knowitall 2017 チュートリアルマニュアル...

KnowItAll インフォマティクスシステム

▋チュートリアルマニュアル Raman

Bio-Rad Laboratoriesは、本書あるいは付随するソフトウェアやデータベースの内容に関し、抗議あるいは保証をするものではありません。Bio-Rad Laboratoriesは、購入目的及び特定の目的の一致、不一致に関しなんの保証をするものではありません。

Bio-Rad Laboratoriesは、本書及び付随するソフトウェア、データベースをいつでも変更、または改善する権利を有します。

Bio-Rad Laboratories, Inc., Informatics Division, 2000 Market Street, Suite 1460, Philadelphia, Pennsylvania 19103, USAとの書面による契約なくして、本書及び付随するソフトウェア、データベース本書及び付随するソフトウェア、データベースの一部または全部の転載、複写、翻訳、または電子媒体等への変換を禁止します。

▋目次

はじめに 6概　要 ...............................................................................6KnowItAllの起動とメイン画面 ................................................8プラグインについて ............................................................ 10

サーチの実行 12SearchItプラグイン ........................................................... 12データベースの選択 ............................................................ 12スペクトルサーチ ............................................................... 15データ処理が必要なスペクトルのサーチ................................... 19ストラクチャーサーチ ......................................................... 21プロパティ /ネームサーチ .................................................... 25ピークサーチ ..................................................................... 27多成分解析ツール ............................................................... 29サーチプロファイル ............................................................ 33

ヒットリスト /データベースのブラウズ 35MineItプラグイン .............................................................. 35データベースウインドウ ....................................................... 36表示プロファイル ............................................................... 38ストラクチャー /プロパティウインドウ ................................... 39スペクトルウインドウ ......................................................... 39MCSと ODヒートマップ ..................................................... 41

サーチ結果レポートのカスタマイズ　 43ReportItプラグイン ........................................................... 43レポートテンプレートのカスタマイズ ..................................... 44レポートの編集 .................................................................. 46レポートオブジェクトについて .............................................. 48

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Bio-Rad LaboratoriesInformatics Division

スペクトルの解析 50AnalyzeIt プラグイン .......................................................... 52チュートリアル .................................................................. 54化学構造式からコリレーション .............................................. 57官能基ハンドブックの使い方 ................................................. 58官能基知識ベースの作成と利用方法 ........................................ 58

化学構造式の作成 61ChemWindowプラグイン .................................................... 61反応式の作成 ..................................................................... 64レポートの保存 .................................................................. 67

ユーザーデータベースの作成 (オプション ) 68新規作成 ........................................................................... 68スペクトルのインポート ....................................................... 70プロパティの登録 ............................................................... 75化学構造式の登録 ............................................................... 78エントリーの削除 ............................................................... 79PubChemを利用してデータベースに物性情報を登録する ............ 80ユーザーデータベースを検索に利用する................................... 81ユーザーデータベースのインデックスを作成する ....................... 82

Appendix　補足 83ツールバーのカスタマイズ .................................................... 83ユーザーエディション ......................................................... 84スペクトルウインドウのカスタマイズ ..................................... 85スペクトルの表示方法 ......................................................... 90スペクトルの追加と削除 ....................................................... 94データベースパスの設定 ....................................................... 95レポートテンプレートのパスの設定 ........................................ 96

KnowItAll 2017の新機能 97FAQより 98索引 99

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Bio-Rad Laboratories

Informatics Division

▋はじめに

概　要KnowItAll インフォマティクスシステムは、スペクトルの読み込みからデータ処理、検索、解析、未知化合物の推定、検証、構造式やレポートの作成までをトータルにサポートするスペクトル検索ソフトウェアです。複雑な操作をコントロールするため、それぞれの機能はプラグインとして登録されており、次の操作のためのプラグインへのデータの転送がスムーズに行えるよう設計されています。たとえばレポートの作成は転送元のプラグインでレポートするオブジェクトを開き、ReportItプラグインに転送して編集を行います。これはスペクトル検索とレポート作成といった操作の流れから考えると違和感のないことがご理解いただけると思いますが、一般的なソフトウェアとはその操作の概念の異なる場合があります。

ここではスペクトルファイルの読み込みから検索、レポート作成まで一連の流れをサンプルスペクトルを使い実際に操作しながら KnowItAllの操作方法を習得していただきます。

本書ではWindowsの基本的な操作 (マウス、メニューやコマンド、ツールボタン、エクスプローラ、IEの使い方など )ができることが前提に、サンプルスペクトルを使ってサーチや構造式やレポートの作成方法などの基本的な操作を説明します。購入されたエディションやオプションによって、対応していない機能がある場合がありますので、ご了承願います。

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インストール別添のインストールノートを参照下さい。

テクニカルサポート本マニュアルやヘルプファイルを参照しても解決しない問題が発生したときには、次の点を確認の上、下記へご連絡ください。

1. 使用中の KnowItAllのバージョンとシリアル番号（KnowItAllを起動し、メニューの [ライセンス ]⇒ [KnowItAllの詳細情報 ]で確認できます。）

2. PCの仕様 (OS、RAM容量、HDD容量等 )3. 問題が起こった時の状況とメッセージが表示された場合はそのメッセージの正確な内容

4. 問題を解決するために行ったこと。

問い合わせ先バイオ・ラッドラボラトリーズ株式会社インフォマティクス事業部　　〒 140-0002 東京都品川区東品川 2-2-24　天王洲セントラルタワー 20F ℡ 03-6361-7080　Fax 03-5463-8483 e-mail address : [email protected]

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ツールボックス

KnowItAllの初期画面　BrowseIt

タイトルバー

メニューバー

送り先バー

ツールボックスのDataグループ

プラグインアイコン（SearchIt)

KnowItAllの起動とメイン画面KnowItAllを起動するには PCのデスクトップ上に作成されているショートカットアイコンをダブルクリックします。KnowItAllを起動すると最初に BrowseItプラグインが表示されます。BrowseItに表示される画面やツールボックスと登録されたプラグインアイコンは PCの環境や購入したエディションによって異なります。

画面左側のツールボックスの各グループに登録されたプラグインアイコンを選択して、操作を開始します。KnowItAllの各プラグインに共通のオブジェクトとその機能は次の通りです。

ツールボックス画面左側がツールボックスです。エディションによって表示されるグループや内容

が異なりますが、アプリケーション内の左側に常駐しています。KnowItAllを起動したとき、BrowseItプラグインが表示され、ツールボックスは Dataグループが開いた状態となります。各グループとプラグインアイコンの機能については次のページを参照下さい。構造式を作成するときには Basicグループの ChemWindowプラグインを選択するなど、目的の操作に応じて、プラグインアイコンを選択します。

タイトルバー画面最上部のタイトルバーには現在アクセスしているプラグイン名、プログラム名、

エディション名が表示されます。タイトルバーの左のアイコンをクリックして現われるコントロール /システムメニューには [元のサイズに戻す ]、[移動 ]、[サイズ変更 ]、[最小化 ]、[最大化 ]、[閉じる ]のコマンドがあります。このアイコンをダブルクリックして、プログラムを終了させます。バーの右端に最大表示 /最小表示、アイコン化、終了のボタンがあります。

メニューバー二番目のメニューバーでは [ファイル ]、[ライセンス ]、[ヘルプ ]がすべてのプラ

グインに共通のコマンドです。メニューバーに表示されるコマンド名はプラグインの状況に応じて変化します。

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送り先バー (戻り先バー) 三番目の送り先バーには、現状の状況でオブジェクトが転送できるプラグインが表

示されます。状況に応じてタイトルが「戻り先」となったり、表示されるプラグインが変化します。送り先バー左側の矢印で直近に使ったプラグインに戻ることができます。

アプリケーションエリア図は Dataグループの SearchItをクリックし、SearchItプラグインを開いたもの

です。

SearchItはサーチ条件となるファイルの読み込み、その他の条件を設定をして、サーチを実行するプラグインです。アプリケーションエリアの左上にプラグイン名が表示され、状況に応じて、コマンドバー、ツールバーなどが変化します。右はAnalyticalエディションの SearchItプラグインの初期画面です。購入したエディションによって表示されるアイテムが異なりますが、最初はデータベースタブのみが表示されます。

データベースタブ

SearchItアプリケーションエリア

プラグイン名(SearchIt)

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プラグインについてKnowItAllインフォマティクスシステムは機能ごとに独立したプラグインで構成されています。プラグインはグループに分類され、アイコンをクリックして開くことができます。グループと登録されたプラグインは次の通りです。(表示されるアイコンはエディションにより異なります。)

KnowItAll インフォマティクスシステム　AnalyticalエディションBasicグループ　構造式などの基本的な操作アイコンプラグイン名主な機能

ChemWindow 化学構造式の作成、編集

ReportIt 他のプラグインから転送されたオブジェクトのレポートレイアウト、レポートテンプレートの編集。

3DViewIt (ChemWindowエディションのみ) 二次元構造式を三次元構造式に変換

BrowseIt KnowItAllの初期画面。

Dataグループ　<起動時にはDataグループが展開されます>サーチ条件の設定、データベースやデータの操作アイコンプラグイン名主な機能

ID Expert スペクトルをロードするだけで混合物サーチと官能基サーチを行う解析ツール。

Deformulation Expert （オプション） IRサブスクリプションデータベースのサブセット。有機化合物のデータベースのみを検索するツール。

SearchIt サーチの種類、データベースの選択、サーチアルゴリズムの選択、サーチ範囲などサーチ条件を設定します。

Mixture Analysis 混合物サンプルの検索条件の設定を行います。　

MineIt　MineIt/Create Database （オプション) サーチ結果の検証、データベースのブラウズをサポートするプラグイン。ユーザーデータベース構築オプションがあるとCreate Databaseと表示されます。

QC Expert　（オプション）データベーススペクトルと測定スペクトルの類似性を数値化し、合否判定する品質管理用ツール。

AssignIt ユーザーデータベースの化学構造式にNMRのケミカルシフト値情報を追加するツール。

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ユーザーエディションユーザーグループに使用頻度の高いプラグインアイコンを集めて、ユーザーエディションを作成できます。Appendixの「ユーザーエディションの作成」を参照下さい。

Spectral Processingグループ　スペクトルのデータ処理アイコンプラグイン名主な機能

ProcessIt IR (Analytical/IRエディションに標準) IRスペクトルのデータ処理

ProcessIt Raman (Analytical/Ramanエディションに標準) ラマンスペクトルのデータ処理

ProcessIt NMR (Analyticalエディションのみ) NMRスペクトルのデータ処理、解析をサポート

ProcessIt MS (Analyticalエディションのみ) MSスペクトルのデータ処理

Spectral Analysisグループ　スペクトルの解析支援ツールアイコンプラグイン名主な機能

AnalyzeIt IR (Analytical/IRエディションに標準) IRスペクトルのピークから官能基情報を検索し、スペクトル解析をサポート。化学構造

式から、赤外吸収ピーク位置の示唆。

AnalyzeIt Polymer IR (オプション) 高分子化合物のIRスペクトルに固有の官能基情報を提供し、スペクトル解析を支援します。

AnalyzeIt Raman (Analytical/Ramanエディションに標準) Ramanスペクトルのピークから官能基情報を検索し、スペクトル解析をサポート。化学構造式からピーク位置の示唆も可能。

AnalyzeIt MVP （オプション) 大量のスペクトルデータを主成分解析するツール。ユーザーデータベース構築オプションが必要。

ValidateIt (Analyticalエディションに標準) 大量のデータをある要素で分離し、2Dプロットを作成します。

PredictIt (オプション) 構造式をロードし、NMRデータベースに登録されたケミカルシフト値をリストするツール。

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SearchItプラグインKnowItAllでは、サーチの種類やサーチ条件の設定を SearchItプラグインで行います。ここではデモ用のデータベース Multi Technique Demo Databaseを利用するため、サーチ結果は必ずしも良好なものではないことをご了承願います。

1. ツールボックスの Dataをクリックし、SearchItアイコンをクリックします。 2. SearchItプラグインの左側にはサーチの種類を選択するサーチバーがあり、デー

タベース選択用のデータベースタブが表示されます。（サーチバーやデータベースタブに表示される内容はエディションによって異なります。）

データベースの選択データベースが選択されていない (データベースタブの下のウインドウに何もリストされていない )と SearchItプラグイン右下にある<サーチ>ボタンがアクティブにならず、サーチを実行することができません。

1. SearchItプラグインで<データベースタブ>をクリックし、データベース選択画面を表示させます。

2. 通常はネットワークデータベースは使用しません。データベースタブに<ネットワーク>のボタンが表示される場合は画面右上の<詳細設定>をクリックし、サーバー設定タブ<インターネットのデータベースを利用する>のチェックを外してください。

3. <対象スペクトル>の<すべて>をクリックしプルダウンリストからデータベースの種類、ここでは<Raman>を選択してください。

SearchItプラグイン-データベースタブ

DataグループのSearchItをクリック

対象スペクトルを選択

データベースが何も選択されていない状態

SearchItアイコン

サーチバー

検索対象ファイルの種類

SearchItプラグイン

▋サーチの実行

サーチボタン

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選択された(検索する)データベース

4. <利用できるデータベース>の左側のウインドウで検索対象とするファイルの種類を選択します。ファイルの種類に対応する個別のファイルが右のウインドウにリストされます。

Reference - Licensed サブスクリプションライセンスが有効なデータベースと購入したパッケージデータベース。

Reference - Unlicensed ライセンスが有効でないデータベース。

User DB ユーザーデータベース構築オプションで作成したユーザーデータベース。

Hit List 保存したヒットリスト（検索結果）ファイル。 5. ここでは<Reference - Licensed>をクリックし、右のウインドウからMulti

Technique Demo Databaseを選択します。

6. Multi Technique Demo Databaseや目的のユーザーデータベースなどがリストされない場合には次の要領でパスの設定を行ってください。① データベースタブ右上の<詳細設定>をクリック。② 詳細設定ダイアログボックスのローカル設定タブをクリック。③ <追加>ボタンをクリックして現れる<フォルダーの選択>ダイアログボックスで C:￥ユーザー￥Public￥パブリックのドキュメント￥Bio-Rad Laboratories￥KnowItAllを指定し、<フォルダーの選択>をクリック。

④ リストされたパスを選び、<サブフォルダを含む>にチェックをして<OK>をクリックします。

⑤ 元の画面に戻り、利用できるデータベースのウインドウをスクロールダウンし、目的のデータベース Multi Technique Demo Databaseを探します。

7. Demo Databaseを選択し<追加>ボタンをクリックすると選択したデータベースが下のウインドウに表示されます。これでMulti Technique Demo Databaseが検索対象に設定されました。

ライセンスのあるデータベースのリスト

詳細設定ボタン

利用できるデータベース

Reference - Licensed

データベースを選択して<追加>をクリック

詳細設定-ローカル設定タブ

データベースパスの設定

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データベースの選択解除と再選択 1. データベースの選択を変更するには、まず「選択されているデータベース」のウイ

ンドウからデータベースを選択し<削除>をクリックし、選択を解除します。

2. KnowItAllではライセンスのないデータベースでも検索対象にすることができます。ライセンスのないデータベースで検索した場合、検索結果のデータベース情報はロックされています。<Reference - Unlicensed>をクリックし、インストールされているデータベースのリストを表示させます。ライセンスのないデータベースは *に囲まれて表示されます。

3. <すべて追加>をクリックすると、ライセンスのないデータベースが下のウインドウにリストされ、検索対象とすることができます。

4. ここではデモデータベースを検索するので、<すべて削除>をクリックし、選択を解除してください。

5. Reference - Licensed をクリックして、検索対象とするファイル (Multi Technique Demo Database)を選択し、<追加>ボタンをクリック、またはダブルクリックで検索対象のデータベースに設定します。

Tips 複数のデータベースを選択するには、CtrlキーやShiftキーを押しながらデータベースをクリックしてから<追加>をクリックします。

データベースの選択解除

データベースを選択してから<削除>クリック

Tips <名称>をクリックすると、データベース名の昇順/降順で、<DBコード>をクリックすると、DBコードの昇順/降順で並べ替えることができます。

名称をクリックしてデータベース名でソート

DBコードをクリックしてソート

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測定スペクトルのロード

スペクトルサーチスペクトルサーチとは測定スペクトルとデータベーススペクトルの形や面積を計算し、数値の近いデータベースエントリーをヒットリストとして表示させるものです。ここではラマンスペクトルサーチを例に、スペクトルファイルの開き方、検索、データ処理の方法などを説明します。

サーチの選択 1. ツールボックスの Dataから SearchItアイコンをクリックします。データ

ベースタブのみが表示されます。データベース（ここでは前項で選択したMulti Technique Demo Database）が選択されていることを確認してください。

2. 画面左の<サーチの種類>からスペクトル <Raman>をクリックします。<ファイルを開く>ダイアログボックスが現れます。

スペクトルを開く 1. 練習用のスペクトルファイルを開きます。<ファイルの場所>は C:￥ユーザー

￥パブリック￥パブリックのドキュメント￥Bio-Rad Laboratories￥KnowItAll￥Sampels\Ramanを指定します。

2. ファイルの種類を指定します。<ファイルの種類>の<すべてのファイル>をクリックしてドロップボックスから*.dxを指定します。

3. dx(JCAMP)フォーマットのサンプルスペクトルファイルがリストされます。phenol.dxを選択します。プレビューウインドウにスペクトルファイルが表示されます。

4. <開く>をクリックすると、SearchItに Ramanスペクトルタブが作成され、スペクトルがロードされます。

Note Ramanスペクトルサーチのとき、Ramanスペクトルタブにスペクトルがロードされていないと、Ramanのボタンの横に赤い×印が表示されます。スペクトルがロードされると

緑のチェックマークに変わります。

SearchItプラグイン - サーチ種の選択

スペクトルファイルオープンプレビュー

スペクトル<Raman>をクリック

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サーチ条件の設定 1. サーチアルゴリズム

① 検索時の計算式を設定します。初期値では<Correlation>が選択されています。② サーチアルゴリズムの右側の▼をクリックするとプルダウンメニューから

<Euclidean Distance><First Derivatives>を選択することができます。

2. 最適化① 最適化にチェックを入れるとヒット率の向上のためにデータベーススペクトルと測定スペクトルに数学的な処理を施します。

② <詳細設定>をクリックすると、最適化の項目の選択と重複するスペクトルの設定を変更することができます。

ここではすべての項目が選択されていることを確認し、<OK>をクリックします。

最適化は分光学に基づくデータ処理やサーチ条件の設定に代わるものではありません。

サーチの実行 1. <サーチ>ボタンはアプリケーションウインドウの右下にあります。

2. 設定したサーチに対し、サーチ条件が満たされていない場合、<サーチ>ボタンはアクティブにならず、サーチを実行することができません。

3. <サーチ>ボタンをクリックして、サーチを実行します。サーチプログレスバーが表示されます。

Note サーチアルゴリズムの詳細については[ヘルプ]⇒[SearchItのヘルプ]⇒[スペクトルサーチについて]を参照下さい。

サーチアルゴリズム

サーチ領域設定バー

サーチ条件の設定

<サーチ範囲を編集ボタン> クリックすると、サーチ除外範囲とサーチ適用範囲を数値で設定することができます。数値でサーチ領域を設定する場合には<全領域を使用>のチェックマークをはずしてください。

サーチボタン

最適化のユーザー設定

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MineItプラグインに表示されるサーチ結果

ストラクチャー/プロパティウインドウ

スペクトルウインドウ

データベースウインドウ

サーチ結果 1. サーチ結果は MineItプラグインに表示されます。サーチごとにタブが作成され、

検索結果が表示されます。ここでは「ヒットリス :phenol[スペクトル名 ]」のタブが作成されています。

2. 次のサーチと区別できるようにタブの名称を変更します。タブをダブルクリックして、縦カーソルを表示させ任意の名前をタイプします。ここではヒットリスト"phenol最適化” とします。

3. リストは HQI(Hit Quality Index)の降順に表示されます。HQIは測定スペクトルとデータベーススペクトルを比較するサーチアルゴリズムに則って計算された数値で、デフォルトの設定では 100が完全一致を意味します。

4. スペクトルウインドウとストラクチャー /プロパティウインドウにはデータベースウインドウのテーブルで選択されたエントリーのスペクトルと物性情報が表示されます。（最初は一番先頭のエントリーを選択 )

5. 各エントリーのⓘをクリックすると測定データとデータベーススペクトルで処理された最適化の詳細を確認することができます。

6. 各エントリーをクリックして、アクティブにするとリストされたデータベースの内容を確認することができます。ヒットリストのブラウズついてはヒットリストのブラウズの項を、スペクトルの表示設定の変更は Appendixのスペクトルウインドウを参照下さい。

タブ名の変更タブの名前部分をダブルクリックして、タブ名を変更することができます。

最適化されたヒットリスト

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ヒットリストの保存 1. 最適化したヒットリストを選び、メニューバーの [ファイル ]⇒ [ヒットリストを別

名で保存 ]を選択します。ヒットリストの保存ダイアログボックスで適当なフォルダとファイル名 (tutor4)を指定して、<保存>ボタンをクリックします。

2. MineItで表示されるヒットリストのタブ名が「ヒットリスト :tutor4」に変わります。

レポートの作成サーチ結果のレポートを作成します。ここでは [ファイル ]メニューから印刷を実行しますが、編集が可能な ReprotItプラグインへ転送する方法もあります。これについてはレポートテンプレートのカスタマイズを参照ください。

1. Tutor4.hltを開き、レポートの体裁を整えるためスペクトルウインドウの表示を変更します。 ☞ メニューバーの [表示 ]メニューから [表示モード ]⇒ [スタック ]を選択。

2. 1番目のエントリーを選択し、[ファイル ]⇒ [印刷 ]を選択すると印刷ダイアログボックスが現れます。プリンターや印刷部数などを設定し、<OK>をクリックし、印刷を実行します。

レポートテンプレートの変更 1. レポートはデフォルトで設定されたフォーマットで印刷されます。このフォーマット

を変更するには [ファイル ]⇒ [レポートテンプレートの編集 ]を選択し、レポートテンプレートダイアログボックスを開きます。

2. レポートテンプレートダイアログボックスには予め登録されたレポートテンプレート名とレイアウトの概要が表示されます。

3. 任意のテンプレートを選択し、<デフォルトに設定>をクリックして、デフォルトテンプレートに選択したレポート名が表示されるのを確認します。

4. <閉じる>をクリックして、MineItプラグインに戻ります。印刷を実行するとデフォルトに設定したテンプレートでレポートが印刷されます。

ヒットリストの体裁を整える

印刷ダイアログボックス

デフォルトのテンプレートレポート

デフォルトテンプレートの設定

デフォルトに設定されたテンプレート

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データ処理が必要なスペクトルのサーチ測定スペクトルとデータベースを同じ条件にすることがよいサーチ結果を得る第一歩です。KnowItAllでは Ramanスペクトルのデータ処理は ProcessIt Ramanで行いますが、ここでは SearchItプラグインにスペクトルをロードしてから、データ処理を行います。

新規サーチ 1. MineItプラグインの送り先バー左の⇐を SearchItプラグインに戻るまでクリッ

クします。

2. メニューバーの [ファイル ]⇒ [スペクトルまたは構造式を開く ]を実行し、<ファイルを開く>ダイアログボックスで、<ファイルの場所>は C:\ユーザー￥Public\パブリックのドキュメント \Bio-Rad Laboratories\KnowItAll\Sample\Optimized Correctionを指定します。リストされたスペクトルファイルから Raman Spectrum of Mint Candy.wdfを選択し、<開く>をクリックします。

3. SearchItにスペクトルがロードされている場合には、スペクトルファイルを置き換えるかどうかのダイアログボックスが開きます。<新規サーチ開始>をクリックして下さい。新たに "Single scan measurement2"というタブが追加され、スペクトルが表示されます。

4. スペクトルウインドウ左下の<ベースライン補正する>のチェックははずしてください。

データ処理 1. スペクトルウインドウ右下の<スペクトル処理>ボタンをクリックします。

SearchItプラグインでスペクトルが表示されている状態で「送り先バー」のProcessIt Ramanをクリックしても同じです。

2. ProcessItプラグインにスペクトルが転送されます。ProcessItプラグインの送り先バーは戻り先に変化します。データ処理したスペクトルはここのコマンドをクリックして SearchItにスペクトルを戻します。

戻り先バー

SearchItプラグインに戻る

ProcessIt Ramanへ転送

スペクトル処理ボタン

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ベースライン補正 1. 傾いたベースラインを補正します。プロセスツールバーのピーク削除のアイコン

をクリックします。<ベースライン補正>ダイアログボックスが開きます。

2. ここでは補正方法 =直線、オプション=自動選択を設定します。<プレビュー>ボタンを押すと、データ処理されたスペクトルがグレーの破線で表示されます。データ処理を確認して、<実行>ボタンを押します。

スペクトルサーチの実行 1. データ処理が完了しました。戻り先バーの<SearchItに保持して戻る>をクリッ

クします。

2. データ処理されたスペクトルが SearchItプラグインに転送されます。

3. データベースタブでMulti Technique Demo Databaseを設定して、<サーチ>ボタンをクリックします。サーチ結果が MineItプラグインに表示されます。

4. メニューの [ヒットリスト ]⇒ [別名で保存 ]を選択します。<ヒットリストの保存>ダイアログボックスで "tutor5"と入力し<保存>をクリックします。

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ChemWindowプラグインへ移動

ストラクチャーサーチストラクチャーサーチは化学構造式を作成して、完全一致または部分構造と一致する化学構造式をデータベースから検索します。データベースに構造式が登録されていないと実行できません。

サーチの選択 1. ツールボックスの Dataから SearchItアイコンをクリックします。前に行っ

たサーチのログが表示されている時は [ファイル ]⇒ [新規サーチ ]を選択するかアイコンをクリックしてください。

2. データベースタブで、<References-Licensed>からデモ用データベース Multi Technique Demo Databaseを「選択されているデータベース」に設定します。

3. サーチの種類から<基本 >の下にある<ストラクチャー>ボタンをクリックしてください。ストラクチャータブが現れ、構造式を表示する画面が現れます。

クエリー構造式の作成 1. サーチ条件となる構造式は、すでにある構造式ファイルをインポートするか、

ChemWindowプラグインで新規に作成します。ここでは新規に作成します。

2. <編集>ボタンをクリックして下さい。プラグインが ChemWindowプラグインに移動します。ここで構造式を作成します。次のような Acetoneの構造式を作成します。構造式の作成方法は化学構造式の作成の項を参照下さい。

3. 作成が終わったら、戻り先バーの<SearchItへ保持して戻る>をクリックします。作成した構造式が SearchItプラグインへ転送されます。

4. 検索条件は<完全一致>と<部分構造サーチ> の二つの条件から選択することができます。ここでは<完全一致>を選択し、<サーチ>ボタンを押します。

ストラクチャータブ

Note ストラクチャータブに構造式がロードされていないと、ストラクチャーのボタンの横に赤い×印が表示されます。構造式が表示されると緑のチェックマークに変わり、＜サーチ＞ボタンがアクティブになります。

Note すでに作成してある構造式ファイルが保存してある場合には、<インポート>ボタンをクリックして、<開く>ダイアログボックスから構造式ファイル（*.dsf）を選択することで、ストラクチャータブに構造式を読み込むことができます。

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5. 検索が終了するとプラグインが MineItに移動し、ヒットリストが表示されます。

デモ用データベースに登録されたアセトンのスペクトルが表示されます。ヒットリストの保存、レポートの作成はスペクトルサーチのサーチ結果の保存を参照下さい。

クエリー構造式の編集 1. クエリー構造式を編集して、もう一度検索します。SearchItアイコンをク

リックして、SearchItプラグインに戻り、ストラクチャータブを選択します。

2. <編集>ボタンをクリックします。表示されていた構造式が ChemWindowプラグインに転送されます。

3. アトムツールからスターマーク（★）を選択して、ボンド先端のヒットボックスをクリックします。

4. 構造式にスターマークが作成されたら、戻り先バーの<SearchIt へ保持して戻る>をクリックします。

5. 条件構造式にスターマークがついているのを確認します。ここではスターマーク部分に「結合原子なし」を条件としますので、部分構造サーチを選択します。（部分構造サーチの場合、★は結合原子なしを意味しますが、完全一致を選択すると「すべての結合原子」に意味が変わります。) 設定が終了したら<サーチ>ボタンを押し、検索を開始します。

6. MineItプラグインに新しいタブが追加され、新しい条件でのサーチ結果が表示されます。

構造式をSearchItへ転送

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構造式とサーチ結果KnowItAllではボンドのシンボルや相対立体配置のチェックボックスを利用して、構造式の立体化学をサーチ条件にすることができます。それぞれの設定の仕方は以下の通りです。

☞ 通常のボンドで構造式を作成立体構造を無視して検索がされます。すべての立体異性体と立体化学を指定していない構造式が検索の対象となります。

☞ ボンドにツールを使用光学異性体 (R/S）すべてが検索対象となります。ヒットリストには立体化学について指定のない構造式も含まれます。

☞ ボンドにツールを使用

はシス・トランス双方 (Z及び E）と不定を表します。下図の構造式を条件にした場合、

HOOC H

COOHH

サーチ結果には次の 3件がリストされます。

HOOC H

COOHH

H H

COOHHOOC

☞ 下の構造式を条件に相対的立体配置にチェックをすると


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H H

COOHHOOC

O

O

NH

O

O

NH

ヒットリストには次の二つがリストされます。

1.

O

O

NH

O

O

NH

2.

☞ 同じ構造式で、相対的立体配置にチェックをしない。立体化学として一致するものだけがヒットします。(上図の 1のみがリストされます。)

O

O

NH

O

O

NH

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プロパティ/ネームサーチプロパティ/ネームサーチは、データベースに付随したプロパティやスペクトル名を条件にして検索します。

クイックサーチデータベースのすべてのテキストフィールドを検索対象とすることができます。プ

ロパティーサーチのテキストサーチにワンクリックでアクセスできるようになりました。条件の設定方法はテキストサーチと同じなので上述を参照ください。

サーチの選択 1. ツールボックスの Dataから SearchItアイコンをクリックします。データ

ベースタブが表示されます。前に行ったサーチのログが表示されている時は [ファイル ]⇒ [新規サーチ ]を選択するかアイコンをクリックしてください。

2. データベースは<Reference - Licensed>からデモ用データベース Multi Technique Demo Databaseを選択します。

3. プロパティ/ネームサーチを行うには、サーチバーの<プロパティ/名称 >をクリックします。

4. プロパティ/名称タブが表示されます。分子量が 120以上で、付随情報に「Benzen」を含むデータを検索します。

サーチ条件の設定 1. プロパティのドロップダウンメニューから検索したいプロパティを選択します。<

ブラウズ>をクリックして、ダイアログボックスのリストから選択することもできます。

2. ドロップダウンメニューには「テキスト」を先頭に「Name」や「Technique」などデータベースに登録されている一般的なプロパティ、その下にそれ以外のプロパティがアルファベット順にリストされています。

3. プロパティのプルダウンから「mol. weight」を選択します。ここでは 120以上を条件としますので、<下限>に "120"とタイプ入力します。

プロパティ/名称タブ

分子量の条件設定

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4. 論理演算子<AND>をクリックし、次のプロパティを設定します。

5. ドロップダウンメニューから「テキスト」を選択します。Valueに入力する値がテキストの場合、サーチ条件は次の中から選択することができます。

「完全一致」検索値とまったく同じプロパティを含むもののみをヒットリストに表示させます。

「…を含む」検索値の部分検索になります。

「…で始まる」検索値で始まるデータベースエントリーを検索します。 6. ここでは「を含む」を選択し、<値>テキストボックスに "benzen"とタイプしま

す。

7. これで分子量 120以上で付随情報に Benzenを含むデータのサーチ条件の設定が終了しました。<サーチ>ボタンを押します。サーチ結果は MineItに表示されます。

ヒットリストの保存、レポートの作成はスペクトルサーチのサーチ結果の保存を参照下さい。ヒットリストのブラウズや表示方法の変更については MineItのデータベースウインドウの項を参照下さい。


Tips [編集]⇒[テキストを探す]でヒットリスト内の特定のテキストを確認することができます。上図はBenzenを探し、プロパティのSynonymsがハイライト表示されています。

テキストサーチプロパティから<テキスト>を選択すると、データベースに登録されたテキストタイプの付随情報すべてを検索対象とすることができます。データベースによっては化合物名が名称に登録されていない場合もあります。このような場合テキストサーチを使うと便利です。

テキストフィールドの条件設定

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ピークサーチピークサーチのクエリーとなるピークテーブルはロードさせたスペクトルから作成する方法とマニュアルで作成する方法があります。

サーチの選択 1. ツールボックスの Dataから SearchItアイコンをクリックします。前に行っ


2. データベースは<Reference - Licensed>からMulti Technique Demo Databaseを選択してください。

3. Ramanスペクトルのピークサーチを行うには、サーチの種類からピークの<Raman>をクリックします。Ramanピークタブが現れます。

ピークテーブルの作成 -スペクトルをロード 1. [ファイル ]⇒ [スペクトルまたは構造式を開く ]を実行し、<ファイルを開く>

ダイアログボックスを表示させます。

2. KnowItAll\Training Files\Files\Spectral Identification\ID Expert-Ramanから 5-Raman of Unknown Sample10101931.l6sを選択し、プレビューで確認してから<開く>をクリックしスペクトルをロードします。

3. <ピック>をクリックして、ピークテーブルを作成します。スペクトルウインドウ中央にあるグローバルスレッシュホールドを上下にドラッグして、ピークピックするピークの大きさを決めることができます。

4. 必要に応じてピークテーブル下の追加、編集、削除のボタンをクリックしてピークテーブルを編集してください。

5. ピークテーブルが完成したら、<サーチ>をクリックしてピークサーチを実行します。

6. 検索が終了すると、MineItプラグインにヒットリストが表示されます。ヒットリストの保存、レポートの作成はスペクトルサーチのサーチ結果の保存を参照下さい。

Ramanピークサーチタブ

スペクトルからピークピック

ピークピックボタン

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ピークテーブルの作成 -マニュアル 1. ツールボックスの Dataから SearchItアイコンをクリックします。前に行っ


2. データベースは<Reference - Licensed>からMulti Technique Demo Databaseを選択してください。

3. サーチの種類からピークの<Raman>をクリックします。Ramanピークタブが現れます。

4. ピークテーブルを作成します。ウインドウ右側のテーブル下にある<追加>ボタンをクリックすると、<ピーク情報の編集> ダイアログボックスが現われます。

5. ピーク位置と強度をタイプ入力し、<OK>ボタンをクリックします。これを繰り返し次のテーブルを参照してピークテーブルを作成してください。

ピーク設定バーピークテーブルはスペクトルウインドウ下のピーク設定バーを使って作成することもできます。ピーク設定バー上にカーソルを移動させ、任意の位置でクリックします。すでにピックしたピークをドラッグして位置を移動させることも可能です。

6. 左のウインドウにサーチするピーク位置が表示されます。

7. <サーチ>ボタンをクリックするとサーチを開始します。

8. 検索が終了すると、MineItプラグインにヒットリストが表示されます。ヒットリストの保存、レポートの作成はスペクトルサーチのサーチ結果の保存を参照下さい。

ピークテーブルの作成


ピーク情報の編集ダイアログボックス

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多成分解析ツール混合物スペクトルの解析を行うには Mixture Analysisプラグインを利用します。通常のスペクトルサーチの結果が思わしくないときMineItプラグインの送り先バーから測定スペクトルをMixture Analysisに転送して、実行することもできます。

Mixture Analysisの実行 1. Dataグループの Mixture Analysisアイコンをクリックし、プラグインを開

きます。

2. データベースタブでデータベースが選択されている場合は<すべて削除>をクリックし、データベースの選択を解除します。

3. 対象スペクトルのプルダウンから<Raman>を選択します。<Reference - Licensed>を選択し [DBコード ]をクリックします。データベースが DBコード順に並べ替えられます。一番上にある ZX<Raman-Controlled & Prescription Drugs>を選択し、<追加>ボタンをクリックします。選択したデータベースRZXが下のウインドウに表示されます。 ☞ ライセンスがない場合

<Reference - Unlicensed>をクリックし、インストールされているデータベースのリストから RZXを選択して<追加>をクリックしてください。ライセンスのないデータベースを検索した場合、ヒットリストのデータベース情報はロックされています。

4. ツールバーのアイコンをクリックします。<ファイルを開く>ダイアログボックスが現れます。ファイルの場所を C:\ユーザー￥Public\パブリックのドキュメント \Bio-Rad Laboratories\KnowItAll\Samples\Raman\Mixture Analysis\Raman Examples、スペクトルファイル Raman two component Liquid Mixture.irfを選択します。

5. <開く>をクリックすると<混合物スペクトル>タブに指定したスペクトルファイルがロードされます。

Mixture Analysisプラグイン

データベースの選択

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6. サーチ条件の設定① サーチアルゴリズムデフォルトは<Correlation>となっています。

必要に応じて設定を変更できます。ここではCorrelationのままとしてください。

② コンポーネントの数検出したい成分の数(予想される成分の数)を設定します。2に設定します。

③ 最適化時間節約のためここではオフにします。④ ヒットの上限サーチ結果にリストされる組み合わせの上限

数を設定します。データベースタブの<すべてのリストする>のチェックをはずし、ヒット数の上限に"25”と入力して下さい。

⑤ ベースライン補正チェックをはずします。

7. <サーチ>ボタンをクリックします。サーチの進行状況が表示されます。

サーチ結果サーチ結果は MineItプラグインに表示されます。Mixture Analysisのヒットリストは次の 3つの要素で構成されます。

Composite Spectrum 検出されたデータベースをエントリーを合成したもの。ストラクチャー /プロパティウインドウにはリストされた構造式が表示されます。HQI（Hit Quality Index)はこの Compositeスペクトルと測定スペクトルを比較して計算されます。

データベースエントリーデータベースより検索された個々のデータベースエントリー。構造式やプロパティの確認ができます。ウエイトは Composite Spectrumを合成する際の計算の割合を示します。

Residual Spectrum 測定スペクトルと合成スペクトルの差スペクトル。この残渣スペクトルが平坦なほど、混合物を構成する要素と形が似ていることになります。

サーチ結果の保存、レポートの作成は通常のサーチ結果と同じ要領で行います。

混合物サンプルのスペクトルをロード

サーチを実行

Mixture Analysisのサーチ結果

Note データベースエントリーに表示されるウエイトは、この数学的にこの割合で合成されたときのそれぞれのスペクトルの比重となります。サドラーのデータベースはすべて0から1にノーマライズされており、いろいろな共点の相対的な割合に関する質的な情報を提供しているため、このウエイトは混合物の要素の定量の目的に利用することはできません。

②①

③

⑤

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除外要素の設定サンプルの事前情報や特異なピークを手がかりにサーチ結果に含めたくない要素がある場合、これを<除外要素>として検索対象外にすることができます。ここではサーチ結果から排除したい要素を選択する方法を説明します。

1. あとで判りやすいようにヒットリストのタブ<ヒットリスト；Raman two component Liquid Mixture>をダブルクリックし、<Mixture 1回目>とタブ名を変更しておきます。

2. 一番目の Compositeスペクトルを構成している RZX241のエントリーを選択します。

3 <除外>カラムの○をクリックするとチェックマークが表示され、<サーチ実行>のボタンが現れます。

4. <サーチの実行>をクリックすると RZX241のスペクトルを対象外としてサーチが再実行されます。

5. サーチ結果が MineItプラグインに表示されます。Mixture Analysisプラグインに戻って、除外要素タブを確認します。除外要素タブには 1回目のサーチ結果から選択した RZX241が表示されています。

6. スペクトルを選択すると、<除外する要素で類似する範囲に含める割合の指定>がアクティブになり、チェックを入れると除外スペクトルの類似性を設定（80前後が適切 )することができます。

7. 除外要素タブに表示されたスペクトルを選択し、<削除>ボタンをクリックして、除外要素から削除します。

ヒットリストから除外する要素を選択

サーチ実行をクリック

除外要素タブ

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必須要素の設定除外要素と同様、サンプルの事前情報などから必ず含まれているであろう化合物のスペクトルを必須要素として設定することができます。ここではサンプルスペクトルを必須要素を設定します。

1. MineItの検索結果に戻り、ヒットリストエントリーにある RZX240をクリックし、スペクトルをアクティブにします。メニューの<編集>から<アクティブスペクトルをコピー>を選択し、スペクトルをコピーします。

2. Mixture Analysisプラグインの必須要素タブをクリックし、キーボードの Cntl+vでペーストすると、RZX240が必須要素に表示されます。

3. <必須要素タブ>にスペクトルが表示されたのを確認して<サーチ>をクリックします。

4. サーチ結果には設定したスペクトル RZX240が含まれ、他の 1要素の組み合わせた 2要素の合成スペクトルが作成されます。

Note 必須要素に設定したいスペクトルファイルがあるときには、必須要素タブの<追加>をクリックして、スペクトルを開き、必須要素に設定することができます。

必須要素の設定

必須要素を設定したMixture Analysisの結果

Mixture Analysisはデータベーススペクトルと測定スペクトルを比較し、データベーススペクトルを仮想的に組み合わせていくものです。ある特定の比率で組み合わされたとき、オリジナルの測定スペクトルと最も近い形となるコンポジットスペクトルを得るものです。それぞれのコンポーネントは相対的なウエイトが一緒に表示されます。この値はコンポジットスペクトルでの数学的に計算されたコンポーネントスペクトルの比重を示すものです。バイオ・ラッドのスペクトルデータベースはすべて 0-1でノーマライズされているため、Mixture Analysisのウエイトは混合比率さまざまな要素に相対的な割合についての定性的な情報であって、定量を目的に利用することはできません。たとえば、最初のスペクトルのウエイトが 67、次のウエイトが 33の場合、コンポーネントスペクトルは最初のスペクトルの 0.67倍と 2番目のスペクトルの 0.33倍した数学的な組み合わせであることを意味しています。二つの要素に相対的なウエイトが表示されてはいますが、スペクトルが 0-1でノーマライズされているため、最初の要素が 67%、二番目の要素が 33%の混合物であると解釈することはできません。参照スペクトルのモル吸光係数が不明なため、二つのコンポーネントの正確なモルパーセントも不明です。相対的なウエイトを比較することで、いくばくかの定性的な値を意味していることは言えます。

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サーチプロファイル解析の目的によって選択するデータベースを使い分ける時や、常に同じ条件でサーチしたい場合に便利なサーチプロファイルはサーチ条件を設定してからサーチプロファイルバーを使って登録します。(スペクトルライブラリーのライセンスが有効な場合の例です。)

サーチプロファイルの作成 1. SearchItプラグインを開き、ツールバーのをクリックします。 2. データベースの選択します。

① データベースタブを表示させます。データベースが選択されている場合には、<すべて削除>をクリックし、選択されているデータベースの選択を解除します。

② 左上のウインドウの<Reference - Licensed>をクリックし、右のウインドウに利用できるデータベースのリストを表示させます。

③ リストの<DBコード>をクリックし、データベースコード順にに並べかえます。ここから<RZX><RZ2X><RZ3X>の規制薬物関連のデータベース 3個を選択します。

④ <追加>をクリックし、選択したデータベースを検索対象にします。

3. その他のサーチ条件の設定を設定します。① サーチの種類から<スペクトル>→ <Raman>を選択します。<ファイルを開く>ダイアログボックスが現れますが、これをキャンセルします。

② スペクトルがロードされていない Ramanスペクトルタブが作成されます。スペクトルがロードされていませんので、Ramanの横に赤い×が表示されます。

③ サーチアルゴリズムのプルダウンから<Euclidean Distance>を選択します。④ <ベースライン補正>と<最適化>にチェックをはずします。

4. 規制薬物関連のデータベース、Euclidean Distance、ベースライン補正と最適化なしの Ramanスペクトルサーチの条件が設定されました。

Note サーチプロファイルはSearchIt、Mixture Analysisそれぞれのプラグインで設定することができます。

サーチプロファイルツールバー

データベースの選択

Note ここでスペクトルファイルをロードして、プロファイルとして保存するとサーチプロファイルを設定したときに、常にロードしたスペクトルが開いてしまいます。

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サーチプロファイルの保存 1. プロファイルツールバーの<プロファイルの追加>アイコンをクリックします。

2. プロファイルの新規作成ダイアログボックスが開きます。適当な名称、ここでは"Raman-Drug"とタイプして、<OK>をクリックします。

サーチプロファイルの適用 1. SearchItのをクリックします。

2. プロファイルツールバーのプルダウンリストから<Raman-Drug>を選択します。

3. <ファイルを開く>ダイアログボックスが現れます。サーチするスペクトルファイルを選択して、スペクトルウインドウにスペクトルをロードさせます。

4. <サーチ>ボタンをクリックしてサーチを実行します。

サーチプロファイルツールバー

サーチプロファイルの新規作成

プロファイルの追加アイコン

サーチプロファイルをプルダウンから選択

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MineItプラグインサーチを実行すると、そのサーチ結果 (ヒットリスト )は MineItプラグインに表示されます。MineItは保存してあるヒットリストを開いたり、所有するデータベースを開いてブラウズする際にも利用します。ここではヒットリストを例にその使い方を説明します。

ヒットリストを開く 1. ナビゲーションバーの DataからMineIt をクリックします。 2. 保存してあるサーチ結果のファイルを開くには [ファイル ]⇒ [ヒットリストを開

く ]を選択してください。<ヒットリストの選択>ダイアログボックスが現れます。

3. 表示されたリストからスペクトルサーチで保存した tutor4.htlを選択して<OK>をクリックします。ファイルがリストされないときは <詳細設定>をクリックして、ローカル設定タブでヒットリストを保存してあるフォルダーを指定してください。

4. MineItプラグインはスペクトルウインドウ、データベースウインドウ、ストラクチャー /プロパティウインドウに分割されています。

MineItプラグインの初期画面

Tip 複数のヒットリストを一度に閉じるには[ファイル]⇒[すべて閉じる]を実行します。

MineItプラグインに表示されるヒットリスト



データベースウインドウ

▋ヒットリスト/データベースのブラウズ

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ナビゲーションバー

アクティブなエントリーのID番号

次へ最後へトータル　エントリー数

データベースウインドウヒットリストは HQI(Hit Quality Index)順（降順）にリストされます。（データベースは ID番号順に表示されます。）

ヒットリスト /データベースのブラウズ ☞ データベースウインドウ内を移動し、アクティブなエントリーを変更するには、ナビゲーションバー、スクロールバー、キーボードの上下の矢印、F9（前へ） F10（後ろへ）を利用します。

☞ 表示させたいエントリー番号がわかっているときは、データベースウインドウ下のナビゲーションツールバーにデータベース ID番号をタイプします。データベースなどエントリーの多いファイルを開いたときに便利な方法です。

☞ ある特定の名前やプロパティ情報を検索するには [編集 ]⇒ [テキストを探す ]を実行し、目的の単語を入力します。該当するレコードに移動し、オレンジ色にハイライト表示されます。

エントリーの並び替え /削除 ☞ ヒットリストからエントリーを削除するには削除したいエントリーを選択し、マウスの右ボタンをクリックし<列を削除 >を選択します。元に戻すことができません。

☞ 項目名の横の▽をクリックすると、プロパティの値の昇順、降順でエントリーを並びかえることができます。

☞ メニュー [ヒットリスト ]⇒ [タグをつける ]コマンドを利用して、任意のエントリーを上位に表示させるようにすることができます。採用 /保留 /棄却 /タグなしの順で並べ替えられます。

エントリーの削除(元に戻せません)

項目名の△▽をクリックしてソート

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データベーステーブルをカスタマイズMineItのデータベースウインドウに表示させるデータベースの情報とその順序を検索や解析の目的別にカスタマイズすることができます。

1. データベースウインドウ上でマウスの右ボタンをクリックし、ポップアップメニューから<列を編集>を選択します。

2. <プロパティ>ダイアログボックスが開きます。選択対象項目はカテゴリー別に分類されています。名前の前の＋をクリックして、項目を選択し、矢印ボタン→を押して、<現在テーブルにある項目>に移動させます。

3. ここでは Primaryを開き、Synonymsと Formulaを<現在テーブルにある項目>に追加します。

4. <現在テーブルにある項目>のどれかを選択すると、ウインドウ下の表示順のボタンがアクティブになり、表示させる順番を変更することができます。下にリストされたプロパティはデータベースウインドウの右側に表示されます。SynonymsとFormulaを名称の下に移動させます。

5. <OK>をクリックして、ダイアログボックスを閉じます。MineItのデータベースウインドウには選択した項目が設定した順序で表示されています。

表示させるプロパティの選択/表示順の設定

Note ReportItプラグインに転送されるデータベースウインドウの情報はMineItに表示されたものになります。レポートしたいデータベース情報はMineItで設定しておきます。

カスタマイズされたデータベースウインドウ

列を編集を選択

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表示プロファイル表示プロファイルは、解析の目的にあった項目が表示されるヒットリストの作成、常に同じデータベース情報を表示させるレポートの作成に便利な機能です。前ページで設定した表示内容を表示プロファイルとして保存します。

表示プロファイルの保存 1. MineItプラグインのスタンダードツールバーの下に表示プロファイルツールバーが

あります。

2. <プロファイルの追加>をクリックします。

3. プロファイルの新規作成ダイアログボックスが開きます。 "同意語 /分子式 " とタイプして、<OK>をクリックします。

表示プロファイルの適用 1. ヒットリストを一度閉じ、再度 tutor2.htlを開きます。

2. プロファイルツールバーのプルダウンから<同意語 /分子式>を選択します。設定したプロパティが表示されます。

3. 一番上のエントリーを選択し、<送り先バー>の ReportItをクリックし、レポートテンプレート選択ダイアログボックスで<LandscapeJ>を選択し、<OK>をクリックします。

4. ReportItプラグインの２ページにあるテーブルには MineItのデータベースウインドウと同じプロパティ（同意語 /分子式のプロパティ）が表示されています。

表示プロファイルの作成/保存

表示プロファイルの適用

表示プロファイルツールバー

プロファイルの追加

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ストラクチャー/プロパティウインドウアクティブになっているエントリーの構造式とプロパティが表示されます。

☞ [表示 ]⇒ [ウインドウ /テーブル ]⇒ [ストラクチャー /プロパティ ]で表示 /非表示を切り替えることができます。

☞ 全プロパティタブには登録されているプロパティのすべてが表示され、選択したプロパティタブには [ ファイル ]⇒ [ユーザー設定 ]⇒ [表示するプロパティ ]で選択したプロパティのみを表示させることができます。

☞ ストラクチャー /プロパティウインドウは PCのデスクトップ上にドラッグアウトすることができます。

スペクトルウインドウデータベースウインドウでアクティブになっているエントリーのスペクトルが表示されます。軸の拡大 /縮小、スペクトルツールバーの機能については Appendixのスペクトルウインドウを参照下さい。

☞ 選択ツールでスペクトルをクリックすると、クリックしたスペクトルがアクティブになります。

☞ MineItプラグインの表示メニューからスペクトルウインドウのスペクトルの透過率表示 /吸光度表示を切り替えることができます。

☞ スペクトルウインドウのスペクトルの色や軸の表示方法などはスペクトルツールバーの表示設定アイコンを開いて変更することができます。

☞ スペクトルウインドウ上でマウスの右ボタンをクリックするとズームモードの変更、ズームを戻すなどのポップアップメニューから表示方法を変更することができます。

☞ [表示 ]メニューから [スペクトルオーバービュー ]を選択して、表示 /非表示を切り替えることができます。

☞ [表示 ]⇒ [サーチ領域 ]でグレイアウトしているサーチ除外領域の表示 /非表示を切り換えることができます。


X軸の2000cm-1以下を拡大

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サーチパラメーターテーブル

HQIオーバービュー

サーチパラメーターサーチパラメーターにはヒットリストに付随しているサーチ条件が記録されています。

1. MineItプラグインでサーチ条件を確認するには、[表示 ]メニューの [ウインドウ/テーブル ]から [サーチパラメーター ]を選択します。

2. サーチパラメータの情報は [編集 ]メニュー⇒ [サーチパラメーターテーブルのコピー ]でクリップボードにコピーされ、他のアプリケーションに貼り付けることができます。

Tips サーチパラメーターをKnowItAllのレポートに配置する場合はレポートテンプレートの編集で<配置するオブジェクト>にサーチパラメーターを選択し、保存してください。

HQIオーバービュー 1. [表示 ]メニューの [ウインドウ /テーブル ]⇒ [HQIオーバービュー ]を選択して、

表示 /非表示を切り替えることができます。

2. この HQIオーバービューはヒットリストの HQI(ヒットクオリティーインデックス )の値とばらつきを表したもので、ヒットリスト全体を観察することができます。

3. バーチャートの一つをクリックするとヒットリスト上のエントリーがアクティブになり、該当するスペクトルがスペクトルウインドウに表示されます。

　高（緑）　　　　　　　　　　低（赤）HQI

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ODヒートマップ　ODレベル100

MCS とOD ヒートマップMCSは選択されたヒットリストやデータベースエントリーの構造式を対象に、共通する部分構造 (Most Common Structure)をリストする解析ツールです。ODヒートマップと組み合わせて、構造式と IR スペクトルの相関性を観察することができます。右図は構造式を含むデータベースに対しスペクトルサーチをしたヒットリストです。このヒットリストを利用してMCSとOHヒートマップの応用例を紹介します。

1. ストラクチャー /プロパティウインドウの部分構造タブをクリックし、<処理開始>ボタンをクリックします。

2. ストラクチャー /プロパティウインドウには部分構造式と数量のリストが作成されます。これはリストされた部分構造をもつエントリーがいくつあるかを示したものです。

3. 一番多くの部分構造を持つエントリーを選択するために、46と表示された部分構造式をクリックします。

4. スペクトルウインドウには選択されたスペクトルのエントリーが表示され、データベースウインドウには選択されたエントリーがハイライト表示されます。

5. スペクトルツールバーのをクリックし ODヒートマップを作成します。 6. 選択されたスペクトルの密度を色別に表します。赤は密度が高く、選択したスペ

クトルに一番共通する領域であることを意味しています。紫の部分は共通する部分が少ないことを示しています。

7. 画面右上のスライドバーは中央にあり (ODレベル 0)、これはすべてのスペクトルの領域 (100%)を表示しているいます。

8. 三角のスライドバーを右へ移動させます。ODレベルが高くなり、一番右端が ODレベル100となり、すべてのスペクトルに共通の領域であることを意味します。ODレベル100は領域の 26%であることが表示されます。

9. 三角のスライドバーを左へ移動させます。ODレベルが低くなり、一番左端が ODレベル -100となります。この例だとODレベル -97で一つのスペクトルにしかない領域が表示され、全体の 34%であることがわかります。

データベースのMCSを作成

共通する構造を持つスペクトルを選択

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共通領域　ODレベル37コンセンサススペクトルODヒートマップはその Y 軸の頂点を結んでスペクトルを作成することができます。

1. スペクトルツールバーのコンセンサススペクトルツールをクリックします。スペクトルウインドウが分割され、上にコンセンサススペクトルが表示されます。

ODヒートマップアイコンとコンセンサススペクトルアイコンをクリックして、スペクトルウインドウの表示を切り替えることができます。

2. コンセンサススペクトルはスペクトルサーチのクエリースペクトルとなります。

上段がコンセンサススペクトル

ユニーク領域　ODレベル-97

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ReportItプラグインレポート作成用のプラグイン ReportItでは MineItプラグインから転送されたヒットリストのエントリーを指定のテンプレートのフォーマットでレポートを作成し、編集、保存をすることができます。

サーチ結果レポートの作成と保存 1. MineItプラグインで [ファイル ]⇒ [ヒットリストを開く ]を選択します。

2. データベース /ヒットリストの選択ダイアログボックスから先に保存した「tutor2.htl」を選択し、<OK>をクリックし、ヒットリストを開きます。

3. [ファイル ]⇒ [レポートテンプレートの編集 ]でデフォルトに設定されたレポートテンプレートがある場合には、<デフォルトの解除>をクリックしてください。

4. レポートに転送したいエントリー（ここでは 1番目 )を選択し、送り先バーの<ReportIt>をクリックします。

5. <レポートテンプレート選択>ダイアログボックスが現れ、あらかじめ登録されたレポートテンプレートがリストされます。デフォルトのテンプレートが設定してある場合にはダイアログボックスが表示されず、デフォルトのレポートテンプレートでレポートが作成されます。

6. テンプレートの内容はプレビューで確認することができます。「SpecDisplayUnknown_Result」を選択し<OK>をクリックします。

7. 選択されたエントリーのオブジェクトが ReportItプラグインに転送され、指定したテンプレートのレイアウトに従ったレポートが作成されます。

8. オブジェクトの形や場所を整えて、レポートを保存します。[ファイル ]⇒ [保存 ]を選択します。保存ダイアログボックスからファイルの種類を「ReportItドキュメントファイル (*.rtd)」を指定し、ファイル名を “Tutor” と入力して、レポートを保存します。（レポートオブジェクトの編集方法は後述を参照ください。)

MineItでヒットリストを開く

レポートテンプレートプレビュー

送り先バー ReportIt をクリック

▋サーチ結果レポートのカスタマイズ　

送り先バー

デフォルトテンプレートの設定

デフォルトに設定されたテンプレートの設定を解除

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レポートテンプレートのレイアウト

レポートテンプレートのカスタマイズ

KnowItAllにはいくつかのレポートテンプレートが登録されていますが、これを編集して独自のレポートテンプレートを作成することができます。レポートテンプレートはデータの転送元のプラグインから作成、編集を行います。ここではヒットリストのレポートテンプレートの編集を行います。

レポートテンプレートの編集 1. ツールボックスの DataからMineItアイコンをクリックして、MineItプラグインを

開きます。

2. [ファイル ]⇒ [レポートテンプレートの編集 ]を選択します。

3. レポートテンプレートダイアログボックスが開き、MineItプラグインから指定できるレポートテンプレートがリストされます。<SpecDisplayUnknown_Result>を選択して<編集>をクリックします。

4. レポートテンプレートに配置されているオブジェクトと配置できるオブジェクトを選択するダイアログボックスが開きます。

5. 二つのボックスの間の矢印を使って、レポートにするオブジェクトの削除、追加を行います。ここでは次のような設定をします。

<ピークリストテーブル >を削除右のオブジェクトウインドウで <ピークリストテーブル >を選択後、ウインドウ間の矢印⇐をクリック。

<データベース / ヒットリストテーブル >を追加左のウインドウから <データベース / ヒットリストテーブル >を選択。中央の矢印⇒をクリック。右側の設定の「アクティブのみ表示」をチェックをはずし、開始するレコードを「1」、表示する数「3」に設定。

<現在の日付 /時刻 >を追加左のウインドウから<現在の日付 /時刻>を選択。矢印⇒をクリック。

レポートテンプレートダイアログボックス

配置するオブジェクトの選択

ReportItでレポートを生成

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6. 選択と設定が終了したら、<OK>をクリックします。プラグインが ReportItに移動し、選択したオブジェクトがレポート用紙上に表示されます。

7. 選択ツールを使って、用紙上の 5つのオブジェクトの配置を変更します。オブジェクト中央のＸをドラッグするとその位置を、オブジェクト周囲の■をドラッグすると大きさを変更することができます。

8. ここでは 2ページ目にもオブジェクトがありますので、大きさと位置を変更し、図のように 1ページにレイアウトします。

9. メニューの [ファイル ]⇒ [ドキュメントサイズ ]を選択し、<ドキュメントの縦ページ>を "1"に設定します。

10. レポートのタイトルを作成します。メインツールのテキストツールを選択し、レポートの上部で四角くドラッグします。テキストツールバーがアクティブになりますので、フォントサイズ 24を選びます。「検索結果報告書」をタイトルをつけ、日付の下に "オペレーター " と入力します。ロゴなどの画像はメニューバーの<編集>から<オブジェクトを挿入>でファイルを指定して挿入します。コピーアンドペーストで貼り付けることも可能です。

11. スペクトルウインドウオブジェクトをダブルクリックします。画面右側に現れるスペクトルツールバーを使って、スペクトル表示方法を設定することができます。ここではをクリックして、レポートにはスペクトルがスタック表示になるように設定します。

12. オブジェクトとテキストの配置、設定が終了したら、戻り先バーの<MineItへ保持して戻る>を選択します。

13. <保存>ダイアログボックスが現われます。MineItフォルダーに Reportテンプレートファイル .rtt、ファイル名「tutorial」として、<保存>ボタンをクリックします。

14. レポートテンプレートダイアログボックスに新しいファイル名がリストされているのを確認して、<閉じる>をクリックしてください。

15. プラグインは MineItに戻ります。これでMineIt プラグインから ReportItへ転送するときに利用できる Tutorialという新しいテンプレートの作成が終了しました。

日付

データベースストラクチャー

データベース/ヒットリストテーブル


データベース/ヒットリストスペクトル(自動認識）

MineItに保持して戻る

新しいレポートテンプレートを保存

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表示設定ダイアログボックス

レポートテンプレートの適用スペクトルサーチで保存したヒットリストを新しいレポートテンプレートを使ってレポートを作成します。

1. MineItプラグインで [ファイル ]⇒ [ヒットリストを開く ]を選択します。データベース /ヒットリストの選択ダイアログボックスから先に保存した「tutor2.htl」を選択し、ヒットリストを開きます。

2. [表示 ]⇒ [サーチ領域 ]でグレイアウトしている領域を消去します。

3. レポートに転送する1番上のエントリーを選択します。

4. 送り先バーの ReportItをクリックします。レポートテンプレートダイアログボックスが現われます。先ほど作成した tutorialを選択して<OK>をクリックします。

5. プラグインは ReportItへ移動し、指定したテンプレートにしたがって、選択されていたエントリーのオブジェクトが配置されます。

レポートの編集

1. レポート作成者の名前を入れます。テキストツールを選択し、オペレーターのテキストボックスをクリックします。縦のカーソルが点滅しますので、これを任意の場所に移動させ、氏名をタイプ入力します。

2. 構造式やテーブルなどのオブジェクトの大きさの変更には選択ツールを使い、オブジェクト上をクリックします。ここではスペクトルウインドウのスペクトル上部が欠けているので、大きさを変更します。スペクトルウインドウをクリックすると、周囲にグラフィックハンドルが現れます。上のグラフィックハンドルを上方向に適当な範囲までドラッグして下さい。

3. スペクトルの色や軸の編集をするには、スペクトルウインドウオブジェクトをダブルクリックします。画面右側にスペクトルツールバーが現れます。スペクトルツールバーのアイコンをクリックして現れる表示設定ダイアログボックスで設定の変更をします。<色とフォント>タブを選び、<項目>から<アクティブスペクトル>を選び、カラーパレットの▼をクリックし、色を緑に設定します。<OK>をクリックしてダイアログボックスを閉じます。

ヒットリストのエントリーを選ぶ

新しいレポートテンプレートを適用

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Note レポート画面上で変更した設定は作成中のレポートドキュメントにのみ有効です。レポートテンプレートの作成または編集時に同じ要領でスペクトルの色などを設定すると、常に同じ色のスペクトルでレポートを作成することができます。

4. データベーススペクトルウインドウをダブルクリックし、スペクトルツールバーのアイコンをクリックし、ピーク表示をオンにします。

5. データベーステーブルをクリックし、中央の×ハンドルをドラッグして位置を下方向へ移動します。同様に構造式も移動させてください。

6. レポートをドキュメントファイルとして保存します。[ファイル ]⇒ [保存 ]を選択し、ダイアログボックスの<ファイルの種類>から<ReportItドキュメントファイル>を指定し、ファイル名” test” として、<保存>ボタンをクリックします。

構造式の編集構造式をダブルクリックすると、画面右側にストラクチャーツールバーが現れて、構造式のインプレイス編集が可能になります。構造式を選択してから、送り先バーでChemWindowをクリックして、編集をし、戻り先バーからReportItへ戻すこともできます。

レポート上のスペクトルウインドウの編集

スペクトルツールバー

Tips データベーステーブルオブジェクトに表示される内容はMineItプラグインで表示されたものとなります。レポート上のデータベース項目を変更するにはMineItでデータベースウインドウをカスタマイズするか、テーブルをダブルクリックしてマウスの右クリックで<列を編集>を選択してください。

スペクトル表示を編集したレポート

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レポートオブジェクトについて

レポートにするオブジェクトには同じようなものがありますので、違いを簡単に説明します。

スペクトルウインドウ MineIt や ProcessItのスペクトルウインドウを表示します。表示方法をあらかじ

め設定しておく方法と転送元の表示方法をそのまま反映させるオブジェクトがあります。

スペクトルウインドウ転送元（MineIt）のスペクトルウインドウのスペクトルが転送されますが、レポートテンプレートで設定した通りのスタイル (スペクトルの色や書式など )で表示されます。（転送元でどのように表示されていても、レポートには反映されません。 )

　　右図上：レポートテンプレートで透過率%表示、ピーク表示なし、バックグラウンドをグレイで設定されたスペクトルウインドウ。

スペクトルウインドウ（WYSIWYG) 転送元のスペクトルウインドウの表示設定のままレポートが作成されます。レポートテンプレートで書式を設定しておいても、転送元での書式でレポートされます。

　　右図下： MinetItプラグインで表示されている通りに転送されたスペクトルウインドウ。

WYSIWYG　= What You See Is What You Get

MineItのスペクトルウインドウ

Report上のスペクトルウインドウ

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データベースヒットリストスペクトル(測定スペクトルなし、1-3番目を指定)

データベース / ヒットリストスペクトルデータベース /ヒットリストスペクトルとはデータベースウインドウでリストされているエントリーのスペクトルを意味します。レポートテンプレートのオブジェクト配置時に次の要素を設定することができます。

○測定スペクトルの表示 /非表示○表示する数アクティブのみ or 番号を指定

データベース / ヒットリストスペクトル（タイプ自動認識 ) スペクトルの種類に関係なく上記の設定でデータベーステーブルのスペクトルを表示。

IRデータベース / ヒットリストスペクトルマルチテクニックデータベースのとき、 IRデータのみが対象となります。テーブル上のスペクトルが ATRスペクトルの場合は表示されません。

データベーステーブルデータベーステーブルオブジェクトに転送される内容は MineItプラグインで表示

された内容となります。レポートする項目を変更するには MineItで表示する項目(列 )の編集をしてから ReportItに転送します。

52


はじめにAnalyzeItには、赤外スペクトル、ラマンスペクトルの解析を支援するために設計されたスペクトル情報のオンライン知識ベースが収録されています。

ユーザースペクトルのピークをデータベースに登録された官能基グループの情報と照らし合わせ、条件の一致するものをすばやく探し出します。データベースに含まれた情報は、ケミカルクラスごとに直接縦覧することができます。

データベースには、200の官能基とそれに関する700吸収バンドが含まれており、一般的なケミカルクラスに細分化されています。データーベースは、中赤外領域（4000～ 400cm-1）のコンデンスドフェーズ化合物用に構築されています。これらのデータは、Infrared Characteristic Group Frequencies, Second Edition by George Socrates, The Infrared Spectra of Complex Molecules by L.J.Bellany and Introduction to Infrared and Raman Spectroscopy by N.B.Colthrup, L.H. Daly, and Stephen E. Wiberleyといった著書をそのソースとしています。中赤外領域外の吸収バンドに関しては、誤った否定的な判断をしないように、その領域を超えたデータベースとなっています。AnalyzeItは、ガスフェイズ、特にO-Hと N-H領域に関しては、有効ではありません。AnalyzeItの使用方法のアウトラインは次の通りです。

スペクトルの解析方法Step 1　ピークと一致する官能基グループを探す。

AnalyzeItは、官能基グループの参考書とか、チャートブックのようなものです。検索コマンドで選択されたピークと同じ領域に吸収ピークをもつ官能基グループをデータベースから探しだし、その官能基グループに特有の吸収をもつ化合物のヒットリストを作成します。

Step 2　サーチ結果を絞り込む。サーチ結果には、ある化合物について、現れるべきピークがすべて示唆されます。未知スペクトルがどのくらい官能基のバンドと一致しているかというユーザー自身の判断と未知スペクトルの事前情報を元に、サーチ結果から同定の候補になりそうな化合物を絞りこんでいきます。ユーザー自身が、条件に合わないものを削除したり、条件にあっているかどうかを積み上げていかなくてはなりません。<ネガティブサマリー>のシートに候補からはずすバンドを、<ポジティブサマリー>シートに可能性の高いものを集めます。さらに、 <ポジティブサマリー >シートの画面上には、サマリーバーチャートが表示されます。

▋スペクトルの解析

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Step 3　ある領域の矛盾を探す。 AnalyzeItでは、どの官能基グループが解析を混乱させるかを知ることができます。たとえば、アルデヒドと思われる1730cm-1 付近に強いピークを持つスペクトルのピークを検索すると、カルボニル系の他のものが同じ波数領域にピークがあることを示します。

Step 4　弱いピークに着目する。上記のアルデヒドのサンプルの場合、 AnalyzeItでは、アルデヒドのスペクトルには、もっと吸収の強いサンプルだと 2900～ 2700cm-1 近傍に弱いピークが存在することがわかります。吸収の強いサンプルにして、これらの弱いピークが現れれば、このサンプルはアルデヒドであるといえます。

AnalyzeItの基本的な使い方は次の二つのことが前提になります。 ☞ ユーザースペクトルの最も強いピークから検索してください。弱いピークは、周波数の低いものの混ざり合ったものであったり、不純物のものであったりする可能性があります。 AnalyzeItではバンドの弱いものも表示されますが、これらは、可能性の高い官能基グループにおいて、さらに決め手とするためや、単に官能基グループの基礎としてのみ使われるべきものです。

☞ 最初に 2000cm-1 以上のピークに焦点をあわせます。この波数領域のピークは、周波数に独自の特徴をもっています。 2000cm-1 以下は、指紋領域とよばれ、独自の分子の全般的な同定に有効です。

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AnalyzeIt プラグインツールボックスの Spectral Analysisグループから AnalyzeIt IR をクリックします。ここではメインスクリーンの機能を説明します。スペクトルをロードしないと現れない機能もあります。

メニューバータイトルバーの下にあります。ここに [ファイル ]、[編集 ]、[表示 ]、[解析 ]、

[ヘルプ ]といったメニューがあります。

送り先バー AnalyzeItの情報を転送できるプラグインが表示されます。

ツールバーデフォルトでは、AnalyzeIt プラグインのアプリケーションエリアの上辺にありま

す。一般的によく使われる機能がワンクリックで実行できるツールアイコンが登録されています。

構造式ウインドウストラクチャーウインドウは二つに分割されています。上部がユーザーストラク

チャーウインドウです。ユーザーの構造式ファイルが読み込まれた場合、その構造式が表示されます。ChemWindowで、新たに構造式を作成したり、表示されている構造式を編集することができます。下のエリアには、官能基グループウインドウで選択されている官能基の部分構造式が表示されます。

スペクトルウインドウ開かれたスペクトルは、横軸に波数、縦軸に強度をもってスペクトルウインドウ

に表示されます。スペクトルウインドウにポインターがあるとき、カーソルは虫メガネのついた縦線になります。ウインドウのフレーム上にカーソルを移動させると、カーソルが変化し、ウインドウの大きさを変更することができます。

サマリーバーポジティブサマリーにあるすべての官能基のピーク位置がバーチャートで表示され

ます。

AnalyzeIt IRの初期画面

メニューバー

構造式ウインドウ


送り先バー

ツールバー

Note AnalyzeIt Polymer IRでは構造式ウインドウの下のエリアには部分構造ではなく、官能基グループの特長が表示されます。

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官能基グループウインドウピークをコリレーションにした検索結果や検索した官能基グループの官能基に関す

る詳細情報が表示されます。それぞれのエントリーの情報が横一列に表示されます。選択された官能基に対応する部分構造がストラクチャーウインドウに表示されます。

吸収バンドウインドウ官能基グループウインドウで選択した官能基に由来するピークをその幅をバー

チャート形式で、強度を色の濃淡で表示するウインドウです。ここで表示されたピークは、スペクトルウインドウにリンクしており、ピーク強度と位置が青く示唆されます。

サマリータブコリレーションの結果を検証するためのサマリータブ（ポジティブサマリーとネガ

ティブサマリー）があります。コリレーションの結果、一致していると思われる官能基はポジティブサマリーに、解析の対象からはずしたいような官能基はネガティブサマリーに移動させます。この二つのサマリータブは常に表示されており、ピークをコリレーションしたときには、そのピーク毎にタブが追加作成されていきます。また、構造式をインポートしたときにも新たに構造式タブが作成されます。

ステータスバーメイン画面の最下部にあるのがステータスバーです。左下には、マウスがおかれて

いる位置によって、その機能やツールボタンの名前などが表示されます。右側にはマウスの位置が表示されます。

AnalyzeIt IRの初期画面

吸収バンドウインドウ

サマリーバー

官能基グループウインドウ

サマリータブ

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スペクトルファイルオープン　プレビュー

スペクトルのロード

チュートリアルここから実際のスペクトルファイルをロードさせ AnalyzeIt IRの使い方を説明します。AnalyzeIt Raman、AnalyzeIt Polymer IRも使い方は同じです。

スペクトルを開く 1. [ファイル ]⇒ [スペクトルを開く ]を選択するか、アイコンをクリックしてく

ださい。

2. <開く>ダイアログボックスが開きます。ファイルの場所とスペクトルファイルの種類、ファイル名を設定します。ここでは場所を C:\ユーザー￥Public\パブリックのドキュメント \Bio-Rad Laboratories\KnowItAll\Training Files\Files\Creating Databases\Batch Import Spectra\AnalyzeIt IR\Uknown 11201949.irfを選択します。

3. ファイル名をクリックするとプレビューでスペクトルファイルを確認することができます。

4. <開く>をクリックして下さい。スペクトルウインドウにスペクトルが表示されます。スペクトルウインドウ内にカーソルを移動させると、マウスの移動にしたがって、カーソルの位置が波数で表示されます。

ピーク選択とコリレーション 1. ピークを選択するにはアイコンをクリックします。これを繰り返すと選択

すべきピークが順次表示されます。選択されたピークは縦の破線で表示されます。スペクトルのピーク付近でクリックすると、ソフトウェアが近傍のピークを選択します。

2. 選択したピークに吸収バンドを持つ官能基グループを検索します。3000cm-1 近傍のピーク上に破線が表示されているのを確認します。次の方法で検索できます。

☞ アイコンをクリックします。または ☞ [解析 ]⇒ [ピーク検索 ] を選択し、 <ピークによる検索>ダイアログボックスの波数を "2972"とタイプ入力して、 <OK>をクリックして下さい。

ピーク値を入力する

Note ソフトウェアが自動的に選択するピークは1500cm-1

より高波数の領域を優先します。

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3. 検索したピークのタブが作成され、官能基グループウインドウに検索結果が表示されます。吸収バンドウインドウには、検索されたピークの吸収領域バーだけでなく、その官能基に由来するすべての吸収領域をバー表示されています。

4. 官能基グループウインドウのエントリーを選択すると、スペクトルウインドウにピークの形が青く表示されます。この官能基グループの詳細情報を見るには、官能基名の前にある+マークをクリックします。

5. スペクトル上にはないピークでもコリレートすることができます。2500cm-1 をコリレートする場合、 ☞ [解析 ]⇒ [ピーク検索 ]を選択し、現れるダイアログボックスに "2500"とタイプします。

☞ スペクトルウインドウ上にある選択ライン (破線 )を 2500cm-1 にドラッグしてきてからアイコンをクリックしても同じ結果が得られます。

2500cm-1をコリレートした結果のタブが新たに作成されます。

官能基のブラウズ 1. [解析 ]⇒ [官能基をブラウズ ]を選びます。

2. リストから "ALKANES"を選択し、<OK>ボタンをクリックします。

3. <Alkanes>というタブが作成され、官能基情報が表示されます。

2972cm-1 をコリレートした結果

官能基グループウインドウの詳細

官能基によるピークを表示させる

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検索結果の検証これら 3つのタブから検索結果を検証し、サマライズしていきます。

1. 2500cm-1 のタブの情報は表示されているスペクトルとは何の関連もないのは明らかですから、タブごと削除してしまいます。2500のタブを選択し、[編集 ]⇒ [タブを削除 ]を選択します。

2. コリレートした官能基のタブには有効と思われる情報が含まれています。この有効と思われるエントリーをポジティブサマリータブに移動させます。まず移動させたいエントリーを選択してから、次の方法でポジティブサマリーに移動させることができます。 ☞ 官能基グループウインドウまたはスペクトルバンドウインドウの中で右のマウスボタンをクリックして、ポップアップメニューを開き、 <ポジティブサマリーに移動>を選択。

☞ のアイコンをクリックする。 ☞ 官能基グループウインドウのエントリーの一番左にあるサマリーカラムをクリックする。 ☞ [編集 ]⇒ [ポジティブサマリーに移動 ]を選択する。 ☞ ポジティブサマリータブにあるエントリーの吸収帯は、スペクトルウインドウの下側のサマリーバーにバーチャート形式で表示されます。

3. タブにはまったく関係がないと思われる情報も含まれています。このエントリーをネガティブサマリータブに移動させます。まず移動させたいエントリーを選択してから、次の方法でネガティブサマリーに移動させることができます。 ☞ 官能基グループウインドウのエントリーの一番左にあるサマリーカラムを二度クリックする。

☞ 官能基グループウインドウまたはスペクトルバンドウインドウの中で右のマウスボタンをクリックして、ポップアップメニューを開き、 <ネガティブサマリーに移動>を選択。

☞ アイコンをクリックする。 ☞ [編集 ]⇒ [ネガティブサマリーに移動 ]を選択する。官能基グループをリストしたタブ（この場合 Alkaneのタブ )から各サマリータブにエントリーを移動させることもできます。

タブの削除ピークコリレーションで作成されたタブを削除するには削除したいタブを選択し、[編集]⇒[タブを削除]を実行します。

官能基の赤外ピークをリスト

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構造式から赤外吸収ピークを推定

構造式ファイルオープンプレビュー

Tips スペクトルウインドウをダブルクリックしてChemWindowに移動し、構造式を作成することもできます。

化学構造式からコリレーションAnalyzeItは、構造式を読み込み構造式から推定される IRピークを示唆することができます。この機能は AnalyzeIt Polymer IRにはありません。

1. 構造式ウインドウに構造式ファイルを開きます。構造式ファイルを開くには次の方法があります。

☞ アイコンをクリックする。 ☞ [ ファイル ]⇒ [構造式を開く ]を選択。 ☞ ストラクチャーウインドウの上で、右マウスクリックでポップアップメニューから<構造式を開く>を選択します。

2. <ファイルを開く>ダイアログボックスから、C:\ユーザー￥Public\パブリックのドキュメント \Bio-Rad Laboratories\KnowItAll\Samples\Structuresのフォルダーを指定します。Benzenthiol.dsfを選択し、<開く>ボタンをクリックしてください。

3. 構造式ファイルがない場合は、ChemWindowで構造式を作成して、送り先バーから AnalyzeItを選択します。作成した構造式は AnalyzeItに転送され、自動的にコリレーションを行います。

4. 構造式のタブが作成され、構造式に関連する官能基グループがリストされます。スペクトルウインドウ上には、官能基グループにフラグメントされた部分構造式とこれに対応する IRピークが表示されます。

5. ストラクチャーウインドウに対応する部分構造式が表示されます。この構造式タブでリストされた官能基のエントリーも、ポジティブサマリータブやネガティブサマリータブへ移動させることができます。

印刷　表示されたピーク位置や官能基情報を含めて印刷をするには [ファイル]⇒[印刷プレビュー]を実行します。プレビューで印刷内容を確認します。印刷プレビューダイアログボックスの<印刷>ボタンをクリックして下さい。スペクトルは、スペクトルウインドウに表示されたものが、官能基グループは、官能基グループで選択されているものが印刷されます。

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官能基ハンドブックの使い方AnalyzeIt IRのみの機能です。

1. 官能基ウインドウに表示されている官能基を選択します。上記で構造式からコリレーションした結果の官能基ウインドウから「Aromatic」を選択します。

2. AnalyzeItツールバーのをクリックまたはメニューの [表示 ]→ [官能基ハンドブック ]を選択します。

3. ポップアップウインドウが開き、選択した官能基に関する官能基ハンドブックの情報が表示されます。

官能基知識ベースの作成と利用方法AnalyzeIt IRでユーザー知識ベースを作成します。画面左側のツールボックスの<Spectral Analysis>の AnalyzeIt IRのアイコンをクリックし、AnalyzeItIRを開きます。AnalyzeIt Raman、AnalyzeIt Polymer IR( オプション )でもユーザー知識ベースの作成は可能で、作成方法も同じですが、操作はそれぞれのプラグインで行ってください。

知識ベースの作成 1. メニューの [知識ベース ]から [新規作成 ]を選択します。ユーザー知識ベースの

名前をつけて保存するダイアログボックスが開きます。保存する場所 (C:\ユーザー \Public\パブリックのドキュメント \Bio-Rad Laboratories\knowitall\AnalyzeIt_knowledgebases\Japanese)を指定しファイル名 "User IR Knowledge Base" とタイプして<保存>ボタンをクリックします。

2. 知識ベースを作成する画面が開きます。

3. メニューから [知識ベース ]⇒ [ケミカルクラスの追加 ]を選択します。ケミカルクラスの名称を入力するダイアログボックスが現れます。"MyAmine" と入力して<OK>をクリックします。

4. 画面にMyAmineが表示されます。これを選択して (ハイライト表示させ）、マウスの右ボタンをクリックします。ポップアップメニューから<官能基の追加>を選択してください。

官能基ハンドブック

ユーザー知識ベースの作成

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バンド情報の登録

ChemWindowプラグインで構造式を作成

5. 官能基グループダイアログボックスが開きます。

6. 入力テキストボックスに "R-CH2-NH2" と入力します。化学式を自動認識しますので、知識ベースには整形テキストに表示されているように登録されます。

7. 官能基グループに参照スペクトルを付随させる場合には<参照>ボタンをクリックし、スペクトルファイルを指定します。ここでは、C:\ユーザー￥Public\パブリックのドキュメント \Bio-Rad Laboratories\KnowItAll\Training Files\Files\Functional roup Analysisから Butylamine.jdxを選択し、<開く>ボタンをクリックします。

8. 官能基グループダイアログボックスに戻ります。<OK>をクリックして下さい。

9. 画面上には入力した官能基グループ (R-CH2-NH2)が表示されています。これを選択 (ハイライト表示 )し、マウスの右ボタンをクリックし、ポップアップメニューから<バンドの追加>を選択します。

10. バンド情報を入力するダイアログボックスが開きます。NH2の結合を入力します。高波数 1700、低波数 1540、高さ 40、半値幅 80とタイプ入力します。強度のプルダウンから<medium>、モードはプルダウンから<deformation>を選択し、<OK>をクリックします。

11. スペクトルウインドウに参照スペクトルと NH2バンド、右下のウインドウには入力した値が表示されます。

12. 部分構造ウインドウをダブルクリックして、官能基に相当する部分構造を入力します。プラグインが ChemWindowに移動します。A-NH2の構造式を作成します。自由選択ツールで NH2を選択し、<オブジェクトの色>ツールバーから青をクリックして、NH2 がハイライト表示されるようにします。

13. 戻り先バーの<保持して AnalyzeItに戻る>をクリックして、AnalyzeIt IRに戻ります。

14. 官能基 (R-CH2-NH2)を選択し、マウスの右ボタンをクリックして、<バンドの追加>を選択し、バンドを追加していきます。下の表のバンド情報を追加してください。

官能基グループの追加

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バンド高波数 -低波数高さ半値幅強度モードNH2 1700-1540 40 80 Medium-strong DeformationNH 3450-3270 30 65 Medium A(nti-)symmetric

StretchingNH 3378-3200 30 65 Medium Symmetric stretchingCN 1140-1018 40 40 Medium-weak StretchingNH 900-700 50 49 Strong Wagging

15. バンドの登録が終了すると次の図のようになります。

16. 知識ベースは自動的に保存されますので、プラグイン右上のアイコンをクリックして、知識ベース作成画面を閉じて下さい。

知識ベースの使い方 1. AnalyzeIt IRのメイン画面に戻り、[ファイル ]⇒ [ユーザー設定 ]を選択します。

ユーザー設定ダイアログボックスが開きます。

2. ダイアログボックス下の<追加>ボタンをクリックし、作成した知識ベースを追加します。<ファイルを開く>ダイアログボックスで保存した知識ベースの場所とファイル名を指定し、<開く>をクリックします。

3. ダイアログボックスにファイルの場所と名前が表示されたのを確認して<OK>をクリックします。

4. これで既存の知識ベースと同じようにユーザー知識ベースを利用することができます。[解析 ]メニューの [官能基をブラウズ ]を選択します。スクロールバーを下げて、作成した官能基グループ<MyAmine> を選択し、<OK>をクリックします。

ユーザー設定ダイアログボックス

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ChemWindowプラグイン化学構造式は Basicsグループの ChemWindowプラグインで作成します。ツールボックスの Basicsから ChemWindowアイコンをクリックすると右図のような画面が開きます。

ChemWindowに搭載されているツールは、アプリケーションウインドウの左側にメインツール、ボンドツール、アトムツール、リングツール、編集ツールに分類して登録されています。各ツールバーに登録されているアイコンを選択し、ドローイングエリアでクリックまたはドラッグしていきます。ここでは ChemWindowプラグインで次のような化学構造式を作成し、ReportItプラグインに転送して、反応式を作成する手順を説明します。

　

O

HTBDMSO ドローイングエリア

ChemWindowプラグイン

BasicsグループのChemWindowをクリック

ヒットボックス ChemWindowプラグインの各オブジェクトにはその中央部と両端にヒットボックスと呼ばれる接合ポイントがあります。ここから次のオブジェクトをクリックすることで、二つのオブジェクトは化学的な意味を保持させることができます。

▋化学構造式の作成

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リングの作成 1. メインツールバーからシクロヘキサンツールを選択します。 2. ドローイングエリアにカーソルを移動させ、左マウスボタンを押しながら (クリッ

クせずに )そのままドラッグすると環を回転させることができます。クリックするとデフォルトの角度でシクロヘキサン環が作成されます。

3. 次にツールバーからシクロペンタンツールをクリックし、作成したシクロヘキサン環の右側のボンド上にカーソルを移動させます。ボンド上に黒い正方形が表示されるポイントがあります。ここがヒットボックスです。ヒットボックス上をクリックして、シクロヘキサンリングとシクロペンタンリングを接合させます。

Note 操作はCTRL+Zで取り消され、一つ前の状態に戻すことができます。

ボンドの作成 1. ツールバーのボンドツールをクリックして、ウェッジボンドを選択します。リ

ングの先端のヒットボックスをクリックして、右の図のようにリングにボンドを接合させます。ヒットボックス上でドラッグするとボンドの派生角度を任意に設定することができます。

2. ボンドを接合するには、作成したボンドの反対端にあるヒットボックス上をクリックします。ウェッジボンドを持ったまま、作成したボンドの反対端にあるヒットボックス上で、マウスの右ボタンをクリックし、ポップアップメニューから<ツールパレット>を選択します。ツールパレットのシングルボンドを選択すると、ウェッジボンドの先端にシングルボンドが作成されます。

3. シングルボンド中央のヒットボックスをクリックすると、シングルボンドがダブルボンドに変換されます。図のようなボンドを作成します。

4. ツールバーからハッシュドウェッジボンドを選択して、リングのヒットボックスから下側にドラッグして、ハッシュドウェッジボンドを作成します。

ボンド中央のヒットボックスをクリック

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ボンドの既定値ボンドは自動的に120度の角度で作成されます。この120度の角度を変更して結合線を作成するには、ボンドツールを持ったまま任意の角度でドラッグします。また、ボンドの長さは初期値で設定されていますが、これを無視した長さにするには、Shiftキーを押したまま、ボンドツールをドラッグしてください。

ラベルの作成 1. ハッシュドウェッジボンドの先端のヒットボックスにカーソルを移動させ、キーボー

ドの「H」をタイプして、ボンドにラベルを作成します。

2. すでに作成したボンドにラベルを作成するにはラベルツールを使います。メインツールボックスのラベルツールを選択し、原子上のヒットボックスをクリックします。縦のカーソルが点滅しますので、キーボードからラベル <O>をタイプします。

3. ラベルを任意な位置配置するにはラベルツールでドローイングエリアの任意な場所でラベル「TB DM SO」を作成してから、自由選択ツールを持って、接合するボンドのヒットボックスをクリックし、ラベルのヒットボックスへドラッグします。

構造式の訂正 ☞ 消しゴムツール　

○ 構造式の一部を消去をするのに利用します。○ 構造式上で接合しているボンドを消さずにラベルのみを消去するには、消しゴムツールを選択し、ラベルの文字をクリックしてください。

○ ボンドのみを消すには、ボンド上のヒットボックスをクリックします。

☞ 自由選択ツール　○ メインツールにある自由選択ツールを選択し、構造式上をクリックするか、円を描くようにドラッグしてオブジェクトを選択した後、キーボードの削除キーで削除します。

H

O

O

HTBDMSO

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送り先バーのReportItを選択

☞ ボンドの変更 ○ 作成したボンドの種類を訂正するには変更したいボンドツールを持って元のボンド上のヒットボックスをクリックします。

○ 元のボンド中央のヒットボックス上でマウスの右ボタンをクリックしてツールパレットを表示させ、変更するオブジェクトを選択して訂正することもできます。

構造式ファイルの保存 1. 作成した構造式を保存するには、[ファイル ]メニューの [保存 ]または [別名で

保存 ]を実行します。ここではmanual.dsf で保存してください。ChemWindowプラグインで保存した構造式ファイルは他のプラグインで読み込むことができます。

2. KnowItAllの構造式ファイルは *.dsf で保存します。構造式は *.molで保存することもできます。

プラグインの転送この構造式を使って反応式を作成するには ReportItプラグインを利用します。送り先バーの ReportItをクリックして ChemWindowプラグインの情報を ReportItプラグインに転送します。画面が ReportItプラグインに移動します。

反応式の作成 1. ChemWindowプラグインから構造式が転送されると、レポート画面の左上に配

置されます。選択ツールで構造式を選択し、中央のグリップハンドル×をもって下に移動させます。

2. レポートタイトルを作成します。メインツールのテキストツールを選択し、ドローイングエリアの上部で四角くドラッグし、テキストボックスを作成します。テキストスタイルツールバーでフォントサイズ 24を選択します。"CALCITROL ANALOGS SYNTHESIS" とタイプすると、フォントサイズ 24のテキストが作成

されます。テキストボックスのサイズを変更するには、選択ツールでテキストボックスをクリックし、周囲のグラフィックハンドルを任意の大きさまでドラッ

ホットキーホットキーはボンドツールで最後に作成したボンドに対してのみ有効で、キーボードを連続してたたくと、考えられる水素数が順次変化して次表示される機能です。ホットキーをユーザー辞書に登録して、任意に作成することができます。

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グします。テキストボックスを移動させるには、テキストボックス中央の×印をドラックします。

3. 構造式の右側に反応矢印を作成します。リアクションツールを選択し、構造式の右側から右方向へ任意の長さまでドラッグしてください。

4. テキストツールを持って、矢印の上側にテキストボックスを作成し、"[1]LDA,THF/PHMPA　-78℃ " とタイプします。同様に矢印の下側には「[2]3.3-demithylally　bromide THF -78℃」のテキストを作成します。フォントサイズはデフォルトの12となります。

5. 送り先バーの左側の矢印をクリックして、ChemWindowプラグインに戻ります。元の構造式が表示されます。

6. ボンドツールからチェーンツールを選択し、シングルボンドのヒットボックスをクリックし、そのまま 4鎖までドラッグします。

7. ボンドツールからインサイドダブルを選択し、シングルボンドのヒットボックスをクリックし、シングルボンドをインサイドダブルボンドに変換します。

8. インサイドダブルボンドの先端のヒットボックスにカーソルを移動させ、右クリックしポップアップメニューから<ツールパレット>を選択し、パレットツールのシングルボンドを選択します。インサイドダブルボンドの先にシングルボンドが自動的に作成されます。

9. 送り先バーの ReportItをクリックして、編集した構造式を ReportItプラグインに転送します。選択ツールで構造式全体を選択し、矢印の右側に移動させます。

10. 構造式の下に反応矢印を作成します。リアクションツールを選択し、構造式の下から下向きにドラッグします。

11. テキストツールを選択し、矢印の横をドラッグし、テキストボックスを作成し "NaBH4,MeOH, 0℃ ,99%" とタイプします。4を下付きにするにはテキストツールで 4をドラッグしハイライト表示させ、テキストツールバーから分子式ボタン

をクリックし化学式にします。右寄せツールをクリックして、テキストボックス内のテキストを右寄せにします。

ReportItプラグイン

O

HTBDMSO

68


化学式ツールテキストツールバーの化学式ツール

を選択しておくとテキスト入力時

に自動的に化学式が作成されます。

O

HTBDMSO

12. 二つ目の構造式を選択ツールで選択してからマウスの右ボタンをクリックします。ポップアップメニューから<コピー>を選択してから、もう一度マウスの右ボタンをクリックし、<貼り付け>を選択します。

13. コピーされた構造式を矢印の下に移動させ、構造式上をダブルクリックします。アプリケーションエリア内に ChemWindowのツールバーが現れます。ツールバーのツールを利用して、ReportItのインサイドウインドウで構造式の編集ができます。

14. 画面右横のストラクチャーツールバーから、消しゴムツールを選択し、ラベル Oのヒットボックスをクリックし、原子記号を消去します。

15. ハッシュドウェッジを選択し、ダブルボンドのヒットボックスをクリックし、ハッシュドウェッジボンドに変換します。

16. ハッシュドウェッジボンドの先端のヒットボックス上にカーソルを移動させ、Oをタイプして、「OH」を表示させます。

17. ドローイングエリアをクリックして、通常のレポート編集画面に戻ります。

HO

HTBDMSO

ストラクチャーツールバー

69



クリップアートの挿入 1. KnowItAllにはケミカルエンジニアリングシンボルや実験器具のライブラリーが

あります。これをレポート上に読み込みます。

2. 画面左のツールバーから「クリップアート」グループを選択します。実験器具アイコンをクリックすると、ライブラリーインポートダイアログボックスが開きます。

3. 右側のスクロールバーを下に移動させ、<Rotary Evaporator>を選択し、<OK>をクリックします。

4. レポート画面上にクリップアートがインポートされます。選択ツールを持って任意の場所へ移動させます。

5. オブジェクトの八箇所にあるグラフィックハンドル■をドラッグすると任意の大きさにサイズ変更することができます。

レポートの保存 1. 作成したレポートをドキュメントとして保存します。[ファイル ]⇒ [別名で保存 ]

を選択すると、<名前をつけて保存>ダイアログボックスが開きます。

2. ファイルの種類が ReportItドキュメントファイル (*.rtd)になっていることを確認下さい。ここではファイル名 (tutorial)で保存します。

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▋ユーザーデータベースの作成 (オプション)

ユーザーデータベースは、ユーザーが測定したデータに化学構造式や物性情報を追加登録し、検索対象とすることができます。一般的なデータベースには登録されていないユーザーに特有のスペクトルをデータベースとして登録したり、測定方法やファイルフォーマットの異なるスペクトルや付随情報を一つにまとめて、アーカイブとして利用することもできます。ユーザーデータベースの作成には、ユーザーデータベース構築オプションが必要です。ここではサンプルスペクトルを利用してユーザーデータベースを作成します。

新規作成 1. KnowItAllを起動し、ツールボックスの DataからMineIt/Create Databaseア

イコンをクリックします。 2. MineItプラグインのメニューの [ファイル ]⇒ [ユーザーデータベース新規作成 ]

を選択します。

3. <新規ユーザーデータベースの作成>ダイアログボックスが現れます。各項目は次の要領で値を入力して下さい。ここで入力した値は、あとから変更することが出来ません。

格納場所ユーザーデータベースを保存するフォルダーを設定します。 <ブラウズ>ボタンをクリックし、任意のフォルダーを (ここではC:\ユーザー \Public\パブリックのドキュメント \Bio-Rad Laboratories\KnowItAll)を指定します。データベース名 "Tutorial" とタイプし、<保存 >ボタンをクリックします。

データベースの名称データベースの内容を説明するものです。半角文字で 79文字以内です。ファイル名がデフォルトで表示されます。データベースの選択画面で表示されるデータベース名になります。ここではTutorialにします。

MineItプラグインでユーザーデータベースを作成

ユーザーデータベース新規作成ダイアログボックス

Note ユーザーデータベース構築オプションが追加されている場合、ツールボックスのアイコン名がDataにはMineIt/Create Database(通常はMineIt）となります。

71



ユーザーデータベースを開く

新しいユーザーデータベース

ユーザーデータベースファイルの設定DB コードヒットリストに DB として表示されるコードです。半角アルファベットで 3文字以上 7文字までの任意の文字を入力します。他のデータベースと同じものは使用しないで下さい。ここでは "Tutor" と入力下さい。

バージョンデータベースのバージョンです。半角数字のみ入力可能です。「1.00」のままにします。

ファースト ID この番号からデータベースのレコード番号が始まります。指定できるのは半角数字のみです。「1」のままにします。

著作権データの出処を記載します。例えば事業所名や研究機関名など。日本語可能。

著作権 (省略形 )著作者を省略形で記入します。データベースのエントリーを開くと、この文字列がステータスバーに表示されます。日本語可能。

4. 必要項目を入力、確認後<OK>ボタンを押します。新しく作成したユーザーデータベースが空白の状態で開きます。タブにはデータベースのコード (SDBX DB: Tutor)が表示されます。ここで右上の×をクリックしてデータベースを閉じます。引き続きデータの登録を行います。

データベースを開く 1. データベースを開くには、[データベース ]⇒ [開く ]または [ファイル ]⇒ [デー

タベースを開く］を選択します。<データベース選択>ダイアログボックスが表れます。

2. このダイアログボックスで、左側のウインドウの「User DB」を選択すると、先ほど作成した「Tutorial」がリストされます。これを選択して<OK>をクリックします。

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スペクトルのインポート 1. なにも登録されていないデータベースが表示されます。ここにスペクトルを登録し

ます。[ファイル ]⇒ [インポート ]を選択して下さい。

2. <ファイルを開く>ダイアログボックスが現れます。登録したいスペクトルファイルの場所と名前を指定します。ここではファイルの種類を JCAMPファイル(*.dx,*.jdx）場所を C:\ユーザー￥Public\パブリックのドキュメント \Bio-Rad Laboratories\KnowItAll\Training Files\Files\Searchingにします。

3. 表示されるリストからキーボードの Ctrlキーを押しながら、Acetic anhydride.dx,Ethyl acrylate.dx,Include - Exclude Range Example.jdxの 3つのスペクトルファイルを選択し、<開く>をクリックします。

4. インポートする方法を設定するダイアログボックスが現れます。ここでは<それぞれのファイルを新規レコードしてインポートする>をクリックします。

5. それぞれのスペクトルファイルに対して<インポートするプロパティの選択>ダイアログボックスが現れ、スペクトルに付随しているプロパティや名前がリストされます。

6. リストされているプロパティを選択すると、ウインドウの右側にスペクトルファイルに付随している情報が表示され、それぞれのプロパティの内容を確認することができます。

7. ここではすべてのプロパティをインポートしますので、それぞれのスペクトルに対し<OK>をクリックします。選択したスペクトルファイルが Tutorialデータベースに表示され、インポートされたスペクトルの付随情報がストラクチャー /プロパティウインドウに表示されます。

スペクトルのバッチインポート 1. 複数のスペクトルファイルをプロパティ情報ごとまとめてインポートするには [ファ

イル ]⇒ [バッチインポート ]を選択します。スペクトルファイルに付随したプロパティは自動的にすべてインポートされます。

2. <ファイルの選択>ダイアログボックスが現れます。

ファイルを開いてスペクトルをインポート

登録するプロパティの設定

インポートされたスペクトルファイル

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スペクトルファイルのバッチインポート

Note インポートの際、KnowItAllで認識できないプロパティが登録されたスペクトルファイルがあると、該当するプロパティを選択するか、新規にユーザープロパティを作成するかを選択することができます。

3. ダイアログボックス左側のツリーコントロールで C:\ユーザー￥Public\パブリックのドキュメント \Bio-Rad Laboratories\KnowItAll\Training Files\Files\Creating Databases\Batch Import Spectraを指定します。リストするファイルの種類から JCAMP Files（*.dx,*jdx）を選択してフォルダー内の JCAMPフォーマットのファイルのみが表示されるようにします。左ウインドウの IR前の□をクリックすると、右ウインドウに表示されているファイルを一度に選択することができます。

4. バッチインポートでは、次の設定が可能です。①名称スペクトルファイルに名称が登録されていない場合、ファイル名か

フォルダー名を名称にすることができます。ここでは上段の <インポートファイルに名称が設定されていない場合、ファイル名を名称とする >にチェックをします。

② ID番号ファイル名に数値がある場合、これをデータベースの ID番号にするには＜フォルダーまたはファイル名にある数値をレコード ID として使用する＞にチェックをします。ここではチェックを入れません。

　　現在のレコードを置き換える上の項目にチェックを入れるとアクティブになります。ファイル名から ID番号を引用する場合、同じ ID番号になるものを上書きする時にチェックを入れます。

③ファイルのパス名を登録するデータベースの <source file reference> というプロパティにインポートしたファイルがあった場所が登録されます。チェックを入れます。

④マルチスペクトルファイルを個別のレコードにインポートチェックを入れると、マルチスペクトルファイルのそれぞれのスペクトルを 1エントリーとしてインポートします。

⑤エンコードインポートするファイルに付随するプロパティのテキストの文字コードの設定をします。通常は <Default>（Shift-JIS)で設定。

①

⑦②

③

④

⑥

⑤

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⑥インポートの設定インポートするスペクトルの種類をプルダウンリストから選択します。複数の種類のスペクトルがある場合には < メタ情報を基にして設定 >を選択します。スペクトルファイルのヘッダー情報に基づきスペクトルの種類が識別されます。

⑦マクロの選択データ処理マクロがある場合は登録されたマクロを選択し、インポートするスペクトルファイルにデータ処理をします。データ処理マクロはこのダイヤログボックから新たに作成することもできます。

5. <OK>をクリックしてスペクトルファイルとプロパティ情報をインポートします。

スペクトルの追加KnowItAllでは一つのエントリーに複数のスペクトルを追加登録することができます。扱えるスペクトルはエディションにより異なります。

1. データベースウインドウで Styreneを選択します。このエントリーではタブが IRとなっており、ファイル情報から透過スペクトルとして登録されたことがわかります。ここに ATR スペクトルを追加登録します。

2. [ファイル ]⇒ [インポート ]を選択するか、スタンダードツールバーの (インポート )をクリックします。

3. <ファイルを開く>ダイアログボックスで、ファイルの種類を Sadtler （*.irf)にし、C:\ユーザー￥Public\パブリックのドキュメント \Bio-Rad Laboratories\KnowItAll\Training Files\Files\Creating Databases\Batch Import Spectraから Styrene.irfを選択し、<開く>をクリックします。

4. インポートするプロパティを設定するダイアログボックスが現れます。すべてのプロパティにチェックをして<OK>をクリックします。

5. 画面が MineItに戻ります。Styreneのエントリーにはスペクトルウインドウ上部に IRのタブに ATR-IRタブが追加され、透過スペクトルとインポートした ATR スペクトルが表示されます。

スペクトルと登録されたプロパティを一括してインポート

Tips 名称カラムの先頭行にある三角印をクリックすると、名前を昇順/降順に並び替えることができます。

透過スペクトルとATRスペクトルをリンク

Tips メニューバーの[ウインドウ]⇒[2分割]を選択すると、エントリーに登録した2種類のスペクトルを1つのウインドウに表示させることができます。

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インポートしたスペクトルのデータ処理

データ処理されたスペクトルをMineItへ転送

スペクトルの編集 1. インポートしたスペクトルのうち、Include - Exclude Range Exampleを選択し、

スペクトルウインドウを選択ツールでダブルクリックします。

2. スペクトルは ProcessIt IRに転送され、データ処理が可能になります。次のデータ処理を行います。

① アイコンをクリックし、ダイアログボックスの CO2領域 1をクリックし、二酸化炭素領域のピークを確認し、処理方法を<直線で結ぶ>を選択し、<実行>をクリックしてピークを削除

② アイコンをクリックしてピークの高さを 0から1に設定し、<実行>をクリック。スペクトルの高さを 0-1にノーマライズ

③ アイコンをクリックし、ベースライン補正されているのを確認して、<実行>をクリックしてし、ベースライン補正を実行

3. データ処理が完了したら、戻り先バーの<MineItへ保持して戻る>をクリックし、データ処理したスペクトルをデータベースエントリーに反映させます。データ処理をキャンセルする場合は<MineItへ破棄して戻る>をクリックしてください。

4. インポートする方法を確認するダイアログボックスが現れます。ここでは「このレコードに追加する」をクリックし、プロパティもそのままインポートして、オリジナルのスペクトルに追加します。「このレコードのスペクトルと置き換える」を選択すると、スペクトルはデータ処理したスペクトルに置き換わります。

5. エントリーのタブは IR（2/2）となります。▼をクリックしてデータ処理したエントリーを表示させます。データベースウインドウの名称のセル (Include - Exclude Range Example)をダブルクリックし、現れるダイアログボックスで名称を「Polyvinylchloride」として<OK>をクリックして、スペクトルの名称を変更します。

Tips 測定手法が同じファイルをエントリーにインポートすると、ダイアログボックスが現れて、置換、追加、新規を決定することができます。

インポートする方法を設定

ProcessIt からMineItに保持して戻る

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スペクトルの削除データベースのスペクトルと構造式を削除するときに実行します。エントリーそのものの削除は後述のエントリーの削除を参照下さい。

1. 削除するエントリー、ここでは「Polyvinylchloride」を選択します。

2. データ処理前の Include - Exclude Range Exampleをアクティブにし、メニューの [データベース ]⇒ [スペクトルの削除 ]を選択します。

3. スペクトルに付随しているプロパティや構造式も同時に削除され、ベースライン補正のレコードが残ります。

スペクトルの置換データベースのエントリーを選択し、同じ測定方法のスペクトルファイルをインポートするとダイアログボックスが現れて、置換、追加、新規を決定することができます。

すでにあるスペクトルファイルを別のファイルに置き換えるときには＜置換＞を利用します。この時プロパティのインポートするダイアログボックスで、元のファイルと同じプロパティは上書きされますが、元のファイルにあって新しいファイルにないプロパティはそのまま残りますので、注意が必要です。

Note 削除したスペクトルは元に戻すことはできません。再度インポートが必要です。

インポートする方法を設定

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プロパティの登録ユーザーデータベースにはスペクトルや構造式だけでなく、Synonyms(同意語 )やSampleSource、化学的な物性情報などを登録することができます。あらかじめ用意されている英語のプロパティのほかに、独自に日本語のプロパティを作成し、データベースの付随情報として登録することができます。

ユーザープロパティの新規作成 1. [データベース ]⇒ [ユーザープロパティの設定 ]を選択。<ユーザープロパティ>

ダイアログボックスを開きます。

2. <ユーザープロパティ>ダイアログボックスで<追加>ボタンを押すと<ユーザープロパティの作成>ダイアログボックスが表示されます。

3. 新規作成するユーザープロパティの名称を入力します。 (ここでは "測定者 " と入力します。)

4. プロパティのタイプをドロップリスト<数値、文字列、リストから選択>から選択します。数値を選んだ場合は、物理量とその単位をドロップリストから選択して下さい。ここでは<リストから選択>を選択し、テキストボックスに担当者名 (山田<改行>、鈴木<改行>、佐藤<改行>を入力します。

5. 設定が完了したら、<OK>ボタンを押し、<ユーザープロパティ>ダイアログボックスを閉じて終了します。

ユーザープロパティの編集 1. [データベース ]⇒ [ユーザープロパティの設定 ]を選択します。

2. <ユーザープロパティ>ダイアログボックスで、変更したいプロパティをリストからクリックして選択します。ここでは測定者を選択。

3. <編集>ボタンをクリックすると<ユーザープロパティの作成>ダイアログボックスが表示されます。

4. 変更したい項目のテキストボックスに変更を加えます。

5. ここでは「加藤」を追加。設定が完了したら、<OK>ボタンを押してから、<ユーザープロパティ>ダイアログボックスを閉じて終了します。

選択タイプのプロパティの作成

ユーザープロパティのリスト

ユーザープロパティの作成

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ユーザープロパティの削除 1. [データベース ]⇒ [ユーザープロパティの設定 ]を選択します。

2. <ユーザープロパティ>ダイアログボックスで削除したいプロパティをリストからして選択します。

3. <削除>ボタンを押し、ダイアログボックスを閉じて終了します。データベースで利用されているプロパティは「利用されているため削除できません」とメッセージが現れ、削除できません。

プロパティの登録 /追加ユーザーデータベースの各エントリーのプロパティは入力、編集、削除できます。そのプロパティがデフォルトのプロパティでもユーザープロパティでも操作は同じです。

1. ユーザーデータベース (Tutorial)を開き、プロパティを追加するエントリーを選択します。ここでは 1番目のエントリーを選択します。

2. ストラクチャー /プロパティウインドウの<追加>ボタンをクリックし、<プロパティ>ダイアログボックスを表示させます。

3. プロパティのプルダウンにはユーザープロパティから順にリストされます。ここではユーザープロパティの<測定者>を選択します。

4. ダイアログボックスに<文字列>のプルダウンリストが表示されます。ここをクリックし、表示されるリストから佐藤を選択し、<OK>をクリックします。

5. データベースウインドウにカーソルを置き、CTLキーを押しながら、2番目と 5番目のエントリーを選択します。

6. プロパティウインドウの<追加>をクリックし、<プロパティ>ダイアログボックスから<測定者>を選び、プルダウンから山田を選択。

7. 確認のダイアログボックスボックスで<はい>をクリックし、選択したエントリーに測定者=山田のプロパティが一度に登録されたのを確認してください。

プロパティの追加、削除、編集

Tip プロパティのプルダウン右の<ブラウズ>ボタンをクリックするとカテゴリーに分類されたプロパティがリストされます。

プロパティの入力

ユーザープロパティの編集

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プロパティの編集 1. Styreneを選択します。ATRファイルをインポートしたとき、ソースファイルの情

報がなかったため、オリジナルの JDXファイルの情報が上書きされています。

2. ストラクチャー /プロパティウインドウの Source File Referenceを選択し、下の<編集>をクリックします。

3. プロパティダイアログボックスで文字列のテキストボックスでバリューを＜ IR;C:\Users\Public\Documents\Bio-Rad Laboratories\KnowItAll\Training Files\Files\Creating Databases\Batch Import Spectra\Styrene.irf ＞に変更し<OK>をクリックします。

プロパティの削除 1. <ストラクチャー /プロパティ>ダイアログボックスで削除したい項目名を選択し、

<削除>ボタンを押します。

添付ファイルの作成ユーザーデータベースの各エントリーに画像などのファイルを添付することができます。

1. 19番目のエントリー、Ethyl Acetateを選択し、ストラクチャー /プロパティウインドウの<添付ファイル>タブをクリックします。

2. <追加>をクリックします。開くダイアログボックスで C:\ユーザー￥Public\パブリックのドキュメント \Bio-Rad Laboratories\KnowItAll\Training Files\Files\Creating Databasesを指定します。

3. フォルダーにある Ethyl Acetate MSDS.PDFを選択し、<開く>をクリックするとデータベースエントリーに PDFファイルが添付されます。

4. アイコンをダブルクリックすると、対応するアプリケーションが開き内容が表示されます。

プロパティの編集ダイアログボックス

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化学構造式の登録

化学構造式の作成 1. ユーザーデータベースを開き、化学構造式を追加するエントリーを選択します。

Cycloocteneを選択します。名称のカラムの三角のアイコンをクリックすると、名称のアルファベット順にソートされ、目的のエントリーが探し易くなります。

2. 選択カーソルでストラクチャーウインドウをダブルクリックしてChemWindowプラグインに移動し構造式を作成します。構造式が完成したら、戻り先バーの<MineItへ保持して戻る>をクリックしてMineItで構造式が登録されたのを確認します。

化学構造式のインポート 1. 保存した構造式ファイルをデータベースにインポートします。データベースの

Benzenethiolを選択して下さい。

2. ストラクチャー /プロパティウインドウ内のストラクチャーウインドウをダブルクリックします。

3. ChemWindowプラグインに移動します。開くアイコンをクリックして下さい。ファイルの場所を C:\ユーザー￥Public\パブリックのドキュメント \Bio-Rad Laboratories\KnowItAll\Samples\Structuresにし、ファイルの種類をすべて表示させます。Benzenethiol.dsfを選択し、<開く>ボタンをクリックします。

4. 必要に応じて編集をし、戻り先バーの<MineItに保持して戻る>をクリックします。プロパティも挿入するかどうかの確認に<はい>をクリックして、MineItに戻ります。

化学構造式の削除 1. ユーザーデータベースに登録されたエントリーの構造式だけを削除するには、エン

トリーを選択します。

2. メニューから [データベース ]⇒ [ストラクチャーの削除 ]を実行。

構造式が登録されたエントリー

ChemWindowプラグインからMineItへ戻る

Tip [データベース]⇒[バッチプロパティー計算]を実行すると、構造式から指定したケミカルプロパティーを一括して計算させ、データベースのプロパティーに登録することができます。

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エントリーの削除 1. ユーザーデータベースを開き、ナビゲーションバーを使って削除するエントリーを

表示させます。

2. ナビゲーションバーのをクリックして、選択されたエントリーに削除マークをつけます。削除マークの付けられたスペクトルは、左端の数字に X印がつき、検索対象外となります。

3. 削除マークのついたエントリーをデータベースから完全に削除するには、[データベース ]⇒ [圧縮 ]を選択します。

4. 圧縮パラメータ設定画面が表示しますので、「削除マークのついたレコードを消去」にチェックがあるの確認して<OK>ボタンをクリックします。圧縮終了のメッセージが表示されますので<OK>ボタンをクリックすると、ファイルの圧縮が終了します。

削除エントリーの圧縮

レコードの削除 [データベース]⇒[チェックしたレコードの削除]コマンドでもエントリーの削除はできますが、ID番号の整理をする場合には[圧縮]コマンドをお勧めします。

Tips データベースのIDはデータのインポート時に自動的に設定されます。ユーザーが任意の順でデータベースを表示させたいときはユーザープロパティで"MYID"などを作成し、番号を登録します。この番号の昇順、降順で表示させることができます。MYIDを含んだ表示プロファイルを作成しておくとより便利です。

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PubChemを利用してデータベースに物性情報を登録するアメリカ国立衛生研究所 (NIH)の下の国立医学図書館 (NLM)の一部門である国立生物工学情報センター (NCBI)によって維持管理されている化学分子データベースPubChemの情報をユーザーデータベースに取り込むことができます。インターネットにアクセス可能な PCに KnowItAllをインストールしてご利用ください。

1. PCがインターネットに接続可能なことを確認し、ユーザーデータベースを開きます。

2. この機能はユーザーデータベースに登録された名称や物性情報、構造式をクエリーに PubChemのデータベースに検索をかけます。ここでは Tutorialデータベースの cyclohexaneを選択します。

3. <PubChem>のアイコンをクリックします。どの項目で検索しているかがリストされ、検索結果が表示されます。

4. 構造式のほか、InchIなどの物性情報が表示されます。ユーザーデータベースに登録したい項目にチェックをして<OK>をクリックします。

5. データベースに PubChemの物性情報が登録されます。

PubChem ボタン

ダウンロードされたPubChemデータ

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ユーザーデータベースを検索に利用する作成したユーザーデータベースを検索対象とするためには SearchItプラグインのデータベースタブで選択しなければなりません。目的のデータベースがリストされない場合にはパスの設定をします。

1. ユーザーデータベースは<利用できるデータベース>ボックスの<User DB>にリストされます。先頭のプラス+をクリックし、Localを表示させ、Localの +をクリックすると、設定されているパス (フォルダー )が表示されます。

2. 作成したユーザーデータベースを保存したフォルダーがリストされていない場合には、画面右側の<詳細設定>をクリックします。

3. <詳細設定>ダイアログボックスが開きます。<ローカル>タブをクリックします。現在設定されているパス (フォルダー )が表示されています。

4. <追加>をクリックして、<フォルダの選択>ダイアログボックスからユーザーデータベースを保存したフォルダーを指定し、<フォルダーの選択>をクリックします。ダイアログボックスに新しいフォルダー名がリストされているのを確認して、<OK>をクリックし、ダイアログボックスを閉じます。

5. データベース選択ダイアログボックスに戻り、検索対象とするデータベースを選択し、<追加>をクリックして、検索の対象にします。

ユーザーデータベースを検索対象とする

パスの設定

Note 購入したデータベースやヒットリストがデータベースタブに表示されないときにもデータベースパスの設定が必要となります。

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ユーザーデータベースのインデックスを作成するユーザーデータベースを管理するのにスペクトル名やサンプル名のリストがあると便利です。KnowItAllではユーザーデータベースのプロパティとして登録されたテキスト情報のリストをアウトプットすることができます。

Note このコマンドではスペクトルファイルや構造式はエクスポートされません。

1. MineItプラグインでリストを作成するユーザーデータベースを開きます。

2. リストするプロパティをデータベースウインドウに表示させます。（データベースプロパティの表示の設定方法は「データベース /ヒットリストのブラウズ」の「データベースウインドウのカスタマイズ」を参照下さい。)

3. [ファイル ]⇒ [エクスポート ]⇒ [カンマ区切りテキストファイル ]を選択します。

4. <名前をつけて保存>ダイアログボックスが開きます。ファイルの種類はCSV(MS-DOS)とし、保存する場所と名前を指定します。

5. CSVファイルはマイクロソフトのエクセルで開くことができます。プロパティごとにセルを分割するにはエクセルの<データ>⇒ <区切り位置>を実行してください。

CSVからエクセルに展開されたプロパティリスト

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▋Appendix　補足

このページにはチュートリアルマニュアルの中では記載できなかった使い方のヒントなどを紹介しています。スペクトルウインドウなどに関する機能は SearchIt、MineIt、ProcessIt、ReportIt、AnalyzeIt、IDエキスパートなどで共通です。

ツールバーのカスタマイズChemWindowプラグインのケミストリーツールバーや ReportItプラグインのドローイングツールバーのうち、よく利用するツール（アイコン )を一つのグループに登録し、ツールバーをカスタマイズすることができます。

1. ツールバーの内容をカスタマイズするには、カーソルをツールバー上に移動させ、マウスの右ボタンをクリックします。現われるポップアップメニューから<カスタマイズ>を選択します。

2. <ツールバーカスタマイズ>ダイアログボックスが現われます。メイングループをカスタマイズする場合、グループのメインツールを選択し、右のリストから追加するツールを選び <グループに選択したツールを追加>ボタンをクリックします。左下のボックスに選択したツールが追加されたのを確認してください。

ツールバーのカスタマイズ

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ツールバー上でマウスの右ボタンクリック

ユーザーデータベースの設定ダイアログボックス

プラグインの追加ダイアログボックス

ユーザーエディションKnowItAllではツールボックスに登録されたプラグインアイコンをクリックして操作を開始します。新しいグループを作成し、よく使うアイコンをまとめたり、不要なアイコンを削除したユーザーエディションを作成し、操作効率を向上させることができます。ここでは Dataグループに AnalyzeIt IRプラグインを追加する場合を想定して説明します。

Note エディションに登録されていないプラグインは送り先バーに表示されませんので、ご注意ください。

1. ツールボックスの Dataをクリックし、Dataグループを開きます。Dataグループの中でマウスの右ボタンをクリックして、ポップアップメニューから<プラグイン追加>を選択します。

2. <プラグインの追加>ダイアログボックスから<AnalyzeItIR>を選択します。<OK>をクリックすると、<ユーザーエディションの設定>ダイアログボックスが現れます。任意な名前 (My Editionとします )をつけて、<OK>をクリックします。

3. メインウインドウに戻ったところで Dataグループに AnalyzeIt IR が表示されています。一番上のタイトルバーには選択しているエディション名 (My Edition)が表示されます。

4. エディションは [ライセンス ]メニューから [エディションの選択 ]を選択して変更することができます。ここでは新しく登録したエディション名（My Edition）が選択されていることを確認下さい。

5. ユーザーエディションは自由に編集できますので、Basicグループの ChemWindowや ReportItのプラグインを Dataグループに登録することも可能です。

エディションの選択

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スペクトルウインドウのカスタマイズReportItプラグインのオブジェクトを含め、すべてのスペクトルウインドウはスペクトルツールバーを使って色や表示方法をカスタマイズすることができます。表示設定ダイアログボックス

1. カスタマイズしたいスペクトルウインドウのプラグインでスペクトルツールバーの表示設定ボタンをクリックします。

2. 表示設定ダイアログボックスが現れます。ダイアログボックスはタブでスペクトルウインドウのパーツや目的で分類されています。

目盛タブ表示設定を開いたときに先頭となって表示されるタブです。プラグインに表示されているスペクトルを認識して、編集できる設定がアクティブになります。<適用ボタン>をクリックすると、編集した表示設定を確認することができます。

<測定手段> プラグインにロードされているスペクトルファイルを判定したものが表示されます。

<X軸> チェックマークで軸の表示/非表示を設定します。

単位測定手法 (プラグイン）に依存した単位をプルダウンから選択することができます。

ラベル単位で設定した値が自動的に表示されます。タイプ入力で変更が可能です。

目盛チェックマークで軸の表示 /非表示を設定します。

数値チェックマークで軸の表示 /非表示を設定します。

軸の設定普通 /2000cm-1以下を拡大 /2200-1000cm-1を拡大いずれかに設定します。

表示設定ダイアログボックス-目盛タブ

Note これらの設定は一度設定すると、変更するまで有効となります。初期値に戻すには、それぞれのタブにある<規定値に戻す>をクリックしてください。

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<Y軸> チェックマークで軸の表示/非表示を設定します。

単位測定手法 (プラグイン）に依存した単位をプルダウンから選択します。

ラベル単位で設定した値が自動的に表示されます。タイプ入力で変更が可能です。

目盛チェックマークで軸の表示 /非表示を設定します。

数値チェックマークで軸の表示 /非表示を設定します。

数値を水平に表示チェックマークで選択します。チェックをはずすと Y軸に垂直に値が表示されます。

<規定値に戻す> クリックして、編集した設定を元に戻すことができます。

色とフォントタブスペクトルウインドウ内の色、テキスト部分のフォントを変更します。タブをクリックすると、スペクトルのバックグランドが選択されています。

☞ ダイアログボックス中央のスペクトルウインドウで設定変更後の表示をプレビューすることができます。

測定手段ロードされているスペクトルファイルを判定したものが表示されます。

項目右の▼をクリックして、変更するパーツを選択します。

色右の▼をクリックするとカラーパレットが現れて、項目で選択したオブジェクトの色を変更することができます。

フォントテキストにかかわる項目が選択されるとアクティブになります。プルダウンリストからフォントを選択します。

サイズテキストにかかわる項目が選択されるとアクティブになります。プルダウンリストからサイズを選択します。

クリックすると、選択された項目が太字になります。

表示設定ダイアログボックス-色とフォントタブ

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クリックすると、選択された項目が斜体になります。

規定値に戻すクリックして、編集した設定を元に戻すことができます。

名称と順スペクトルウインドウに表示されているスペクトルの表示順とスペクトル名の表示 /非表示などを設定します。

<スペクトルの名称と順> 現在スペクトルウインドウに表示されているスペクトルの名称と順が表示されます。

表示するスペクトル名の表示 /非表示を切り替えます。

順スペクトル名を選択すると、右側の矢印がアクティブになります。これをクリックして、任意の場所に移動させ、一時的にスペクトルの表示順を変更することができます。

テキスト測定スペクトルやユーザーデータベースのスペクトルであれば、テキストボックスがアクティブになり、編集できます。

枠で囲むそれぞれのスペクトルの名前に枠が表示されます。

半透明スペクトル名のバックグランドを半透明にして、スペクトルと重なったときに、スペクトルが切れてしまうのを防ぎます。チェックをはずすとスペクトルウインドウのバックグランドと同じ色になります。

規定値に戻す変更を戻します。

<配置> スペクトル名を表示させる場所を設定します。基本的な四か所からトグルで切り替えます。スペクトルウインドウ上でドラッグすれば配置場所を変更することができます。

表示設定ダイアログボックス-名称と順

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スペクトル色以外のスペクトルの表示方法を設定します。適用ボタンをクリックする、設定がそのようにスペクトルウインドウに反映する確認することができます。

<スペクトル表示> それぞれの項目にチェックして表示方法を設定します。アクティブスペクトルの色を変える

色とフォントタブで設定されたアクティブスペクトルの色が適用されます。

アクティブスペクトルを太線で表示アクティブなスペクトルが太くなります。

余白 X軸の下と Y軸の左に余白が表示されます。

スペクトルの上を塗りつぶすスペクトルの上のスペースを塗りつぶして表示させます。

スペクトルの下を塗りつぶすスペクトルの下の部分を塗りつぶして表示します。

追加した部分を隠すデータ処理などで追加した部分を非表示にします。

オフセットスペクトルをオフセット表示するときに、そのオフセットの値を設定します。

OD表示するスペクトル数 OD ヒートマップを作成するときのスペクトルの最大数を設定します。

<積分表示> NMRスペクトルが表示された場合に有効です。それぞれの項目をチェックして表示/非表示を設定します。

表示するチェックすると以下の項目がアクティブになります。

積分曲線を表示表示 /非表示を切り替えます。

積分値表示 /非表示を切り替えます。

積分曲線をオフセットして表示

値を積分曲線の下に表示

表示設定ダイアログボックス-スペクトル

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<デフォルトの表示範囲> スペクトルツールバーのデフォルトで表示の値を設定。

測定手段ロードされたスペクトルを自動的に判断します。

X1 高波数（X軸左側）の数値を入力

X2 低波数（X軸右側）の数値を入力

その他の設定スペクトルウインドウに表示するピーク値の小数点以下の桁数を設定します。

<ピーク値> ピーク値の小数点以下の桁数を設定します。測定手段ロードされたスペクトルを判断して表示されます。

小数点以下の桁数 0以上の数値で設定可能です。

X軸配置ラマンスペクトルがロードされた場合のみアクティブになります。High To Low/Low To　High をトグルで設定変更します。

表示設定ダイアログボックス-その他

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X軸の2000cm-1以下を拡大

X軸の2200cm-1と1000cm-1

以下を拡大

Y軸の拡大

ピークをドラッグして、1スペクトルだけ拡大

スペクトルの表示方法スペクトルツールバーのアイコンや [表示 ]メニューのコマンドを使って、スペクトルの重なりや X軸の分割表示を設定することができます。

表示モードスタック　　　

オーバーレイ

オフセット

Y軸のスケール個々にスケール

アクティブを基準

最大値でスケール

オートスケールしない

Y軸の伸縮オートスケールを解除するとスペクトルのピークをドラッグして Y軸方向に拡大縮小することができます。 Y軸全体を拡大

Y軸全体を縮小

X軸のスケール X軸の分割表示を行わない

2000cm-1 以下を拡大　

2200～ 1000cm-1 以下を拡大

ヒットリストのオーバーレイ表示

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スペクトルの拡大表示スペクトルウインドウに表示されたスペクトルはスペクトルツールバーのツールを使って、任意の範囲を拡大し、その細部を観察することができます。スペクトルウインドウ上でマウスの右ボタンをクリックして、ズームモードを選択することもできます。

　ボックススズームスペクトルウインドウ上を四角くドラッグし、その範囲を拡大表示します。

　X軸ズームスペクトルのX軸方向に拡大表示します。拡大したい領域をドラッグして下さい。

　全範囲を表示拡大表示したスペクトルを全体表示に戻します。

　規定値で表示表示設定ダイアログボックスで設定した領域で表示

X-軸の拡大縮小スペクトル表示ウインドウにスペクトルが表示されているとき、カーソルをスペクトル表示画面の X-軸の位置に移動させるとカーソルが手の形（ハンドムーブ）に変化します。その位置によってハンドムーブカーソルに付随する矢印が変化し、そのモードが変化します。

カーソルが X軸の中央付近にあるとハンドムーブで左右矢印になります。ドラッグす

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ると X軸とスペクトルの移動ができます。軸の端にいくと矢印が右、左に変化します。左ボタンを押したままドラッグ移動すると軸の拡大 /縮小ができます。

軸のスケールも変化します。元の大きさに戻すには右ボタンのポップアップメニューから表示方法を選択してください。

右矢印：軸の左端を固定して右方向へ拡大 /縮小

左矢印：軸の右端を固定して左方向へ拡大 /縮小

両方向矢印：軸とスペクトルを移動。

Y-軸の拡大縮小スペクトル表示ウインドウにスペクトルが表示されているとき、ボックスズームカーソルまたはハンドムーブカーソルをスペクトル表示画面の Y 軸に移動させるカーソルが手の形（ハンドムーブ）に変化します。その位置によってハンドムーブカーソルに付随する矢印が変化し、そのモードが変化します。

カーソルが Y 軸の中央付近にあるとハンドムーブで上下方向の矢印になります。そのままドラッグすると Y 軸とスペクトルの移動ができます。軸の上端に近づけると矢印が上向きに、軸の下に近づくと下方向の矢印に変化します。左ボタンを押したままドラッグ移動すると Y 軸の拡大 /縮小ができます。軸のスケールも変化します。元の大きさに戻すには右ボタンのポップアップメニューから表示方法を選択してください。

下矢印：軸の上端を固定して下方向へ拡大 /縮小

上矢印：軸の下端を固定して上方向へ拡大 /縮小

上下矢印： Y軸とスペクトルの移動ハンドムーブの状態で左ボタンを押したまま、移動すると軸も移動します。これにつれて表示も変化します。表示を戻すには右ボタンのポップアップメニューから表示方法を選択します。

オートスケールの機能が解除になっていないと、ハンドムーブで Y-軸を拡大 /縮小、移動することはできません。この場合、ハンドムーブのカーソルにｘ印が付いて表示され、機能しないことを示します。

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ピーク情報の表示 1. スペクトルのピーク情報を表示させるには、[表示 ]メニューから [ピーク情報 ]

を選択します。アクティブなスペクトルもしくはスペクトルウインドウに表示されているスペクトルすべてのピーク情報を表示させるのかを選択することができます。

2. アクティブなスペクトルを選択した場合、選択ツールでアクティブなスペクトルを切り替えると、ピーク表示されるスペクトルも変更することができます。

3. スペクトルツールバーのとでピーク表示を切り替えることができます。

ピーク表示の設定ピーク値の少数点以下の桁数は<表示設定>ダイアログボックスの<その他の設定>タブで設定することができます。

スペクトルオーバービュースペクトルウインドウ上のスペクトルを拡大表示したとき、全体のどの部分を表示しているかを確認することができます。

1. [表示 ]メニューから [スペクトルオーバービュー ]を選択して、表示 /非表示を切り替えることができます。

2. スペクトルオーバービューのウインドウをドラッグしてスペクトルウインドウ上の拡大領域を変更することができます。

スペクトルウインドウ上でピーク表示

スペクトルオーバービュー

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スペクトルの追加と削除スペクトルウインドウにロードしたスペクトルのほかに保存してあるスペクトルを追加するにはスペクトルツールバーのアイコンを利用します。

1. スペクトルツールバーのをクリックします。 2. ReportItプラグインではドキュメント上のスペクトルウインドウをダブルクリック

し、右側に現れるスペクトルツールバーのアイコンをクリックしてください。

3. 開くダイアログボックスでスペクトルウインドウに表示させたいスペクトファイルを指定します。

4. <OK>をクリックして、スペクトルウインドウに目的のスペクトルファイルがロードされているのを確認します。

5. スペクトルを削除するには隣のをクリックし、ダイアログボックスで削除するスペクトルを選択して<OK>をクリックします。

Ｔｉｐｓレポート上のスペクトルウインドウに別のスペクトルを表示する場合にも、スペクトルツールバーのアイコンを使って、追加、削除が可能です。

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データベースパスの設定購入したデータベースが SearchItプラグインのデータベースタブ Reference - Licensedに表示されない場合、データベースパスの再設定が必要になります。また、ユーザーデータベースやヒットリストなどを検索対象とするときパスを追加する場合にも同じ方法でパスの設定を行ってください。

1. SearchItプラグインのデータベースタブ右上の<詳細設定>をクリックします。

2. <詳細設定>ダイアログボックスが開きます。<ローカル>タブをクリックします。現在設定されているパス (フォルダー )が表示されています。

3. <追加>をクリックして、<フォルダの参照>ダイアログボックスからデータベースフォルダーを指定します。IRの場合デフォルトでは次のフォルダーになります。

C:\ユーザー \public\パブリックのドキュメント \Bio-Rad Laboratories\KnowItAll\Databases\IR

4. <フォルダーの追加>をクリックします。ダイアログボックスに新しいフォルダー名がリストされているのを確認して、<OK>をクリックし、ダイアログボックスを閉じます。

5. データベースタブに戻り、Reference - Licensedにデータベースがリストされていることを確認し、データベースの選択をします。

詳細設定ボタン

パスの設定ダイアログボックス

Note Ramanデータベースの場合はRamanのフォルダーを、NMRの場合はNMRのフォルダーを追加します。

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レポートテンプレートのパスの設定レポートテンプレートはワンクリックで所定のフォーマットでレポートの作成ができる便利な機能です。

次のホルダーに保存されたレポートテンプレートは転送時にレポートテンプレートダイアログボックスにリストされます。

C:\ユーザー \Public\パブリックのドキュメント \Bio-Rad Laboratories\KnowItAll\Report Templates\(転送元のプラグイン )

Tips レポートテンプレートを完全に削除するには、エクスプローラーで保存したフォルダーを開き、*.ｒｔｔファイルを削除してください。

ここでは MineItプラグインから送り先バーの ReportItプラグインをクリックしたとき、目的のファイルがダイアログボックスに目的のレポートテンプレートファイルがリストされない場合のパスの設定方法を説明します。

1. <キャンセル>をクリックし、MineItプラグインに戻ります。

2.メニューの [ファイル ]⇒ [レポートテンプレートの編集 ]をクリックします。

3. レポートテンプレートダイアログボックスの<追加>をクリックして、次のフォルダーを指定します。 Reprot Templates\MineIt\Japanese

4. リストされたテンプレートファイルのすべてを選択し、<開く>をクリック。

5. レポートテンプレートダイアログボックスに目的のテンプレートファイルがリストされたのを確認して、<閉じる>をクリック。

6. 送り先バーの ReportItをクリックして、選択したレポートテンプレートがリストされているのを確認し、利用します。

レポートテンプレートファイルを選択

レポートテンプレートダイアログボックス

Tips レポートテンプレートダイアログボックスで不要なテンプレートファイルを選択して、<削除>をクリックするとリストから削除することができます。

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▋KnowItAll 2017の新機能

名称 /項目機能備考

IDエキスパート IR、Raman、MS、NMR 対応（ピークサーチ） 85㌻

ファイル⇒印刷コマンドMineItプラグイン、ProcessItプラグインで印刷コマンドを追加。デフォルトのレポートテンプレートで印刷が可能

各プラグインのファイルメニューを参照本紙 19㌻を参照

ユーザーデータベースのテキスト入力規則 *

テキストフィールドの英文表記の入力規則 3種　設定可能 MineItのデータベースメニューを参照

PubChemデータの登録 * ユーザーデータベースに PubChemのデータベースを物性情報として取り込むことが可能 82㌻を参照

クイックサーチデータベースのすべてのテキストプロパティーを検索

ライセンスアクティベーションドングルライセンシング⇒サーバーアクセスライセンス

（日本国内ではライセンスドングルも提供しています。）インストールノート

*はユーザーデータベース構築オプションに付随する機能です。

104


▋FAQより

質問内容記載項目掲載ページ

◎ サーチ結果スペクトルにピーク位置を表示させたい ⇒ ピーク情報 95㌻ /99㌻

◎ 保存してあるスペクトルをスペクトルウインドウに追加してロードしたい ⇒ スペクトルの追加 100㌻

◎ ヒットリストのエントリーが "Locked” になっている ⇒ データベースの選択解除と再選択 14㌻

◎ SearchItプラグインのデータベースタブに目的のデータベースやファイルがリストされない

⇒ データベースパスの設定 ⇒ データベースの選択

101㌻12㌻

99



▋索引

アルファベット

HQI 17, 30HQIオーバービュー 40OD ヒートマップ 41PubChem 80

か行

化学構造式の作成 61, 78反応式の作成 64

化学構造式作成ツール構造式の訂正 63ヒットボックス 61ホットキー 64ラベル 63リング 62

カスタマイズサーチプロファイル -サーチ条件の保存 33ツールバー 83表示プロファイル 38ユーザーエディション 84

官能基知識ベース 58官能基のブラウズ 55官能基ハンドブック 58構造式からコリレーション 57

さ行

サーチ 12混合物サンプルのサーチ 29ストラクチャーサーチ 21スペクトルサーチ 15テキストサーチ 26ピークサーチ 27プロパティー /ネームサーチ 25

サーチ結果MixtureAnalysisサーチ結果 30サーチ結果と保存 17ブラウズ 17, 36レポートの作成 43

サーチ条件MixtureAnalysis 除外要素の設定 31, 32構造式とサーチ結果のちがい 23サーチプロファイル（サーチ条件の保存 ) 33ストラクチャーサーチ 21スペクトルサーチ 16スペクトルのデータ処理 19ピークテーブルの作成 27, 28プロパティー /ネームサーチ 25

サーチプロファイル -サーチ条件の保存 33サーチ領域の消去 39最適化 16詳細設定

データベースパスの設定 81除外要素の設定 31

100


ストラクチャー /プロパティウインドウ 39スペクトルウインドウ 39, 85

HQIオーバービュー 40ODヒートマップ 41サーチパラメーター 40スペクトルオーバービュー 39, 93表示設定 85ピーク情報の表示 93

スペクトルウインドウの表示設定色とフォント 86スペクトル 88その他の設定 89名称と順 87目盛 85

スペクトルオーバービュー 39, 93スペクトル解析方法 50スペクトルの追加 94

て

データ処理ピーク削除 20

ProcessIt IR 19データベースが選択できない 95データベースパスの設定 95データベースウインドウ 17

ブラウズ 36列を編集 37

データベースの選択 12

データベースの選択解除 14

は行

ピーク情報 93ピーク情報の表示 93ピーク選択とコリレーション 54ピーク表示

桁数設定 89ヒットリスト

エントリーの並び替え 36ストラクチャー /プロパティウインドウ 39スペクトルウインドウ 39スペクトルウインドウのカスタマイズ 85タブ名の変更 17データベースウインドウ 36開く 35ブラウズ 36

ヒット率 17表示設定（スペクトルウインドウ） 85表示プロファイル（データベースウインドウ） 38プラグイン

AnalyzeIt-スペクトル解析支援 50DrawIt-化学構造式の作成 61, 78MineIt-データベース情報のブラウズ 35Mixture Analysis-混合物サンプルの検索 29ProcessIt-データ処理 19ReportIt-レポート作成 43SearchIt-サーチ条件の設定 12

101



ゆ

ユーザーエディション 84ユーザーデータベース

インデックスを作成 82エントリーの削除 79化学構造式の登録 78検索に利用する 81新規作成 68スペクトルのインポート 70添付ファイルの追加 77プロパティの登録 75レコードの削除 79

れ

レポートの作成 18, 43レポートテンプレート 44

レポートオブジェクト 48ReportItドキュメントファイル 43レポートの編集 46

本書に記載された内容、製品の仕様は予告なく変更されることがあります。

バイオ・ラッドラボラトリーズインク

96002 KnowItAll_Manual_Japanese2017.01　Ver.2017

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