la recherche d’amorces pour la pcr
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La recherche d’amorces pour la PCR. [email protected]. Des programmes d’aide. Principe. Épingle à cheveux (hairpin). Définir le nombre maximum d'appariements consécutifs toléré dans l'épingle . - PowerPoint PPT PresentationTRANSCRIPT
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Des programmes d’aide
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Principe
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Épingle à cheveux (hairpin)
Définir le nombre maximum d'appariements consécutifs toléré dans l'épingle.
les oligos susceptibles de former une épingle à cheveux dont le nombre de bases consécutives appariées est supérieur à la valeur choisie seront éliminés
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Recherche d’hairpin
Si la valeur maximale est fixée à 3, l'oligo n°2 sera rejeté (1,3,4,5 retenus).Si elle est fixée à 2, les oligos n°2 et n°3 seront rejetés (1,4,5 retenus). Si elle est fixée à 1, les oligos n°2, 3 et 4 seront rejetés ( l,5 retenus).
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Premiers résultats
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Appariement entre 2 oligos
Définir le nombre maximal autorisé de bases appariées consécutives dans le dimère susceptible de se former entre deux oligos.
Tous les couples dont le dimère à un nombre de bases appariées supérieur à une valeur choisie sont rejetés.
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Appariement entre 2 oligos
Si la valeur choisie est de 4, le couple n°3 sera éliminé (1,2,4,5 retenus). Si la valeur choisie est de 3, le couple n°3 sera éliminé (1,2,4,5 retenus). Si la valeur choisie est de 2, les couples n°3, 4, 5 seront éliminés (1,2 sont retenus).
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Que faire si j’ai trop d’oligos ?
a) diminuer la marge de recherche des oligos
b) diminuer l'intervalle de recherche du pourcentage G+C de quelques unités
c) augmenter la taille des oligos de une à deux bases
d) diminuer de une unité la valeur des appariements consécutifs autorises dans l'épingle à cheveux
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Que faire si je n’ai pas d’oligos
a) augmenter la marge de recherche des oligos. b) augmenter l'intervalle de recherche du % G+C autorisé (une à deux unités peuvent être suffisantes)
c) diminuer la taille des oligos de une à deux bases
d) augmenter de une unité la valeur des appariements consécutifs autorisée dans l'épingle à cheveux.
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programme : recherche 2 oligos
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programme : recherche 1 oligo
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Table d’orientation
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Température
La température de fusion du produit PCR (Tmpcr) est calculée suivant la relation suivante applicable à des molécules de plus 50 nucléotides [5]
Tmpcr = 81.5 + 16.6 * log[Na+] + 0.41(GC)
où [Na +] désigne la concentration en sels et GC le pourcentage G+C