jan vejvalka: klasifikace, terminologie a ontologie v medicíně
TRANSCRIPT
![Page 1: Jan Vejvalka: Klasifikace, terminologie a ontologie v medicíně](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062412/5887364b1a28abc0748b5f3b/html5/thumbnails/1.jpg)
Klasifikace, terminologie a ontologie v medicíně
Jan Vejvalka
2. LF UK / FN Motol
![Page 2: Jan Vejvalka: Klasifikace, terminologie a ontologie v medicíně](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062412/5887364b1a28abc0748b5f3b/html5/thumbnails/2.jpg)
Klasifikace
Mezinárodní klasifikace nemocí (ICD/MKN)
Mezinárodní klasifikace procedur v medicíně (ICPD)
Číselníky (např.) VZP
Klasifikace diagnóz DRG
Umožnit kvantifikaci, statistiku, srovnávání, atd.
![Page 3: Jan Vejvalka: Klasifikace, terminologie a ontologie v medicíně](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062412/5887364b1a28abc0748b5f3b/html5/thumbnails/3.jpg)
Klasifikace
Přiřazování jednotlivostí do tříd.
Individualia vs. universalia.
![Page 4: Jan Vejvalka: Klasifikace, terminologie a ontologie v medicíně](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062412/5887364b1a28abc0748b5f3b/html5/thumbnails/4.jpg)
Příklady individuálií (?)
jámůj kardiologmé srdcemůj krevní tlaktoto měření mého krevního tlakumůj zvýšený krevní tlak
![Page 5: Jan Vejvalka: Klasifikace, terminologie a ontologie v medicíně](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062412/5887364b1a28abc0748b5f3b/html5/thumbnails/5.jpg)
Příklady universálií
lidská bytostrole pacientarole lékařelidské srdcekrevní tlakměření krevního tlakuhypertense
![Page 6: Jan Vejvalka: Klasifikace, terminologie a ontologie v medicíně](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062412/5887364b1a28abc0748b5f3b/html5/thumbnails/6.jpg)
Terminologie
Jednoznačné a obecně přijímané označování univerzálií.
Základ pro klasifikaci: rozhodnutelnost.
Terminologie a autorita.
Ale: univerzálnost autority, národní (lokální ?) terminologie...
.... a co jsou to vůbec ta universalia ?
![Page 7: Jan Vejvalka: Klasifikace, terminologie a ontologie v medicíně](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062412/5887364b1a28abc0748b5f3b/html5/thumbnails/7.jpg)
Systematizovaná nomenklatura (SNOMED)
Standardizovaná terminologie, hierarchický systém
Původně SNOP – College of American Pathologists
SNOMED CT – Clinical Terms
SNOMED RT – Reference Terminology
Řada aplikací, národní systém terminologie (UK)
Komerční vývoj, licencování
![Page 8: Jan Vejvalka: Klasifikace, terminologie a ontologie v medicíně](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062412/5887364b1a28abc0748b5f3b/html5/thumbnails/8.jpg)
Medical Subject Headings (MeSH)
Standardizovaná terminologie
Hierarchický systém
Thesaurus (wiki: termíny a příbuzné termíny)
Jasný účel: indexování a hledání informačních zdrojů
Vztahy mezi pojmy: využití při hledání (expanded search)
![Page 9: Jan Vejvalka: Klasifikace, terminologie a ontologie v medicíně](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062412/5887364b1a28abc0748b5f3b/html5/thumbnails/9.jpg)
Medical Subject Headings (MeSH)# Eight new descriptors:Influenza A Virus, H1N1 SubtypeInfluenza A Virus, H2N2 SubtypeInfluenza A Virus, H3N2 SubtypeInfluenza A Virus, H3N8 SubtypeInfluenza A Virus, H5N1 SubtypeInfluenza A Virus, H5N2 SubtypeInfluenza A Virus, H7N7 SubtypeInfluenza A Virus, H9N2 Subtype
# Three descriptors deleted:Influenza A Virus, AvianInfluenza A Virus, HumanInfluenza A Virus, Porcine
![Page 10: Jan Vejvalka: Klasifikace, terminologie a ontologie v medicíně](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062412/5887364b1a28abc0748b5f3b/html5/thumbnails/10.jpg)
Mezinárodní klasifikace nemocí
Klasifikace určená pro srovnávání zdravotního stavu populací
Omezený užitek pro popis konkrétních situací (banální případy)
Hierarchie spíše jako klíč ke třídění (jiné záněty; nemoci infekční vs. kožní)
(Obliba u zdravotnické veřejnosti)
![Page 11: Jan Vejvalka: Klasifikace, terminologie a ontologie v medicíně](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062412/5887364b1a28abc0748b5f3b/html5/thumbnails/11.jpg)
UMLS - Unified Medical Language System
Projekt US National Library of Medicine
Tři základní části:Metathesaurus
Semantic Network
SPECIALIST Lexicon
![Page 12: Jan Vejvalka: Klasifikace, terminologie a ontologie v medicíně](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062412/5887364b1a28abc0748b5f3b/html5/thumbnails/12.jpg)
UMLS Metathesaurus ®
Slovník, sestavený z více než 100 různých informačních zdrojů (SNOMED, MeSH, ICD10...)
Termíny jsou seskupeny, resp. začleněny do jednotlivých „Pojmů“ (angl. „Concept“)
Každý pojem má unikátní „Concept ID“
Pokud příslušný informační zdroj obsahuje relace,spojující pojem s jinými pojmy (is_a, is_part_of), jsou tyto relace v Metathesauru zachovány
![Page 13: Jan Vejvalka: Klasifikace, terminologie a ontologie v medicíně](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062412/5887364b1a28abc0748b5f3b/html5/thumbnails/13.jpg)
UMLS Metathesaurus ®
Možnost přidávat/odebírat vlastní informační zdroje
Slouží jako základ pro druhé dvě součásti UMLSKaždý pojem má přiřazen jeden ze sémantických typů „UMLS Semantic Network“
![Page 14: Jan Vejvalka: Klasifikace, terminologie a ontologie v medicíně](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062412/5887364b1a28abc0748b5f3b/html5/thumbnails/14.jpg)
UMLS Semantic Network
Pokus o ontologii postavenou nad pojmy Metathesauru
135 sémantických typů
54 relací
(associated_with, physically_related_to, part_of, contains, consists_of, ...)
![Page 15: Jan Vejvalka: Klasifikace, terminologie a ontologie v medicíně](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062412/5887364b1a28abc0748b5f3b/html5/thumbnails/15.jpg)
UMLS SPECIALIST Lexicon
Syntaktický, morfologický a ortografický slovník anglických biomedicínských termínů.
(pro nástroje pro porozumění textu)
![Page 16: Jan Vejvalka: Klasifikace, terminologie a ontologie v medicíně](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062412/5887364b1a28abc0748b5f3b/html5/thumbnails/16.jpg)
UMLS - Unified Medical Language System
Cíl: Vývoj počítačových systémů, které se chovají jako by „rozuměly“ jazyku biomedicíny
Použití zdarmaRůzné licence pro jednotlivé informační
zdroje Metathesauru®
![Page 17: Jan Vejvalka: Klasifikace, terminologie a ontologie v medicíně](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062412/5887364b1a28abc0748b5f3b/html5/thumbnails/17.jpg)
Ontologie
Ontologie (řec.) jest nauka o jsoucnu jakožto absolutním kladu a proto tolik jako metafysika. (O.S.N.)
Ontologie je explicitní specifikace konceptualizace. (wiki)
![Page 18: Jan Vejvalka: Klasifikace, terminologie a ontologie v medicíně](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062412/5887364b1a28abc0748b5f3b/html5/thumbnails/18.jpg)
Ontologie
- Reprezentace pojmů a vztahů mezi nimi
- Určená pro automatické zpracování ve výpočetních systémech
- Ontologie je datový model (wiki)
![Page 19: Jan Vejvalka: Klasifikace, terminologie a ontologie v medicíně](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062412/5887364b1a28abc0748b5f3b/html5/thumbnails/19.jpg)
Ontologie
Systém
- pojmů
- vlastností
- vztahů
(Hierarchie je jednoduchá ontologie)
![Page 20: Jan Vejvalka: Klasifikace, terminologie a ontologie v medicíně](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062412/5887364b1a28abc0748b5f3b/html5/thumbnails/20.jpg)
Ontologie
- doménová ontologie: popis vztahů v nějaké pojmové oblasti
- základní ontologie (foundation, upper): universalia
(- co je obecné a co je zvláštní ?)
![Page 21: Jan Vejvalka: Klasifikace, terminologie a ontologie v medicíně](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062412/5887364b1a28abc0748b5f3b/html5/thumbnails/21.jpg)
Ontologie a medicína
Klasifikace, thesaury (a ontologie):
- nároky na universálnost
vs.
- doménová povaha medicíny
- doménová platnost pojmů a vztahů
![Page 22: Jan Vejvalka: Klasifikace, terminologie a ontologie v medicíně](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062412/5887364b1a28abc0748b5f3b/html5/thumbnails/22.jpg)
Domény – rozsah domén
ICNP: International Classification of Nursing Practice
Oficiální stávka je typ průmyslového konfliktu s touto specifickou charakteristikou: konflikt v souladu se systémem dohod za účelem získání lepších pracovních podmínek, obvykle odmítáním pokračovat v práci.
Neoficiální stávka (divoká stávka) je typ průmyslového konfliktu s touto specifickou charakteristikou: konflikt, který není v souladu se systémem dohod za účelem získání lepších pracovních podmínek, obvykle odmítáním pokračovat v práci.
![Page 23: Jan Vejvalka: Klasifikace, terminologie a ontologie v medicíně](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062412/5887364b1a28abc0748b5f3b/html5/thumbnails/23.jpg)
Domény – granularita(a relevantnost)
ICNP vs. nástroje pro hodnocení sebepéče
Sebeobsluha v ICNP: 46 termínů vč. stlačování, sebevražda, bulimie...
Sebeobsluha v praxi: 36 parametrů uspořádaných do 4 komplexních testů
![Page 24: Jan Vejvalka: Klasifikace, terminologie a ontologie v medicíně](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062412/5887364b1a28abc0748b5f3b/html5/thumbnails/24.jpg)
Domény - femur
Femur je kost
Kost je ohraničená prostorová struktura
Je zlomený femur femur ?
Je malformovaný femur femur ?
Femur je něco jiného pro anatoma, pro ortopeda, pro autora programu pro rozpoznávání obrazu ?
Co je to femur ???
![Page 25: Jan Vejvalka: Klasifikace, terminologie a ontologie v medicíně](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062412/5887364b1a28abc0748b5f3b/html5/thumbnails/25.jpg)
Domény - hmotnost
Hmotnost
Hmotnost ve vztahu k proporcionalitě
Hmotnost ve vztahu k prospívání
Hmotnost v zátěžové medicíně
Hmotnost jako fyzikální veličina
![Page 26: Jan Vejvalka: Klasifikace, terminologie a ontologie v medicíně](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062412/5887364b1a28abc0748b5f3b/html5/thumbnails/26.jpg)
Doménové ontologie
Hmotnost
Hmotnost ve vztahu k proporcionalitěHmotnost ve vztahu k prospíváníHmotnost v zátěžové medicíněHmotnost jako fyzikální veličina
![Page 27: Jan Vejvalka: Klasifikace, terminologie a ontologie v medicíně](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062412/5887364b1a28abc0748b5f3b/html5/thumbnails/27.jpg)
Doménové ontologieOntology Alignment
Hmotnost ve vztahu k proporcionalitěHmotnost ve vztahu k prospíváníHmotnost v zátěžové medicíně
“Most” mezi doménami (je potřeba ?)
Hmotnost jako fyzikální veličina (?)
![Page 28: Jan Vejvalka: Klasifikace, terminologie a ontologie v medicíně](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062412/5887364b1a28abc0748b5f3b/html5/thumbnails/28.jpg)
Alignment ontologií
Jak poznat, že mluví-li se o hmotnosti, je to vždy tentýž pojem ? (nebo že není)
Explicitní specifikace pojmů a vztahů (základní ontologie)
Multioboroví odborníci ? (ontologie je subjektivní !)
Zpátky od pojmů k individuáliím - analýza dat
Domény a kontexty – analýza citací
![Page 29: Jan Vejvalka: Klasifikace, terminologie a ontologie v medicíně](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062412/5887364b1a28abc0748b5f3b/html5/thumbnails/29.jpg)
Ontologie v medicíně
- systémy pojmů a vztahů
- doménový charakter
- jak je udržovat (reprezentace známých pojmů a vztahů)
- jak (a kdy) je zarovnávat (alignment)