introdução a dep genômica
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Prof. Raysildo B. Lôbo ANCP - USPTRANSCRIPT
INTRODUCAO A DEP GENÔMICA
Prof. Raysildo B. Lôbo
ANCP - USP
= G + E
FENÓTIPO Mérito Genético
Nutrição
Manejo
Sanidade
Mudanças transmitidas
de pai/mãe para filho
Mudanças
Temporárias
Contribuição do reprodutor
• ½ do Mérito Genético
Mérito Genético do Animal ½ Mérito Genético
DEP
Diferença Esperada na Progênie (DEP)
Prediz a habilidade de transmissão genética de um animal avaliado como PROGENITOR.
DEP- Efeitos
DEP para efeito direto: previsão da habilidade
de transmitir genes de crescimento ou
fertilidade à progênie.
DEP para efeito materno: diferença esperada
em peso da progênie das filhas do reprodutor,
ou seja, netos.
Base Genética
A base genética (zero) é determinada pelos valores das DEPs dos “animais fundadores”.
Animais fundadores são aqueles sem pedigree de um ou de ambos os pais.
A base genética é específica para cada avaliação.
Acurácia
Mede a confiança no valor da DEP
Depende do número de informações disponíveis do animal
DEP – Informações Utilizadas
DEP Pedigree DEP Interina DEP Progênie
Informações Pais/Parentes
Pais/Parentes
Performance
própria
Pais/Parentes
Performance própria
e das progênies
Uso Animais jovens
TE/FIV
Animais jovens
Animais sem
progênies
Animais com
progênies
Acurácia Muito baixa Baixa Média a Alta
Acurácia
A seleção deve ser baseada no valor da DEP, a acurácia será usada como guia da intensidade de uso dos reprodutores.
+ 10
Touro A DEP = + 10 kg Touro C
Acc. = 0,90 Acc. = 0,30
A C
O que são Marcadores Genéticos?
O que são Marcadores?
Marcador Genético
Aquele que segrega segundo as Leis de Mendel.
Referências
Discrimina
Classifica
SNP Polimorfismos de nucleotídeo único que pode variar de
animal para animal
IDEAL
Alteração no SNP
Alteração Fenotípica
Animal 1 C/G: menor IPP Animal 2 T/A: maior IPP
RARAMENTE UM ÚNCO SNP É RESPONSÁVEL POR VARIAÇÃO EM CARACTERÍSTICAS DE INTERESSE ECONÔMICO
Modelo Animal
1980
Seleção Assistida
Marcadores
1995
Seleção Auxiliada Genômica
2009
Seleção Genômica
2009
Seleção Auxiliada pela
Genômica
2011
Nelore
Evolução das Avaliações Genéticas
AG: tradicional x Auxiliada pelo Genômica
Resultados Preliminares
Avaliação Auxiliada pela Genômica
DEP
PROGÊNIES e COLATERAIS
+ FENÓTIPO
+ PEDIGREE
Irmãos
Filhos Gim de Garça
Dumu
Karvardi Imp.
Mara Imp.
Dahi
Survana Imp.
Cartomante
Netos
AG TRADICIONAL
AG Auxiliada pela Genômica
Irmãos
Filhos Gim de Garça
Dumu
Karvardi Imp.
Mara Imp.
Dahi
Survana Imp.
Cartomante
Netos
PEDIGREE
+ FENÓTIPO
+ PROGÊNIES E COLATERAIS
DEP/AG
+
VALOR MOLECULAR PREDITO
O que é DEP Auxiliada pela Genômica?
É a DEP calculada com informações de pedigree,
desempenho próprio e de progênies, acrescida dos Valores
Moleculares (MVPs). A interpretação é similar a da DEP
TRADICIONAL com as vantagens de aumentar a acurácia dos
animais jovens, diminuir o intervalo de gerações e os custos do
teste de progênie.
Efeito dos Marcadores Moleculares na Acurácia
Número aproximado de equivalente progênie
Característica h² r
Média
Acurácia
Pedigree
Média
Acurácia
Molecular
Mudança
Média
Número
aproximado
equivalente
progênie
IPP 0,11 0,40 0,13 0,25 0,12 10
PP30 0,24 0,32 0,10 0,19 0,09 3
PAC 0,20 0,27 0,12 0,20 0,08 4
STAY 0,12 0,38 0,13 0,21 0,08 6
MP120 0,11 0,23 0,12 0,19 0,07 6
P120 0,23 0,24 0,13 0,30 0,17 8
P365 0,32 0,21 0,15 0,35 0,20 7
P450 0,34 0,16 0,15 0,35 0,20 6
PE365 0,40 0,28 0,11 0,26 0,15 4
PE450 0,43 0,28 0,12 0,27 0,15 3
AOL 0,35 0,31 0,12 0,29 0,17 5
ACAB 0,35 0,09 0,12 0,25 0,13 3
Conclusão
• Aumento da Acurácia de animais jovens e da Pressão de Seleção
• Redução do intervalo de gerações
• Redução do tempo de teste de touros da RP
• Maior ganho genético e lucro
Seleção Auxiliada pela Genômica