klinički zavod za kemiju kbc sestre milosrdnice...•dna profiling (dna fingerprinting)...
TRANSCRIPT
![Page 1: Klinički zavod za kemiju KBC Sestre milosrdnice...•DNA profiling (DNA fingerprinting) individualni jedinstveni DNA profil •razdvajanje dugačkih fragmenata (PR, RFLP, STR i VNTR](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022060500/5f1a976622819b12f8028e97/html5/thumbnails/1.jpg)
Klinički zavod za kemijuKBC Sestre milosrdnice
Tečaj HKMBAnalitičke tehnike u kliničkom laboratoriju: elektroforetske i kromatografske separacije
Farmaceutsko biokemijski fakultet, A. Kovačića 1, Velika predavaonica, 10.3.2018.
![Page 2: Klinički zavod za kemiju KBC Sestre milosrdnice...•DNA profiling (DNA fingerprinting) individualni jedinstveni DNA profil •razdvajanje dugačkih fragmenata (PR, RFLP, STR i VNTR](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022060500/5f1a976622819b12f8028e97/html5/thumbnails/2.jpg)
Odvajanje nukleinskih kiselina - CF u gradijentu • na osnovu razlike u brzini sedimentacije • dugotrajno, velike količine uzorka• teška oprema
ALTERNATIVA elektroforeza:• pokretljivost DNA u ionskim otopinama u električnom polju• gel matrica, vertikalni pločasti gelovi
• agar (prirodni ugljikohidrat)• agaroza (komponenta agara) postupno zamjenjuje agar• poliakrilamid sintetički gelovi, agaroza-akrilamid
• korelacija sa sedimentacijskim koeficijentom • otkriće RE + radioaktivno označavanje nukleinskih kiselina• cjevasti gel format preteča kapilarne elektroforeze • etidij bromid (EtBr)• horizontalni pločasti gelovi agaroze (McDonell i sur. )Analitička i preparativna primjena
• koristi se i u novim tehnologijama:• uređivanja genoma • sekvenciranje nove generacije (NGS)
Analitičke tehnike u kliničkom laboratoriju: Elektroforetske separacije nukleinskih kiselina (HKMB -10. ožujak 2018) 2
1960ih
1971
1972
1977
1967
![Page 3: Klinički zavod za kemiju KBC Sestre milosrdnice...•DNA profiling (DNA fingerprinting) individualni jedinstveni DNA profil •razdvajanje dugačkih fragmenata (PR, RFLP, STR i VNTR](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022060500/5f1a976622819b12f8028e97/html5/thumbnails/3.jpg)
Razlika pokretljivosti molekule ovisi izravno o:
veličini, obliku i naboju
Analitičke tehnike u kliničkom laboratoriju: Elektroforetske separacije nukleinskih kiselina (HKMB -10. ožujak 2018) 3
Preuzeto sa: https://www.thermofisher.com
![Page 4: Klinički zavod za kemiju KBC Sestre milosrdnice...•DNA profiling (DNA fingerprinting) individualni jedinstveni DNA profil •razdvajanje dugačkih fragmenata (PR, RFLP, STR i VNTR](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022060500/5f1a976622819b12f8028e97/html5/thumbnails/4.jpg)
• migracija DNA u slobodnoj otopini je neovisna o Mr• mehanizam razdvajanja u gelu – dva glavna modela:Ogstonov model • široko prihvaćen prosijavanje molekula manjih od pora matriksa• kratke, kružne, zapetljane molekule DNAReptacijski model (model zmije/gusjenice)• kada su molekule znatno veće od pora
Analitičke tehnike u kliničkom laboratoriju: Elektroforetske separacije nukleinskih kiselina (HKMB -10. ožujak 2018) 4
prema: Butler JM. Forensic DNA Typing. 2nd Ed, Elsevier Academic Press (2005)
kratka DNA duga DNA
Ogstonov model Reptacijski model
pore gela
![Page 5: Klinički zavod za kemiju KBC Sestre milosrdnice...•DNA profiling (DNA fingerprinting) individualni jedinstveni DNA profil •razdvajanje dugačkih fragmenata (PR, RFLP, STR i VNTR](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022060500/5f1a976622819b12f8028e97/html5/thumbnails/5.jpg)
Udaljenost migracije korelira s veličinom molekula
• moguće izračunati veličinu DNA nepoznatog uzorka
• samo za linearne dsDNA molekule:
Analitičke tehnike u kliničkom laboratoriju: Elektroforetske separacije nukleinskih kiselina (HKMB -10. ožujak 2018) 5
udaljenost migracije ~1
log(𝑀𝑟)
mo
biln
ost
log
(vel
ičin
a)
1000bp
100bp
10bp
![Page 6: Klinički zavod za kemiju KBC Sestre milosrdnice...•DNA profiling (DNA fingerprinting) individualni jedinstveni DNA profil •razdvajanje dugačkih fragmenata (PR, RFLP, STR i VNTR](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022060500/5f1a976622819b12f8028e97/html5/thumbnails/6.jpg)
Dvije izvedbe:1. horizontalna (tzv. submarine elektroforeza) 2. vertikalna
Različite veličine, ovisi o broju uzoraka i Mr DNA• šira kadica više uzoraka • dulja kadica više redaka / dulja migracija u gelu
Veći formati za:• polimorfizam duljine fragmenta (RFLP) • Southern blot
Mini formati za:• brzo razdvajanje i manji broj uzoraka
Analitičke tehnike u kliničkom laboratoriju: Elektroforetske separacije nukleinskih kiselina (HKMB -10. ožujak 2018) 6
![Page 7: Klinički zavod za kemiju KBC Sestre milosrdnice...•DNA profiling (DNA fingerprinting) individualni jedinstveni DNA profil •razdvajanje dugačkih fragmenata (PR, RFLP, STR i VNTR](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022060500/5f1a976622819b12f8028e97/html5/thumbnails/7.jpg)
Preuzeto sa: https://www.btlabsystems.com
Preuzeto sa: http://www.bio-rad.com
Preuzeto sa: https://www.agilent.com
![Page 8: Klinički zavod za kemiju KBC Sestre milosrdnice...•DNA profiling (DNA fingerprinting) individualni jedinstveni DNA profil •razdvajanje dugačkih fragmenata (PR, RFLP, STR i VNTR](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022060500/5f1a976622819b12f8028e97/html5/thumbnails/8.jpg)
Sastav ili gradijent pufera• nativna EF• alkalno denaturirajuća EF• gradijentna EF
Električno polje • elektroforeza pulsnog polja, PFGE
Matriksi• agaroza• poliakrilamid/PAGE (denaturirajući ili nativni)
• sredstva za denaturaciju (npr. NaOH + urea/formamid) • ssDNA (npr. tehnike SSCP, DGGE, ili DNA footprinting)• za kratke dsDNA• za RNA 20 - 60bp
• industrijske varijacije - različiti proizvođači• polimeri u uskim silikatnim kapilarama
Analitičke tehnike u kliničkom laboratoriju: Elektroforetske separacije nukleinskih kiselina (HKMB -10. ožujak 2018) 8
![Page 9: Klinički zavod za kemiju KBC Sestre milosrdnice...•DNA profiling (DNA fingerprinting) individualni jedinstveni DNA profil •razdvajanje dugačkih fragmenata (PR, RFLP, STR i VNTR](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022060500/5f1a976622819b12f8028e97/html5/thumbnails/9.jpg)
U obliku:
• tanke "ploče" pravokutnog oblika (horiz./vert. EF)
• kapilarna elektroforeza, mikrouzorak – danas• komercijalni sustav s gotovim gelom ispunjenim kapilarama
• brzo, osjetljivo i standardizirano izvođenje elektroforeze
Agarozni gelovi:
• ugljikohidrat iz morske trave
• velike pore (~200nm), brža migracija
Akrilamidni gelovi:
• polimer akrilamidnih skupina
• male pore (~20nm), spora migracija/bolja rezolucija
Komercijalne izvedenice agaroze i PAG
• Clearose®, Spreadex®, TruPAGE™, Novex®…
Analitičke tehnike u kliničkom laboratoriju: Elektroforetske separacije nukleinskih kiselina (HKMB -10. ožujak 2018) 9
![Page 10: Klinički zavod za kemiju KBC Sestre milosrdnice...•DNA profiling (DNA fingerprinting) individualni jedinstveni DNA profil •razdvajanje dugačkih fragmenata (PR, RFLP, STR i VNTR](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022060500/5f1a976622819b12f8028e97/html5/thumbnails/10.jpg)
• Gustoća gela• Veličina i linearnost DNA • Konformacija DNA • Priprema uzorka• Napon i vrijeme• Pufer (Tris/acetat/EDTA – TAE, Tris/borat/EDTA - TBE)
• Koncentracija boje pri bojenju gela (npr. EtBr)
Elektroforeza RNA:• provjera kontaminacije genomskom DNA • eukariotska RNA 28s i 18s rRNA• provjera degradacije RNA (razmazana vrpca)
Analitičke tehnike u kliničkom laboratoriju: Elektroforetske separacije nukleinskih kiselina (HKMB -10. ožujak 2018) 10
![Page 11: Klinički zavod za kemiju KBC Sestre milosrdnice...•DNA profiling (DNA fingerprinting) individualni jedinstveni DNA profil •razdvajanje dugačkih fragmenata (PR, RFLP, STR i VNTR](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022060500/5f1a976622819b12f8028e97/html5/thumbnails/11.jpg)
Aem 605 nm
Aabs210/285nm (UV)
Preuzeto sa: https://www.hoelzel-biotech.com/en/infothek/nucleic-acid-detection/
Analitičke tehnike u kliničkom laboratoriju: Elektroforetske separacije nukleinskih kiselina (HKMB -10. ožujak 2018) 11
![Page 12: Klinički zavod za kemiju KBC Sestre milosrdnice...•DNA profiling (DNA fingerprinting) individualni jedinstveni DNA profil •razdvajanje dugačkih fragmenata (PR, RFLP, STR i VNTR](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022060500/5f1a976622819b12f8028e97/html5/thumbnails/12.jpg)
GelRed•Biotium•sličan EtBr,osjetljiviji•dsDNA, ssDNA i RNA•nije kancerogen •nije toksičan
Amax ~ 280nmEmax ~ 590nm
SYBR Green I •Molecular Probes•karcinogen
Amax497nmEmax 520nm
GelGreen•Biotium•manje toksičan •dsDNA, ssDNA i RNA
Amax~500nmEmax ~520nm
Ostale cijaninske boje•SYBR Green II (za bojenje ssDNA i RNA)•SYBR Gold (pojačana osjetljivost)•Safe-green (manja toksičnost)
Etidij bromid•1950ih (homidium)•>20ng DNA/RNA 20X jači intenzitet
•mutagen•karcinogen
Amax210/285nmEmax 610nm
Analitičke tehnike u kliničkom laboratoriju: Elektroforetske separacije nukleinskih kiselina (HKMB -10. ožujak 2018) 12
![Page 13: Klinički zavod za kemiju KBC Sestre milosrdnice...•DNA profiling (DNA fingerprinting) individualni jedinstveni DNA profil •razdvajanje dugačkih fragmenata (PR, RFLP, STR i VNTR](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022060500/5f1a976622819b12f8028e97/html5/thumbnails/13.jpg)
DNA standardi (Molecular Weight Markers)
• usporedba duljine fragmenata nepoznatog uzorka
• različitih duljina ili ljestvica (ladder)
184bp
124bp
213bp
234bp
267bp
MWM 1 2 3 4 5 6
Analitičke tehnike u kliničkom laboratoriju: Elektroforetske separacije nukleinskih kiselina (HKMB -10. ožujak 2018) 13
![Page 14: Klinički zavod za kemiju KBC Sestre milosrdnice...•DNA profiling (DNA fingerprinting) individualni jedinstveni DNA profil •razdvajanje dugačkih fragmenata (PR, RFLP, STR i VNTR](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022060500/5f1a976622819b12f8028e97/html5/thumbnails/14.jpg)
Dijelovi• UV transiluminator (260-300-312nm)• kamera ili scanner• software za očitavanje i analizu• pojedinačno ili kao gel imaging sustav
By Bonnvenn - Own work, CC BY-SA 3.0, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=7861132
http://www.gelanalyzer.com/
![Page 15: Klinički zavod za kemiju KBC Sestre milosrdnice...•DNA profiling (DNA fingerprinting) individualni jedinstveni DNA profil •razdvajanje dugačkih fragmenata (PR, RFLP, STR i VNTR](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022060500/5f1a976622819b12f8028e97/html5/thumbnails/15.jpg)
Moguće varijacije:• količina i kvaliteta uzorka (5 – 8 – 10 – 12uL…)• postavke napona (60 - 80 - 100 - 120 - 150V…)• gustoća gela (0,5 - 0,8 - 1,0 - 2,0 - 5,0 - 10 - 16%)• duljina trajanja (15 – 30 – 60 – 120min …)• bojenje i vizualizacija (EtBr – GelRed – SYBR…)
Priprema gelova:• zahtjevan postupak:
• kuhanje agaroze, izlijevanje gela • priprema i pranje kalupa, polimerizacija akrilamida• problemi sa zaostalim mjehurićima zraka• nanošenje malih količina uzorka• prelijevanje uzorka iz jažica
• neurotoksičnost akrilamida, kancerogene boje
Analitičke tehnike u kliničkom laboratoriju: Elektroforetske separacije nukleinskih kiselina (HKMB -10. ožujak 2018) 15
![Page 16: Klinički zavod za kemiju KBC Sestre milosrdnice...•DNA profiling (DNA fingerprinting) individualni jedinstveni DNA profil •razdvajanje dugačkih fragmenata (PR, RFLP, STR i VNTR](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022060500/5f1a976622819b12f8028e97/html5/thumbnails/16.jpg)
• RFLP, kvantifikacija, preparacija, ispitivanje kvalitete• nije za određivanje SNP
• 0,7% (5–10kb) – vrlo krhki gelovi• 2% (0,2–1kb) • 3% za vrlo kratke fragmente• 1% - najčešće
• Postupak:1. Izvagati točnu količinu agaroznog praha, dodati pufer
• npr. 1% agaroza = 1g + 99ml H2O2. Zagrijati u vodenoj kupelji u mikrovalnoj/magnetskom grijaču
• bistra otopina (70°C)3. Pripremiti kalup izliti otopinu gela, umetnuti češalj4. Ohladiti gel, izvaditi češalj5. Postaviti gel u kadicu6. Pripremiti uzorke i molekularni standard (marker), 7. Nanositi 5-10uL, pomiješan sa obojenim puferom za
nanošenje (npr. BFP+glicerol)
Analitičke tehnike u kliničkom laboratoriju: Elektroforetske separacije nukleinskih kiselina (HKMB -10. ožujak 2018) 16
![Page 17: Klinički zavod za kemiju KBC Sestre milosrdnice...•DNA profiling (DNA fingerprinting) individualni jedinstveni DNA profil •razdvajanje dugačkih fragmenata (PR, RFLP, STR i VNTR](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022060500/5f1a976622819b12f8028e97/html5/thumbnails/17.jpg)
• razdvajanje fragmenata slične duljine, SNP polimorfizmi, insercije/delecije >1-2bp..
• tipično: 6%, 8%, 10%, 12% ili 15% gelovi
Postupak:1. Temeljito oprati i posušiti stakla za vertikalni kalup (1-3mm razmak!)2. Izvagati točne količine (akrilamid, bis-akrilamid, TEMED, APS)3. Pripremiti kalup stakla, razmaknice i češalj4. Pripremiti polimer, odmah po dodavanju TEMEDa izliti gel, (mj. zraka!)5. Nanošenje uzorka (boja za nanošenje - loading buffer!)
Problemi:• mjehurići zraka!• zagrijavanje gela tokom elektroforeze (‘smile effect’)
• zakrivljena fronta, teško odrediti veličinu• otapanje gela• hlađenje sustava za elektroforezu (hladna komora, protok hlađenog
pufera)
Analitičke tehnike u kliničkom laboratoriju: Elektroforetske separacije nukleinskih kiselina (HKMB -10. ožujak 2018) 17
![Page 18: Klinički zavod za kemiju KBC Sestre milosrdnice...•DNA profiling (DNA fingerprinting) individualni jedinstveni DNA profil •razdvajanje dugačkih fragmenata (PR, RFLP, STR i VNTR](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022060500/5f1a976622819b12f8028e97/html5/thumbnails/18.jpg)
Aga
roza
(EtB
r)PA
GE
(SY
BR
Go
ld)
Smile efekt• previsoka T gela• loša homogenost gela
Ispravan geloštre jasno odijeljene vrpce
Mjehurići zrakaNehomogen gel• previsoka T, loša homogenost
Analitičke tehnike u kliničkom laboratoriju: Elektroforetske separacije nukleinskih kiselina (HKMB -10. ožujak 2018) 18
![Page 19: Klinički zavod za kemiju KBC Sestre milosrdnice...•DNA profiling (DNA fingerprinting) individualni jedinstveni DNA profil •razdvajanje dugačkih fragmenata (PR, RFLP, STR i VNTR](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022060500/5f1a976622819b12f8028e97/html5/thumbnails/19.jpg)
Sekvenciranje Maxam - Gilbert
• radioaktivno obilježavanje 5‘ kraja
• kemijsko cijepanje• A+G, G, C, C+T
Preuzeto sa: http://upload.wikimedia.org/wikipedia/en/6/66/Maxam_gilbert_sequencing.png
Preuzeto sa: http://www.generasibiologi.com/2016/03/metode-sekuensing-kimiawi-maxam-gilbert.html
1976
Analitičke tehnike u kliničkom laboratoriju: Elektroforetske separacije nukleinskih kiselina (HKMB -10. ožujak 2018) 19
![Page 20: Klinički zavod za kemiju KBC Sestre milosrdnice...•DNA profiling (DNA fingerprinting) individualni jedinstveni DNA profil •razdvajanje dugačkih fragmenata (PR, RFLP, STR i VNTR](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022060500/5f1a976622819b12f8028e97/html5/thumbnails/20.jpg)
Sekvenciranje Sanger (terminacija lanca)• dideoksi nukleotidi – ddNTP (terminacija)
• fluorescentno obilježeni primer
• Novi DNA lanac s obilježenim dNTP, ili
• Obilježenim ddNTP
NN 1980
Preuzeto sa: http://dnamismatch.com/dna-sequencing/methods-in-development/microfluidic-sanger-sequencing/
Analitičke tehnike u kliničkom laboratoriju: Elektroforetske separacije nukleinskih kiselina (HKMB -10. ožujak 2018) 20
![Page 21: Klinički zavod za kemiju KBC Sestre milosrdnice...•DNA profiling (DNA fingerprinting) individualni jedinstveni DNA profil •razdvajanje dugačkih fragmenata (PR, RFLP, STR i VNTR](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022060500/5f1a976622819b12f8028e97/html5/thumbnails/21.jpg)
• PCR cijepanje RE EF u gelu agaroze/PAGE
Elektroforeza
PC
R
mut/w
t
wt/
wt
wt/w
t
mu
t/w
t
wtmut
DNA
Puna krv PCR
Analitičke tehnike u kliničkom laboratoriju: Elektroforetske separacije nukleinskih kiselina (HKMB -10. ožujak 2018) 21
RE
![Page 22: Klinički zavod za kemiju KBC Sestre milosrdnice...•DNA profiling (DNA fingerprinting) individualni jedinstveni DNA profil •razdvajanje dugačkih fragmenata (PR, RFLP, STR i VNTR](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022060500/5f1a976622819b12f8028e97/html5/thumbnails/22.jpg)
• DNA profiling (DNA fingerprinting) individualni jedinstveni DNA profil
• razdvajanje dugačkih fragmenata (PCR, RFLP, STR i VNTR lokusi i sl.)
• elektroforeza na 14°C, 18-24h
• promjena smjera napona za 60° svakih 90sekundi
1500kb
900kb
700kb
300kb
100kb+
--
+
+
-
Analitičke tehnike u kliničkom laboratoriju: Elektroforetske separacije nukleinskih kiselina (HKMB -10. ožujak 2018) 22
![Page 23: Klinički zavod za kemiju KBC Sestre milosrdnice...•DNA profiling (DNA fingerprinting) individualni jedinstveni DNA profil •razdvajanje dugačkih fragmenata (PR, RFLP, STR i VNTR](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022060500/5f1a976622819b12f8028e97/html5/thumbnails/23.jpg)
• denaturirajući uvjeti (formamid, 95°C) 0°C
• PAGE elektroforeza na 4°C razdvajanje ssDNA
PC
R
mut/w
t
wt/w
t
wt/
wt
mut/w
t
Analitičke tehnike u kliničkom laboratoriju: Elektroforetske separacije nukleinskih kiselina (HKMB -10. ožujak 2018) 23
wt/wtmut/wt mut/mut
Elektroforeza
ssDNA
DNA
Puna krvPCRmut/mut wt/wt
![Page 24: Klinički zavod za kemiju KBC Sestre milosrdnice...•DNA profiling (DNA fingerprinting) individualni jedinstveni DNA profil •razdvajanje dugačkih fragmenata (PR, RFLP, STR i VNTR](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022060500/5f1a976622819b12f8028e97/html5/thumbnails/24.jpg)
• povećana rezolucija razdvajanja, bez sekundarnih struktura
• denaturirajući PAGE gel:• denaturacija za vrijeme EF ssDNA (NaOH + formamid/urea, 95°C)
mut/mut wt/wt mut/wtmut/mut wt/wt
ds
ss
30%
ele
ktro
fore
za
de
ntu
rant
60%
Analitičke tehnike u kliničkom laboratoriju: Elektroforetske separacije nukleinskih kiselina (HKMB -10. ožujak 2018) 24
![Page 25: Klinički zavod za kemiju KBC Sestre milosrdnice...•DNA profiling (DNA fingerprinting) individualni jedinstveni DNA profil •razdvajanje dugačkih fragmenata (PR, RFLP, STR i VNTR](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022060500/5f1a976622819b12f8028e97/html5/thumbnails/25.jpg)
• Fleksibilne staklene kapilare + gel matriks• Uzorak i pufer uvučen u kapilaru pod djelovanjem napona• Dugačka DNA putuje sporije od kratke• Napon viši nego kod gel elektroforeze (bolji odvod topline)• Lasersko očitavanje vezane bojePrednosti:• Nema pripreme gelova• brzo (unutar minuta), jeftino, male količine uzorka• može se automatizirati, • trenutna detekcija po završetku
Nedostaci:• Mali broj istovremenih uzoraka (kapacitet) - jedna kapilara
po uzorku• Danas postoje sustavi sa paralelnih 96 kapilara• Skupi automatizirani sustavi, skupi reagensi i kapilarni nosači
Analitičke tehnike u kliničkom laboratoriju: Elektroforetske separacije nukleinskih kiselina (HKMB -10. ožujak 2018) 25