEMALA

PHILIPPINES

BANGLADESH

LEBANON

GREECE

ALGERIA

NIGERIA

UGANDA

MOZAMBIQUE

CHINA

JAPAN

INDIA

THAILAND

USA

HONDURAS

PERU

BRAZIL

ARGENTINA

NETHERLANDS

CROATIA

BOSNIA-HZ

IT

AUSTRIA

POLAND

KUWAIT

BELARUS

ECUADOR

NEW ZEALAND

ISRAEL

[*Samples received: include invasive cancer cases, pre-neoplasic lesions and controls]

Updated: April, 2011

GERMANY

MALI

SENEGAL

UK

URUGUAY

SLOVENIA

0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100

+68 or 73

+59

+51

+39

+58

+35

+52

+33

+31

+45

+18

16

%

61.1%

9.3%

5.5%

4.5%

4.3%

2.5%

2.0%

1.8%

1.5%

1.5%

1.2%

1.1%

HPV type distribution in 10,575 cervical cancer cases


Mi experiencia de 8 años en el PREC/UNIC (II)• Estudio Retrospectivo Internacional para la determinación de la prevalencia y distribución

de genotipos de VPH en cánceres anogenitales y de cabeza y cuello (RIS HPV TT y HPV VVAPO)

• Imputación de missings: STATA command: impute depvar indepvars [if] [in] [weight] , generate(newvar1) [options]

• Métodos de clasificación:GNU R & IGRAPH (http://www.r-project.org/)

• Modelos de efectos aleatorios:

para el estudio de las

co-infecciones por VPH

STATA command: xtmepoisson depvar [fe_equation] || re_equation [|| re_equation ...] [, options]

– Producción científica: – 23 artículos publicados. A destacar:

• de Sanjosé et al. Lancet Oncology 2010 (cérvix)• de Sanjosé et al. European Journal of Cancer 2013 (vulva)

– 11 artículos en preparación.



Mi experiencia de 8 años en el PREC/UNIC (II)


• Estudios de comparación de diferentes técnicas de determinación clínica del VPH

– Metodología estadística:• Generación del formularios de recogida de datos• Análisis descriptivo• Tablas de contingencia• Medidas de asociación (concordancia, sensibilidad, especificidad, VPP, VPN)

– Producción científica:• Pérez C et al. 2012 Diagnostic molecular Pathology 2012• Godínez JM et al. Infectious Agents and Cancer 2011• Godinez J et al. (en preparación)


Mi experiencia de 8 años en el PREC/UNIC (III)• Estudio prospectivo de recurrencia/recidiva sobre una cohorte de mujeres con

lesiones cervicales de alto grado tratadas con una conización

– Metodología estadística:• Modelos de regresión logística• Análisis de supervivencia y Regresión de Cox

– Producción científica• Fernández MA et al. (en preparación)

• Estudio Prospectivo de pacientes con cáncer de Orofaringe (fase de reclutamiento)

• Estudio retrospectivo de una población australiana con verrugas genitales (N 700)

– Metodología estadística:• Estimación de la contribución relativa de los genotipos de VPH• Modelos de regresión logística• Análisis de correspondencias

– Producción científica:• Pimenoff VN et al. (en preparación)



Mi experiencia de 8 años en el PREC/UNIC (IV)

• Formación– 10 cursos en el ámbito de la estadística– 12 cursos relacionados con la actividad profesional

• Presentaciones congresos– 32 internacionales– 4 nacionales

• Publicaciones:– 15 revistas científicas internacionales– 1 revista científica nacional



• Implicación global en los proyectos

• Conocimiento exhaustivo de los temas de investigación

• Relación estrecha con los investigadores

• Posibilidad de reflexión sobre los análisis a realizar

• Promoción laboral

• Financiación (becas, cursos, congresos, …)


Mi experiencia de 8 años en el PREC/UNIC. Conclusiones


Agradecimientos

• PREC• Xavier, Silvia, Xavi• Laia Alemany y Bea Quirós• Mireia Díaz• Equipo Tumores viejos• Yolanda Benavente• Ramón Clèries• Esther Roura

• Servei Estadística de l’Autònoma


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¡MUCHAS GRACIAS!¿Preguntas?

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